We have built a statistical package

We have built a statistical package called Ballgown for estimating differential expression of genes, transcripts, or exons from RNA sequencing experiments. Ballgown is designed to work with the popular Cufflinks transcript assembly software and uses well-motivated statistical methods to provide estimates of changes in expression. It permits statistical analysis at the transcript level for a wide variety of experimental designs, allows adjustment for confounders, and handles studies with continuous covariates. Ballgown provides improved statistical significance estimates as compared to the Cuffdiff differential expression tool included with Cufflinks. We demonstrate the flexibility of the Ballgown package by re-analyzing 667 samples from the GEUVADIS study to identify transcript-level eQTLs and identify non-linear artifacts in transcript data.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราได้สร้างแพคเกจทางสถิติเรียกว่า Ballgown สำหรับการประเมินค่าที่แตกต่างของยีน ใบแสดงผล หรือ exons จากอาร์เอ็นเอลำดับทดลอง Ballgown ถูกออกแบบมาเพื่อทำงานกับซอฟต์แวร์ประกอบเสียงบรรยายเน็คไทนิยม และใช้วิธีการทางสถิติแห่งแรงจูงใจเพื่อให้การประเมินการเปลี่ยนแปลงในนิพจน์ มันช่วยให้การวิเคราะห์ทางสถิติที่ระดับเสียงบรรยายสำหรับหลากหลายของการออกแบบการทดลอง ช่วยให้ปรับปรุง confounders และจัดการศึกษา ด้วย covariates อย่างต่อเนื่อง Ballgown ให้ประเมินนัยสำคัญทางสถิติที่ดีขึ้นเมื่อเทียบกับเครื่องมือส่วนนิพจน์ Cuffdiff รวมกับเน็คไท เราเห็นถึงความยืดหยุ่นของ Ballgown โดยการวิเคราะห์ตัวอย่าง 667 จากการศึกษา GEUVADIS การระบุ eQTLs ระดับเสียงบรรยาย และระบุสิ่งประดิษฐ์ที่ไม่ใช่เชิงเส้นเสียงบรรยายข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราได้สร้างแพคเกจทางสถิติที่เรียกว่า Ballgown สำหรับการประเมินการแสดงออกของยีนที่แตกต่างของยีนหรือ exons จากการทดลองลำดับอาร์เอ็นเอ ballgown ถูกออกแบบมาเพื่อทำงานร่วมกับหลักฐาน Cufflinks ซอฟต์แวร์ที่นิยมใช้ประกอบและแรงบันดาลใจที่ดีวิธีการทางสถิติเพื่อให้การประมาณการของการเปลี่ยนแปลงในการแสดงออก จะอนุญาตให้การวิเคราะห์ทางสถิติที่ระดับหลักฐานที่หลากหลายของการออกแบบการทดลองช่วยให้การปรับตัวแปรและจัดการศึกษาที่มีตัวแปรอย่างต่อเนื่อง ballgown ให้ดีขึ้นประมาณการนัยสำคัญทางสถิติเมื่อเทียบกับเครื่องมือการแสดงออกที่แตกต่างกัน Cuffdiff พร้อมกับ Cufflinks เราแสดงให้เห็นถึงความยืดหยุ่นของแพคเกจ Ballgown โดยการวิเคราะห์ 667 ตัวอย่างจากการศึกษา GEUVADIS การระบุ eQTLs หลักฐานระดับและระบุสิ่งประดิษฐ์ที่ไม่ใช่เชิงเส้นในข้อมูลหลักฐาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราได้สร้างแพคเกจสถิติเรียกว่า ballgown สำหรับประมาณค่าการแสดงออกของยีน ยีน หรือ จากการทดลองที่มีลำดับ RNA ballgown ถูกออกแบบมาเพื่อทำงานกับซอฟต์แวร์ที่นิยมและใช้หลักฐานประกอบ cufflinks แรงจูงใจดีวิธีการทางสถิติเพื่อให้ประมาณการของการเปลี่ยนแปลงในการแสดงออกมันอนุญาตให้วิเคราะห์ทางสถิติที่ระดับ . สำหรับหลากหลายของการออกแบบการทดลอง ให้ปรับปรุงตัววัด และจัดการศึกษากับความรู้อย่างต่อเนื่อง ballgown มีการปรับปรุงอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ เมื่อเทียบกับประมาณการ cuffdiff แสดงออกที่แตกต่างกันเครื่องมือรวมกับเสื้อ .เราแสดงให้เห็นความยืดหยุ่นของ ballgown แพคเกจ โดยจะวิเคราะห์ 667 ตัวอย่างจาก geuvadis การศึกษาระบุผลการเรียนระดับ eqtls และระบุใช้สิ่งประดิษฐ์ในข้อมูลหลักฐาน .