Metabolic profiling using gas chrom

Metabolic profiling using gas chromatography–mass spectrometry technologies is a technique whose potential in the field of functional genomics is largely untapped. To demonstrate the general usefulness of this technique, we applied to diverse plant genotypes a recently developed profiling protocol that allows detection of a wide range of hydrophilic metabolites within a single chromatographic run. For this purpose, we chose four independent potato genotypes characterized by modifications in sucrose metabolism. Using data-mining tools, including hierarchical cluster analysis and principle component analysis, we were able to assign clusters to the individual plant systems and to determine relative distances between these clusters. Extraction analysis allowed identification of the most important components of these clusters. Furthermore, correlation analysis revealed close linkages between a broad spectrum of metabolites. In a second, complementary approach, we subjected wild-type potato tissue to environmental manipulations. The metabolic profiles from these experiments were compared with the data sets obtained for the transgenic systems, thus illustrating the potential of metabolic profiling in assessing how a genetic modification can be phenocopied by environmental conditions. In summary, these data demonstrate the use of metabolic profiling in conjunction with datamining tools as a technique for the comprehensive characterization of a plant genotype.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สร้างโพรไฟล์โดยใช้แก๊สเผาผลาญ chromatography–mass spectrometry เทคโนโลยีเป็นเทคนิคหนึ่งที่มีศักยภาพด้าน genomics ทำงานเป็นส่วนใหญ่ไม่ได้ใช้ แสดงให้เห็นถึงประโยชน์ทั่วไปของเทคนิคนี้ เราใช้การศึกษาจีโนไทป์ของพืชหลากหลายโพรโทคอสร้างโพรไฟล์ที่พัฒนาล่าสุดที่ช่วยให้ตรวจพบหลากหลายของ metabolites hydrophilic ภายในเดียว chromatographic รัน สำหรับวัตถุประสงค์นี้ เราเลือกสี่มันอิสระศึกษาจีโนไทป์โดยการปรับเปลี่ยนในเมแทบอลิซึมของซูโครส ใช้เครื่องมือการทำเหมืองข้อมูล การแบ่งลำดับชั้นและวิเคราะห์ส่วนประกอบหลัก สามารถกำหนดกลุ่มให้ระบบแต่ละโรงงาน และกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างกลุ่มเหล่านี้ได้ วิเคราะห์แยกรหัสคอมโพเนนต์ที่สำคัญที่สุดของคลัสเตอร์เหล่านี้ได้ นอกจากนี้ การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เปิดเผยปิดการเชื่อมโยงระหว่างสเปกตรัมกว้างของ metabolites ในวิธีการที่สอง ฟรี เราอยู่ภายใต้เนื้อเยื่อมันฝรั่งชนิดป่าการ manipulations ภาพสิ่งแวดล้อม โพรไฟล์การเผาผลาญจากการทดลองเหล่านี้ได้เปรียบเทียบกับชุดข้อมูลได้ระบบถั่วเหลือง จึง แสดงศักยภาพของการสร้างโพรไฟล์เผาผลาญในการประเมินวิธีการปรับเปลี่ยนทางพันธุกรรมสามารถ phenocopied โดยสภาพแวดล้อม ในสรุป ข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นถึงการใช้เผาผลาญสร้างโพรไฟล์ร่วมกับเครื่องมือ datamining เป็นเทคนิคสำหรับคุณสมบัติที่ครอบคลุมของลักษณะทางพันธุกรรมพืช

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรไฟล์การเผาผลาญอาหารโดยใช้โคมวลเทคโนโลยีก๊าซ spectrometry เป็นเทคนิคที่มีศักยภาพในด้านฟังก์ชั่นการทำงานเป็นส่วนใหญ่ที่ไม่ได้ใช้ แสดงให้เห็นถึงประโยชน์ทั่วไปของเทคนิคนี้เรานำไปใช้กับพืชที่มีความหลากหลายของยีนโปรโตคอลโปรไฟล์การพัฒนาเมื่อเร็ว ๆ นี้ที่ช่วยให้การตรวจสอบที่หลากหลายของสารน้ำภายในระยะโครเดียว ในการนี​​้เราเลือกที่สี่ยีนมันฝรั่งอิสระที่โดดเด่นด้วยการปรับเปลี่ยนในการเผาผลาญน้ำตาลซูโครส การใช้เครื่องมือทำเหมืองข้อมูลรวมถึงการวิเคราะห์กลุ่มตามลำดับชั้นและการวิเคราะห์องค์ประกอบหลักการเราสามารถที่จะกำหนดกลุ่มกับระบบพืชแต่ละบุคคลและเพื่อตรวจสอบระยะทางความสัมพันธ์ระหว่างกลุ่มเหล่านี้ ระบุการวิเคราะห์การสกัดที่ได้รับอนุญาตขององค์ประกอบที่สำคัญที่สุดของกลุ่มเหล่านี้ นอกจากนี้การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดเปิดเผยว่าระหว่างที่หลากหลายของสาร ในสองวิธีการเสริมเราภายใต้ป่าชนิดเนื้อเยื่อมันฝรั่งที่จะกิจวัตรสิ่งแวดล้อม โปรไฟล์การเผาผลาญจากการทดลองเหล่านี้ถูกนำมาเปรียบเทียบกับชุดข้อมูลที่ได้รับสำหรับระบบจำลองพันธุ์จึงแสดงศักยภาพของโปรไฟล์การเผาผลาญอาหารในการประเมินวิธีการดัดแปรพันธุกรรมสามารถ phenocopied โดยสภาพแวดล้อม โดยสรุปข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นถึงการใช้งานของโปรไฟล์การเผาผลาญร่วมกับเครื่องมือ datamining เป็นเทคนิคสำหรับลักษณะที่ครอบคลุมของสายพันธุ์พืช

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเผาผลาญอาหารโดยใช้แก๊สโครมาโทกราฟี - แมสสเปกโทรเมทรีโปรไฟล์เทคโนโลยีเป็นเทคนิคที่มีศักยภาพในด้านหน้าที่ยีนส่วนใหญ่ไม่ได้ใช้ . เพื่อแสดงให้เห็นถึงประโยชน์ทั่วไปของเทคนิคนี้เราใช้พืชพันธุ์หลากหลาย ที่เพิ่งพัฒนาโปรโตคอลที่ช่วยให้การตรวจสอบโปรไฟล์ของหลากหลายของน้ำสารภายในครั้งเดียว และวิ่ง สำหรับวัตถุประสงค์นี้ เราเลือกสี่อิสระมันฝรั่งพันธุ์ลักษณะ โดยการปรับเปลี่ยนในเมแทบอลิซึมของน้ำตาลซูโครส การใช้เครื่องมือการทำเหมืองข้อมูลรวมทั้งการวิเคราะห์กลุ่มลำดับชั้นและหลักการการวิเคราะห์องค์ประกอบเราสามารถที่จะกำหนดกลุ่มให้พืชแต่ละระบบและกำหนดระยะทางเทียบระหว่างกลุ่มเหล่านี้ การวิเคราะห์การอนุญาตรหัสขององค์ประกอบที่สำคัญที่สุดของกลุ่มเหล่านี้ นอกจากนี้ การวิเคราะห์สหสัมพันธ์ พบความเชื่อมโยงที่ใกล้ชิดระหว่างสเปกตรัมกว้างของสาร . ในประการที่สอง ซึ่งวิธีการเรารับผลิตมันฝรั่งเนื้อเยื่อเพื่อการจัดการสิ่งแวดล้อม โปรไฟล์การเผาผลาญจากการทดลองเปรียบเทียบกับชุดข้อมูลที่ได้รับสำหรับระบบพันธุกรรม จึงแสดงให้เห็นถึงศักยภาพของการสลายการในการประเมินวิธีการดัดแปลงทางพันธุกรรมที่สามารถ phenocopied โดยสภาพแวดล้อม กล่าวโดยสรุปข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นถึงการใช้สลายการร่วมกับดาต้าไมนิ่งเครื่องมือเป็นเทคนิคสำหรับการศึกษาอย่างละเอียดของพืชพันธุกรรม .