IntroductionFounder effects, geneti

Introduction
Founder effects, genetic drift and recombination associated with
the global spread of HIV-1 infection have given rise to genetically
distinct viral strains referred to as ‘subtypes’ and ‘circulating
recombinant forms’ [1]. HIV-1 genetic diversity may impact on
disease progression and response to antiretroviral therapy, and has
implications for vaccine development [2]. It is therefore important
to monitor changes in the genetic and geographic complexity of
the HIV-1 epidemic, and to identify the processes that drive these
changes. Of the various HIV-1 strains that have been described, the most
prevalent worldwide is subtype C [3]. First described in East and
Southern Africa [4], infections with viruses belonging to (or
partially derived from) subtype C are now prevalent in regions
throughout the world, including India, China, and South Americ In many of the regions where it has been introduced,
subtype C has overtaken other HIV-1 strains introduced at earlier
times [6–9]. Notably, studies suggest that subtype C may acquire
multi-drug resistance more rapidly than other HIV-1 subtypes
The rapid spread of subtype C in regions of South America -
including Brazil, Argentina and Uruguay - has drawn particular
attention [12–16]. Recent studies indicate that the South
American subtype C epidemic likely derives from a single founder
virus that entered the continent via Southern Brazil, and was
derived from viral strains prevalent in East Africa [12,13].
However, the external route via which this virus spread from
East Africa to South America has remained mysterious.
In the United Kingdom (UK), the prevalence of subtype C has
increased steadily since the early 1990s, and it now ranks as the
second most prevalent HIV-1 subtype after subtype B [17]. The overwhelming majority of subtype C infections in the UK occur in
individuals whose reported exposure risk is heterosexual contact,
and who were likely infected in Southern or Eastern Africa [18].
However, in a previous analyses of HIV-1 genetic diversity [19],
we observed that some subtype C isolates sampled within the UK
exhibit high levels of genetic similarity to isolates obtained in
South America. To explore this finding in greater detail, we
screened 8,309 subtype C sequences sampled within the UK to
identify isolates genetically linked to the South American
epidemic. We then examined the genetic relationships of these
isolates to subtype C isolates sampled worldwide evolutionary rate and the date of the most recent common
ancestor (MRCA) were performed using a Bayesian Markov chain
Monte Carlo (MCMC) approach as implemented in BEAST v1.7.
Analyses were performed with a Bayesian Skyline coalescent tree
prior, under the GTR + I + C model of nucleotide substitution,
and using both a strict and a relaxed molecular clock (uncorrelated
Lognormal model). Two separate MCMC chains were run for 108
generations for each dataset, sampled every 10,000th generation.
BEAST output was analyzed using TRACER v1.4 [27], with
uncertainty in parameter estimates reflected in the 95% highest
probability density (HPD) values after excluding a burn-in of 10%.

Methods

Study Group and Reference Sequences
8,309 subtype C pol gene sequences sampled within the UK
were obtained from the UK HIV Drug Resistance Database
(www.hivrdb.org.uk). These sequences were generated by population
sequencing from plasma samples collected between 1996
and 2008, and were anonymously linked to data (obtained under
voluntary agreement of patients) describing the ethnicity, nationality
(country of birth) and exposure risk group of infected
individuals. Sequences were at least 1000 nucleotides in length,
spanning the genomic region between 2,253 and 3,251 nucleotides
(HXB2 coordinates). Sequences are available on request from the
UK HIV Drug Resistance Database.
A globally sampled reference sequence set comprising 1,289
previously published subtype C pol gene sequences annotated by
country of sampling was obtained from the Los Alamos HIV
Sequence Database (www.hiv.lanl.gov). The reference set included
sequences from Argentina (n= 8), Burundi (n= 92), Brazil
(n =122), Botswana (n= 144), Ethiopia (n =101), India (n =74),
Kenya (n= 3), Tanzania (n =65), Uganda (n= 11), South Africa
(n =667) and the UK (n =2). The IDs of reference sequences used
in this study are provided as supplementary information (File S1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แนะนำผลผู้ก่อตั้ง ดริฟท์พันธุ และ recombination ที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายทั่วโลกติดเชื้อเอชไอวี-1 ให้สูงขึ้นเพื่อแปลงพันธุกรรมสายพันธุ์ไวรัสที่แตกต่างกันเรียกว่า 'subtypes' และ ' การหมุนเวียนrecombinant ฟอร์ม [1] ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อเอชไอวี-1 อาจส่งผลกระทบในความก้าวหน้าของโรคและการตอบสนองต่อการรักษาด้วย และมีผลการพัฒนาวัคซีน [2] จึงเป็นสิ่งสำคัญการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในความซับซ้อนทางพันธุกรรม และทางภูมิศาสตร์ของระบาดของเชื้อเอชไอวี-1 และกระบวนการที่ไดรฟ์เหล่านี้ระบุการเปลี่ยนแปลง ของสายพันธุ์ต่าง ๆ เอชไอวี-1 ที่มีการอธิบาย มากที่สุดแพร่หลายทั่วโลกเป็นชนิดย่อย C [3] อธิบายครั้งแรก ในตะวันออก และแอฟริกาใต้ [4], ติดเชื้อกับไวรัสอยู่ (หรือบางส่วนได้รับจาก) ขณะนี้เป็นชนิดย่อย C พบมากในภูมิภาคทั่วโลก รวมทั้งอินเดีย จีน และ Americ ใต้ในภูมิภาคซึ่งจะมีการแนะนำชนิดย่อย C มี overtaken อื่น ๆ สายพันธุ์เอชไอวี-1 ที่นำมาใช้ในรุ่นก่อนหน้าเวลา [6-9] ยวด การศึกษาแนะนำว่า ชนิดย่อย C อาจได้รับยาหลายอย่างรวดเร็วมากขึ้นกว่า subtypes อื่น ๆ เอชไอวี-1อย่างรวดเร็วในการแพร่กระจายของชนิดย่อย C ในภูมิภาคอเมริกาใต้-รวมทั้งบราซิล อาร์เจนตินา และ อุรุกวัย - ได้วาดเฉพาะสนใจ [12-16] การศึกษาล่าสุดบ่งชี้ว่า ภาคใต้โรคระบาดชนิดย่อยอเมริกัน C น่าจะมาจากผู้ก่อตั้งที่เดียวไวรัส ที่ป้อนทวีปผ่านใต้บราซิล ถูกมาจากสายพันธุ์ไวรัสที่แพร่หลายในแอฟริกาตะวันออก [12,13]อย่างไรก็ตาม ภายนอกเส้นทางที่ไวรัสนี้แพร่กระจายจากแอฟริกาตะวันออกไปยังทวีปอเมริกาใต้มียังคงลึกลับมีความชุกของชนิดย่อย C ในสหราชอาณาจักร (UK),เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ช่วงต้นทศวรรษ 1990 และก็ตอนนี้เป็นอันดับสองแพร่หลายมากที่สุด 1 เอชไอวีชนิดย่อยหลังจากชนิดย่อย B [17] ชนิดย่อย C เชื้อในสหราชอาณาจักรส่วนใหญ่เกิดขึ้นในติดต่อบุคคลที่มีความเสี่ยงรายงานความเสี่ยงเป็นรักต่างเพศและที่มีโอกาสติดเชื้อในแอฟริกาใต้ หรือตะวันออก [18]อย่างไรก็ตาม ในวิเคราะห์ก่อนหน้านี้ของเอชไอวี-1 พันธุ [19],เราพบว่า บางชนิดย่อย C แยกตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรแสดงความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมเพื่อแยกได้ในระดับสูงอเมริกาใต้ การสำรวจนี้ค้นหาในรายละเอียดมากขึ้น เราลำดับ C ชนิดย่อย 8,309 ตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรเพื่อฉายระบุแยกแปลงพันธุกรรมกับอเมริกาใต้โรคระบาด เราตรวจสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมเหล่านี้แล้วแยกเพื่อแยกชนิดย่อย C ตัวอย่างอัตราวิวัฒนาการทั่วโลกและทั่วไปล่าสุดวันบรรพบุรุษ (MRCA) ได้ดำเนินการโดยใช้โซ่ Markov ทฤษฎีวิธี Carlo มอน (MCMC) นำมาใช้ในสัตว์ v1.7วิเคราะห์ดำเนินกับสกายไลน์ทฤษฎีต้นไม้ coalescentก่อน ภายใต้ GTR ฉัน + รุ่น C นิวคลีโอไทด์แทนและการใช้เข้มงวดและนาฬิกาโมเลกุลผ่อนคลาย (uncorrelatedรูปแบบ lognormal) สองแยก MCMC โซ่ถูกเรียกใช้สำหรับ 108รุ่นสำหรับแต่ละชุดข้อมูล ตัวอย่างทุกรุ่น 10,000thผลผลิตสัตว์ถูกวิเคราะห์ด้วยติดตามคืนชีพ [27],ความไม่แน่นอนในการประเมินพารามิเตอร์ในสูงสุด 95%ค่าความหนาแน่นความน่าเป็น (HPD) หลังจากการยกเว้นการเผาไหม้ใน 10%วิธีการกลุ่มศึกษาและอ้างอิงลำดับ8,309 ชนิดย่อย C pol ยีนลำดับตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรได้รับมาจากฐานข้อมูลยาต้านเอชไอวีสหราชอาณาจักร(www.hivrdb.org.uk) ลำดับเหล่านี้สร้างขึ้นตามจำนวนประชากรจัดลำดับจากพลาสม่าตัวอย่างเก็บรวบรวมระหว่างปี 1996และ 2551 และการเชื่อมโยงข้อมูล (ได้รับภายใต้โดยไม่ระบุชื่อข้อตกลงการสมัครใจของผู้ป่วย) อธิบายเชื้อชาติ สัญชาติ(ประเทศเกิด) และกลุ่มความเสี่ยงความเสี่ยงของการติดเชื้อคน ลำดับนิวคลีโอไทด์น้อย 1000 ยาวรัฐภูมิภาค genomic ระหว่าง 2,253 และ 3,251 นิวคลีโอไทด์(พิกัด HXB2) ลำดับตามคำขอจากสหราชอาณาจักรเชื้อเอชไอวียาต้านทานแล้วชุดลำดับทั่วโลกตัวอย่างอ้างอิงประกอบด้วย 1,289ก่อนหน้านี้ประกาศย่อย C pol ยีนลำดับใส่คำอธิบายประกอบด้วยประเทศที่สุ่มได้รับจากเอชไอวี Los Alamosลำดับฐาน (www.hiv.lanl.gov) การอ้างอิงที่ตั้งอยู่ลำดับจากอาร์เจนตินา (n = 8), บุรุนดี (n = 92), บราซิล(n = 122), สาธารณรัฐบอตสวานา (n = 144), ประเทศเอธิโอเปีย (n = 101), อินเดีย (n = 74),เคนยา (n = 3), แทนซาเนีย (n = 65), ยูกันดา (n = 11), แอฟริกาใต้(n = 667) และอังกฤษ (n = 2) รหัสของลำดับการอ้างอิงที่ใช้ในการศึกษานี้มีข้อมูลเสริม (แฟ้ม S1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทนำ
ผู้ก่อตั้งผลกระทบทางพันธุกรรมลอยและการเกี่ยวข้องกับการติดเชื้อแพร่กระจายทั่วโลก

ให้ลุกขึ้นเพื่อพันธุกรรมแตกต่างไวรัสสายพันธุ์ชนิดย่อยเรียกว่า ' ' และ ' ' แบบหมุนเวียน
รูปแบบ [ 1 ] ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้ออาจส่งผลกระทบต่อ
ความก้าวหน้าและการตอบสนองต่อยาต้านไวรัสโรค และมีการประยุกต์ใช้เพื่อพัฒนาวัคซีน
[ 2 ]มันจึงเป็นสิ่งสำคัญที่จะตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงใน

และความซับซ้อนทางพันธุกรรมของเชื้อระบาดทางภูมิศาสตร์ และศึกษากระบวนการที่ไดรฟ์การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้

ของ HIV-1 สายพันธุ์ต่าง ๆที่ได้ถูกอธิบายไว้ มากที่สุด แพร่หลาย ทั่วโลก คือ กลุ่ม C
[ 3 ] รายงานครั้งแรกในภาคตะวันออกและภาคใต้แอฟริกา
[ 4 ] , การติดเชื้อ ด้วยไวรัสของ ( หรือ
บางส่วนได้มาจากกลุ่ม C ) กำลังแพร่หลายในภูมิภาค
ทั่วโลกรวมทั้งอินเดีย , จีน , และ South Americ ในหลายภูมิภาคที่ได้รับการแนะนำ ,
c ได้ทันในสายพันธุ์อื่น ๆซึ่งแนะนำที่ก่อนหน้านี้
ครั้ง [ 6 – 9 ] ยวด , การศึกษาแสดงให้เห็นว่ากลุ่ม C อาจได้รับการดื้อยาหลายมากขึ้นอย่างรวดเร็วกว่าคนอื่น

ยีนซีโรโทนินแพร่กระจายอย่างรวดเร็วของกลุ่ม C ในภูมิภาคอเมริกาใต้ -
ได้แก่ บราซิล อาร์เจนตินา และอุรุกวัย ได้ดึงดูดความสนใจโดยเฉพาะ
[ 12 – 16 ] การศึกษาล่าสุดบ่งชี้ว่า ชาวอเมริกันทั้ง C ใต้
ระบาดน่าจะมาจากเดี่ยวผู้ก่อตั้ง
ไวรัสที่เข้าไปในทวีป ทางภาคใต้ของบราซิล และได้มาจากไวรัสสายพันธุ์
แพร่หลายในแอฟริกาตะวันออก [ 12 , 13 ‘ ] .
อย่างไรก็ตามภายนอกเส้นทางผ่าน ซึ่งไวรัสนี้แพร่กระจายจาก
ตะวันออกแอฟริกาอเมริกาใต้ยังคงลึกลับ .
ในสหราชอาณาจักร ( UK ) , ความชุกของกลุ่ม C มี
เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ช่วงต้นทศวรรษ 1990 และตอนนี้อันดับเป็นที่แพร่หลายมากที่สุดในกลุ่ม
ที่สองหลังจากกลุ่ม B [ 17 ] ส่วนใหญ่ที่น่าหนักใจของเชื้อในกลุ่ม C อังกฤษเกิดขึ้นใน
บุคคลที่มีรายงานความเสี่ยงคือติดต่อต่างเพศ ,
และใครที่น่าจะติดเชื้อในภาคใต้และตะวันออกแอฟริกา [ 18 ] .
แต่ในหน้าที่วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อ [ 19 ]
เราสังเกตได้ว่า บางชนิดย่อย C จากตัวอย่างภายใน UK
แสดงระดับสูงของพันธุกรรมคล้ายคลึงกับเชื้อได้ใน
ใต้ อเมริกา เพื่อศึกษาหารายละเอียดมากกว่าเรา
คัด 8309 ชนิดย่อย C ลำดับตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรระบุสายพันธุ์

พันธุกรรมที่เชื่อมโยงกับการระบาดในอเมริกาใต้

จากนั้นเราจะตรวจสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเชื้อในกลุ่มเหล่านี้
C ตัวอย่างวิวัฒนาการสายพันธุ์ทั่วโลกอัตราและวันที่ของบรรพบุรุษ
ล่าสุด ( mrca ) คือการใช้แบบ Markov
Monte Carlo ( MCMC ) วิธีการที่ใช้ใน v1.7
อสูรการวิเคราะห์การรวมตัวกับคชกรรมเส้นขอบฟ้าต้นไม้
ก่อน ภายใต้รูปแบบการแทนที่นิวคลีโอไทด์ GTR ฉัน C
, และใช้ทั้งเข้มงวด และผ่อนคลาย ( uncorrelated
นาฬิกาโมเลกุลแบบนางแบบ ) แยกเป็นสองกลุ่ม MCMC วิ่ง 108
รุ่นแต่ละชุดข้อมูลตัวอย่างทุกรุ่น , 10000th .
ผลผลิตสัตว์ครั้งนี้ใช้ติดตาม v1.4 [ 27 ] ,
ค่าความไม่แน่นอนในการประเมินที่สะท้อนอยู่ใน 95% สูงสุด
ความหนาแน่นของความน่าจะเป็น ( ตำรวจ ) ไม่รวมค่าหลังจากการเผาไหม้ใน 10%

วิธี

ศึกษากลุ่มอ้างอิงและลำดับในกลุ่ม C
พลยีน ลำดับตัวอย่างภายใน UK
ได้มาจาก UK เอชไอวีดื้อยาฐานข้อมูล
( www.hivrdb . org . UK ) . ลำดับเหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยประชากร