ทะเลสาบโทบา อยู่ทางทิศใต้ของเมืองเมดาน (Medan) ซึ่งเป็นเมืองใหญ่ของสุมาตราเหนือ เป็นศูนย์กลางทางการค้าและท่าเรือที่สำคัญ ราว 160 กิโลเมตร ทะเลสาบแห่งนี้ มีเกาะขนาดใหญ่ ชื่อซาโมซีร์ (Samosir)อยู่ตรงกลางทะเลสาบ และมี Parapat เป็นเมืองท่องเที่ยวริมชายฝั่ง