2.5. LAB-ARISA ARISA was carried o

2.5. LAB-ARISA
ARISA was carried out with the universal bacteria primer described by Fisher and Triplett (1999).DNA (~20-50 ng) extracted from the cheese and pure culture was amplified in a PCR reaction containing 1x iProof HF buffer, 400 µM of each dNTP, 0.01 U iProof High Fidelity DNA Polymerase (Biorad, Hercules, CA, USA) in a final volume of 20 µl. PCR amplification was performed by iCycler thermal cycler (Biorad) as described previously (Porcellato et al., 2014). One µl of final PCR product was denaturated with 10 µl of highly deionized formamide (Applied Biosystems, Carlsbad, California) and mixed with 0.4 µl of custom 100 to 2000 bp standard labeled with Rhodamine X (Bioventures, Murfreeboro, Tn, USA). Sample for ARISA analysis were submitted to the University of Wisconsin-Madison Biotech Center for denaturing capillary electrophoresis in an ABI 3700 Genetic Analyzed (John et al., 2007). Length and area of the fragments were analyzed with Peak Scanner™ Solfware v.10 (Applied biosystems) as described by Porcellato et al. (2014). Identification of the LAB-operational taxonomic units (LAB-OTU) was previously creates database of known cheese related-LAB OTUs (Porcellato et al., 2014). Analysis of similarities (ANOSIM) was performed with R statistic sofeware version 2.14.2 (http://www.r-project.org).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.5. แล็บ ARISA ARISA ได้ดำเนินการด้วยแบคทีเรียสากลที่อธิบาย โดยฟิชเชอร์และ Triplett (1999) ดีเอ็นเอ (~ 20-50 ฉบับ) สกัดจากชีส และวัฒนธรรมบริสุทธิ์ถูกขยายในปฏิกิริยา PCR ที่ประกอบด้วยบัฟเฟอร์ x iProof HF 1, 400 µM ของ dNTP แต่ละ U iProof 0.01 ความเที่ยงตรงสูงดีเอ็นเอพอลิเมอเรส (Biorad เฮอร์คิวลิส CA, USA) ในไดรฟ์ข้อมูลสุดท้ายของ µl. 20 กระบือทำ โดย iCycler ความร้อน cycler (Biorad) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Porcellato et al. 2014) µL หนึ่งของผลิตภัณฑ์ PCR ขั้นสุดท้ายคือ denaturated กับ 10 µl ของ formamide จุสูง (ใช้ศาสตร์เชิงชีวภาพ คาร์ลบาด แคลิฟอร์เนีย) และผสมกับ 0.4 µl มาตรฐาน bp 100 ถึง 2000 แบบกำหนดเองติดป้าย Rhodamine X (Bioventures, Murfreeboro, Tn สหรัฐอเมริกา) ตัวอย่างสำหรับวิเคราะห์ ARISA ส่งมาที่ศูนย์ไบโอเทคมหาวิทยาลัยวิสคอนซินเมดิสัน denaturing อิฝอยในการ ABI 3700 พันธุกรรมวิเคราะห์ (John et al. 2007) ความยาวและพื้นที่ของชิ้นส่วนถูกวิเคราะห์ ด้วย Peak Scanner™ Solfware v.10 (ใช้ศาสตร์เชิงชีวภาพ) ตามที่อธิบายไว้โดย Porcellato et al. (2014) การระบุของหน่วยอนุกรมวิธานการดำเนินงานห้องปฏิบัติการ (แล็บ OTU) คือก่อนหน้านี้สร้างฐานข้อมูลของชีรู้จัก OTUs แล็บที่เกี่ยวข้อง (Porcellato et al. 2014) ดำเนินการวิเคราะห์ความคล้ายคลึง (ANOSIM) กับ R รุ่น sofeware สถิติ 2.14.2 (http://www.r-project.org)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.5 ห้องปฏิบัติการ Arisa
Arisa ได้ดำเนินการกับแบคทีเรียสากลไพรเมอร์อธิบายโดยฟิชเชอร์และ Triplett (1999) .DNA (~ 20-50 NG) สกัดจากชีสและวัฒนธรรมบริสุทธิ์ถูกขยายในปฏิกิริยา PCR ที่มี 1x iProof HF บัฟเฟอร์ 400 ไมครอน ของแต่ละ dNTP 0.01 U iProof ไฮไฟ DNA Polymerase (Biorad ดาว, CA, USA) ในปริมาณสุดท้ายของ 20 ไมโครลิตร ขยาย PCR ได้ดำเนินการโดย iCycler Cycler ความร้อน (Biorad) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Porcellato et al., 2014) หนึ่งไมโครลิตรของผลิตภัณฑ์ PCR สุดท้ายก็ denaturated 10 ไมโครลิตรของ formamide deionized สูง (Applied Biosystems, คาร์ลส, แคลิฟอร์เนีย) และผสมกับ 0.4 ไมโครลิตรกำหนดเอง 100 ถึงมาตรฐาน BP 2000 ที่มีป้ายกำกับโรดามีน X (BIOVENTURES, Murfreeboro, TN, USA) ตัวอย่างสำหรับการวิเคราะห์ Arisa ถูกส่งไปยังมหาวิทยาลัยวิสคอนซินแมดิสันไบโอเทคศูนย์ denaturing electrophoresis เส้นเลือดฝอยใน ABI 3700 พันธุกรรมวิเคราะห์ (จอห์น et al., 2007) ความยาวและพื้นที่ของชิ้นส่วนที่ถูกวิเคราะห์ด้วยเครื่องสแกนเนอร์ยอด™สำเร็จรูป V.10 (แอพพลายด์) ตามที่อธิบาย Porcellato et al, (2014) บัตรประจำตัวของห้องปฏิบัติการการดำเนินงานหน่วยอนุกรมวิธาน (LAB-OTU) ก่อนหน้านี้ได้รับการสร้างฐานข้อมูลของชีสที่รู้จักกันที่เกี่ยวข้อง-LAB Otus (Porcellato et al., 2014) การวิเคราะห์ความคล้ายคลึงกัน (ANOSIM) ได้ดำเนินการกับรุ่น R สถิติ sofeware 2.14.2 (http://www.r-project.org)