The primers were designed according

The primers were designed according to published whole mitochondrial sequence of pika Ochotona collaris (GenBank NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov ) № NC_003033). The PCR program consisted of 94 °C for 5 min followed by 35 cycles at 94 °C for 1 min, 62 °C for 1 min, and 72 °C for 3 min. A final amplification step completed the PCR at 72 °C for 7 min.

The PCR products were purified by Sin Column PCR Product Purification Kit (Evrogen, Moscow, Russia). The directly sequencing of the purified PCR products was performed using ABI PRISM BigDyeTM Terminator v3.1 (Applied Biosystems, Inc., Foster City, California) with an automatic DNA sequencer (Model ABI PRISM 3100-Avant Genetic Analyzer; Applied Biosystems, Inc., Foster City, California). The same primers were used for sequencing PCR from both directions.

The obtained sequence (GenBank NCBI № JN645147) was compared with full-length cytochrome b (1140bp) of 23 pikas species published by different authors in GenBank. The alignment of sequences was conducted by the program BIOEDIT v7.0.9 (Tom Hall, Ibis Biosciences). The genetic distances were estimated with neighbor-joining method, using Kimura two-parameter model. The tree was constructed by including all transitions and transversions with TREECON v3.1b (Yves Van De Peer, Germany). A rabbit Oryctolagus cuniculus Linnaeus, 1758 was selected as an outgroup (Fig. 1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ไพรเมอร์ที่ถูกออกแบบตามลำดับทั้งหมด mitochondrial ประกาศของ pika Ochotona collaris (NCBI GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) № NC_003033) โปรแกรม PCR consisted ของ 94 ° C สำหรับตามรอบ 35 ที่ 94 ° C สำหรับ 1 นาที 62 ° C สำหรับ 1 นาที 5 นาที และ 72 ° C สำหรับ 3 นาที PCR ที่ 72 ° C สำหรับ 7 นาทีเสร็จสิ้นขั้นตอนสุดท้ายขยาย

ผลิตภัณฑ์ PCR ได้บริสุทธิ์ โดยบาปคอลัมน์ PCR ฟอกชุดผลิตภัณฑ์ (Evrogen มอสโก รัสเซีย) ตรงลำดับเบสของผลิตภัณฑ์ PCR ที่บริสุทธิ์ทำด้วย v3.1 ปริซึม ABI BigDyeTM เทอร์มิเนเตอร์ (ประยุกต์ Biosystems, Inc. ฟอสเตอร์ซิตี้ แคลิฟอร์เนีย) มี sequencer ดีเอ็นเออัตโนมัติ (ปริซึม ABI รุ่น 3100-จัดการทางพันธุกรรมวิเคราะห์ Biosystems ใช้ Inc. ฟอสเตอร์ซิตี้ แคลิฟอร์เนีย) ไพรเมอร์เดียวกันถูกใช้ในลำดับเบส PCR จากทั้งสองทิศทาง

ลำดับที่ได้รับ (GenBank NCBI № JN645147) เทียบกับปราศจาก cytochrome b (1140bp) พันธุ์ 23 pikas เผยแพร่ โดยผู้เขียนอื่นใน GenBank V7.0.9 (Tom Hall ไอบิสเวลาออก) BIOEDIT โปรแกรมได้ดำเนินการจัดลำดับ มีประเมินระยะทางพันธุกรรมกับเพื่อนบ้านรวมวิธี โดยใช้แบบจำลองสองพารามิเตอร์คิมุระโย แผนภูมิถูกสร้างขึ้นโดยการเปลี่ยนทั้งหมดและ transversions กับ v3.1b TREECON (Yves แวนเดอเพียร์ เยอรมนี) กระต่าย Oryctolagus cuniculus Linnaeus, 1758 ถูกเลือกเป็นเป็น outgroup (Fig. 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์ได้รับการออกแบบตามลำดับการตีพิมพ์ยลทั้งปิกะ Ochotona collaris (GenBank NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) № NC_003033) โปรแกรม PCR ประกอบด้วย 94 ° C เป็นเวลา 5 นาทีตามด้วย 35 รอบที่ 94 ° C เป็นเวลา 1 นาที, 62 ° C เป็นเวลา 1 นาทีและ 72 ° C เป็นเวลา 3 นาที ขั้นตอนการขยายสุดท้ายเสร็จ PCR ที่ 72 ° C เป็นเวลา 7 นาทีผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ได้บริสุทธิ์โดยวิธี PCR คอลัมน์บาปบริสุทธิ์สินค้า Kit (Evrogen, มอสโก, รัสเซีย) ลำดับโดยตรงของผลิตภัณฑ์พีซีอาร์บริสุทธิ์ได้รับการดำเนินการโดยใช้ ABI PRISM BigDyeTM Terminator v3.1 (Applied Biosystems, Inc, ฟอสเตอร์ซิตี้รัฐแคลิฟอร์เนีย) ที่มีซีเควนดีเอ็นเอโดยอัตโนมัติ (ABI รุ่น PRISM 3100-เปรี้ยววิเคราะห์ทางพันธุกรรม; Applied Biosystems, Inc , ฟอสเตอร์ซิตี้รัฐแคลิฟอร์เนีย) ไพรเมอร์เดียวกันที่ใช้สำหรับลำดับวิธี PCR จากทั้งสองทิศทางตามลำดับที่ได้รับ (GenBank NCBI № JN645147) ถูกเมื่อเทียบกับ cytochrome b เต็มความยาว (1140bp) จาก 23 สายพันธุ์ Pikas รับการตีพิมพ์โดยนักเขียนที่แตกต่างกันใน GenBank การจัดตำแหน่งของลำดับได้ดำเนินการโดย v7.0.9 BIOEDIT โปรแกรม (ทอมฮอลล์ Ibis ชีววิทยาศาสตร์) ระยะทางพันธุกรรมอยู่ที่ประมาณด้วยวิธีเพื่อนบ้านเข้าใช้คิมูระแบบสองพารามิเตอร์ ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นโดยรวมถึงการเปลี่ยนและ transversions ด้วย TreeCon v3.1b (Yves แวนเดอเพียร์, เยอรมนี) กระต่าย Oryctolagus cuniculus ลินเนอัส 1758 ได้รับเลือกเป็น outgroup (รูปที่ 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ไพรเมอร์ที่ออกแบบตามการตีพิมพ์ทั้งลำดับของพิกะ ochotona collaris ( ขนาด ncbi ( www.ncbi.nlm.nih.gov ) № nc_003033 ) โปรแกรมเพิ่มจำนวน 94 ° C เป็นเวลา 5 นาที ตามด้วย 35 รอบที่ 94 ° C เป็นเวลา 1 นาที 62 ° C เป็นเวลา 1 นาที , และ 72 ° C เป็นเวลา 3 นาที ขั้นตอนสุดท้ายเสร็จแบบ PCR ที่ 72 ° C เป็นเวลา 7 นาที

ผลิตภัณฑ์ทั้งหมดจะถูกทำให้บริสุทธิ์ด้วยคอลัมน์และชุดผลิตภัณฑ์ฟอกบาป ( evrogen , มอสโก , รัสเซีย ) โดยตรง การทำให้ผลิตภัณฑ์มีการใช้ PCR ABI ปริซึม bigdyetm Terminator v3.1 ( Applied Biosystems ( Foster City , California ) กับลำดับของดีเอ็นเอโดยอัตโนมัติ ( รูปแบบ Abi ปริซึม 3100 ก่อนวิเคราะห์ทางพันธุกรรม ; APPLIED BIOSYSTEMS ( Foster City , California )ไพรเมอร์ที่ใช้สำหรับ sequencing PCR เดียวกันจากทั้งสองทิศทาง

ได้ลำดับ ( ขนาด ncbi № jn645147 ) เมื่อเทียบกับแบบเต็มตัว - B ( 1140bp ) 23 pikas ชนิดที่ตีพิมพ์โดยผู้เขียนที่แตกต่างกันบริเวณ ตำแหน่งของลำดับนี้ดำเนินการโดยโปรแกรม bioedit v7.0.9 ( ทอม ฮอล ไอบิส ชีววิทยา )ทางพันธุกรรมประมาณได้กับเพื่อนบ้านเข้าร่วม วิธี ใช้ คิมูระสองพารามิเตอร์รูปแบบ ต้นไม้ถูกสร้างโดยรวมทั้งการ transversions กับ treecon v3.1b ( อีฟแวน ( เยอรมนี ) กระต่าย oryctolagus cuniculus Linnaeus , 1758 ได้รับเลือกเป็นกลุ่ม ( รูปที่ 1 )