Molecular identification of yeastsT

Molecular identification of yeasts
The chromosomal DNA was purified from cultures of
each yeast isolate and the D1/D2 region of 26S rDNA
and the ITS1-5.8S- ITS2 (hereafter designated the ITS
region for simplicity) regions of the rDNA were amplified
by PCR. The amplicons obtained were purified
from gels and sequenced on both strands. Isolates
showing 100% identity in both rDNA sequences were
grouped and their DNA sequences were submitted to
GenBank under the accession numbers listed in
Table 1. Species identification was performed by comparison
with the GenBank references, using as criterion
the Blast-hits with ≤ 0.5% difference with the
query [14]. In 84% of the isolates the closest Blast-hits
obtained for both rDNA sequences were coincident.
When this was not the case, the D1/D2 results were
used for identification because they yielded higher
identity percentages than did the ITS (see Additional
file 1). 76% of the isolates could be identified to species
level by this molecular analysis. 22 species belonging
to12 genera were identified, of which 80 and 20%
were Basidiomycetes and Ascomycetes, respectively.
The genera containing the highest number of species
were Mrakia (5 species) and Cryptococcus (4 species).
However, the species Sporidiobolus salmonicolor was
the most abundant, being identified in 24 isolates from
13 different sampling sites. Mrakia gelida was the only
yeast species present in both water and soil samples.
Of the three isolates identified as Leuconeurospora sp.,
two of them (T11Cd2 and T27Cd2) possessed identical
D1/D2 and ITS sequences, both of which differed from
the third (T17Cd1) by 0.7%. However, the macromorphological
characteristics of the three isolates, including
pigmentation, differed markedly under identical
culture conditions (see Additional file 2). Because of
these discrepancies, the molecular and morphological
analyses were repeated several times, but the results
were highly consistent. The carbon source assimilation
pattern also differed between the isolates, as will be
discussed later.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสโมเลกุลของ yeasts
DNA ของโครโมโซมที่บริสุทธิ์จากวัฒนธรรมของ
ละยีสต์แยกและภูมิภาคง 1/D2 ของ 26S rDNA
ITS1 และ -5.8S-ITS2 (ปรโลกกำหนดของ
ภูมิภาคราย) ได้ขยายขอบเขตของ rDNA
โดย PCR Amplicons รับได้บริสุทธิ์
จากเจ และตามลำดับในทั้งสอง แยก
แสดงตัวตน 100% ทั้งสองลำดับ rDNA ถูก
จัดกลุ่ม และลำดับดีเอ็นเอของพวกเขาถูกส่งไปที่
GenBank ภายใต้หมายเลขทะเบียนที่แสดงรายการอยู่ใน
1 ตาราง ชนิดรหัสถูกดำเนินการโดยการเปรียบเทียบ
อ้างอิง GenBank ใช้เป็นเงื่อนไข
ฮิตระเบิดกับ≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
สอบถาม [14] 84% ของการแยกใกล้ระเบิดฮิต
รับสำหรับทั้งสองลำดับ rDNA ถูกตรง
เมื่อนี้ไม่ใช่กรณี ง 1/D2 ก็
ใช้สำหรับรหัสเนื่องจากพวกเขาให้ผลสูง
เปอร์เซ็นต์ตัวมากกว่าของไม่ได้ (ดูเพิ่มเติม
ไฟล์ 1) สามารถระบุ 76% ของการแยกการพันธุ์
ระดับ โดยวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ได้ 22 สปีชีส์ของ
to12 สกุลระบุ 80 ที่ และ 20%
ถูก Basidiomycetes และ Ascomycetes ตามลำดับ.
สกุลที่ประกอบด้วยจำนวนสูงสุดของสายพันธุ์
ถูก Mrakia (5 ชนิด) และ Cryptococcus (4 ชนิด) .
ไร พันธุ์ Sporidiobolus salmonicolor ถูก
ที่อุดมสมบูรณ์มากที่สุด มีการระบุใน 24 แยกจาก
13 ไซต์สุ่มที่แตกต่างกัน Mrakia gelida เดียว
แสดงสายพันธุ์ยีสต์ในน้ำและดินตัวอย่าง
ของสามแยกเป็น sp. Leuconeurospora,
สองของพวกเขา (T11Cd2 และ T27Cd2) ต้องเหมือนกัน
ง 1/D2 และลำดับของ ซึ่งทั้งสองแตกต่างจาก
สาม (T17Cd1) 0.7% อย่างไรก็ตาม macromorphological
ลักษณะของสามแยก รวม
ผิวคล้ำ แตกต่างอย่างเด่นชัดภายใต้เหมือนกัน
วัฒนธรรมเงื่อนไข (ดูแฟ้มเพิ่มเติม 2) เนื่องจาก
ความขัดแย้งเหล่านี้ โมเลกุล และสัณฐาน
วิเคราะห์ได้ซ้ำหลายครั้ง แต่ผล
สูงสอด การผสานกลืนแหล่งคาร์บอน
รูปยังแตกต่างระหว่างแยกได้ เท่าที่จะเป็น
กล่าวถึงในภายหลัง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ระบุโมเลกุลของยีสต์
ดีเอ็นเอโครโมโซมบริสุทธิ์จากวัฒนธรรมของ
แต่ละสายพันธุ์ยีสต์และภูมิภาค D1 / D2 ของ 26S rDNA
และ ITS1-5.8S- ITS2 (กำหนดอนาคตของ
ภูมิภาคสำหรับความเรียบง่าย) ภูมิภาคของ rDNA ถูกขยาย
โดยวิธี PCR amplicons ได้มาบริสุทธิ์
จากเจลและติดใจในเส้นทั้ง แยก
แสดงตัว 100% ทั้งในลำดับ rDNA ถูก
จัดกลุ่มและลำดับดีเอ็นเอของพวกเขาถูกส่งไปยัง
GenBank ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติที่ระบุไว้ใน
ตารางที่ 1 การระบุสายพันธุ์ได้รับการดำเนินการโดยการเปรียบเทียบ
กับการอ้างอิง GenBank ใช้เป็นเกณฑ์
ระเบิดฮิตกับ≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
การค้นหา [14] ใน 84% ของสายพันธุ์ที่ใกล้เคียงที่สุดฮิตระเบิด
ได้ทั้งลำดับ rDNA มีประจวบ
เมื่อนี้ไม่ได้เป็นกรณีที่ผล D1 / D2 ถูก
นำมาใช้เพื่อระบุตัวตนเพราะพวกเขายอมแพ้ที่สูงขึ้น
ร้อยละเอกลักษณ์กว่าอย (ดูเพิ่มเติม
ไฟล์ 1 ) 76% ของสายพันธุ์ที่อาจจะมีการระบุสายพันธุ์
โดยการวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ 22 ชนิดที่เป็น
to12 จำพวกถูกระบุที่ 80 และ 20%
เป็น Basidiomycetes และ Ascomycetes ตามลำดับ
จำพวกที่มีจำนวนมากที่สุดของสายพันธุ์ที่
มี Mrakia (5 ชนิด) และ Cryptococcus (4 ชนิด)
แต่สายพันธุ์ salmonicolor Sporidiobolus เป็น
ที่มีมากที่สุดถูกระบุไว้ใน 24 สายพันธุ์จาก
13 สถานที่สุ่มตัวอย่างที่แตกต่างกัน Mrakia Gelida เป็นเพียง
สายพันธุ์ยีสต์ที่อยู่ในน้ำและดินทั้งตัวอย่าง
ของทั้งสามสายพันธุ์ระบุว่าเป็น Leuconeurospora sp.
พวกเขาทั้งสอง (T11Cd2 และ T27Cd2) มีเหมือนกัน
D1 / D2 และลำดับของทั้งสองที่แตกต่างไปจาก
ที่สาม ( T17Cd1) 0.7% อย่างไรก็ตาม macromorphological
ลักษณะของทั้งสามสายพันธุ์รวมทั้งการ
สร้างเม็ดสีที่แตกต่างอย่างโดดเด่นภายใต้เหมือนกัน
เงื่อนไขวัฒนธรรม (ดูเพิ่มเติมของแฟ้ม 2) เพราะ
ความแตกต่างเหล่านี้โมเลกุลและก้าน
วิเคราะห์ได้ซ้ำหลายครั้ง แต่ผลที่ได้
มีความสอดคล้องอย่างมาก การดูดซึมแหล่งคาร์บอน
รูปแบบที่มีความแตกต่างสายพันธุ์ที่จะได้รับการ
กล่าวถึงในภายหลัง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การระบุโมเลกุลของดีเอ็นเอของโครโมโซมของยีสต์บริสุทธิ์จาก

แต่ละวัฒนธรรมของยีสต์ไอโซเลทและ D1 / D2 ภูมิภาค 26 ชนิด และ its1-5.8s
- its2 ( ต่อเขตของเขตภูมิภาค
ความเรียบง่าย ) ของ rDNA ถูกขยาย
โดย PCR ที่ได้มีความบริสุทธิ์ amplicons
จากเจลและลำดับในการถัก ไอโซเลต
แสดง 100% ตัวตนทั้งสองชนิดถูก
จัดกลุ่มและลำดับ DNA ของพวกเขาถูกส่งไปยัง
5% ภายใต้การครอบครองตัวเลขที่ระบุไว้ใน
โต๊ะ 1 การจำแนกสายพันธุ์โดยใช้การเปรียบเทียบกับขนาด

ใช้เป็นเกณฑ์อ้างอิง ฮิตระเบิด≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
query [ 14 ] ใน 84% ของสายพันธุ์ที่ใกล้ฮิตระเบิด
ได้ทั้งชนิดมีเหตุบังเอิญ .
เมื่อนี้ไม่ได้กรณีD1 / D2 ผลลัพธ์
ใช้รหัสเพราะพวกเขาให้ค่าที่สูงกว่าแล้วค่า
ตัวตนของมัน ( ดูแฟ้มเพิ่มเติม
1 ) 76% ของเชื้อจะถูกระบุในระดับสปีชีส์
โดยการวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ 22 ชนิดที่ถูกระบุ
– 12 สกุล ซึ่ง 80 และ 20 %
( Basidiomycetes และแอ คไมซีตีส ตามลำดับ
สกุลที่มีจำนวนสูงสุดของสายพันธุ์
เป็น mrakia ( 5 ชนิด ) และคริปโตคอคคัส ( 4 ชนิด ) .
แต่ชนิด sporidiobolus salmonicolor คือ
ชุกชุมมากที่สุด มีการระบุใน 24 ไอโซเลทจาก
13 ที่แตกต่างกัน 2 เว็บไซต์ mrakia gelida เป็นยีสต์ชนิดปัจจุบันเท่านั้น
ทั้งในน้ำและดิน .
ของ 3 สายพันธุ์ที่ระบุว่าเป็น leuconeurospora sp . ,
2 คน ( t11cd2 แล้วเหมือนกัน
t27cd2 ) ครอบครองD1 / D2 และลำดับทั้งสองซึ่งแตกต่างจาก
3 ( t17cd1 ) โดย 0.7% อย่างไรก็ตาม ลักษณะของ macromorphological
3 สายพันธุ์ รวมทั้ง
สี แตกต่างอย่างเด่นชัดภายใต้เงื่อนไขวัฒนธรรมเหมือนกัน
( ดูแฟ้มเพิ่มเติม 2 ) เพราะ
ความขัดแย้งเหล่านี้ ระดับโมเลกุลและสัณฐานวิทยา
วิเคราะห์ข้อมูลซ้ำหลายๆ ครั้ง แต่ผลลัพธ์
มีความสอดคล้องอย่างมากแหล่งคาร์บอนที่แตกต่างกันระหว่างการ
รูปแบบยังสามารถที่จะ
กล่าวถึงในภายหลัง