2.3.1. Identification and quantific

2.3.1. Identification and quantification of the peptides
Multicharged (2+, 3+ and 4+) ion intensities were extracted from the LC–MS files and the Mascot Version 2.4 software (Matrix Science Ltd, UK) was used to compare the MS/MS data against the NCBI protein database (13/03/2013; 11,961,441 sequences). Search parameters used were a maximum missed-cut value of 2, variable oxidation (M), N-terminal protein acetylation and fixed carbamidomethylation (C), precursor mass tolerance 7 ppm and MS/ MS tolerance 0.4 Da. A significance threshold (p) of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3.1. การระบุและการนับของเปปไทด์Multicharged (2 + 3 + และ 4 +) ไอออนความเข้มที่ถูกสกัดจาก LC – MS แฟ้มและโปรแกรมมิ่งขวัญรุ่น 2.4 (เมทริกซ์วิทยาศาสตร์ จำกัด สหราชอาณาจักร) ถูกใช้เพื่อเปรียบเทียบข้อมูล MS/MS กับฐานข้อมูลของโปรตีน NCBI (ลำดับที่ 13/03/2013; 11,961,441) พารามิเตอร์การค้นหาที่ใช้ถูกพลาดตัดค่าสูงสุดของการเกิดออกซิเดชันผันแปร 2 (M), N-เทอร์มินัลโปรตีน acetylation และถาวร carbamidomethylation (C), ค่าเผื่อมวลสารตั้งต้น 7 ppm และ MS / MS ยอมรับ 0.4 ดา เกณฑ์อย่างมีนัยสำคัญ (p) ของ < 0.05 (MudPIT คะแนน) การตั้งค่า และเปปไทด์ต่ำตัดคะแนน 20 โปรตีนระบุ และวัด 2 หรือเพิ่มเติมเปปไทด์ลำดับถูกเก็บไว้2.4. สกัดคุณสมบัติดัชนีกิจกรรมการสกัด (EAI) และดัชนีเสถียรภาพของอิมัลชัน (ESI) ดำเนินการ โดยวิธีการ turbidimetric ตาม Ogunwolu เฮนชอว์ จำลอง และ Santros (2009), การแก้ไขบางอย่าง สี่ร้อยห้าสิบมิลลิกรัมโปรตีนตัวอย่างได้กระจายใน 45 ml น้ำมิลล์-Q โซลูชันโปรตีนถูกแล้วผสมกับน้ำมันดอกทานตะวัน ซื้อจากซูเปอร์มาร์เก็ตท้องถิ่น (Tesco Ltd, UK) 15 ml และค่า pH ถูกปรับเป็น 2, 4, 6, 8, 10 หรือ 12 โดยใช้ 0.1 M HCl หรือ 0.1 M NaOH ส่วนผสมได้นี้ใช้เป็นอัลตร้า turrax ความเร็วสูง homogenizer (IKA Werke GmbH เยอรมนี) 1 นาทีจะทำให้อิมัลชันมีเสถียรภาพโปรตีนน้ำมัน-inwater จะห้าสิบของอิมัลชันที่เอาจากด้านล่างของภาชนะบรรจุโดยใช้ปิเปต และระงับใน 5 มล.ของสารละลาย 0.1% (w/v) SDS นี้ดำเนินการทันที ที่ 0 นาที และ 10 นาทีหลังจากที่ homogenisation โดยวัดค่าของสารแขวนลอยเจือจาง 500 นาโนเมตรที่ใช้สเปคแบบ UV/Vis (รุ่น Genesys 6 เทอร์โมอิเล็กตรอน Corporation, USA) ความสามารถในการของโปรตีนอิมัลชัน (สกัดกิจกรรมดัชนี EAI) และเสถียรภาพของอิมัลชันขึ้นรูป (อิมัลชันดัชนีเสถียรภาพ ESI) ถูกคำนวณโดยใช้สูตรต่อไปนี้:EAIðm2 = gÞ ¼ 2 T A0 เจือจางปัจจัย ð1Þ C u 1000A0ESIðminÞ ¼ Dt ð2Þ A0 A10ที่ไหน T = 2.303, A0 =ค่าทันที homogenisation ปัจจัยเจือจาง = 100, C =น้ำหนักของโปรตีนต่อหน่วยปริมาตร (กรัม/มิลลิลิตร), u =น้ำมันปริมาตรเศษส่วน (0.25), A10 =ค่าหลังจาก 10 นาทีของ homogenisation, Dt = 10 นาที ความมั่นคงความสามารถและอิมัลชัน emulsifying ซ้ำลข้อ และแถบข้อผิดพลาดที่อ้างอิงเป็นส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของค่าเฉลี่ย3. ผล และการอภิปรายผง DSPC ได้แสดงให้เห็นว่า มีโปรตีนเนื้อหา 68% (w/w) และ 44% ของโปรตีนที่ถูกกู้คืนจากผงเมล็ดสกัดน้ำมันวัน DSPC นี้ถูกใช้สำหรับการ proteomic การวิเคราะห์และทดสอบ3.1. รหัสของโปรตีนวันปาล์มเมล็ดแยก โดย LC – MS/MSกว่า 300 โปรตีนพบในตัวอย่าง DSPC โดย LC – MS / MS รหัสไม่ถูกถือว่าเป็นสำคัญ (ดูด้านล่าง) รหัสโปรตีนสำเร็จหลังจากที่ข้อมูล MS/MS ถูกเปรียบเทียบกับลำดับที่รู้จักกันในฐานข้อมูล NCBI ใช้ซอฟต์แวร์เวอร์ชัน 2.4 มิ่งขวัญ (เมทริกซ์วิทยาศาสตร์ จำกัด สหราชอาณาจักร) ผลการค้นหานี้ใน 318 hits แต่ละคนซึ่งสอดคล้องกับโปรตีนเฉพาะ รายการโปรตีนถูกคัดกรองเพื่อกำจัดสิ่งปนเปื้อนใด ๆ (เช่นโปรตีนที่ฐานข้อมูลระบุว่าเป็นการค้นพบในมนุษย์หรือสัตว์เท่านั้น) ตั้งแต่วิธีการเตรียมการ สำหรับการ LC – MS/MS ต้องย่อยตัวอย่างด้วยทริปซิน โปรตีนนี้ ที่สอดคล้องกับหมายเลขตี 1 (เช่นโปรตีนสุด) จะถูกละเว้นโปรตีนสอง เครา (ตีหมายเลข 59) โปรตีนสัตว์ที่พบในเส้นผม เล็บ และผิว หนัง ถูกยังเอา ตามนี้ถือว่า เป็นสิ่งปลอมปน เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของรหัสของโปรตีนที่เหลืออยู่ ใช้สองเกณฑ์: คะแนน MOWSE (ค้นหาน้ำหนักโมเลกุล) และเงื่อนไขว่า รหัสอิงกับเปปไทด์น้อยสองตรงแผนที่คาดการณ์เปปไทด์ของโปรตีน MOWSE เป็นวิธีการที่ช่วยในการระบุโปรตีนตามน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์ที่เกิดจากย่อยย่อยโปรตีนตัวอย่างโปรตีน โดยให้ความน่าเป็นรหัสที่ถูกต้องของโปรตีนที่จะคำนวณ วิธีการพัฒนาครั้งแรก โดย Pappin, Hojrup และ Bleasby (1993) วิธีนี้คำนวณความน่าเป็นว่า เปปไทด์ที่ได้รับสถานระหว่างการค้น ฐานข้อมูลเช่นรหัสคือ เหตุการณ์สุ่ม น่าเป็นต่ำ (P) ของยืนยันไม่จำเป็นสำหรับรหัสที่ถูกต้อง เนื่องจากเป็นการแสดงรหัสที่ถูกต้องมากขึ้นเป็นตัวเลขสูงขึ้น ความน่าเป็นการยืนยันจะถูกแปลงเป็นคะแนน MOWSE โดยใช้สูตร

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3.1 การจำแนกชนิดและปริมาณของเปปไทด์
Multicharged (2+, 3+ และ 4+) ความเข้มไอออนสกัดจากไฟล์ LC-MS และ Mascot รุ่น 2.4 ซอฟแวร์ (Matrix วิทยาศาสตร์ Ltd สหราชอาณาจักร) ถูกใช้ในการเปรียบเทียบข้อมูล MS / MS กับ ฐานข้อมูล NCBI โปรตีน (13/03/2013; 11961441 ลำดับ) พารามิเตอร์การค้นหาใช้เป็นค่าสูงสุดพลาดตัดของ 2, ออกซิเดชันตัวแปร (M), acetylation โปรตีน N-Terminal และ carbamidomethylation คงที่ (C) ปูชนียบุคคลมวลอดทน 7 ppm และความอดทน MS / MS 0.4 ดา เกณฑ์อย่างมีนัยสำคัญ (P) ของ <0.05 (MudPIT คะแนน) ได้รับการตั้งค่าและเปปไทด์ขั้นต่ำตัดคะแนน 20. โปรตีนระบุและวัดมี 2 หรือมากกว่าลำดับเปปไทด์ถูกเก็บไว้.
2.4 คุณสมบัติที่ตีไข่
ผสมดัชนีกิจกรรม (EAI) และดัชนีความมั่นคงอิมัลชัน (ESI) ถูกกำหนดโดยวิธีการ turbidimetric ตาม Ogunwolu, ชอว์, จำลองและ Santros (2009) ด้วยการปรับเปลี่ยนบางอย่าง สี่ร้อยห้าสิบมิลลิกรัมของตัวอย่างโปรตีนกำลังระบาดใน 45 มิลลิลิตรของน้ำ Mill-Q วิธีการแก้ปัญหาโปรตีนผสมกับ 15 มิลลิลิตรน้ำมันดอกทานตะวันที่ซื้อจากซูเปอร์มาร์เก็ตท้องถิ่น (เทสโก้ จำกัด , สหราชอาณาจักร) และพีเอชที่ถูกปรับ 2, 4, 6, 8, 10 หรือ 12 ใช้ 0.1 M HCl หรือ 0.1 M NaOH . ส่วนผสมที่ถูก homogenised ใช้อัลตร้า turrax ความเร็วสูง homogenizer (IKA-Werke GmbH ประเทศเยอรมนี) เป็นเวลา 1 นาทีเพื่อให้โปรตีนที่มีความเสถียรน้ำมัน inwater อิมัลชัน ห้าสิบ LL ของอิมัลชันจะถูกลบออกจากด้านล่างของภาชนะที่ใช้ปิเปตและระงับใน 5 มิลลิลิตร 0.1% (w / v) การแก้ปัญหา SDS นี้ได้รับการดำเนินการได้ทันทีที่ 0 นาทีและ 10 นาทีหลังจาก homogenisation การดูดกลืนแสงของอิมัลชันปรับลดวัดที่ 500 นาโนเมตรโดยใช้ UV A / Vis spectrophotometer (รุ่น Genesys 6, เทอร์โมอิเลคคอร์ปอเรชั่นประเทศสหรัฐอเมริกา) ความสามารถของโปรตีนในรูปแบบ (ดัชนีกิจกรรม emulsifying, EAI) อิมัลชันและความมั่นคงของรูปแบบอิมัลชัน (ดัชนีความมั่นคงอิมัลชัน ESI) ถูกคำนวณโดยใช้สูตรต่อไปนี้:
EAIðm2 = GTH ¼ 2 T A0 ปัจจัยที่ทำให้เจือจางð1Þ C U 1000
A0
ESIðminÞ¼ Dt ð2Þ
A0 A10
ที่ t = 2.303, A0 = การดูดกลืนแสงในทันทีหลังจากที่ homogenisation ที่เจือจางปัจจัย = 100, C = น้ำหนักของโปรตีนต่อหน่วยปริมาตร (g / ml), U = น้ำมันส่วนปริมาตร (0.25) , A10 = การดูดกลืนแสงหลังจาก 10 นาที homogenisation ที่ Dt = 10 นาที ความมั่นคงความสามารถในการผสมและอิมัลชันซ้ำในเพิ่มขึ้นสามเท่าและแถบข้อผิดพลาดที่ยกมาเป็นค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานของค่าเฉลี่ย.
3 ผลการค้นหาและการอภิปราย
ผง DSPC ที่ได้รับพบว่ามีโปรตีน 68% (w / w) และ 44% ของโปรตีนที่ถูกกู้คืนจากผงสกัดเมล็ดวัน DSPC นี้ถูกใช้ในการวิเคราะห์โปรตีนตามมาและการทดสอบการทำงาน.
3.1 บัตรประจำตัวของโปรตีนวันเมล็ดปาล์มแยกโดย LC-MS / MS
กว่า 300 โปรตีนถูกตรวจพบในตัวอย่าง DSPC โดย LC-MS / MS ไม่ได้ระบุทั้งหมดได้รับการพิจารณาอย่างมีนัยสำคัญ (ดูด้านล่าง) บ่งชี้โปรตีนก็ประสบความสำเร็จหลังจากที่ข้อมูล MS / MS ถูกเมื่อเทียบกับลำดับที่รู้จักกันบนฐานข้อมูล NCBI ใช้ Mascot รุ่น 2.4 ซอฟแวร์ (Matrix วิทยาศาสตร์ Ltd สหราชอาณาจักร) การค้นหานี้ส่งผลให้ใน 318 เพลงฮิตซึ่งแต่ละที่สอดคล้องกับโปรตีนที่ไม่ซ้ำกัน รายการโปรตีนคือการคัดเลือกที่จะลบสิ่งปนเปื้อนใด ๆ (เช่นโปรตีนที่ฐานข้อมูลระบุว่าถูกพบในมนุษย์หรือสัตว์เท่านั้น) ตั้งแต่วิธีการเตรียมสำหรับ LC- MS / MS ต้องมีการย่อยตัวอย่างด้วย trypsin โปรตีนนี้สอดคล้องกับจำนวนการตี 1 (คือโปรตีนที่มีมากที่สุด) จะถูกละเว้นโปรตีนสองเคราติน (กดหมายเลข 59) สัตว์ โปรตีนที่พบในผม, เล็บและผิวหนังก็ถูกถอดออกเช่นนี้ถือว่าเป็นสารปนเปื้อน เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของบัตรประจำตัวของโปรตีนที่เหลือทั้งสองเกณฑ์ที่ถูกนำมาใช้คือ MOWSE (Search น้ำหนักโมเลกุล) คะแนนและเงื่อนไขที่ว่าประชาชนต้องอยู่บนพื้นฐานอย่างน้อยสองเปปไทด์ที่ถูกจับคู่กับแผนที่ของเปปไทด์ที่คาดการณ์ของโปรตีน MOWSE เป็นวิธีการที่ช่วยในการระบุโปรตีนขึ้นอยู่กับน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์ที่เกิดขึ้นจากการย่อยโปรตีนของกลุ่มตัวอย่างโปรตีนโดยให้ความน่าจะเป็นของประชาชนที่ถูกต้องของโปรตีนที่จะนำไปคำนวณ วิธีการที่ได้รับการพัฒนาเป็นครั้งแรกโดย Pappin, Hojrup และ Bleasby (1993) วิธีการนี้จะคำนวณความน่าจะเป็นที่เปปไทด์ที่ได้รับการ misidentified ในระหว่างการค้นหาฐานข้อมูลเช่นบัตรประจำตัวเป็นเหตุการณ์สุ่ม ความน่าจะเป็นในระดับต่ำ (P) จากความเข้าใจผิดเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับบัตรประจำตัวที่ถูกต้อง เพราะมันเป็นเรื่องปกติมากขึ้นในการแสดงบัตรประจำตัวที่ถูกต้องมากขึ้นเป็นจำนวนที่สูงขึ้นน่าจะเป็นของการวินิจฉัยจะถูกแปลงเป็นคะแนน MOWSE โดยใช้สูตร

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3.1 . การจำแนกชนิดและปริมาณของเปปไทด์multicharged ( 2 + , 3 + และ 4 + ) ไอออนความเข้มสกัดจาก LC - MS แฟ้มและรุ่นมิ่งขวัญ 2.4 ซอฟต์แวร์ ( Ltd เมทริกซ์วิทยาศาสตร์อังกฤษ ) คือใช้ในการเปรียบเทียบข้อมูลกับ MS / MS ฐานข้อมูล ncbi โปรตีน ( 13 / 03 / 2013 ; 11961441 ลำดับ ) พารามิเตอร์การค้นหาใช้สูงสุดพลาดตัดค่าของ 2 ตัวแปรออกซิเดชัน ( M ) , โปรตีนและกรดอะมิโนอะซิทิเลชันแก้ไข carbamidomethylation ( C ) , สารตั้งต้นมวลความอดทน 7 ppm และ MS / MS ความอดทน 0.4 ดา . แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ( p < 0.05 ) ของค่า ( mudpit คะแนน ) เป็นชุด และอย่างน้อย เปปไทด์ตัดคะแนน 20 การระบุและปริมาณโปรตีนหรือเปปไทด์ 2 ลำดับถูกเก็บรักษาไว้2.4 . 3.0 คุณสมบัติ3.0 ดัชนีกิจกรรม ( eai ) และดัชนีเสถียรภาพอิมัลชัน ( ESI ) ถูกกำหนดโดยวิธีการ turbidimetric ตาม ogunwolu มีชีวิต , เยาะเย้ย , และ santros ( 2009 ) มีการปรับเปลี่ยน สี่ร้อยห้าสิบมิลลิกรัมโปรตีนตัวอย่างการกระจายตัวใน mill-q 45 มิลลิลิตรของน้ำ โปรตีนในสารละลายผสมกับ 15 มล. ของน้ำมันดอกทานตะวัน ซื้อจากซุปเปอร์มาร์เก็ตท้องถิ่น ( เทสโก้ จำกัด , UK ) และ pH ปรับ 2 , 4 , 6 , 8 , 10 หรือ 12 ใช้ 0.1 M HCl หรือ 0.1 M NaOH ส่วนผสม homogenised ใช้ Ultra turrax เครื่องปั่นความเร็วสูง ( Ika werke GmbH , Germany ) เป็นเวลา 1 นาที เพื่อให้โปรตีนเสถียรภาพน้ำมันในอิมัลชัน ห้าสิบของอิมัลชันจะถูกลบออกจากด้านล่างของภาชนะที่ใช้ปิเปตต์ระงับใน 5 มล. 0.1% ( w / v ) SDS โซลูชั่น นี้ดำเนินการทันที 0 นาที , และ 10 นาทีหลังจากการโฮโมจีไนเซชั่น . การดูดกลืนแสงของการเจือจางในวัดที่ 500 nm ใช้ UV / VIS Spectrophotometer ( แบบเจเนซิส 6 , บริษัท , อิเล็กตรอนร้อน USA ) ความสามารถของโปรตีนในรูปแบบอิมัลชัน ( emulsifying ดัชนีกิจกรรม eai ) และความคงตัวของอิมัลชัน ( emulsion เกิดเสถียรภาพ ดัชนี ESI ) คำนวณโดยใช้สูตรต่อไปนี้ :eai ð M2 = g Þ¼ 2 t A0 เจือจางปัจจัยð 1 Þ C U 1000A0ESI ðมินÞ¼ DT ð 2 ÞA0 A10ที่ t = 2.303 A0 = ค่า , ทันทีหลังจากการโฮโมจีไนเซชั่น ( , ปัจจัย = 100 , C = น้ำหนักต่อหน่วยปริมาณของโปรตีน ( กรัม / มล. ) , ยู = เศษน้ำมันปริมาตร ( 0.25 ) , A10 = ค่าหลังจาก 10 นาทีของการโฮโมจีไนเซชั่น นักสืบ = 10 นาที emulsifying ความสามารถและเสถียรภาพอิมัลชัน กันทั้งสามใบ และข้อผิดพลาดบาร์ยกมาเป็นส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของค่าเฉลี่ย3 . ผลและการอภิปรายการ dspc ผงที่ได้มีปริมาณโปรตีนหยาบของ 68 % ( w / w ) และ 44% ของโปรตีนจากรำสกัดไขมันกู้คืนวันเม็ดผง dspc นี้ถูกใช้สำหรับวิเคราะห์และทดสอบภายหลังส์การทํางาน3.1 . การกำหนดวันเมล็ดปาล์มโปรตีนโดย LC MS / MS )กว่า 300 ชนิดถูกตรวจพบในตัวอย่าง dspc โดย LC MS / คุณไม่ทั้งหมดและอะไรบ่งบอก ถือว่าเป็นสถิติ ( ดูด้านล่าง ) การจำแนกโปรตีนเท่ากับหลัง MS / MS ข้อมูลเปรียบเทียบเพื่อรู้จักลำดับบน ncbi ฐานข้อมูลโดยใช้รุ่นมิ่งขวัญ 2.4 ซอฟต์แวร์ ( Ltd เมทริกซ์วิทยาศาสตร์สหราชอาณาจักร ) ค้นหา นี้ส่งผลในตอนนี้ฮิตซึ่งแต่ละสอดคล้องกับโปรตีนที่ไม่ซ้ำกัน รายการโปรตีนฉายเพื่อลบใด ๆที่ปนเปื้อน ( เช่น โปรตีนที่พบในฐานข้อมูลระบุเฉพาะว่าเป็นมนุษย์หรือสัตว์ ) ตั้งแต่วิธีการเตรียม LC MS / MS ซึ่งต้องย่อยตัวอย่างด้วยเอนไซม์ โปรตีนนี้ สอดคล้องกับการกดปุ่มหมายเลข 1 ( คือโปรตีนที่มีมากที่สุด ) จะถูกละเว้นโปรตีนที่สอง , keratin ( กดปุ่มหมายเลข 59 ) , โปรตีนจากสัตว์ที่พบในเส้นผม , เล็บและผิวก็ออกนี้ถือว่าเป็นสิ่งปนเปื้อน เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของรหัสของโปรตีนที่เหลือใช้สองเกณฑ์ : mowse ( ค้นหาโมเลกุล ) คะแนน และเงื่อนไขที่กำหนดตาม อย่างน้อยสองเปปไทด์ถูกจับคู่กับแผนที่คาดการณ์เปปไทด์ของโปรตีน mowse เป็นวิธีที่ช่วยในการระบุโปรตีนขึ้นอยู่กับน้ำหนักโมเลกุลของสารที่เกิดขึ้นจากการย่อยโปรตีนของโปรตีนตัวอย่าง โดยให้ความน่าจะเป็นของรหัสที่ถูกต้องของโปรตีนที่จะถูกคำนวณ . วิธีการที่ถูกพัฒนาครั้งแรกโดย pappin hojrup , และ bleasby ( 1993 ) วิธีนี้จะคำนวณความน่าจะเป็นที่เปปไทด์ได้ถูก misidentified ในการสืบค้นฐานข้อมูล เช่นบัตรประจำตัวประชาชน เป็นเหตุการณ์สุ่ม ความน่าจะเป็นต่ำ ( P ) misidentification ที่ใช้เป็นรหัสที่ถูกต้อง เพราะมันเป็นมากขึ้นทั่วไปแสดงบัตรประจำตัวที่ถูกต้องเป็นตัวเลขสูงกว่าความน่าจะเป็นของ misidentification ถูกแปลงไปเป็น mowse คะแนนโดยใช้สูตร