Database ProcessingThe most common

Database Processing
The most common application of dock is to process a database of molecules to find potential inhibitors or ligands of a target macromolecule. However, with the new separation of components in version 4.0, the database processing tools can be combined with other tasks, like stand-alone Scoring , Score Optimization , or Chemical Screen .
Database processing is signalled with the multiple_ligands parameter. A subset of the database may be processed using the ligands_maximum , initial_skip , and interval_skip reading parameters and the heavy_atoms_minimum and heavy_atoms_maximum size-selection parameters. If scoring has been selected, then molecules can be output as a ranked list using the rank_ligands parameter. When comparing molecules, the score of large molecules may be penalized using the contact_size_penalty parameter and so on for each scoring function. If ligands are not ranked, then all orientations recorded for each molecule are written (see Orientation Search on page 28 for how multiple orientations are recorded). When no orientation search is performed (i.e. stand-alone scoring), then molecules are written if they pass a score cutoff set by the contact_maximum parameter and so on for each scoring function.
Database jobs produce two output files in addition to the molecule output files. The restart_file parameter specifies the file which stores the current rank_ligands list. If the job is terminated prematurely, then it may be restarted with the -r flag (see Command-line Arguments on page 53 ) and the run is initialized with information in the existing restart file. The frequency at which the restart file is updated is specified with the restart_interval parameter. In addition, the info_file parameter specifies the file which stores information about the current progress of the run.
Database jobs may also be interacted with during execution via the presence of two input files. The dump_file parameter specifies a file whose presence will trigger the job to write out the current results to the info file, the restart file and the molecule output files. The user may create this file at any time to inspect the current results. The dock job will automatically delete the dump file after a dump has taken place. In addition, the quit_file parameter specifies a file whose presence will trigger the job to write out results (like a dump request) and also terminate execution. This parameter is useful for gently terminating a job without loss of information for restart at a later time. The presence of either of these files is only checked in between processing molecules, so it may take up to a minute for such a file to be noticed.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การประมวลผลฐานข้อมูลแอพลิเคชันทั่วไปของท่าเป็นการ ประมวลผลฐานข้อมูลของโมเลกุลเพื่อค้นหาศักยภาพ inhibitors หรือ ligands macromolecule เป้าหมาย อย่างไรก็ตาม กับแยกใหม่ประกอบในรุ่น 4.0 ฐานข้อมูลการประมวลผลเครื่องมือสามารถรวมกับงานอื่น ๆ เช่น Scoring สแตนด์อโลน เพิ่ม ประสิทธิภาพคะแนน หรือหน้า จอเคมีการประมวลผลฐานข้อมูลคือ signalled กับพารามิเตอร์ multiple_ligands ชุดย่อยของฐานข้อมูลอาจจะประมวลผลโดยใช้ ligands_maximum, initial_skip และ interval_skip อ่านพารามิเตอร์และพารามิเตอร์ตัวเลือกขนาด heavy_atoms_minimum และ heavy_atoms_maximum ถ้าคะแนนได้รับเลือก แล้วโมเลกุลได้ผลลัพธ์เป็นรายการจัดอันดับโดยใช้พารามิเตอร์ rank_ligands เมื่อเปรียบเทียบโมเลกุล คะแนนของโมเลกุลขนาดใหญ่อาจโทษโดยใช้พารามิเตอร์ contact_size_penalty และสำหรับแต่ละฟังก์ชันให้คะแนน ถ้าไม่มีการจัดอันดับ ligands แล้วทุกแนวบันทึกสำหรับแต่ละโมเลกุลเขียน (ดูค้นหาแนวหน้า 28 สำหรับแนวหลายวิธีที่บันทึก) เมื่อค้นหาไม่วางแนว ดำเนินการ (แบบสแตนด์อโลนเช่นคะแนน), จากนั้นโมเลกุลเขียนถ้า พวกเขาผ่านกำหนด โดยพารามิเตอร์ contact_maximum และสำหรับแต่ละฟังก์ชันให้คะแนนตัดยอดคะแนนฐานข้อมูลงานผลิตแฟ้มผลลัพธ์สองนอกจากไฟล์ที่ส่งออกโมเลกุล พารามิเตอร์ restart_file ระบุแฟ้มที่จัดเก็บรายชื่อ rank_ligands ปัจจุบัน ถ้าเลิกงานก่อนกำหนด อาจเริ่ม ด้วยธง - r (ดูอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งในหน้า 53) แล้วรันได้เริ่มต้นกับข้อมูลที่มีอยู่ เริ่มแฟ้ม มีระบุความถี่ที่ถูกปรับปรุงแฟ้มเริ่ม ด้วยพารามิเตอร์ restart_interval นอกจากนี้ พารามิเตอร์ info_file ระบุแฟ้มที่เก็บข้อมูลเกี่ยวกับความคืบหน้าปัจจุบันของการรันงานฐานข้อมูลอาจยังสามารถ interacted ด้วยในระหว่างการดำเนินผ่านอยู่สองแฟ้มป้อนเข้า พารามิเตอร์ dump_file ระบุแฟ้มสถานะการออนไลน์ที่ทำให้เกิดงานเขียนออกผลลัพธ์ปัจจุบันแฟ้มข้อมูล แฟ้มเริ่มต้นระบบ และไฟล์ที่ส่งออกโมเลกุล ผู้ใช้อาจสร้างไฟล์นี้ตลอดเวลาเพื่อตรวจสอบผลลัพธ์ปัจจุบัน งานท่าจะโดยอัตโนมัติลบแฟ้มการถ่ายโอนข้อมูลหลังจากการถ่ายโอนข้อมูลได้เกิดขึ้น นอกจากนี้ พารามิเตอร์ quit_file ระบุแฟ้มสถานะการออนไลน์ที่ทำให้เกิดงานเขียนออกผล (เช่นการถ่ายโอนข้อมูลร้องขอ) และยัง ยกเลิกการดำเนินการ พารามิเตอร์นี้เป็นประโยชน์สำหรับการทำให้สิ้นสุดงานโดยไม่สูญเสียข้อมูลสำหรับเริ่มระบบใหม่ในภายหลัง สถานะของแฟ้มเหล่านี้อย่างใดอย่างหนึ่งเท่านั้นได้รับการตรวจสอบระหว่างประมวลผลโมเลกุล ดังนั้นมันอาจใช้เวลานาทีที่แฟ้มดังกล่าวจะสามารถสังเกตเห็น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ฐานข้อมูลการประมวลผลแอพลิเคชันที่พบมากที่สุดของท่าเรือคือการประมวลผลฐานข้อมูลของโมเลกุลที่จะหาสารยับยั้งที่มีศักยภาพหรือแกนด์ของโมเลกุลเป้าหมาย แต่ด้วยการแยกชิ้นส่วนใหม่ในรุ่น 4.0 เครื่องมือการประมวลผลฐานข้อมูลสามารถใช้ร่วมกับงานอื่น ๆ เช่นเกณฑ์การให้คะแนนแบบสแตนด์อะโลน, การเพิ่มประสิทธิภาพคะแนนหรือเคมีหน้าจอ.
การประมวลผลฐานข้อมูลส่งสัญญาณกับ multiple_ligands พารามิเตอร์ ส่วนหนึ่งของฐานข้อมูลอาจจะถูกประมวลผลโดยใช้ ligands_maximum ที่ initial_skip และ interval_skip พารามิเตอร์การอ่านและ heavy_atoms_minimum และ heavy_atoms_maximum พารามิเตอร์ขนาดเลือก หากคะแนนที่ได้รับเลือกจากนั้นโมเลกุลสามารถส่งออกเป็นรายการจัดอันดับโดยใช้พารามิเตอร์ rank_ligands เมื่อเปรียบเทียบโมเลกุลคะแนนของโมเลกุลที่มีขนาดใหญ่อาจจะถูกลงโทษโดยใช้ contact_size_penalty พารามิเตอร์และอื่น ๆ สำหรับฟังก์ชั่นการให้คะแนนในแต่ละ หากแกนด์จะไม่ได้รับการจัดอันดับจากนั้นหมุนทั้งหมดที่บันทึกสำหรับแต่ละโมเลกุลจะเขียน (ดูค้นหาปฐมนิเทศในหน้า 28 สำหรับวิธีการที่มีการบันทึกไว้หลายแนว) เมื่อการค้นหาการวางแนวทางไม่มีการดำเนินการ (เช่นสแตนด์อะโลนคะแนน) จากนั้นโมเลกุลจะเขียนถ้าพวกเขาผ่านการตัดคะแนนที่กำหนดโดย contact_maximum พารามิเตอร์และอื่น ๆ สำหรับฟังก์ชั่นการให้คะแนนแต่ละ.
งานฐานข้อมูลผลิตสองไฟล์ที่ส่งออกนอกเหนือไปจากไฟล์ที่ส่งออกโมเลกุล . พารามิเตอร์ restart_file ระบุไฟล์ที่เก็บรายการ rank_ligands ปัจจุบัน ถ้างานถูกยกเลิกก่อนเวลาอันควรแล้วมันอาจจะเริ่มต้นใหม่กับธง -r (ดูอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งในหน้า 53) และการทำงานจะเริ่มต้นกับข้อมูลในแฟ้มเริ่มต้นใหม่ที่มีอยู่ ความถี่ที่ไฟล์เริ่มต้นใหม่ที่มีการปรับปรุงจะถูกระบุด้วยพารามิเตอร์ restart_interval นอกจากนี้ info_file พารามิเตอร์ระบุไฟล์ที่เก็บข้อมูลเกี่ยวกับความคืบหน้าในปัจจุบันของการทำงาน.
งานฐานข้อมูลก็อาจจะมีความสัมพันธ์กับการดำเนินการผ่านในระหว่างการปรากฏตัวของสองไฟล์ที่นำเข้า พารามิเตอร์ dump_file ระบุไฟล์ที่มีการแสดงตนจะทำให้งานที่จะเขียนออกผลในปัจจุบันไปยังไฟล์ข้อมูลไฟล์ที่เริ่มต้นและไฟล์ที่ส่งออกโมเลกุล ผู้ใช้สามารถสร้างไฟล์นี้ได้ตลอดเวลาในการตรวจสอบผลการปัจจุบัน งานท่าเรืออัตโนมัติจะลบแฟ้มการถ่ายโอนหลังจากที่การถ่ายโอนข้อมูลได้ที่สถานที่ นอกจากนี้ quit_file พารามิเตอร์ระบุไฟล์ที่มีการแสดงตนจะทำให้งานที่จะเขียนออกผล (เช่นการร้องขอการถ่ายโอนข้อมูล) และยุติการดำเนินการ พารามิเตอร์นี้จะเป็นประโยชน์สำหรับเบา ๆ ยกเลิกงานโดยไม่สูญเสียของข้อมูลสำหรับการเริ่มต้นใหม่ในเวลาต่อมา การปรากฏตัวของทั้งสองไฟล์เหล่านี้มีการตรวจสอบเฉพาะในระหว่างการประมวลผลโมเลกุลดังนั้นจึงอาจใช้เวลาถึงนาทีสำหรับไฟล์ดังกล่าวจะสังเกตเห็น