In recent years, extensive efforts

In recent years, extensive efforts have been made to develop
EST-SSR markers in mungbean for functional genomics studies.
SSR markers derived from ESTs are powerful not only because
they are present in expressed regions of the genome, but also
because EST sequences of many crop species are deposited
in databases, providing a fast, cost-effective way to develop
markers. Isemura et al. (2012) constructed a genetic linkage
map using EST-SSR markers from soybean. However, due to
the availability of ESTs in two mungbean cultivars (VC1973A
and Jangannokdu), EST-SSRs have since been identified in the mungbean genome (Gupta et al., 2014). Using 12,596 EST
sequences from mungbean genotype ‘Jangannokdu’ generated by
Moe et al. (2011), SSRs were retrieved through data mining,
including 1,848 EST sequences carrying 2,299 SSR motifs. Of
these ESTs, 1,738 (94%) were simple SSRs (perfect and imperfect)
and 110 (6%) were compound SSRs. Among the repeat motifs
detected, tri-nucleotide motifs (48%) were the most abundant,
followed by di-nucleotide motifs (25%), tetra-nucleotide motifs
(15%), hexa-nucleotide motifs (7%), and penta-nucleotide motifs
(5%). A total of 97 PCR primers were designed based on these
EST-SSRs and were successfully amplified in two mungbean
cultivars, TM96-2 and TARM-18, revealing that ∼45 and 55%
of the SSR motifs were located in CDS and untranslated regions
(UTRs), respectively. In addition, 27 randomly selected genic
SSR markers were used to analyze the genetic diversity among
20 mungbean accessions. Polymorphism was observed in 21
(78%) genic SSR markers, with a PIC value of 0.34. Chavan and
Gacche (2014) also identified EST-SSR markers based on available
sequences from the NCBI database for mungbean, including 829
ESTs, 83 GSS (genomic survey sequences), and 2,903 nucleotides.
In 2015, to enhance the efficiency of SSR isolation, SSR-enriched
libraries were constructed using six genotypes of mungbean
(ACC41, VC1973A, V2709, C01478, C01558, and C01579), and
a total of 308,509 SSRs (56.9% simple and 43.1% compound)
were discovered (Wang et al., 2015). In both studies, the most
frequently detected motifs were AC/GT and AAC/GTT

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในปีล่าสุด ความพยายามที่หลากหลายมีการพัฒนาเครื่องหมาย EST SSR ในถั่วเขียว genomics ทำงานศึกษาเครื่องหมาย SSR มาจาก ESTs มีประสิทธิภาพไม่ใช่เพราะมีอยู่ในภาคแสดงของจีโน แต่ยังเนื่องจากฝาก EST ลำดับของพืชหลายชนิดในฐานข้อมูล ให้วิธีรวดเร็ว ประหยัดค่าใช้จ่ายในการพัฒนาเครื่องหมาย Isemura et al. (2012) การเชื่อมโยงทางพันธุกรรมที่สร้างขึ้นแผนที่โดยใช้เครื่องหมาย EST SSR จากถั่วเหลือง อย่างไรก็ตาม เนื่องจากการความพร้อมของ ESTs ในสายพันธุ์ถั่วเขียวสอง (VC1973Aและ Jangannokdu), EST SSRs ตั้งแต่ได้ระบุในกลุ่มถั่วเขียว (คุปตะ et al. 2014) ใช้ 12,596 ESTลำดับจาก 'Jangannokdu' ที่สร้างขึ้นโดยจีโนไทป์ของถั่วเขียวMoe et al. (2011) SSRs ถูกเรียกใช้ผ่านการทำเหมืองข้อมูลรวมทั้งลำดับ EST 1,848 แบกลาย SSR 2,299 ของเหล่านี้ ESTs, 1,738 (94%) ได้ง่าย SSRs (สมบูรณ์ และไม่สมบูรณ์)และ 110 (6%) สาร SSRs ระหว่างลวดลายซ้ำตรวจพบ tri-นิวคลีโอไทด์ลาย (48%) ถูกสุดมากมายตาม ด้วยลวดลาย di-นิวคลีโอไทด์ (25%), tetra-นิวคลีโอไทด์มีลวดลาย(15%), ลวดลายเฮกซ่านิวคลีโอไทด์ (7%), และแบบห้องสแตนดาร์ดนิวคลีโอไทด์(5%). ทั้งหมด 97 PCR ไพรเมอร์ออกแบบมาตามนี้EST SSRs และถูกขยายเสร็จเรียบร้อยแล้วในถั่วเขียวสองสายพันธุ์ TM96-2 และ TARM-18, ∼45 ที่เปิดเผย และ 55%ของ SSR มีลวดลายอยู่ในซีดี และยังไม่ได้แปลภูมิภาค(UTRs), ตามลำดับ นอกจากนี้ 27 สุ่มเลือก genicใช้การวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมระหว่างเครื่องหมาย SSRaccessions ถั่วเขียว 20 พบว่า ความแตกต่างใน 21(78%) genic SSR เครื่องหมาย 0.34 มูลค่า PIC Chavan และGacche (2014) ยังระบุว่าเครื่องหมาย EST SSR อิงที่พร้อมใช้งานลำดับจากฐานข้อมูล NCBI สำหรับถั่วเขียว รวม 829ESTs, 83 GSS (ออกสำรวจลำดับ), และนิวคลีโอไทด์ 2,903ใน 2015 การเพิ่มประสิทธิภาพในการแยก SSR, SSR อุดมไลบรารีที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ถั่วเขียวพันธุ์หก(ACC41, VC1973A, V2709, C01478, C01558 และ C01579), และรวม 308,509 SSRs (56.9% ง่ายและ 43.1% สารประกอบ)ได้พบ (Wang et al. 2015) ในการศึกษาทั้งสอง มากที่สุดลวดลายที่พบบ่อยได้ AC/GT และ AAC/GTT

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในปีที่ผ่านมามีความพยายามที่กว้างขวางได้รับการทำในการพัฒนา
เครื่องหมาย EST-SSR ในถั่วเขียวสำหรับการศึกษาฟังก์ชั่นการทำงาน.
เครื่องหมาย SSR มาจากโคลนที่มีประสิทธิภาพไม่เพียงเพราะ
พวกเขามีอยู่ในภูมิภาคแสดงของจีโนม แต่ยัง
เพราะลำดับ EST ของพืชจำนวนมาก ชนิดที่ฝากไว้
ในฐานข้อมูลให้เป็นวิธีที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพในการพัฒนา
เครื่องหมาย Isemura et al, (2012) สร้างความเชื่อมโยงทางพันธุกรรม
แผนที่ใช้เครื่องหมาย EST-SSR จากถั่วเหลือง แต่เนื่องจาก
ความพร้อมของ ESTs ในสองพันธุ์ถั่วเขียว (VC1973A
และ Jangannokdu) EST-SSRs มีตั้งแต่ถูกระบุไว้ในจีโนมถั่วเขียว (Gupta et al., 2014) โดยใช้ 12,596 EST
ลำดับจากจีโนไทป์ถั่วเขียว 'Jangannokdu' สร้างโดย
Moe et al, (2011), SSRs ถูกดึงผ่านการทำเหมืองข้อมูล
รวมถึง 1,848 ลำดับ EST แบก 2,299 SSR ลวดลาย ของ
โคลนเหล่านี้ 1,738 (94%) เป็น SSRs ง่าย (ที่สมบูรณ์แบบและไม่สมบูรณ์)
และ 110 (6%) เป็นสารประกอบ SSRs ท่ามกลางลวดลายซ้ำ
ตรวจพบลวดลาย Tri-เบื่อหน่าย (48%) มีความอุดมสมบูรณ์มากที่สุด
ตามด้วยลวดลาย di-เบื่อหน่าย (25%), ลวดลาย Tetra เบื่อหน่าย
(15%), ลวดลาย Hexa เบื่อหน่าย (7%) และ Penta ลวดลาย -nucleotide
(5%) รวมเป็น 97 ไพรเมอร์ PCR ได้รับการออกแบบบนพื้นฐานเหล่านี้
EST-SSRs และถูกขยายประสบความสำเร็จในสองถั่วเขียว
พันธุ์ TM96-2 และ TARM-18 เผยให้เห็นว่า ~45 และ 55%
ของลวดลาย SSR อยู่ในแผ่นซีดีและภูมิภาคที่ไม่ได้แปล
( UTRs) ตามลำดับ นอกจากนี้ยังมีการสุ่มเลือก 27 Genic
เครื่องหมาย SSR ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมในหมู่
20 สายถั่วเขียว polymorphism พบว่าใน 21
(78%) เครื่องหมาย SSR Genic มีมูลค่าของ PIC 0.34 Chavan และ
Gacche (2014) นอกจากนี้ยังระบุเครื่องหมาย EST-SSR อยู่บนพื้นฐานที่มีอยู่
ลำดับจากฐานข้อมูล NCBI สำหรับถั่วเขียวรวมทั้ง 829
ESTs 83 GSS (ลำดับการสำรวจจีโนม) และ 2,903 นิวคลีโอ.
ในปี 2015 เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของ SSR แยก SSR อุดม
ห้องสมุดที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้หกสายพันธุ์ของถั่วเขียว
(ACC41, VC1973A, V2709, C01478, C01558 และ C01579) และ
รวมเป็น 308,509 SSRs (56.9% ที่เรียบง่ายและสารประกอบ 43.1%)
ถูกค้นพบ (Wang et al., 2015 ) ในการศึกษาทั้งสองมากที่สุด
ที่พบบ่อยลวดลายเป็น AC / GT และ AAC / GTT

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ใน ปี ล่าสุด ความพยายามที่กว้างขวางได้รับการทำเพื่อพัฒนาest-ssr เครื่องหมายในถั่วเขียวสำหรับการทำงานในการศึกษาได้รับเครื่องหมายที่ได้จากฐานข้อมูลที่มีประสิทธิภาพไม่เพียงเพราะพวกเขามีอยู่ในที่แสดงส่วนของโครโมโซม แต่ยังเพราะลำดับของสายพันธุ์พืชที่หลายคนฝากและในฐานข้อมูลให้มีประสิทธิภาพ เพื่อพัฒนาวิธีที่รวดเร็วเครื่องหมาย isemura et al . ( 2012 ) สร้างการเชื่อมโยงทางพันธุกรรมแผนที่การใช้ est-ssr เครื่องหมายจากถั่วเหลือง อย่างไรก็ตาม เนื่องจากความพร้อมของฐานข้อมูลใน 2 พันธุ์ถั่วเขียว ( vc1973aและ jangannokdu ) , EST ssrs มีตั้งแต่ถูกระบุในจีโนมถั่วเขียว ( Gupta et al . , 2010 ) การใช้ 12596 ���ลำดับจากพันธุกรรม " " ที่สร้างขึ้นโดย jangannokdu ถั่วเขียวโมเอะ et al . ( 2011 ) ssrs ถูกดึงผ่านการทำเหมืองข้อมูลรวมทั้ง 1848 EST ลำดับแบก 2299 SSR ลวดลาย ของฐานข้อมูลเหล่านี้ ค.ศ. 1738 ( 94 ) ssrs ง่าย ( ที่สมบูรณ์และไม่สมบูรณ์ )และ 110 ( 6 เปอร์เซ็นต์ ) มีค่า ssrs สารประกอบ ระหว่างย้ำลวดลายตรวจพบไตรนิวคลีโอไทด์ลวดลาย ( ร้อยละ 48 ) มีชุกชุมมากที่สุดตามด้วยไดนิวคลีโอไทด์ลวดลาย ( 25% ) , เตตร้านิวคลีโอไทด์ลวดลาย( 15% ) , เเบสลวดลาย ( 7% ) และ Penta นิวคลีโอไทด์ลวดลาย( 5% ) ทั้งหมด 97 PCR ไพรเมอร์ที่ออกแบบบนพื้นฐานเหล่านี้EST ssrs และเรียบร้อยแล้วขยายสองถั่วเขียวพันธุ์ และ tm96-2 tarm-18 เปิดเผยว่า ∼ 45 และ 55 เปอร์เซ็นต์ของ SSR ลายอยู่ในแผ่นซีดีและแปลภาค( utrs ) ตามลำดับ นอกจากนี้ยังทำให้เป็น 27 สุ่มเลือกเครื่องหมาย SSR วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของ20 สายพันธุ์ถั่วเขียว polymorphism พบว่าใน 21( 78% ) ทำให้เป็น SSR markers กับค่ารูป 0.34 . chavan และgacche ( 2014 ) ยังระบุเครื่องหมาย est-ssr บนพื้นฐานของลำดับจากฐานข้อมูล ncbi ถั่วเขียว รวม 829ฐานข้อมูลสนับสนุนงาน 83 ( จีโนมลำดับนิวคลีโอไทด์และสำรวจ ) , โฆษณาฟรี .ในปี 2558 เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของการแยก SSR SSR , อุดมสมบูรณ์ห้องสมุดถูกสร้างโดยใช้ถั่วเขียว 6 พันธุ์( acc41 vc1973a v2709 c01478 , , , , c01558 และ c01579 )รวม 308509 ssrs ( 56.9 % ง่ายและ 43.1 % ผสม )ถูกค้นพบ ( Wang et al . , 2015 ) ทั้งการศึกษา มากที่สุดมักตรวจพบลวดลายเป็น AC / AAC / gtt GT และ