Cluster analysis based on the genet

Cluster analysis based on the genetic similarity matrix derived from SSR and AFLP combined data divided the 63 genotypes from C. olitorius and C. capsularis into two distinct clusters (similarity value 0.03), which suggested that significant divergence existed in the DNA sequence between the two cultivated species of jute. This distinction could have been due to the different modes of evolution of the species together with natural self-pollination and the strong sexual incompatibility barrier existing between these two cultivated species of jute (Kundu, 1951; Patel and Datta, 1960). This pattern of clustering is in agreement with that previously obtained using molecular markers such as SSR and AFLP (Basu et al., 2004); sequence tagged microsatellite site, inter simple sequence repeat and RAPD (Roy et al., 2006) and SSR (Akter et al., 2008). Thus, this finding further strengthens the earlier concept that the two species originated from two different geographical locations; C. capsularis originated from the Indo-Burma region and C. olitorius from Africa (Kundu, 1951). Within the cultivated species, the 24 C. olitorius genotypes were subdivided into four subclusters (Figure 1). Subcluster Ia comprised five genotypes collected from Indonesia, Tanzania, Nigeria and Brazil. The Indonesian (IND4546) and Tanzanian (TAN4231) genotypes were the most divergent in this subgroup
(similarity values 0.69 and 0.71, respectively). Subcluster Ib consisted of 14 genotypes from 6 countries–namely, Tanzania, Bangladesh, Nepal, China, Thailand and Kenya. Subcluster Ic was composed of four genotypes collected from Kenya and Thailand. However, one Kenyan genotype, KEN3705, formed a separate cluster (subcluster Id), quite distant from the others in C. olitorius. Cluster II was divided into five subgroups. Subgroup IIa comprised eight genotypes, all of which were collected from Bangladesh, including one cultivar (BJC-83), representing the same maternal origin. Subgroup IIb consisted of two genotypes from China. Subgroup IIc was composed of three genotypes, of which two came from China and the other from Nepal. Subgroup IId, a large subgroup, comprised 25 genotypes from China, Nepal, Brazil, Thailand, Tanzania and Taiwan, of which genotypes NEP4705C and BRA4621C clustered at a higher similarity value (0.97), indicating a close interrelationship between them. CVL-1, a Bangladeshi popular cultivar was distinctly isolated (similarity value 0.39) from the rest of the C. capsularis genotypes in subgroup IIe, indicating molecular differentiation, which might have occurred during selection after crosshybridization.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คลัสเตอร์การวิเคราะห์ตามเมตริกซ์ความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมมาจากสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตและ AFLP รวมข้อมูลแบ่งเป็นไทป์ 63 จาก C. olitorius และ C. capsularis ในสองแตกต่างกลุ่ม (คล้ายค่า 0.03), ซึ่งแนะนำว่า divergence สำคัญอยู่ในดีเอ็นเอลำดับระหว่างสองสายพันธุ์ปลูกของปอ มีความแตกต่างนี้เนื่องจากโหมดต่าง ๆ ของวิวัฒนาการของสายพันธุ์ธรรมชาติ self-pollination และอุปสรรคกันทางเพศแข็งแรงที่มีอยู่ระหว่างสายพันธุ์ปลูกเหล่านี้สองปอ (นดู 1951 Patel และ Datta, 1960) รูปแบบนี้ของจะตามซึ่งที่ก่อนหน้านี้ได้ใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP (Basu et al. 2004); และสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียต ลำดับชนิด microsatellite แท็กไซต์ อินเตอร์ลำดับซ้ำ และอาร์เอพีดี (Roy et al. 2006) และสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียต (Akter et al. 2008) ดังนั้น นี้ค้นหาเพิ่มเติมเสริมสร้างแนวคิดก่อนหน้านี้ที่ว่า สองสายพันธุ์ที่มาจากสองทางภูมิศาสตร์ต่าง ๆ C. capsularis ที่มาจากภูมิภาคอินโด-พม่าและ C. olitorius จากแอฟริกา (นดู 1951) ภายในสายพันธุ์ที่ปลูก พันธุ์ olitorius 24 C. ได้ถูกแบ่งออกเป็นสี่ subclusters (1 รูป) Subcluster Ia ประกอบด้วยไทป์ห้าที่รวบรวมจากอินโดนีเซีย แทนซาเนีย ไนจีเรีย และบราซิล อินโดนีเซีย (IND4546) และพันธุ์แทนซาเนีย (TAN4231) มีความแตกต่างมากที่สุดในกลุ่มนี้ (คล้ายค่า 0.69 และ 0.71 ตามลำดับ) ประกอบด้วย subcluster Ib ไทป์ 14 จาก 6 ประเทศ – คือ แทนซาเนีย บังคลาเทศ เนปาล จีน ไทย และเคนยา Subcluster Ic ถูกประกอบด้วยกัน 4 พันธุ์ที่รวบรวมจากเคนยาและประเทศไทย อย่างไรก็ตาม หนึ่งเคนยาพันธุ์ KEN3705 เกิดคลัสเตอร์แยกต่างหาก (subcluster Id), ค่อนข้างห่างไกลจากคนอื่น ๆ ใน C. olitorius คลัสเตอร์ II ถูกแบ่งออกเป็นห้ากลุ่ม IIa กลุ่มย่อยประกอบด้วยจีโนไทป์แปด ซึ่งทั้งหมดถูกรวบรวมจากบังกลาเทศ รวมพันธุ์หนึ่ง (BJC-83), แสดงต้นกำเนิดมารดาเดียวกัน IIb กลุ่มย่อยประกอบด้วยของสองพันธุ์จากประเทศจีน กลุ่มย่อย IIc ถูกประกอบของจีโนไทป์สาม ที่สองมาจากจีนและอื่น ๆ จากประเทศเนปาล IId กลุ่มย่อย กลุ่มย่อย ขนาดใหญ่ประกอบด้วยพันธุ์ 25 จากจีน เนปาล ประเทศบราซิล ประเทศไทย แทนซาเนีย และ ไต้หวัน ซึ่งพันธุ์ NEP4705C และ BRA4621C คลัสเตอร์ที่มีความคล้ายคลึงกันมูลค่าสูง (0.97), ระบุ interrelationship ปิดระหว่าง CVL-1 พันธุ์ยอดนิยมในบังคลาเทศถูกแยกอย่างเห็นได้ชัด (คล้ายค่า 0.39) จากส่วนเหลือของพันธุ์ C. capsularis ในกลุ่มย่อยเพื่อแสดงความแตกต่างของโมเลกุล IIe ซึ่งอาจเกิดในระหว่างการเลือกหลังจาก crosshybridization

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์กลุ่มขึ้นอยู่กับเมทริกซ์ความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมที่ได้มาจากข้อมูลที่รวม SSR และ AFLP แบ่ง 63 สายพันธุ์จากซีปอและ C capsularis ออกเป็นสองกลุ่มที่แตกต่างกัน (มูลค่าที่คล้ายคลึงกัน 0.03) ซึ่งชี้ให้เห็นว่าแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญอยู่ในลำดับดีเอ็นเอระหว่างสอง การเพาะปลูกสายพันธุ์ของปอกระเจา ความแตกต่างนี้จะได้รับเนื่องจากการโหมดที่แตกต่างของการวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตร่วมกับธรรมชาติด้วยตัวเองผสมเกสรและเข้มแข็งอุปสรรคความไม่ลงรอยกันทางเพศที่มีอยู่ระหว่างทั้งสองสายพันธุ์ที่ปลูกปอกระเจา (Kundu 1951; เทลและ Datta, 1960) รูปแบบของการจัดกลุ่มนี้อยู่ในข้อตกลงกับที่ได้รับก่อนหน้าโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลเช่น SSR และ AFLP (ซึ et al, 2004.); ลำดับที่ติดแท็กเว็บไซต์ไมโครระหว่างทำซ้ำลำดับที่เรียบง่ายและ RAPD (รอย et al., 2006) และ SSR (Akter et al., 2008) ดังนั้นการค้นพบนี้ทำให้เพิ่มความแข็งแกร่งแนวคิดก่อนหน้านี้ว่าทั้งสองชนิดมาจากสองสถานที่ทางภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกัน ซี capsularis มาจากภูมิภาคอินโดพม่าและซีปอจากแอฟริกา (Kundu, 1951) ภายในสายพันธุ์ที่ได้รับการปลูกฝังที่ 24 ซีปอยีนถูกแบ่งออกเป็นสี่ subclusters (รูปที่ 1) Subcluster Ia ประกอบด้วยห้าสายพันธุ์ที่เก็บรวบรวมจาก Indonesia, แทนซาเนีย, ไนจีเรียและบราซิล อินโดนีเซีย (IND4546) และแทนซาเนีย (TAN4231) ยีนเป็นคนที่แตกต่างกันมากที่สุดในกลุ่มย่อยนี้
(คล้ายคลึงกันค่า 0.69 และ 0.71 ตามลำดับ) Subcluster Ib ประกอบด้วย 14 สายพันธุ์จาก 6 ประเทศคือประเทศแทนซาเนียบังคลาเทศเนปาล, จีน, ไทยและเคนยา Subcluster Ic ประกอบด้วยสี่สายพันธุ์ที่รวบรวมจากเคนยาและไทย แต่หนึ่งจีโนไทป์เคนยา KEN3705 ที่เกิดขึ้นเป็นกลุ่มที่แยกต่างหาก (Id subcluster) ค่อนข้างห่างไกลจากคนอื่น ๆ ในซีปอ คลัสเตอร์ที่สองถูกแบ่งออกเป็นห้ากลุ่มย่อย กลุ่มย่อย IIa ประกอบด้วยแปดยีนซึ่งทั้งหมดนี้ถูกรวบรวมมาจากประเทศบังคลาเทศรวมทั้งพันธุ์ (BJC-83) คิดเป็นแหล่งกำเนิดของมารดาเดียวกัน กลุ่มย่อย IIb ประกอบด้วยสองสายพันธุ์จากประเทศจีน กลุ่มย่อย IIc ประกอบด้วยสามสายพันธุ์ที่สองมาจากประเทศจีนและอื่น ๆ จากประเทศเนปาล กลุ่มย่อย IID กลุ่มย่อยที่มีขนาดใหญ่ประกอบด้วย 25 สายพันธุ์จากประเทศจีนเนปาลบราซิล, ไทย, แทนซาเนียและไต้หวันซึ่งยีน NEP4705C และ BRA4621C คลัสเตอร์มูลค่าที่คล้ายคลึงกันที่สูงขึ้น (0.97) แสดงให้เห็นความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่างพวกเขา CVL-1 ซึ่งเป็นพันธุ์ที่นิยมบังคลาเทศที่แยกได้ชัดเจน (มูลค่าที่คล้ายคลึงกัน 0.39) จากส่วนที่เหลือของซี capsularis ยีนในกลุ่มย่อย IIe แสดงให้เห็นความแตกต่างในระดับโมเลกุลซึ่งอาจจะเกิดขึ้นในช่วงหลังจากที่เลือก crosshybridization

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์กลุ่มตามความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมที่ได้มาจาก SSR เมทริกซ์และรวมข้อมูล AFLP แบ่ง 63 สายพันธุ์ จาก C และ C โทรโฟ olitorius ออกเป็นสองกลุ่มที่แตกต่างกัน ( ความเหมือนมูลค่า 0.03 ) ซึ่งพบว่ามีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในดีเอ็นเอลำดับระหว่างสองชนิดของการปลูกปอกระเจา ความแตกต่างนี้อาจได้รับเนื่องจากการโหมดที่แตกต่างของการวิวัฒนาการของสปีชีส์ด้วยกันกับการผสมตามธรรมชาติและแข็งแรงทางเพศกันอุปสรรคที่มีอยู่ระหว่างทั้งสองชนิดของการปลูกปอกระเจา ( ได้รับ 2494 ; Patel และ ทัตตา 1960 ) นี้รูปแบบของการจัดกลุ่มอยู่ในข้อตกลงกับที่ก่อนหน้านี้ได้โดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ SSR ( เช่น บาซู et al . , 2004 ) ; ลำดับแท็ก ไมโครไซต์ อินเตอร์ ทำซ้ำลำดับง่ายและ RAPD ( รอย et al . , 2006 ) และสังคมนิยม ( akter et al . , 2008 ) ดังนั้นการค้นพบนี้ต่อไปจะสร้างก่อนหน้านี้แนวคิดสองสายพันธุ์ที่มาจากสองสถานที่ทางภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกัน ; C . โทรโฟที่มาจากอินโด พม่า เขต . olitorius จากแอฟริกา ( ได้รับ 1951 ) ภายในการปลูกชนิด 24 C olitorius พันธุ์มี 4 subclusters ( รูปที่ 1 ) subcluster IA ประกอบด้วยห้าพันธุ์ที่รวบรวมได้จากอินโดนีเซีย , แทนซาเนีย , ไนจีเรีย และบราซิล อินโดนีเซีย ( ind4546 ) และแทนซาเนีย ( tan4231 ) พันธุ์อเนกในกลุ่มย่อยนี้มีมากที่สุด( เหมือนค่า 0.69 และ 0.71 ตามลำดับ ) subcluster IB จำนวน 14 สายพันธุ์ จาก 6 ประเทศ ซึ่งได้แก่ แทนซาเนีย บังคลาเทศ เนปาล จีน ไทยและเคนยา subcluster IC มี 4 สายพันธุ์ ที่รวบรวมจากเคนยา และประเทศไทย อย่างไรก็ตาม หนึ่ง ken3705 genotype , เคนยา , รูปแบบคลัสเตอร์แยกต่างหาก ( subcluster ID ) ค่อนข้างไกล จากคนอื่น ๆใน C olitorius . กลุ่มที่ 2 แบ่งออกเป็น 5 กลุ่มย่อย กลุ่มย่อยที่จัดขึ้นประกอบด้วยแปดชนิด ซึ่งทั้งหมดถูกเก็บจากบังคลาเทศ รวมทั้งพันธุ์ ( bjc-83 ) หรือที่มาของมารดาเดียวกัน กลุ่มย่อยด้วยแบ่งออกเป็น 2 สายพันธุ์จากประเทศจีน กลุ่มย่อย IIC ประกอบด้วยสามชนิด ซึ่งสองมาจากประเทศจีนและอื่น ๆ จากเนปาล เปลือกให้เปิดกลุ่มย่อยกลุ่มย่อย , ขนาดใหญ่ จำนวน 25 สายพันธุ์ จากจีน , เนปาล , บราซิล , ไทย , แทนซาเนีย และไต้หวัน ซึ่งเปรียบเทียบและ nep4705c bra4621c เป็นกลุ่มที่ค่าความคล้ายคลึงกันสูง ( 0.97 ) ที่บ่งชี้ถึงความสัมพันธ์ใกล้ชิดระหว่างพวกเขา cvl-1 , บังคลาเทศนิยมพันธุ์เป็นอย่างชัดเจนแยก ( ความเหมือนค่า 0.39 ) จากส่วนที่เหลือของ C . โทรโฟเปรียบเทียบในกลุ่มย่อยโกหก แสดงว่าโมเลกุลความแตกต่างที่อาจเกิดขึ้นระหว่างการเลือกหลังจาก crosshybridization .