The web server probeCheck, freely a

The web server probeCheck, freely accessible at http://www.microbial-ecology.net/probecheck, provides a pivotal forum for rapid specificity and coverage evaluations of probes and primers against selected databases of phylogenetic and functional marker genes. Currently, 24 widely used sequence collections including the Ribosomal Database Project (RDP) II, Greengenes, SILVA and the Functional Gene Pipeline/Repository can be queried. For this purpose, probeCheck integrates a new online version of the popular ARB probe match tool with free energy (ΔG) calculations for each perfectly matched and mismatched probe-target hybrid, allowing assessment of the theoretical binding stabilities of oligo-target and non-target hybrids. For each output sequence, the accession number, the GenBank taxonomy and a link to the respective entry at GenBank, EMBL and, if applicable, the query database are displayed. Filtering options allow customizing results on the output page. In addition, probeCheck is linked with probe match tools of RDP II and Greengenes, NCBI blast, the Oligonucleotide Properties Calculator, the two-state folding tool of the DINAMelt server and the rRNA-targeted probe database probeBase. Taken together, these features provide a multifunctional platform with maximal flexibility for the user in the choice of databases and options for the evaluation of published and newly developed probes and primers.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เว็บเซิร์ฟเวอร์ probeCheck เข้าถึงได้อย่างอิสระที่ http://www.microbial-ecology.net/probecheck แสดงเวทีแปรประเมิน specificity และครอบคลุมอย่างรวดเร็วของไพรเมอร์กับฐานข้อมูลที่เลือกของยีน phylogenetic และทำเครื่องหมายและคลิปปากตะเข้ ปัจจุบัน 24 ใช้ลำดับ Ribosomal ฐานข้อมูลโครงการ (RDP) II รวมถึงคอลเลกชัน Greengenes, SILVA และทำงานยีนไปป์ไลน์/เก็บสามารถสามารถสอบถาม สำหรับวัตถุประสงค์นี้ probeCheck รวมเครื่องมือยอดนิยม ARB โพรบตรงออนไลน์รุ่นใหม่พร้อมคำนวณพลังงานอิสระ (ΔG) สำหรับแต่ละตรงกันอย่างสมบูรณ์ และไม่ตรงโพรบเป้าหมายแบบผสมผสาน ให้ประเมินหงิม ๆ ผูกทฤษฎีของ oligo เป้าหมายและเป้าหมายไม่ใช่ลูกผสม สำหรับแต่ละผลผลิตลำดับ เลขทะเบียน ระบบ GenBank และการเชื่อมโยงไปยังรายการที่เกี่ยวข้องใน GenBank, EMBL และ กับ ฐานข้อมูลแบบสอบถามจะแสดงขึ้น ตัวเลือกการกรองข้อมูลให้กำหนดผลลัพธ์ในหน้าผลลัพธ์ นอกจากนี้ probeCheck เชื่อมโยงกับเครื่องมือตรงกับโพรบของ RDP II และ Greengenes, NCBI ระเบิด Oligonucleotide คุณสมบัติเครื่องคิดเลข เครื่องมือพับสองสถานะของเซิร์ฟเวอร์ DINAMelt และ probeBase ฐานข้อมูลเป้าหมายของ rRNA โพรบ ดำเนินการร่วมกัน คุณลักษณะเหล่านี้ให้แพลตฟอร์มโดย มีความยืดหยุ่นสูงสุดสำหรับผู้ใช้ในตัวเลือกของฐานข้อมูล และตัวเลือกสำหรับการประเมินผลการเผยแพร่ และพัฒนาคลิปปากตะเข้และไพรเมอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

probeCheck เว็บเซิร์ฟเวอร์, เข้าถึงได้อย่างอิสระที่ http://www.microbial-ecology.net/probecheck ให้ฟอรั่มที่สำคัญสำหรับความจำเพาะอย่างรวดเร็วและการประเมินผลการรายงานข่าวของยานสำรวจและไพรเมอร์ที่เลือกฐานข้อมูลของยีนเครื่องหมายสายวิวัฒนาการและการทำงาน ปัจจุบันใช้กันอย่างแพร่หลาย 24 คอลเลกชันลำดับรวมทั้งโครงการฐานข้อมูลยีน ribosomal (RDP) ครั้งที่สอง Greengenes, SILVA และฟังก์ชั่นยีนท่อ / พื้นที่เก็บข้อมูลสามารถสอบถาม เพื่อจุดประสงค์นี้ probeCheck รวมรุ่นออนไลน์ใหม่ของการสอบสวน ARB นิยมเครื่องมือจับคู่กับพลังงาน (ΔG) การคำนวณสำหรับแต่ละจับคู่อย่างสมบูรณ์และไม่ตรงกันสอบสวนเป้าหมายไฮบริดที่ช่วยให้การประเมินผลของเสถียรภาพที่มีผลผูกพันทางทฤษฎีของ Oligo เป้าหมายและไม่ใช่เป้าหมาย ไฮบริด สำหรับลำดับการส่งออกแต่ละจำนวนภาคยานุวัติ, อนุกรมวิธาน GenBank และเชื่อมโยงไปยังรายการที่เกี่ยวข้องใน GenBank, EMBL และถ้ามีการใช้ฐานข้อมูลการค้นหาจะแสดง ตัวเลือกการกรองช่วยให้การปรับแต่งในหน้าผลการส่งออก นอกจากนี้ยังมีการเชื่อมโยง probeCheck กับเครื่องมือการแข่งขันการสอบสวนของ RDP ครั้งที่สองและ Greengenes ระเบิด NCBI ที่ Oligonucleotide เครื่องคิดเลขคุณสมบัติเครื่องมือพับสองรัฐของเซิร์ฟเวอร์ DINAMelt และฐานข้อมูลการสอบสวน rRNA การกำหนดเป้​​าหมาย probeBase ที่ร่วมกันคุณสมบัติเหล่านี้ให้เป็นแพลตฟอร์มมัลติฟังก์ชั่มีความยืดหยุ่นสูงสุดสำหรับผู้ใช้ในการเลือกฐานข้อมูลและตัวเลือกสำหรับการประเมินผลของการตีพิมพ์และยานสำรวจที่พัฒนาขึ้นใหม่และไพรเมอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เว็บเซิร์ฟเวอร์ probecheck ได้อย่างอิสระสามารถเข้าถึงที่ http://www.microbial-ecology.net/probecheck ให้เวทีสำคัญสำหรับเฉพาะอย่างรวดเร็วและครอบคลุมการประเมินผลและใช้ไพรเมอร์กับฐานข้อมูลเลือกชนิดและการทำงานของยีนเครื่องหมาย ปัจจุบัน 24 ใช้ลำดับคอลเลกชัน รวมถึงโครงการฐานข้อมูลไรโบโซม ( RDP ) greengenes II ,ซิลวาและเก็บยีนท่อ / การทำงานสามารถสอบถาม . สำหรับวัตถุประสงค์นี้ probecheck รวมออนไลน์ใหม่รุ่นยอดนิยม ARB สำรวจราคาด้วยเครื่องมือฟรีพลังงาน ( Δ g ) การคำนวณสำหรับแต่ละจับคู่อย่างสมบูรณ์แบบ และไม่ตรงกันเป้าหมายตรวจสอบลูกผสม ให้ประเมินความผูกพันที่มีต่อทฤษฎีของเป้าหมายเล็กและไม่มีเป้าหมายลูกผสม สำหรับผลผลิตแต่ละลำดับเปลี่ยนหมายเลข ขนาดอนุกรมวิธานและเชื่อมโยงไปยังแต่ละรายการที่พบสัตว , และ , ถ้าใช้ , ฐานข้อมูลแบบสอบถามจะแสดง ตัวเลือกการกรองช่วยให้ปรับแต่งผลลัพธ์ในการแสดงผลหน้า นอกจากนี้ probecheck เชื่อมโยงกับ probe ราคาเครื่องมือของ RDP II และ greengenes ระเบิด ncbi สมบัติ ซึ่งเครื่องคิดเลขมีเครื่องมือสองพับของ dinamelt เซิร์ฟเวอร์และ rRNA เป้าหมาย probebase ฐานข้อมูลด้วย ถ่ายด้วยกัน คุณสมบัติเหล่านี้เป็นแพลตฟอร์มโดยมีความยืดหยุ่นสูงสุดสำหรับผู้ใช้ในการเลือกฐานข้อมูลและตัวเลือกสำหรับการประเมินที่พัฒนาขึ้นใหม่ และเผยแพร่และใช้รองพื้น