เมื่อ พุทธศักราช ๒๔๐๙ หลังจากที่พระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๔ มีพระบรมราชโองการให้เจ้าพรหมเทวานุเคราะห์นุสรณ์ เป็นเจ้าเมืองอุบลราชธานี องค์ที่ ๔ แล้วนั้น ในปีเดียวกันได้เกิดกบฏฮ่อขึ้นที่นครเวียงจันทน์ ฝั่งประเทศลาว ซึ่งขณะนั้นถือว่าแผ่นดินฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงยังเป็นประเทศราชของประเทศไทยอยู่ เมื่อเกิดกบฏขึ้นอย่างนั้น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ จึงได้มีพระบรมราชโองการให้เจ้าพรหมเทวานุเคราะห์ เจ้าเมืองอุบลราชธานี ยกกองทัพไปปราบกบฏฮ่อ ที่นครเวียงจันทน์
พระอุโบสถวัดไชยมงคล
เมื่อเจ้าพรหมเทวานุเคราะห์ได้รับพระบรมราชโองการแล้ว จึงสั่งให้แม่ทัพนายกองรวบรวมไพร่พล โดยท่านเห็นว่าสถานที่ตรงนี้ (บริเวณที่ตั้งวัดปัจจุบัน) มีความร่มรื่น มีต้นโพธิ์ ต้นไทรงาม เป็นจำนวนมาก มีชัยภูมิที่ดี เหมาะที่จะเป็นที่รวบรวมไพร่พล เพื่อยกกองทัพไปปราบกบฏฮ่อที่ นครเวียงจันทน์ ตามที่มีพระบรมราชโองการมา
ด้วยความที่เจ้าพรหมเทวานุเคราะห์มีเชื้อสายมาจากกษัตริย์ที่เป็นนักรบ จึงสามารถปราบกบฏฮ่อสำเร็จอย่างง่ายดาย หลังเสร็จศึกจึงเดินทางกลับมาที่จังหวัดอุบลราชธานี และมีดำริที่จะสร้างอนุสรณ์สถานแห่งชัยชนะขึ้น ท่านจึงรวบรวมพลังศรัทธาจากเหล่าข้าราชบริพาร ไพร่พล และชาวบ้านชาวเมือง สร้างวัดขึ้น ณ สถานที่เคยเป็นที่รวบรวมไพร่พลก่อนเดินทางไปปราบกบฏฮ่อ ในปีพุทธศักราช ๒๔๑๔ โดยให้นามว่า "วัดไชยมงคล" เพื่อเป็นอนุสรณ์แห่งชัยชนะ พร้อมทั้งได้อัญเชิญพระพุทธรูปสำคัญ คือ พระปราบไพรีพินาศ ที่อัญเชิญมาจากนครเวียงจันทน์ มาประดิษฐานไว้ที่วัดไชยมงคลแห่งนี้ ส่วนอีกองค์หนึ่ง คือ พระทองทิพย์ นำไปประดิษฐานไว้ที่ วัดศรีทอง (วัดศรีอุบลรัตนาราม ในปัจจุบัน) เมื่อดำเนินการสร้างวัดเสร็จเรียนร้อยแล้ว เจ้าพรหมเทวานุเคราะห์ พร้อมทั้งชาวบ้าน ชาวเมือง ได้กราบอาราธนา เจ้าอธิการสีโห หรือท่านอัญญาสิงห์ จากวัดศรีอุบลรัตนาราม มาเป็นเจ้าอาวาสวัดไชยมงคลรูปแรก