การรับประทานโยเกิร์ตที่มีโพรไบโอติก ถือเป็นการมีป้องกันโรคหรืออาการไม่พึงประสงค์จากปัญหาในระบบขับถ่าย เช่น อึดอัด ไม่สบายตัว ท้องอืด ท้องเฟ้อ ท้องเสีย ท้องผูก เพราะอาการเหล่านี้เกิดจากการเสียสมดุลในระบบย่อยและขับถ่ายของร่างกาย ซึ่งการเสียสมดุลนี้เกิดจากจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ต่อร่างกายและดีต่อสุขภาพเราลดน้อยลง จึงไม่สามารถกำจัดจุลินทรีย์ที่มีโทษต่อสุขภาพได้จากผลการทดลองน้ำนมถั่วเหลืองเสริมโพรไบโอติก การผลิตโยเกิร์ตจากนมถั่วเหลืองที่เสริมด้วยจุลินทรีย์ probiotic และ bifidobacteria บางสายพันธุ์นั้นสามารถเจริญเติบโตได้ดีในนมถั่วเหลืองจากการลดค่าPH ระหว่างการหมักและไม่มีจำนวนลดลงของจุลินทรีย์หัวเชื้อโยเกิร์ต