3. Results3.1. Taxonomic annotation

3. Results
3.1. Taxonomic annotation of earthworm gut microbiomes

The gut metagenomic 16S rDNA clonal libraries from E. foetida (67 clonal sequences) and P. excavatus (75 clonal sequences) were submitted to the NCBI Genbank and Accession numbers generated (E. foetida clonal sequences KM840923–KM840986, P. excavatus clonal sequences KM840851–KM840922). E. foetida gut metagenomic clonal library was classified into 9 OTUs, whereas the information from P. excavatus was classified into 12 OTU’s (Tables 1 and 2). In total, 96 clonal sequences from each of the earthworm gut 16S rDNA libraries were obtained after sequenc- ing, after chimaera checking, 67 chimaera free sequences from E. foetida and 75 from P. excavatus was obtained. The taxonomic annotations of the sequence datasets were performed by using MG-RAST (Metagenomics Analysis Server). The phylogenetic tree was created indicating the relative abundances of various representative taxa from the gut metagenome of E. foetida and P. excavatus as stack bar chart, the colour coding of the genus was on the basis of their classes (Fig. 1a), the distribution of various phylum on the basis of hits per bacterial sequence in the metagenomes of E. foetida and P. excavatus is represented as pie chart (Fig. 1b). Most num- ber of sequences was annotated to unclassified bacteria (59% in P. excavatus and 47% in case of E. foetida). The next most abundant phylum was Firmicutes representing 15% of clones in P. excavatus and 20% in E. foetida gut. Verrucomicrobia and Chloroflexi were not found in the gut of P. excavatus, but abundant in E. foetida, similarly Spirochaetes were abundant in P. excavatus but not in E. foetida. The taxonomic abundance of the profiles were statistically analyzed. Fisher exact t-test was used and results are represented as extended error bar plot (Fig. 2), which illustrated the relative abundance of various genera representatives in the earthworm gut metagenome. The extended error bar plot depicts significance of the relative abundance of various genera representative of the earthworm gut metagenome. From the extended error bar plot, all the “P-values” were found to be more than 0.05 for the relative abundance of the various bacterial genera, which means that the abundance of vari- ous bacterial representatives from the E. foetida and P. excavatus gut metagenome were almost similar and no specific bacterium/genera is significantly affecting the overall gut bacterial community structure.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1 การคำอธิบายอนุกรมวิธานของ microbiomes ลำไส้ของไส้เดือนดินไส้ metagenomic 16S rDNA clonal รีโหม E. (ลำดับ clonal 67) และ P. excavatus (75 clonal ลำดับ) ถูกส่งไป NCBI Genbank ทะเบียนหมายเลขสร้าง (clonal ลำดับโหม E. KM840923 – KM840986, P. excavatus clonal ลำดับ KM840851 – KM840922) ห้องสมุด clonal metagenomic ไส้โหม E. ถูก classified เป็น 9 OTUs ในขณะที่ข้อมูลจาก P. excavatus ถูก classified เป็น 12 OTU ของ (ตารางที่ 1 และ 2) รวม ลำดับ clonal 96 จากไส้เดือนดินไส้ 16S rDNA รีได้รับหลังจาก sequenc-ing หลังจากตรวจสอบ chimaera, 67 chimaera ลำดับฟรีจากโหม E. และ 75 จาก P. excavatus กล่าว คำอธิบายของ datasets ลำดับอนุกรมวิธานที่ดำเนินโดย MG-RAST (Metagenomics การวิเคราะห์เซิร์ฟเวอร์) สร้างแผนภูมิ phylogenetic ระบุ abundances ญาติของ taxa ต่าง ๆ ตัวแทนจาก metagenome ลำไส้น่าโหม E. P. excavatus เป็นกองแผนภูมิแท่ง รหัสสีของตระกูลนี้ถูกตามระดับชั้นของตน (Fig. 1a) การกระจายของไฟลัมต่าง ๆ ตามชมต่อลำดับแบคทีเรียใน metagenomes น่าโหม E. P. excavatus จะแสดงเป็นแผนภูมิวงกลม (Fig. 1b) Num ber ส่วนใหญ่ลำดับใส่คำอธิบายประกอบกับแบคทีเรีย unclassified (P. excavatus 59% และ 47% ในกรณีโหม E.) Firmicutes แทน 15% ของโคลนใน P. excavatus และ 20% ในไส้โหม E. ไฟลัมชุกชุมมากที่สุดถัดไปได้ Verrucomicrobia และ Chloroflexi ไม่พบในลำไส้ของ P. excavatus แต่อุดมด้วย E. โหม ในทำนองเดียวกัน Spirochaetes ก็อุดมด้วย excavatus P. แต่โหม E. ในไม่ มาย profiles การอนุกรมวิธานมีวิเคราะห์ทางสถิติ ใช้ Fisher แน่นอน t-ทดสอบ และผลลัพธ์จะถูกแสดงเป็นข้อผิดพลาดแบบขยายแถบพล็อต (Fig. 2), การแสดงมากมายญาติของตัวแทนสกุลต่าง ๆ ใน metagenome ไส้ไส้เดือนดิน แปลงแถบข้อผิดพลาดแบบขยายมีภาพ significance มายถึงสกุลต่าง ๆ metagenome ไส้ไส้เดือนญาติ จากพล็อต แถบข้อผิดพลาดแบบขยายทั้งหมด "P-ค่า" พบจะ มากกว่า 0.05 สำหรับความสัมพันธ์ของแบคทีเรียสกุลต่าง ๆ ซึ่งหมายความ ว่า มาย vari ous แทนแบคทีเรียจาก E. โหมและ P. excavatus ไส้ metagenome ได้เกือบเหมือน และแบคทีเรีย/สกุล specific ไม่เป็น significantly โดยรวมที่ส่งผลกระทบต่อโครงสร้างชุมชนแบคทีเรียไส้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการ
3.1 คำอธิบายประกอบอนุกรมวิธานของลำไส้ไส้เดือน microbiomes ลำไส้ Metagenomic 16S rDNA ห้องสมุด clonal จากอี foetida (67 ลำดับ clonal) และพี excavatus (75 ลำดับ clonal) ถูกส่งไป NCBI Genbank และหมายเลขภาคยานุวัติสร้าง (อี foetida ลำดับ clonal KM840923-KM840986 , P. excavatus ลำดับ clonal KM840851-KM840922) อี foetida ลำไส้ห้องสมุด clonal Metagenomic ก็จัดประเภทเป็น 9 Otus ขณะที่ข้อมูลจาก P. excavatus ได้จัดประเภทเป็น 12 OTU ของ (1 โต๊ะและ 2) ทั้งหมด 96 ลำดับ clonal จากแต่ละลำไส้ไส้เดือน 16S rDNA ห้องสมุดที่ได้รับหลังจากที่ไอเอ็นจี sequenc- หลังจากการตรวจสอบ Chimaera 67 Chimaera ลำดับฟรีจากอี foetida และ 75 จาก P. excavatus ที่ได้รับ คำอธิบายประกอบการจัดหมวดหมู่ของชุดข้อมูลลำดับได้ดำเนินการโดยใช้ MG-RAST (metagenomics Server วิเคราะห์) phylogenetic ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นแสดงให้เห็นญาติของอนุภาคแท็กซ่าตัวแทนต่างๆจากลำไส้ metagenome ของอี foetida และพี excavatus เป็นกราฟแท่งกองรหัสสีของพืชและสัตว์ที่อยู่บนพื้นฐานของการเรียนของพวกเขา (รูป. 1a) การกระจายของไฟลัมต่างๆบนพื้นฐานของความนิยมต่อลำดับแบคทีเรียใน metagenomes ของอี foetida และพี excavatus จะแสดงเป็นกราฟวงกลม (รูปที่ 1b.) จานวนมากที่สุดของลำดับถูกข้อเขียนเพื่อ unclassi แบคทีเรียเอ็ด Fi (59% ใน excavatus P. และ 47% ในกรณีของอี foetida) ไฟลัมที่มีมากที่สุดต่อไปคือ Firmicutes คิดเป็น 15% ของโคลนใน excavatus P. และ 20% ในลำไส้ E. foetida Verrucomicrobia และคลอโร fl EXI ไม่พบในลำไส้ของพี excavatus แต่ความอุดมสมบูรณ์ในอี foetida คล้าย Spirochaetes มีมากมายใน P. excavatus แต่ไม่ได้อยู่ในอี foetida ความอุดมสมบูรณ์ทางอนุกรมวิธานของโปรไฟ les ที่ได้มาวิเคราะห์ทางสถิติ ฟิชเชอร์ที่แน่นอน t-test ถูกนำมาใช้และผลจะแสดงเป็นแถบข้อผิดพลาดขยายพล็อต (รูปที่. 2) ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความอุดมสมบูรณ์ของญาติของผู้แทนสกุลต่าง ๆ ในลำไส้ไส้เดือน metagenome บาร์ผิดพลาดแบบขยายพล็อตแสดงให้เห็นนัยนัยสำคัญ Fi ของความอุดมสมบูรณ์ของญาติของตัวแทนจำพวกต่างๆของลำไส้ไส้เดือน metagenome จากพล็อตแถบข้อผิดพลาดที่ขยายออกไปทั้งหมด "P-ค่า" พบว่ามีมากกว่า 0.05 สำหรับความชุกชุมของจำพวกแบคทีเรียต่างๆซึ่งหมายความว่าความอุดมสมบูรณ์ของตัวแปรแทนแบคทีเรียภายใต้กฎระเบียบจากอี foetida และพี excavatus ลำไส้ metagenome เกือบคล้ายกันและไม่มีการระบุไว้แบคทีเรีย C / จำพวกเป็นอย่างมีนัยสำคัญที่มีผลต่อโครงสร้างชุมชนแบคทีเรียในลำไส้โดยรวม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์
3.1 . หมายเหตุทางอนุกรมวิธานของไส้เดือนไส้ microbiomes

ไส้เมตาจีโนมิค 16S rDNA จากงานห้องสมุด เช่น เฟติดา ( 67 งานลำดับ ) และหน้า excavatus ( 75 งานลำดับ ) ได้ถูกส่งไปยังหมายเลขภาคยานุวัติ ( เช่นขนาด ncbi และสร้างรูปแบบและลำดับ km840923 เฟติดา km840986 , หน้า excavatus งานลำดับ km840851 – km840922 ) E .เฟติดาไส้เมตาจีโนมิคงานห้องสมุด classi จึงเอ็ด 9 ใน ในขณะที่ข้อมูลจากหน้า excavatus คือ classi จึงเอ็ดเป็น 12 otu ( ตารางที่ 1 และ 2 ) รวม 96 ลำดับงานจากแต่ละของไส้เดือนอุทร 16S rDNA ห้องสมุดที่ได้รับหลังจาก sequenc - ไอเอ็นจี หลังจากการตรวจสอบคิเมร่าคิเมร่า 67 , ฟรีลำดับจาก E . เฟติดาและ 75 จากหน้า excavatus ได้ .บันทึกย่อและการเรียงลำดับข้อมูลได้ใช้ mg-rast ( เมตะจีโนมิกการวิเคราะห์เซิร์ฟเวอร์ ) ต้นไม้ชนิดที่ถูกสร้างขึ้นแสดงต่าง ๆและตัวแทนของญาติ abundances จากลำไส้ metagenome . เฟติดา , excavatus เป็นแผนภูมิแท่งซ้อน , รหัสสีในจีนัสคือบนพื้นฐานของการเรียน ( รูปที่ 1A )การกระจายของไฟลัมต่าง ๆบนพื้นฐานของความนิยมต่อแบคทีเรียลำดับใน metagenomes . เฟติดา , excavatus แสดงเป็นแผนภูมิวงกลม ( รูปที่ 1A ) ส่วนใหญ่หนุ่ม - เบอร์ของลำดับ คือ บันทึกย่อที่จะ unclassi จึงเอ็ดแบคทีเรีย ( 59% ในหน้า excavatus 47 % ในกรณีเช่นเฟติดา ) Phylum ถัดไปที่มีมากที่สุดคือ Firmicutes คิด 15% ของโคลนในหน้า excavatus และ 20% ในเฟติดาไส้ verrucomicrobia และคลอโรfl exi ไม่พบในลำไส้ของหน้า excavatus แต่มากมายใน เฟติดากัน spirochaetes อยู่มากมายในหน้า excavatus แต่ไม่ใช่ใน เฟติดา . ความอุดมสมบูรณ์ทางอนุกรมวิธานของ Pro จึงเล เป็นเชิงสถิติ fisher exact t-test และผลลัพธ์จะแสดงเป็นแถบข้อผิดพลาดโครงเรื่องขยาย ( รูปที่ 2 )ซึ่งแสดงความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของตัวแทนสกุลต่าง ๆในลำไส้ไส้เดือน metagenome . ขยายแปลงแถบข้อผิดพลาดแสดงให้เห็น signi ถ่ายทอดโรคมะเร็งของความชุกชุมสัมพัทธ์ของต่างสกุล ตัวแทนของทางเดินอาหารไส้เดือนดิน metagenome . จากการขยายแถบข้อผิดพลาดพล็อตทั้งหมด " p-values " พบว่ามีมากกว่า 0.05 สำหรับปริมาณสัมพัทธ์ของแบคทีเรียสกุลต่าง ๆ ,ซึ่งหมายถึงความอุดมสมบูรณ์ของวารี - ผู้แทนค้าจากแบคทีเรีย E . เฟติดา , excavatus ไส้ metagenome เกือบจะคล้ายกันและไม่มีกาจึง C แบคทีเรีย / สกุลเป็น signi จึงมีผลต่อลำไส้แบคทีเรียลดลงอย่างมีนัยสําคัญเมื่อรวมชุมชนโครงสร้าง