Initially, transgenic samples carry

Initially, transgenic samples carrying native mouse elements were examined. Although the genomic location of the transgene was unknown, alignment of ChIP-seq data to the endogenous mouse genomic locations was expected. Specifically, an increase in the number of reads mapped to these known genomic locations should appear similar to a copy number variation (CNV) event. The native genomic positions for the mouse Myh6 promoter and Gnaq coding sequence transfected into GMO sample 2 (#012460) and the Tyro enhancer sequence, TyBS minigene, and Prm1 promoter transfected into GMO sample 3 (#017594) were investigated. The transgene injected into GMO sample 1 did not contain any endogenous mouse sequences and therefore no specific insertions for GMO sample 1 were evaluated at this stage. Qualitative examination of peaks at the endogenous mouse genomic regions for one representative wild-type sample and the three GMO mice is shown in Fig. 3. The four mouse endogenous genomic regions for the Myh6 ( Fig. 3A), Gnaq ( Fig. 3B), Tyr and TyBS (chr7 separated by ~12 kb) (Fig. 3C), and Prm1 ( Fig. 3D) genes are shown. A very broad set of peaks at the Myh6 region for all three antibodies tested can be seen when comparing GMO sample 2 to the wild-type and other GMO samples ( Fig. 3A). In contrast, GMO sample 2 showed a decrease in the number of peaks for the H3K36me3 antibody as well as a modest reduction in the number of peaks for the other two antibodies surrounding exons 4 and 5 of the Gnaq gene ( Fig. 3B). This may indicate an inactivation of the chromatin region surrounding both the endogenous and exogenous Gnaq sites therefore causing poor representation in the Chip-seq data. GMO sample 3 contains three native mouse gene sequences: the Tyr enhancer and TyBS minigene ( Fig. 3C) and the Prm1 promoter ( Fig. 3D). These regions show an increase in the amount of reads for the H3K4me1 and H3K36me3 antibodies when compared to the wild-type and other GMO samples.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เริ่มแรก ตัวอย่างจำลองแบกองค์ประกอบดั้งเดิมเมาส์ถูก examined แม้ว่าตำแหน่งออกของ transgene ไม่รู้จัก การจัดตำแหน่งของข้อมูล seq ชิปที่ตำแหน่งเมาส์ภายนอกออกไปคาดว่า เฉพาะ การเพิ่มขึ้นของจำนวนแมปไปยังสถานเหล่านี้ออกรู้จักอ่านควรปรากฏคล้ายกับเหตุการณ์ผันแปร (CNV) หมายเลขสำเนา พื้นเมืองออกตำแหน่งสำหรับเมาส์ Myh6 โปรโมเตอร์ และลำดับการเขียนโค้ด Gnaq transfected เป็นตัวอย่างจีเอ็มโอ 2 (#012460) และสอบสวน Tyro เพิ่มลำดับ TyBS minigene และ Prm1 โปรโมเตอร์ transfected เป็นตัวอย่างจีเอ็มโอ 3 (#017594) Transgene ที่ฉีดเข้าไปในตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 ไม่ประกอบด้วยเมาส์ภายนอกลำดับใด ๆ และดังนั้น ไม่มีการแทรกเฉพาะสำหรับตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 ถูกประเมินในขั้นตอนนี้ การตรวจสอบยอดที่ภูมิภาคออกเมาส์ภายนอกตัวอย่างป่าชนิดแทนหนึ่งและสามหนูจีเอ็มโอเชิงคุณภาพจะแสดงใน สี่เมาส์ภายนอกภูมิภาคที่ออกสำหรับ Myh6 การ (รูปที่ 3A), Gnaq (รูปที่ 3B), Tyr และ TyBS (chr7 คั่น ด้วย ~ 12 kb) (มะเดื่อ 3C), และ Prm1 (รูป 3D) ยีนจะแสดง ยอดที่ภูมิภาค Myh6 สำหรับแอนติบอดีสามทั้งหมดทดสอบชุดกว้างมากสามารถมองเห็นเมื่อเปรียบเทียบพืชจีเอ็มโอตัวอย่าง 2 แบบธรรมชาติและตัวอย่างจีเอ็มโออื่น ๆ (รูปที่ 3A) ตรงกันข้าม ตัวอย่างจีเอ็มโอ 2 พบการลดลงของยอดสำหรับแอนติบอดี H3K36me3 เช่นเดียวกับการลดเจียมเนื้อเจียมตัวในจำนวนยอดสำหรับที่อื่นสองแอนตี้รอบ exons 4 และ 5 ของยีน Gnaq (รูปที่ 3B) นี่อาจแสดงยกเลิกการเรียกโครมาตินภูมิภาคโดยรอบทั้งภายนอก และจากภายนอก Gnaq ไซต์จึง ทำให้แทนไม่ดีข้อมูล seq ชิ ตัวอย่างจีเอ็มโอ 3 ประกอบด้วยสามลำดับยีนดั้งเดิมเมาส์: Tyr enhancer และ TyBS minigene (มะเดื่อ 3C) และโปรโมเตอร์ Prm1 (รูป 3D) ภูมิภาคเหล่านี้แสดงการเพิ่มจำนวนอ่านแอนติบอดี H3K4me1 และ H3K36me3 เมื่อเทียบกับป่าชนิดและตัวอย่างจีเอ็มโออื่น ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในขั้นต้นตัวอย่างยีนแบกองค์ประกอบเมาส์พื้นเมืองมีการตรวจสอบ แม้ว่าที่ตั้งของจีโนมของยีนเป็นที่รู้จักการจัดตำแหน่งของข้อมูลชิป seq ไปยังสถานที่เมาส์ภายนอกจีโนมที่คาดว่า โดยเฉพาะการเพิ่มขึ้นของจำนวนคนอ่านแมปไปยังสถานที่เหล่านี้เป็นที่รู้จักในจีโนมจะปรากฏคล้ายกับการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนา (CNV) เหตุการณ์ ตำแหน่งจีโนมพื้นเมืองสำหรับเมาส์ Myh6 โปรโมเตอร์และการเข้ารหัสลำดับ Gnaq transfected กลุ่มตัวอย่างที่เป็นจีเอ็มโอ 2 (# 012460) และลำดับเพิ่มมือใหม่, TyBS minigene และ Prm1 ก่อการ transfected เข้าจีเอ็มโอตัวอย่าง 3 (# 017594) ได้รับการตรวจสอบ ยีนฉีดเข้าไปในจีเอ็มโอตัวอย่าง 1 ไม่ได้มีลำดับเมาส์ภายนอกใด ๆ และดังนั้นจึงไม่มีการแทรกที่เฉพาะเจาะจงสำหรับจีเอ็มโอตัวอย่าง 1 ได้รับการประเมินในขั้นตอนนี้ การตรวจสอบคุณภาพของยอดเขาที่เมาส์ภูมิภาคจีโนมภายนอกสำหรับตัวอย่างชนิดป่าตัวแทนหนึ่งและสามหนูจีเอ็มโอแสดงในรูป 3. สี่เมาส์ภูมิภาคจีโนมภายนอกสำหรับ Myh6 (รูป. 3A) Gnaq (รูป. 3B), เทอร์และ TyBS (chr7 แยกจากกันโดย ~ 12 KB) (รูป. 3C) และ Prm1 (รูป. 3D) มียีน แสดงให้เห็นว่า ชุดในวงกว้างมากของยอดเขาที่ภาค Myh6 สำหรับทั้งสามแอนติบอดีทดสอบสามารถมองเห็นได้เมื่อเปรียบเทียบจีเอ็มโอตัวอย่าง 2 ชนิดป่าและอื่น ๆ ตัวอย่างจีเอ็มโอ (รูป. 3A) ในทางตรงกันข้ามจีเอ็มโอตัวอย่างที่ 2 พบว่าลดลงในจำนวนของยอดสำหรับแอนติบอดี H3K36me3 เช่นเดียวกับการลดลงเล็กน้อยในจำนวนของยอดเขาอื่น ๆ สำหรับสองรอบแอนติบอดี exons ที่ 4 และ 5 ของยีน Gnaq (รูป. 3B) นี้อาจบ่งบอกถึงพลังของภูมิภาคโครมาติโดยรอบทั้งภายนอกและเว็บไซต์ Gnaq ภายนอกดังนั้นจึงก่อให้เกิดการแสดงที่น่าสงสารในข้อมูลชิป seq จีเอ็มโอตัวอย่าง 3 มีพื้นเมืองสามลำดับยีนเมาส์: เพิ่มการเทอร์และ TyBS minigene (รูปที่ 3C.) และผู้ก่อการ Prm1 (รูปแบบ 3 มิติ.) ภูมิภาคเหล่านี้แสดงให้เห็นการเพิ่มขึ้นของจำนวนเงินของการอ่านสำหรับ H3K4me1 และ H3K36me3 แอนติบอดีเมื่อเทียบกับชนิดป่าและอื่น ๆ ตัวอย่างจีเอ็มโอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เริ่ม ต้นโดยถือเมาส์พื้นเมืองเป็นองค์ประกอบการตรวจสอบ ถึงแม้ว่าตำแหน่งพันธุกรรมของยีนไม่รู้จักแนวของชิป seq ข้อมูลไปยังภายนอกเมาส์จีโนมที่ตั้งไว้ . โดยเฉพาะการเพิ่มจํานวนของคนอ่านที่แมปเหล่านี้รู้จักจีโนมที่ตั้งควรปรากฏคล้ายกับจำนวนสำเนาการเปลี่ยนแปลง ( cnv ) เหตุการณ์ พื้นเมืองที่มีตำแหน่งสำหรับเมาส์ myh6 โปรโมเตอร์และลำดับ transfected เป็น GMO ตัวอย่าง 2 นะครับ gnaq ( # 012460 ) และผู้มาใหม่เพิ่มลำดับ tybs minigene และโปรโมเตอร์ prm1 transfected เป็น GMO ตัวอย่างที่ 3 ( # 017594 ) คือ ที่ฉีดเข้าไปในยีนจีเอ็มโอตัวอย่าง 1 ไม่ได้มีใด ๆและดังนั้นจึงไม่เฉพาะเจาะจงภายในลำดับเมาส์ใหม่สำหรับจีเอ็มโอตัวอย่าง 1 ประเมินในขั้นตอนนี้ การตรวจสอบคุณภาพภายในของยอดเขาที่เมาส์จีโนมภูมิภาคสำหรับกลุ่มตัวอย่างของหนึ่งและสามจี หนูจะแสดงในรูปที่ 3 เมาส์สี่โครงสร้างจีโนมภูมิภาคสำหรับ myh6 ( รูปที่ 3 ) , gnaq ( รูปที่ 3B ) , tyr tybs ( chr7 และคั่นด้วย ~ 12 KB ) ( รูปที่ 3 ) และ prm1 ( ภาพ 3 มิติ ) ยีนที่แสดง ในวงกว้างมากตั้งยอดในเขต myh6 ทั้งหมดสามแอนติบอดีทดสอบ ที่สามารถเห็นได้เมื่อเปรียบเทียบกับตัวอย่างที่ 2 ของจีเอ็มโอจีเอ็มโออื่นๆและตัวอย่าง ( รูปที่ 3 ) ในทางตรงกันข้าม , GMO ตัวอย่าง 2 พบว่าลดลงในจํานวนยอดสำหรับแอนติบอดี h3k36me3 ตลอดจนลดเจียมเนื้อเจียมตัวในจํานวนยอดสำหรับสองคนที่มีแอนติบอดีโดยรอบที่ 4 และ 5 ของ gnaq ยีน ( รูปที่ 3B ) นี้อาจบ่งชี้ว่า การใช้งานของโซ่และพื้นที่รอบทั้งภายในภายนอก gnaq เว็บไซต์จึงก่อให้เกิดการยากจนในชิป seq ข้อมูล จีเอ็มโอตัวอย่างที่ 3 ประกอบด้วยสามพื้นเมืองเมาส์ยีน ลำดับ : เทียร์และ minigene tybs Enhancer ( รูปที่ 3 ) และ prm1 โปรโมเตอร์ ( รูปที่ 3 ) ภูมิภาคเหล่านี้แสดงการเพิ่มขึ้นของปริมาณและอ่านสำหรับ h3k4me1 h3k36me3 ) เมื่อเทียบกับยาตัวอย่างจีเอ็มโอและอื่น ๆ