2. Materials and methods2.1. Phyllo

2. Materials and methods
2.1. Phyllody isolates and nucleic acid extraction

Ten phyllody disease affected black pepper samples collected from Kozhikode District of Kerala state, India were used in this study. Spikes collected from asymptomatic black pepper plants from Kannur District of Kerala state, India were used as healthy control. Total DNAs were extracted from healthy and malformed black pepper spikes using DNA Plant kit (Macherey-Nagel, Duren, Germany). Total DNAs extracted from a known phytoplasma (periwinkle little leaf) was used as positive control. Water control (without template DNA) was also included in all the PCR reaction to check for contamination if any.

2.2. Nested PCR

The total genomic DNA was subjected to nested PCR using universal primers designed to amplify a specific sequence within the 16S rDNA of phytoplasmas (Gundersen and Lee, 1996). Primers P6 (5′ CGGTAGGGATCACTTGTTACGACTTA 3′) (Deng and Hiruki, 1991) and SN910601 (5′ CGAAAAAACCTTACCAGGTCTTTG 3′) (Namba et al., 1993) were used for the first round amplification of the 16S rDNAs. For the second round, to amplify an internal fragment of the 16S rDNA, primers R16F2n (5′ GAAACGACTGCTAAGACTGG 3′) corresponding to bases 144–163 and R16R2 (5′ TGACGGGCGGTGTGTACAAACCCCG 3′) corresponding to bases 1365–1386 (Lee et al., 1993) were used. The PCR reaction (100 μl) contained 200 ng each of the primers, 2.5 units Taq Polymerase 1× PCR buffer, 1.25 mM MgCl2 and 10 μM each of the dNTPs. PCR mix (27 μl) containing the above components was added to the tubes containing the template DNA (73 μl) resulting in a final reaction volume of 100 μl. Amplification was performed in an automated thermal cycler (Eppendorf Master Cycler Gradient) programmed for one cycle of 94 °C for 3 min followed by 35 cycle reaction profile involving 30 s of denaturation at 94 °C, 60 s of annealing at 53 °C and 90 s of extension at 72 °C and single cycle of final extension at 72 °C for 10 min for the first round amplification. The reaction product (1 μl) of first round amplification was used as template for the second round of amplification with similar reaction profile except for the annealing step, which was carried out at 56 °C (instead of 53 °C).

2.3. Cloning of PCR product and sequencing

Following PCR, reaction products were analysed by 1% agarose gel electrophoresis in Tris–acetate EDTA (TAE) buffer containing ethidium bromide (0.4 μg/ml). DNA was visualized and photographed using a UV transilluminator and a gel documentation apparatus (Alpha Innotech Corporation, CA, USA). 500 bp ladder was used as a size standard. The PCR product was purified using Strata Prep PCR purification kit (Stratagene, LaJolla, CA, USA) followed by polishing the purified PCR product using Pfu DNA Polymerase (Stratagene, LaJolla, CA, USA) and dNTP mix. The resultant product was then cloned into pPCR Script Amp SK (+) cloning vector using pPCR Script Amp SK (+) cloning vector kit (Stratagene, LaJolla, CA, USA) and competent Escherichia coli (strain DH5α) were transformed by following standard molecular biology procedures ( Sambrook and Russell, 2001). Recombinant clones were identified by restriction endonuclease digestion, and selected clones were sequenced with automated sequencing of Applied Biosystems (ABI prism) following dideoxy chain terminator sequencing protocol (Perkin-Elmer).

2.4. Sequence analyses

Sequence data were compiled using Seqaid Version 3.6 (Rhoads and Roufa, 1985). Multiple sequence alignments were made using Clustal W (Thompson et al., 1994). Phylogenetic tree was constructed by Neighborhood Joining Bootstrap method (Bootstrap analysis with 1000 replicates) in Clustal X (1.81) and rooted tree was generated using TREEVIEW software (Win 32) (Page, 1996). The 16S rDNA nucleotide sequences of other phytoplasma isolates used for comparison (Table 1) were obtained from GenBank (Benson et al., 1999). The BLAST programme (Altschul et al., 1997) was used to identify related sequences available from the GenBank database.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. วัสดุและวิธีการ2.1. phyllody แยกและสกัดกรดนิวคลีอิกตัวอย่างพริกได้รับผลกระทบโรค phyllody สิบที่รวบรวมจากอำเภอกอซิโกดเกรละรัฐ อินเดียถูกใช้ในการศึกษานี้ Spikes ที่รวบรวมจากพริกไทยดำแสดงอาการที่ใช้เป็นอาหารเสริมเพื่อสุขภาพควบคุมพืชจากอำเภอ Kannur เกรละรัฐ อินเดีย รวม DNAs ถูกสกัดจากพริกไทยมีสุขภาพดี และมี spikes ใช้ชุดดีเอ็นเอพืช (Macherey Nagel, Duren เยอรมนี) รวมสกัดจาก phytoplasma รู้จัก DNAs (periwinkle น้อยใบ) ถูกใช้เป็นตัวควบคุมค่าบวก ควบคุมน้ำ (ไม่ มีแม่แบบดีเอ็นเอ) นอกจากนี้ยังรวมอยู่ในปฏิกิริยา PCR เพื่อตรวจสอบถ้ามีการปนเปื้อน2.2 การซ้อน PCRDNA genomic รวมถูกยัดเยียดให้ซ้อน PCR โดยใช้ไพรเมอร์สากลมาขยายลำดับเฉพาะภายใน rDNA 16S ของ phytoplasmas (Gundersen และลี 1996) P6 ไพรเมอร์ (5′ CGGTAGGGATCACTTGTTACGACTTA 3′) (เต็งและ Hiruki, 1991) และ SN910601 (5′ CGAAAAAACCTTACCAGGTCTTTG 3′) ใช้สำหรับขยายรอบแรกของ 16S rDNAs (นัมบะ et al., 1993) รอบสอง ขยายเป็นส่วนภายในของ 16S rDNA ไพรเมอร์ R16F2n (5′ GAAACGACTGCTAAGACTGG 3′) ที่สอดคล้องกับฐาน 144 – 163 และ R16R2 (5′ TGACGGGCGGTGTGTACAAACCCCG 3′) ที่สอดคล้องกับฐาน 1365 – เมืองไฮเดลแบรก (Lee et al., 1993) ได้ใช้ (100 μl) ปฏิกิริยา PCR ประกอบด้วย 200 ng แต่ละของไพรเมอร์ 2.5 หน่วย× Taq พอลิเมอเรส 1 PCR บัฟเฟอร์ 1.25 mM MgCl2 และ 10 μM ละของ dNTPs ผสม PCR (27 μl) ประกอบด้วยส่วนประกอบข้างต้นได้เพิ่มหลอดที่ประกอบด้วยดีเอ็นเอแม่แบบ (73 μl) ในปริมาณปฏิกิริยาสุดท้ายของ 100 μl ทำการขยายในการอัตโนมัติร้อน cycler (ไล่ระดับหลัก Eppendorf Cycler) โปรแกรมสำหรับวงจรหนึ่งของ 94 ° C สำหรับ 3 นาทีตาม ด้วยโพรไฟล์ปฏิกิริยารอบ 35 รวม 30 s denaturation ที่ 94 ° C, 60 ของการอบเหนียวที่ 53 ° C และ 90 ของส่วนขยายที่ 72 ° C และรอบเดียวของส่วนขยายสุดท้ายที่ 72 ° C สำหรับ 10 นาทีสำหรับขยายรอบแรก ผลิตภัณฑ์ปฏิกิริยา (1 μl) ของขยายรอบแรกถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับรอบสองของขยายกับส่วนกำหนดค่าปฏิกิริยาคล้ายกันยกเว้นการหลอมขั้นตอน ซึ่งที่ 56 ° C (แทน 53 ° C)2.3 การโคลนผลิตภัณฑ์ PCR และลำดับต่อ PCR ผลิตภัณฑ์ปฏิกิริยาถูก analysed โดย 1% agarose เจ electrophoresis ในบัฟเฟอร์ acetate ตรี – EDTA (เต้) ประกอบด้วยโบรไมด์ ethidium (0.4 μg/ml) ดีเอ็นเอมี visualized และถ่ายภาพโดยใช้ UV transilluminator และเครื่องมือเอกสารเจล (บริษัทอัลฟา Innotech, CA, USA) 500 bp บันไดที่ใช้เป็นขนาดมาตรฐาน ผลิตภัณฑ์ PCR ได้บริสุทธิ์โดยใช้ PCR ชั้นเตรียมฟอกชุด (Stratagene, LaJolla, CA, USA) ตาม ด้วยขัดผลิตภัณฑ์ PCR บริสุทธิ์ใช้ผสม dNTP Pfu ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส (Stratagene, LaJolla, CA, USA) ผลิตภัณฑ์ผลแก่ถูกแล้วโคลนเป็น pPCR Amp สคริปต์ SK (+) โคลนเวกเตอร์โดยใช้การ pPCR สคริปต์แอมป์ SK (+) โคลนชุดเวกเตอร์ (Stratagene, LaJolla, CA, USA) และมีเปลี่ยนอำนาจ Escherichia coli (ต้องใช้ DH5α) โดยทำตามขั้นตอนมาตรฐานอณูชีววิทยา (Sambrook และรัสเซล 2001) ระบุโคลน recombinant โดยย่อยอาหาร endonuclease จำกัด และเลือกโคลนถูกเรียงลำดับ โดยลำดับอัตโนมัติของ Biosystems ใช้ (ABI ปริซึม) ต่อ dideoxy โซ่เทอร์มิเนเตอร์ลำดับโพรโทคอล (เพอร์เอลเมอ)2.4 การลำดับวิเคราะห์ข้อมูลลำดับถูกคอมไพล์โดยใช้ Seqaid เวอร์ชัน 3.6 (Rhoads และ Roufa, 1985) จัดลำดับหลายแนวได้ทำการใช้ W Clustal (ทอมป์สันและ al., 1994) Phylogenetic tree ถูกสร้าง โดยวิธีพื้นที่ใกล้เคียงเข้าร่วม Bootstrap (เริ่มต้นระบบวิเคราะห์ ด้วยเหมือนกับ 1000) ใน Clustal X (1.81) และรากต้นไม้โดย TREEVIEW ซอฟต์แวร์ (ชนะ 32) (หน้า 1996) ลำดับ 16S rDNA การนิวคลีโอไทด์ของอื่น ๆ phytoplasma แยกใช้สำหรับการเปรียบเทียบ (ตาราง 1) ได้รับจาก GenBank (Benson et al., 1999) โปรแกรมระเบิด (Altschul และ al., 1997) ถูกใช้เพื่อระบุลำดับที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูลของ GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2. วัสดุและวิธีการ
2.1 Phyllody แยกและการสกัดกรดนิวคลีอิกสิบโรคphyllody ได้รับผลกระทบตัวอย่างพริกไทยดำที่เก็บรวบรวมจากเขต Kozhikode แห่งรัฐเกรละอินเดียถูกนำมาใช้ในการศึกษานี้ แหลมที่เก็บได้จากพืชพริกไทยดำไม่มีอาการจากนูร์เขตรัฐเกรละอินเดียถูกนำมาใช้เป็นตัวควบคุมที่มีสุขภาพดี DNAs ทั้งหมดถูกสกัดจากสุขภาพดีและไม่ถูกต้องแหลมพริกไทยดำโดยใช้ชุดดีเอ็นเอ Plant (Macherey-แจคกี้ Duren, เยอรมนี) รวมดีเอ็นเอที่สกัดจาก phytoplasma ที่รู้จักกัน (หอยขมใบเล็ก ๆ ) ถูกนำมาใช้เป็นตัวควบคุมในเชิงบวก การควบคุมน้ำ (ไม่ดีเอ็นเอแม่แบบ) ก็รวมอยู่ในทุกปฏิกิริยา PCR ในการตรวจสอบการปนเปื้อนถ้ามี. 2.2 PCR ซ้อนดีเอ็นเอจีโนมทั้งหมดที่ถูกยัดเยียดให้PCR ที่ซ้อนกันโดยใช้ไพรเมอร์สากลที่ออกแบบมาเพื่อขยายลำดับที่เฉพาะเจาะจงภายใน 16S rDNA ของไฟโตพลาสมา (Gundersen และลี, 1996) ไพรเมอร์ P6 (5 'CGGTAGGGATCACTTGTTACGACTTA 3') (เติ้งและ Hiruki, 1991) และ SN910601 (5 'CGAAAAAACCTTACCAGGTCTTTG 3') (Namba et al., 1993) ถูกนำมาใช้สำหรับการขยายรอบแรกของ 16S rDNAs สำหรับรอบที่สองเพื่อขยายชิ้นส่วนภายในของ 16S rDNA ไพรเมอร์ R16F2n (5 'GAAACGACTGCTAAGACTGG 3') ที่สอดคล้องกับฐาน 144-163 และ R16R2 (5 'TGACGGGCGGTGTGTACAAACCCCG 3') ที่สอดคล้องกับฐาน 1365-1386 (Lee et al, , 1993) ถูกนำมาใช้ ปฏิกิริยา PCR (100 ไมโครลิตร) ที่มี 200 ng แต่ละไพรเมอร์ 2.5 หน่วย Taq โพลิเมอร์ 1 ×บัฟเฟอร์ PCR 1.25 มิลลิ MgCl2 และ 10 ไมครอนแต่ละ dNTPs ผสม PCR (27 ไมโครลิตร) ที่มีส่วนประกอบดังกล่าวข้างต้นถูกบันทึกอยู่ในท่อที่มีแม่แบบดีเอ็นเอ (73 ไมโครลิตร) ส่งผลให้ปริมาณการเกิดปฏิกิริยาสุดท้ายของ 100 ไมโครลิตร ขยายได้ดำเนินการใน Cycler ความร้อนอัตโนมัติ (Eppendorf โท Cycler ไล่โทนสี) โปรแกรมสำหรับหนึ่งรอบ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 3 นาทีตามด้วย 35 รอบรายละเอียดปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับวันที่ 30 ของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 94 ° C 60 ของการอบที่ 53 องศาเซลเซียสและ 90 ของส่วนขยายที่ 72 องศาเซลเซียสและรอบเดียวของการขยายสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาทีสำหรับการขยายรอบแรก ผลิตภัณฑ์ปฏิกิริยา (1 ไมโครลิตร) ของการขยายรอบแรกถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับรอบที่สองของการขยายปฏิกิริยากับโปรไฟล์ที่คล้ายกันยกเว้นสำหรับขั้นตอนการอบซึ่งได้ดำเนินการที่ 56 ° C (แทน 53 ° C). 2.3 โคลนของผลิตภัณฑ์ PCR และลำดับต่อไปนี้PCR ผลิตภัณฑ์ปฏิกิริยาวิเคราะห์ 1% agarose ข่าวคราวใน EDTA Tris-acetate (TAE) บัฟเฟอร์ที่มี ethidium bromide (0.4 g / ml) ดีเอ็นเอถูกมองเห็นและถ่ายภาพโดยใช้ transilluminator รังสียูวีและอุปกรณ์เอกสารเจล (อัลฟา Innotech คอร์ปอเรชั่น, CA, USA) 500 bp บันไดที่ใช้เป็นขนาดมาตรฐาน ผลิตภัณฑ์ PCR บริสุทธิ์โดยใช้ชุดฟอกชั้นเตรียม PCR (Stratagene, LaJolla, CA, USA) ตามด้วยการขัดผลิตภัณฑ์ PCR บริสุทธิ์โดยใช้ Pfu ดีเอ็นเอโพลิเมอร์ (Stratagene, LaJolla, CA, USA) และการผสมผสาน dNTP ผลิตภัณฑ์ผลเป็นโคลนแล้วเป็น pPCR สคริปต์แอมป์เอสเค (+) โคลนเวกเตอร์ใช้ pPCR สคริปต์แอมป์เอสเค (+) โคลนชุดเวกเตอร์ (Stratagene, LaJolla, CA, USA) และมีอำนาจเชื้อ Escherichia coli (สายพันธุ์DH5α) ถูกเปลี่ยนโดยทำตามโมเลกุลมาตรฐาน ขั้นตอนทางชีววิทยา (Sambrook และรัสเซล, 2001) โคลน recombinant ถูกระบุข้อ จำกัด endonuclease การย่อยอาหารและโคลนที่เลือกมีลำดับขั้นตอนที่มีการเรียงลำดับอัตโนมัติของ Applied Biosystems (ปริซึม ABI) ดังต่อไปนี้เทอร์มิโซ่ dideoxy โปรโตคอลลำดับ (เพอร์กินเอลเมอ). 2.4 ลำดับวิเคราะห์ข้อมูลลำดับถูกรวบรวมโดยใช้ Seqaid เวอร์ชั่น 3.6 (โรดห์และ Roufa, 1985) การจัดแนวหลายลำดับที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ Clustal วัตต์ (ธ อมป์สัน et al., 1994) Phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นจากพื้นที่ใกล้เคียงเข้าร่วมวิธีการบูต (วิเคราะห์ Bootstrap 1000 ซ้ำ) ใน Clustal X (1.81) และต้นไม้ที่หยั่งรากถูกสร้างขึ้นโดยใช้ซอฟต์แวร์ TREEVIEW (Win 32) (หน้า 1996) 16S rDNA ลำดับเบสของแยก phytoplasma อื่น ๆ ที่ใช้สำหรับการเปรียบเทียบ (ตารางที่ 1) ที่ได้รับจาก GenBank (เบนสัน et al., 1999) โปรแกรม BLAST (Altschul et al., 1997) ถูกนำมาใช้เพื่อระบุลำดับที่เกี่ยวข้องที่มีอยู่จากฐานข้อมูล GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2 . วัสดุและวิธีการ
2.1 . phyllody ไอโซเลทและการสกัดกรดนิวคลีอิก

10 phyllody โรคได้รับผลกระทบจำนวนพริกไทยดำจาก Kozhikode District ของ Kerala รัฐอินเดีย กลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ แหลมที่รวบรวมจากพืชพริกไทยหรือจากนูร์ตำบล Kerala รัฐอินเดียที่ใช้ควบคุมสุขภาพจำเพาะทั้งหมดสกัดจากสุขภาพและ spikes พริกไทยดำผิดแบบน่ะซี่โดยใช้ชุดพืช DNA ( macherey นาเกล ดูเรน , เยอรมนี ) แถบรวมสารสกัดจากรู้จักไฟโตพลาสมา ( แพงพวยใบเล็ก ) ใช้เป็นตัวควบคุมบวก ควบคุมน้ำ ( ไม่มีดีเอ็นเอแม่แบบ ) ก็รวมอยู่ในทั้งหมดเพื่อตรวจหาเพื่อตรวจสอบการปนเปื้อนใด ๆ .

. . ที่ซ้อนกัน )

ดีเอ็นเอจีโนมทั้งหมดอยู่ภายใต้วิธี PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาเพื่อกันถ้วนหน้า โดยเฉพาะภายในลำดับ 16S rDNA ของ phytoplasmas ( กันเดอร์เซน และ ลี , 1996 ) ไพรเมอร์ ( 5 ’’ cggtagggatcacttgttacgactta P6 3 ) ( เติ้งและ hiruki , 1991 ) และ sn910601 ( 5 ’’ cgaaaaaaccttaccaggtctttg 3 ) ( นัมบะ et al . , 1993 ) ถูกใช้เพื่อเพิ่มจำนวนรอบแรกของ 16S rdnas .สำหรับรอบสอง จะขยายเป็นส่วนภายในของ 16S rDNA , ไพรเมอร์ r16f2n ( 5 ’’ gaaacgactgctaagactgg 3 ) สอดคล้องกับฐาน 144 –แล้ว r16r2 ( 5 ’’ tgacgggcggtgtgtacaaaccccg 3 ) สอดคล้องกับฐาน 1365 – 1386 ( ลี et al . , 1993 ) สถิติที่ใช้ การตรวจปฏิกิริยา ( 100 μ L ) ที่มีอยู่ 200 นาโนแต่ละของไพรเมอร์ 2.5 หน่วยได้ดีวิธี PCR buffer 1 × 1ชุด 25 มม. และ 10 μ M ของแต่ละ dntps . เชื้อผสม ( 27 μ L ) ที่มีส่วนประกอบข้างต้นถูกเพิ่มลงในหลอดที่มีแม่แบบดีเอ็นเอ ( 73 μ L ) ส่งผลให้ปริมาณปฏิกิริยาสุดท้ายของ 100 μ Lในการปฏิบัติแบบอัตโนมัติ ( Thermal cycler เพนดอร์ฟต้นแบบวงจรไล่ระดับ ) โปรแกรมสำหรับหนึ่งรอบ 94 ° C เป็นเวลา 3 นาที ตามด้วย 35 รอบโปรไฟล์ของปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับ 30 ( ที่ 94 ° C 60 วินาที annealing ที่ 53 ° C และ 90 ของส่วนขยายที่ 72 ° C และเดี่ยวรอบสุดท้ายของนามสกุล 72 ° C เป็นเวลา 10 นาที ( สำหรับรอบแรกผลิตภัณฑ์ของปฏิกิริยา ( 1 μ L ) ( รอบแรกที่ถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับรอบที่สอง ( กับโปรไฟล์ปฏิกิริยาคล้ายคลึงกันยกเว้นขั้นตอน annealing ซึ่งดำเนินการที่ 56 ° C ( แทนที่จะ 53 ° C )

2.3 การจัดลำดับและ

ต่อไปนี้ผลิตภัณฑ์ PCR PCR ,ปฏิกิริยาของผลิตภัณฑ์วิเคราะห์โดย % 1 ( gel electrophoresis ) ในบริษัทเตท EDTA ( แท ) บัฟเฟอร์ที่มีทิเดียมโบรไมด์ ( 0.4 μ g / ml ) ดีเอ็นเอมองเห็นและถ่ายภาพโดยใช้ยูวีเจล transilluminator และเอกสารเครื่องมือ ( อัลฟ่าอินโนเทค คอร์ปอเรชั่น , CA , USA ) 500 BP บันไดที่ใช้เป็นขนาดมาตรฐานผลิตภัณฑ์ PCR คือบริสุทธิ์ใช้ 1 ชุด ( stratagene เตรียมเชื้อบริสุทธิ์ lajolla , CA , USA ) ตามด้วยขัดบริสุทธิ์ดีเอ็นเอผลิตภัณฑ์โดยใช้ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส ( stratagene lajolla พีเอฟยู , CA , USA ) และ dntp ผสม ผลิตภัณฑ์ดังกล่าวถูกโคลนเข้า ppcr สคริปต์แอมป์ SK ( ) การใช้สคริปต์ ppcr เวกเตอร์แอมป์ SK ( ) การโคลนนิ่งชุดเวกเตอร์ ( stratagene lajolla , CA ,สหรัฐอเมริกา ) และความสามารถ ( สายพันธุ์เชื้อ Escherichia coli DH5 α ) ถูกเปลี่ยนตามขั้นตอนมาตรฐานในการศึกษาชีววิทยาระดับโมเลกุล ( sambrook และ Russell , 2001 ) โคลนยีนที่ถูกระบุโดยตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะการย่อย และคัดเลือกโคลนยีนอัตโนมัติกับการประยุกต์ Biosystems ( ABI ปริซึม ) ต่อไปนี้ dideoxy โซ่ ( เพอร์กินเอลเมอร์ Terminator ลำดับโปรโตคอล )

2.4 .การวิเคราะห์ลำดับข้อมูลเป็นลำดับ

รวบรวมโดยใช้ seqaid เวอร์ชั่น 3.6 ( โรดส์ และ roufa , 1985 ) การทำโดยใช้ลำดับหลาย clustal W ( Thompson et al . , 1994 ) phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นโดยชุมชนร่วมกับวิธีบูตสแตรป ( บูการวิเคราะห์กับ 1000 ซ้ำ ) ใน clustal X ( เมีย ) และรากต้นไม้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ซอฟต์แวร์เพลง ( ชนะ 32 ) ( หน้า , 1996 )การลำดับเบส 16S rDNA ของเชื้อไฟโตพลาสมาอื่น ๆสามารถใช้สำหรับการเปรียบเทียบ ( ตารางที่ 1 ) ได้จากขนาด ( เบนสัน et al . , 1999 ) ระเบิดรายการ ( แอลเชิล et al . , 1997 ) ถูกใช้เพื่อระบุลำดับของจากที่เกี่ยวข้องกับขนาดของฐานข้อมูล