Predicted structural impact of the

Predicted structural impact of the mutations

In order to illustrate the structural impact the mutations might have, the structures of AaGal and MtGal (used as a PROPKA design template) were superimposed, as displayed in Fig. 5. The superimposition reveals that the stabilizing effect of the mutation D182N and D58N might come from removal of the repulsive force between two aspartates (Fig. 5A) and (Fig. 5D), formation of a hydrogen bond in S185D/Q188T (Fig. 5B), formation of a coulombic interaction in G104D/A156R (Fig. 5C). Although suggested by a consensus strategy, the stabilizing effect for Y295F (Fig. 5E) is hard to rationalize in terms of structure, as the mutation is expected to remove a hydrogen bond between Oη inTyr295 and Oγ in Ser43 in the core of the enzyme. However this mutation is also predicted to be slightly stabilizing by PROPKA. Also hard to fully rationalize in terms of structure is the stabilizing effect for G306A suggested by the consensus strategy. A general thermostabilizing effect of mutation of Gly, a flexibility inducing residue, to non-Gly, is often ascribed in the literature to a beneficial entropic effect (the entropy of the unfolded state is reduced) as first proposed by Matthews [35], so this could be an explanation. On the other hand there is no lack in the literature of studies showing mutation from non-Gly to Gly as strongly stabilizing, for example, a single Ser to Gly substitution increases the Tm of a Clostridium thermocellum endoglucanase by 7 °C [36]. An additional His to Gly thermostabilizing mutation was later identified for the same protein [37].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คาดการณ์ผลกระทบต่อโครงสร้างของการกลายพันธุ์เพื่อแสดงให้เห็นถึงการกลายพันธุ์ที่อาจมีผลกระทบต่อโครงสร้าง โครงสร้างของ AaGal และ MtGal (ใช้เป็นแม่แบบการออก PROPKA) ถูกวางซ้อนอยู่ แสดงใน Fig. 5 การ superimposition เผยว่า stabilizing ที่ลักษณะพิเศษของการกลายพันธุ์ D182N และ D58N อาจมาจากเอาแรง repulsive ระหว่างสอง aspartates (ของ 5A Fig.) และกิน 5 D), การก่อตัวของพันธะไฮโดรเจนใน Q188T S185D (Fig. 5B), ก่อตัวของการโต้ตอบที่ coulombic ใน A156R G104D (Fig. 5C) แต่แนะนำกลยุทธ์มติ stabilizing ที่ลักษณะพิเศษสำหรับ Y295F (5e คือแบบ Fig.) เป็นฮาร์ดดิสก์ rationalize ในโครงสร้าง การกลายพันธุ์ที่คาดว่าจะเอาพันธะไฮโดรเจนระหว่าง Oη inTyr295 และ Oγ ใน Ser43 ในหลักของเอนไซม์นี้ อย่างไรก็ตาม การกลายพันธุ์นี้ยังคาดว่า จะเป็น stabilizing เล็กน้อย โดย PROPKA ยัง หนักเต็ม rationalize ในโครงสร้างได้ผลสมัยมีเสถียรภาพสำหรับ G306A แนะนำกลยุทธ์มติ ผลการ thermostabilizing ทั่วไปของการกลายพันธุ์ของ Gly ความยืดหยุ่นที่ตกค้าง การไม่-Gly, inducing มักเป็น ascribed ในวรรณคดีลักษณะพิเศษ entropic ประโยชน์ (เอนโทรปีของรัฐกางออกจะลดลง) เป็นครั้งแรกเสนอ โดยแมธธิวส์ [35], ดังนั้นอาจอธิบาย คง มีอยู่ไม่ขาดในวรรณคดีศึกษาแสดงกลายพันธุ์จากไม่ Gly Gly เป็นอย่างยิ่ง stabilizing เช่น โดยบริษัทเดียวกับ Gly แทนเพิ่ม Tm ของ endoglucanase thermocellum เป็นเชื้อ Clostridium โดย 7 ° C [36] เพิ่มเติมการ Gly thermostabilizing การกลายพันธุ์ของเขาในภายหลังระบุสำหรับโปรตีนเหมือนกัน [37]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ส่งผลกระทบต่อโครงสร้างการคาดการณ์ของการกลายพันธุ์เพื่อที่จะแสดงให้เห็นถึงผลกระทบต่อโครงสร้างการกลายพันธุ์อาจจะมีโครงสร้างของ AaGal และ MtGal (ใช้เป็นแม่แบบการออกแบบ PROPKA) ที่ถูกทับตามที่แสดงในรูป 5. เยี่ยมเผยให้เห็นว่าผลการรักษาเสถียรภาพของการกลายพันธุ์และ D182N D58N อาจมาจากการกำจัดของแรงผลักระหว่างสอง aspartates (รูป. 5A) และ (รูป. 5D) การก่อตัวของพันธะไฮโดรเจนใน S185D / Q188T (รูปที่ 5B) การก่อตัวของการทำงานร่วมกันใน Coulombic G104D / A156R (รูป. 5C) แม้ว่ากลยุทธ์แนะนำโดยฉันทามติที่มีผลการรักษาเสถียรภาพสำหรับ Y295F (รูป. 5E) ยากที่จะหาเหตุผลเข้าข้างตนเองในแง่ของโครงสร้างเช่นการกลายพันธุ์ที่คาดว่าจะลบพันธะไฮโดรเจนระหว่างOη inTyr295 และOγใน Ser43 ในหลักของเอนไซม์ อย่างไรก็ตามการกลายพันธุ์นี้ยังคาดว่าจะได้รับการรักษาเสถียรภาพเล็กน้อยโดย PROPKA ยังยากที่จะหาเหตุผลเข้าข้างตนเองอย่างเต็มที่ในแง่ของโครงสร้างผลการรักษาเสถียรภาพสำหรับ G306A กลยุทธ์แนะนำโดยฉันทามติ ผล thermostabilizing ทั่วไปของการกลายพันธุ์ของ Gly, ความยืดหยุ่นการกระตุ้นให้เกิดสารตกค้าง, ไม่ใช่ Gly จะกำหนดมักจะอยู่ในวรรณคดีที่จะมีผลต่อการสึกกร่อนประโยชน์ (เอนโทรปีของรัฐกางออกจะลดลง) เป็นครั้งแรกที่เสนอโดยแมตทิวส์ [35] ดังนั้น นี้อาจจะมีคำอธิบาย ในทางกลับกันมีการขาดไม่มีในวรรณคดีของการศึกษาแสดงให้เห็นถึงการกลายพันธุ์จากการไม่ Gly เพื่อ Gly เป็นอย่างยิ่งการรักษาเสถียรภาพเช่นเป็น Ser เดียวที่จะทดแทน Gly เพิ่ม Tm ของ Clostridium thermocellum endoglucanase 7 ° C [36] เพิ่มเติมการกลายพันธุ์เพื่อ Gly thermostabilizing ของเขาถูกระบุในภายหลังสำหรับโปรตีนเดียวกัน [37]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทำนายโครงสร้างผลกระทบของการกลายพันธุ์

เพื่อแสดงให้เห็นถึงโครงสร้างต่อการกลายพันธุ์อาจจะมีโครงสร้างและ aagal mtgal ( ใช้เป็น propka ออกแบบแม่แบบ ) ทับ เช่นแสดงในรูปที่ 5 ที่ประสิทธิภาพเยี่ยมด้าน พบว่า ผลของการรักษาเสถียรภาพและการกลายพันธุ์ d182n d58n อาจมาจากการกำจัดของแรงผลักระหว่างสอง aspartates ( ฟิค5A ) และ ( ภาพ 5D ) , การก่อตัวของพันธะไฮโดรเจนใน s185d / q188t ( มะเดื่อ 5B ) , การก่อตัวของการปฏิสัมพันธ์ coulombic ใน g104d / a156r ( รูปที่ 5 ) แต่ที่แนะนำโดยฉันทามติกลยุทธ์ รักษาเสถียรภาพของผล ( รูปที่ y295f 5E ) เป็นเรื่องยากที่จะอธิบายในแง่ของโครงสร้าง เช่น การกลายพันธุ์ คาดว่าจะเอาพันธะไฮโดรเจนระหว่าง O o η intyr295 γใน ser43 ในหลักของเอนไซม์อย่างไรก็ตามการกลายพันธุ์นี้ยังคาดจะทรงตัว โดย propka เล็กน้อย . ยังยากที่จะอธิบายอย่างเต็มที่ในแง่ของโครงสร้าง คือ รักษาเสถียรภาพของผล g306a แนะนำกลยุทธ์ฉันทามติ ผล thermostabilizing ทั่วไปของการกลายพันธุ์ของ GLY มีความยืดหยุ่นทำให้เกิดสารตกค้าง GLY นอก ,มักจะเป็น ascribed ในวรรณคดี เพื่อผลประโยชน์ entropic เอนโทรปีของ unfolded รัฐลดลง ) เป็นครั้งแรกที่เสนอโดยแมทธิว [ 35 ] , ดังนั้นนี้อาจเป็นคำอธิบาย บนมืออื่น ๆที่ไม่มีในวรรณคดีศึกษาการกลายพันธุ์จากการไม่แสดง GLY GLY เป็นมีเสถียรภาพ , ตัวอย่างเช่นเป็นเซอร์เดียว GLY ทดแทนเพิ่ม TM ของ Clostridium thermocellum endoglucanase โดย 7 ° C [ 36 ] เพิ่มเติมของเขา GLY thermostabilizing การกลายพันธุ์ต่อมาระบุโปรตีนเดียวกัน [ 37 ]