Regions harboring copy number varia

Regions harboring copy number variants (CNV)
might also be under selection and contributing to an
observed selection signal, therefore CNV regions that
coincide to smoothed FST peaks were further explored.
Gene content of cattle CNV regions was assessed using
Ensembl (ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/bos_
taurus/pep/). It is worthwhile to point out that FST and
CNV results did not use the exact same samples. CNV
results are based on Bickhart et al. [21] that use a
Holstein, a Nelore, a Hereford and 3 Angus samples,
also included in the FST analyses. Intersections between
balancing selection region coordinates and exon positions
were compared using MySQL queries. We obtained
a catalog of all bovine peptides from Ensembl.
This yielded 22,118 peptides, 345 of which overlap
with 24 predicted balancing selection regions, and
corresponded to 318 unique Ensembl genes. Using
PANTHER version 7 [22], we tested for over representation
of biological process, molecular function and
pathway terms under the balancing selection regions.
Results were Bonferroni [23] adjusted and PANTHER
terms with less than five observations were not further
analyzed. Similar analyses were performed on the
peptides under the 48 positive selection regions. PANTHER
results were similar when all peptides under the 24 balancing
selection regions and 48 positive selection regions
were combined in a single analysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ภูมิภาค harboring คัดลอกหมายเลขตัวแปร (CNV)อาจจะเลือกและสนับสนุนการเลือกสังเกตสัญญาณ CNV ภูมิภาคที่ลงรอยเพื่อปรับให้โค้ง FST ยอดได้เพิ่มเติมไปด้วยเนื้อหายีนของภูมิภาค CNV วัวถูกประเมินโดยใช้Ensembl (ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/bos _ราศี พฤษภ/pep /) ก็คุ้มค่าที่จะชี้ให้เห็นว่า FST และCNV ผลลัพธ์ไม่ได้ใช้ตัวอย่างเดียวกันแน่นอน CNVผลลัพธ์จะขึ้นอยู่กับ Bickhart และ al. [21] ที่ใช้เป็นโฮลชไตน์ การ Nelore เฮริฟอร์ด และตัว อย่าง Angus 3นอกจากนี้ยัง รวมในวิเคราะห์ FST แยกระหว่างดุลการเลือกภูมิภาคพิกัดและตำแหน่ง exonถูกเปรียบเทียบโดยใช้แบบสอบถามของ MySQL เราได้รับแค็ตตาล็อกของเปปไทด์วัวทั้งหมดจาก Ensemblนี้หาเปป 22,118, 345 ที่เหลื่อมกันมี 24 คาดการณ์ดุลเลือกภูมิภาค และcorresponded กับยีน Ensembl เฉพาะ 318 โดยใช้รุ่น 7 [22] เสือดำ เราทดสอบผ่านตัวแทนของกระบวนการทางชีวภาพ ฟังก์ชันโมเลกุล และเงื่อนไขทางเดินภายใต้ขอบเขตเลือกดุลก็ Bonferroni [23] การปรับปรุงและเสือดำเงื่อนไขน้อยกว่า 5 สังเกตได้ต่อไปวิเคราะห์ ดำเนินการวิเคราะห์คล้ายกันในการเปปไทด์ภายใต้ขอบเขตเลือกบวก 48 เสือดำผลลัพธ์คล้ายกันเมื่อเปปไทด์ทั้งหมดภายใต้ 24 ดุลตัวเลือกภูมิภาคและภูมิภาคเลือกบวก 48ถูกรวมในการวิเคราะห์ที่เดียว

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภูมิภาคจำนวนสำเนาเก็บงำสายพันธุ์ (CNV)
นอกจากนี้ยังอาจจะอยู่ภายใต้การเลือกและเอื้อต่อการ
สังเกตสัญญาณการเลือกจึงภูมิภาค CNV ที่
ตรงไปเรียบยอด FST ถูกสำรวจเพิ่มเติม.
เนื้อหายีนของวัวภูมิภาค CNV ได้รับการประเมินโดยใช้
Ensembl (ftp: // ftp ที่ .ensembl.org / ผับ / current_fasta / bos_
taurus / ห้าวหาญ /) มันคุ้มค่าที่จะชี้ให้เห็นว่า FST และ
ผล CNV ไม่ได้ใช้ตัวอย่างเดียวกันแน่นอน CNV
ผลจะขึ้นอยู่กับ Bickhart et al, [21] ที่ใช้
โฮล Nelore, เฮียร์และ 3 ตัวอย่างแองกัส
รวมอยู่ใน FST วิเคราะห์ แยกระหว่าง
พิกัดเลือกภูมิภาคสมดุลและตำแหน่งเอกซ์ซอน
ถูกนำมาเปรียบเทียบโดยใช้คำสั่ง MySQL เราได้รับ
แคตตาล็อกของเปปไทด์วัวจาก Ensembl.
นี้ให้ผล 22,118 เปปไทด์ 345 ซึ่งทับซ้อน
กับที่คาดการณ์ไว้ 24 สมดุลภูมิภาคเลือกและ
ตรงกับ 318 ยีน Ensembl ที่ไม่ซ้ำกัน ใช้
PANTHER รุ่นที่ 7 [22] เราได้ทดสอบมานานกว่าการเป็นตัวแทน
ของกระบวนการทางชีววิทยาโมเลกุลและฟังก์ชั่น
ทางเดินภายใต้เงื่อนไขภูมิภาคเลือกสมดุล.
ผลการวิจัย Bonferroni [23] และปรับ PANTHER
ข้อตกลงกับน้อยกว่าห้าข้อสังเกตไม่ได้ต่อ
การวิเคราะห์ การวิเคราะห์ที่คล้ายกันดำเนินการเกี่ยวกับ
เปปไทด์ภายใต้ 48 เลือกภูมิภาคบวก PANTHER
ผลที่คล้ายกันเมื่อเปปไทด์ทั้งหมดภายใต้สมดุล 24
เลือกภูมิภาคและ 48 เลือกภูมิภาคบวก
ถูกรวมกันในการวิเคราะห์เดียว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นที่ที่คัดลอกหมายเลขตัวแปร ( cnv )
อาจอยู่ภายใต้การและสนับสนุนการเลือก cnv
สังเกตสัญญาณ ดังนั้นขอบเขตที่
เหมือนกันให้เรียบได้สำรวจยอด f .
ยีนเนื้อหาของโค cnv ภูมิภาคมีการประเมินโดยใช้
ensembl ( ftp : / / FTP ensembl . org / ผับ / current_fasta / bos_
ราศีพฤษภ / ให้กำลังใจ / ) มันคุ้มค่าที่ชี้ให้เห็นว่า f และ
cnv ผลลัพธ์ไม่ได้ใช้ที่แน่นอนเดียวกันตัวอย่าง cnv
ผลลัพธ์จะขึ้นอยู่กับ bickhart et al . [ 21 ] ที่ใช้
โฮลสไตน์ , เฮอร์เนลเลอร์ , และ 3 แองกัสตัวอย่าง
ยังรวมอยู่ในการวิเคราะห์ f . ทางแยกระหว่างภูมิภาคและการเลือกพิกัด

8 ตำแหน่งเปรียบเทียบโดยใช้แบบสอบถาม MySQL เรารับ
แคตตาล็อกของเปปไทด์วัวทั้งหมดจาก ensembl .
นี้ให้ผล 22118 เปปแต่ที่ทับซ้อนกับพื้นที่คาดการณ์ดุล 24

เลือก และตรงกับ ensembl 318 ยีนที่ไม่ซ้ำกัน ใช้
เสือดำรุ่น 7 [ 22 ] เราทดสอบผ่านการแสดง
ของกระบวนการทางชีววิทยาโมเลกุล , ฟังก์ชันและ
แง่ทางเดินภายใต้ดุลภูมิภาคเลือก .
ผลบอนเฟอร์โรนี [ 23 ] และปรับเสือดำ
แง่ที่มีน้อยกว่าห้าสังเกตไม่เพิ่มเติม
วิเคราะห์การวิเคราะห์ที่คล้ายกันจำนวน
เปปไทด์ในภูมิภาคการ 48 บวก ผลมีลักษณะคล้ายเสือ
เมื่อเปปภายใต้ 24 Balancing
เลือกภูมิภาคและ 48 บวกภูมิภาคเลือก
ร่วมในการวิเคราะห์แบบเดียว