3.2. Variation scores and host-spec

3.2. Variation scores and host-specific amino acid residues in primer sequences

The variation scores of each site of each primer pair are plotted in bar graphs to estimate potential point mutations and stability (see Appendix Fig. 2; Fig. 2). According to results, the scores from most EIV-specific primers were less than 40 at each position and the highest score was observed at 591 in PB2 (4) and at 531 in PA (5) with 99. If considering the highly polymorphic score is 200, it is shown that the variation ranges described above do not significantly affect for PCR amplification. Besides, most primer sequences from ribonucleoprotein (RNP) complex (i.e., NP with polymerase segments) were related to host-specific amino acid resides reported in previous studies ( dos Reis et al., 2011, Hu et al., 2014 and Taubenberger et al., 2005): 179 and 645 in PB1; 627 in PB2; 241 and 382 in PA; 16, 343, 344, and 442 in NP (Appendix Fig. 2). Notably, the host-associated sites were located within known functional regions related to RNP–RNP interactions (e.g., RNA binding, NP-PB2 or NP-PB1) that are necessary for viral replication, proteolysis, or nuclear localization signaling. Fig. 2 shows the selected primer information corresponding to SET8, which detects HA3, NA8, PB1, and PA segments.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.2 การคะแนนเปลี่ยนแปลงและตกค้างโฮสต์เฉพาะกรดอะมิโนในลำดับรองพื้นเปลี่ยนแปลงคะแนนของแต่ละไซต์แต่ละคู่ไพรเมอร์ที่ถูกลงจุดในกราฟแท่งเพื่อประเมินศักยภาพจุดกลายพันธุ์และความมั่นคง (ดูภาคผนวกที่ 2 รูป ทางรูปที่ 2) ตามผล คะแนนจากไพรเมอร์ EIV เฉพาะส่วนใหญ่มีน้อยกว่า 40 ในแต่ละตำแหน่ง และคะแนนสูงสุดถูกตรวจสอบที่ 591 ใน PB2 (4) และ ที่ 531 ในป่า (5) กับ 99 ถ้าพิจารณาคะแนนสูง polymorphic คือ 200 มันจะแสดงว่า ช่วงเปลี่ยนแปลงที่อธิบายไว้ข้างต้นไม่มากส่งผลกระทบต่อปลัก สุดรองพื้นลำดับจาก ribonucleoprotein (RNP) ซับซ้อน (เช่น NP ด้วยส่วนพอลิเมอเรส) เกี่ยวข้องกับโฮสต์เฉพาะกรดอะมิโนกรดอยู่ศึกษาก่อนหน้านี้ที่รายงานใน (dos Reis ร้อยเอ็ด 2011, Hu et al. 2014 และ Taubenberger et al. 2005): 179 และ 645 ใน PB1 627 ใน PB2 241 และ 382 ในป่า 16, 343, 344 และ 442 ใน NP (ภาคผนวกรูปที่ 2) สะดุดตา เว็บไซต์การเชื่อมโยงโฮสต์ได้ภายในพื้นที่ทำงานรู้จักการโต้ตอบ RNP – RNP (เช่น RNA ที่ผูก NP PB2 หรือ NP-PB1) ที่จำเป็นสำหรับการจำลองแบบไวรัส proteolysis หรือนิวเคลียร์แปลสัญญาณ รูป 2 แสดงข้อมูลรองพื้นเลือกที่สอดคล้องกับ SET8 ซึ่งตรวจพบ HA3, NA8, PB1 และ PA

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.2 คะแนนการเปลี่ยนแปลงและโฮสต์เฉพาะกรดอะมิโนในลำดับไพรเมอร์คะแนนรูปแบบของเว็บไซต์ของแต่ละคู่ไพรเมอร์แต่ละจุดในกราฟแท่งเพื่อประเมินการกลายพันธุ์ที่จุดที่มีศักยภาพและความมั่นคง (ดูภาคผนวกรูปที่ 2. รูปที่ 2). ตามผลคะแนนจากไพรเมอร์ EIV เฉพาะส่วนใหญ่น้อยกว่า 40 ในแต่ละตำแหน่งและคะแนนสูงสุดเป็นข้อสังเกตที่ 591 ใน PB2 (4) และที่ 531 ใน PA (5) มี 99 หากพิจารณาคะแนน polymorphic สูงคือ 200 ก็จะแสดงให้เห็นว่าในช่วงการเปลี่ยนแปลงที่อธิบายไว้ข้างต้นไม่ได้ส่งผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญสำหรับการขยาย PCR นอกจากนี้ส่วนใหญ่วนเวียนไพรเมอร์จาก ribonucleoprotein (RNP) ที่ซับซ้อน (เช่น NP กับกลุ่มโพลิเมอร์) ที่เกี่ยวข้องกับการเป็นเจ้าภาพเฉพาะกรดอะมิโนอยู่รายงานในการศึกษาก่อนหน้า (dos Reis et al., 2011 Hu et al., ปี 2014 และ Taubenberger et al., 2005): 179 และ 645 ใน Pb1; 627 ใน PB2; 241 และ 382 ใน PA; 16, 343, 344 และ 442 ใน NP (ภาคผนวกรูป. 2) โดยเฉพาะอย่างยิ่งเว็บไซต์ที่โฮสต์ที่เกี่ยวข้องถูกตั้งอยู่ในภูมิภาคที่รู้จักกันในการทำงานที่เกี่ยวข้องกับการ RNP-RNP ปฏิสัมพันธ์ (เช่น RNA ผูกพัน NP-PB2 หรือ NP-Pb1) ที่มีความจำเป็นสำหรับการจำลองแบบไวรัส proteolysis หรือการส่งสัญญาณการแปลนิวเคลียร์ มะเดื่อ. 2 แสดงข้อมูลไพรเมอร์ที่เลือกที่สอดคล้องกับ SET8 ซึ่งตรวจจับ HA3, NA8, Pb1 และกลุ่ม PA