Background: Mixtures of internation

Background: Mixtures of internationally traded organic substances can contain parts of species protected by the Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES). These mixtures often raise the suspicion of border control and customs offices, which can lead to confiscation, for example in the case of Traditional Chinese medicines (TCMs). High-throughput sequencing of DNA barcoding markers obtained from such samples provides insight into species constituents of mixtures, but manual cross-referencing of results against the CITES appendices is labor intensive. Matching DNA barcodes against NCBI GenBank using BLAST may yield misleading results both as false positives, due to incorrectly annotated sequences, and false negatives, due to spurious taxonomic re-assignment. Incongruence between the taxonomies of CITES and NCBI GenBank can result in erroneous estimates of illegal trade.Results: The HTS barcode checker pipeline is an application for automated processing of sets of 'next generation' barcode sequences to determine whether these contain DNA barcodes obtained from species listed on the CITES appendices. This analytical pipeline builds upon and extends existing open-source applications for BLAST matching against the NCBI GenBank reference database and for taxonomic name reconciliation. In a single operation, reads are converted into taxonomic identifications matched with names on the CITES appendices. By inclusion of a blacklist and additional names databases, the HTS barcode checker pipeline prevents false positives and resolves taxonomic heterogeneity.Conclusions: The HTS barcode checker pipeline can detect and correctly identify DNA barcodes of CITES-protected species from reads obtained from TCM samples in just a few minutes. The pipeline facilitates and improves molecular monitoring of trade in endangered species, and can aid in safeguarding these species from extinction in the wild. The HTS barcode checker pipeline is available at https://github.com/naturalis/HTS-barcode-checker. © 2014 Lammers et al.; licensee BioMed Central Ltd.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พื้นหลัง: น้ำยาผสมสารอินทรีย์ที่ขายในต่างประเทศสามารถประกอบด้วยส่วนพันธุ์ที่ได้รับการป้องกัน โดยอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศในใกล้สูญพันธุ์ของสัตว์ป่าและ Flora (CITES) ส่วนผสมเหล่านี้มักจะเพิ่มความสงสัยของเส้นขอบและศุลกากรสำนักงาน ซึ่งสามารถนำไปสู่ confiscation เช่นในกรณีของจีนโบราณยา (TCMs) อัตราความเร็วสูงการจัดลำดับของดีเอ็นเอเครื่องหมายซอฟต์แวร์ที่ได้รับจากตัวอย่างดังกล่าวให้เป็น constituents ชนิดของน้ำยาผสม แต่คู่มือการอ้างอิงไขว้ของผลลัพธ์กับ CITES appendices เป็นแรงงานเร่งรัด จับคู่ดีเอ็นเอบาร์โค้ดกับ GenBank NCBI ใช้ระเบิดอาจผลลัพธ์เข้าใจทั้งสองเป็นเท็จทำงานผิดพลาด ลำดับประกอบไม่ถูกต้อง และสิ่งเท็จ เนื่องจากกำหนดอนุกรมวิธานใหม่เก๊ Incongruence ระหว่างระบบของ CITES และ NCBI GenBank อาจส่งผลในการประเมินผลทางการค้าที่ผิดกฎหมายผลลัพธ์: ขั้นตอนการตรวจสอบบาร์โค้ดเมอร์คือ แอพลิเคชันสำหรับอัตโนมัติชุด 'รุ่นต่อไป' ลำดับบาร์โค้ดเพื่อตรวจสอบว่า เหล่านี้ประกอบด้วยบาร์โค้ดดีเอ็นเอที่ได้จากพันธุ์ที่แสดงบน CITES appendices ขั้นตอนนี้วิเคราะห์สร้างขึ้น และขยายซอร์สโปรแกรมประยุกต์ที่มีอยู่ สำหรับระเบิดตรงกับฐานข้อมูล NCBI GenBank อ้างอิง และ การกระทบยอดของชื่ออนุกรมวิธาน ในการดำเนินการเดียว อ่านจะถูกแปลงเป็นรหัสที่จับคู่กับชื่อบน CITES appendices อนุกรมวิธาน โดยรวมของการขึ้นบัญชีดำและเพิ่มเติมชื่อฐานข้อมูล ขั้นตอนการตรวจสอบบาร์โค้ดเมอร์ป้องกันทำงานผิดพลาดผิดพลาด และแก้ไข heterogeneity อนุกรมวิธานบทสรุป: ขั้นตอนการตรวจสอบบาร์โค้ดเมอร์สามารถตรวจสอบ และถูกระบุบาร์โค้ดดีเอ็นเอของ CITES ป้องกันสายพันธุ์จากผู้อ่านที่ได้รับจากตัวอย่าง TCM เพียงไม่กี่นาที ขั้นตอนการอำนวยความสะดวก และปรับปรุงตรวจสอบโมเลกุลของค้าพันธุ์ และสามารถช่วยในการปกป้องสายพันธุ์เหล่านี้จากดับพิศวง ขั้นตอนการตรวจสอบบาร์โค้ดเมอร์ได้ที่ https://github.com/naturalis/HTS-barcode-checker © 2014 lammers et al.; ผู้รับใบอนุญาต BioMed เซ็นทรัล จำกัด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พื้นหลัง: ผสมของสารอินทรีย์ที่มีการซื้อขายในต่างประเทศจะมีบางส่วนของสายพันธุ์ที่ได้รับการคุ้มครองโดยอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศในที่ใกล้สูญพันธุ์ของสัตว์ป่าและพันธุ์พืช (CITES) ส่วนผสมเหล่านี้มักจะเพิ่มความสงสัยของการควบคุมชายแดนและสำนักงานศุลกากรซึ่งสามารถนำไปสู่​​การยึดทรัพย์ยกตัวอย่างเช่นในกรณีของยาจีนดั้งเดิม (TCMS) ลำดับสูงผ่านเครื่องหมายดีเอ็นเอบาร์โค้ดที่ได้รับจากกลุ่มตัวอย่างดังกล่าวมีความเข้าใจในองค์ประกอบของสายพันธุ์ผสม แต่คู่มืออ้างอิงข้ามกับผลการอ้างอิงภาคผนวกเป็นแรงงานเข้มข้น จับคู่กับดีเอ็นเอบาร์โค้ด NCBI GenBank โดยใช้ระเบิดอาจให้ผลลัพธ์ที่ทำให้เข้าใจผิดทั้งสองเป็นบวกเท็จเนื่องจากข้อเขียนลำดับไม่ถูกต้องและเชิงลบเท็จเนื่องจากการปลอมการจัดหมวดหมู่ใหม่ที่ได้รับมอบหมาย Incongruence ระหว่าง taxonomies ของไซเตสและ NCBI GenBank ได้ผลในการประมาณการที่ผิดพลาดของ trade.Results ที่ผิดกฎหมาย: HTS บาร์โค้ดตรวจสอบท่อเป็นโปรแกรมสำหรับการประมวลผลอัตโนมัติของชุดของรุ่นต่อไป 'ลำดับบาร์โค้ดเพื่อตรวจสอบว่าเหล่านี้มีดีเอ็นเอบาร์โค้ดที่ได้รับจากสายพันธุ์ ที่ระบุไว้ในภาคผนวกอ้างอิง ท่อนี้สร้างเมื่อวิเคราะห์และขยายที่มีอยู่ใช้งานโอเพนซอร์สในการระเบิดที่ตรงกับฐานข้อมูลอ้างอิง NCBI GenBank และการตรวจสอบชื่ออนุกรมวิธาน ในการทำงานครั้งเดียวอ่านจะถูกแปลงเป็นอนุกรมวิธานระบุตรงกับชื่อที่อ้างอิงภาคผนวก โดยรวมของบัญชีดำและชื่อเพิ่มเติมฐานข้อมูล HTS บาร์โค้ดตรวจสอบท่อป้องกันการบวกเท็จและแก้ไข heterogeneity.Conclusions การจัดหมวดหมู่: HTS บาร์โค้ดตรวจสอบท่อสามารถตรวจจับและถูกต้องระบุบาร์โค้ดดีเอ็นเอสายพันธุ์ CITES ที่มีการป้องกันจากการอ่านที่ได้รับจากกลุ่มตัวอย่าง TCM ในเวลาเพียง ไม่กี่นาที ท่ออำนวยความสะดวกในการตรวจสอบและปรับปรุงในระดับโมเลกุลของการค้าในสัตว์ใกล้สูญพันธุ์และสามารถช่วยในการป้องกันชนิดนี้จากการสูญเสียในป่า HTS บาร์โค้ดตรวจสอบท่อได้ที่ https://github.com/naturalis/HTS-barcode-checker © 2014 Lammers ตอัล. ผู้รับใบอนุญาต BioMed เซ็นทรัล จำกัด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลัง : การซื้อขายระหว่างประเทศสารอินทรีย์สามารถประกอบด้วยบางส่วนของสายพันธุ์ที่ได้รับการคุ้มครองตามอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศชนิดของสัตว์ป่าและพืชป่าที่ใกล้สูญพันธุ์ ( CITES ) ส่วนผสมเหล่านี้มักจะเพิ่มความสงสัยของการควบคุมชายแดน และ ศุลกากร สำนักงาน ซึ่งสามารถนำไปสู่การยึดทรัพย์ ตัวอย่างเช่นในกรณีของยาจีนโบราณ ( tcms )สูง throughput sequencing ของดีเอ็นเอ barcoding เครื่องหมายที่ได้จากตัวอย่างดังกล่าวมีความเข้าใจในองค์ประกอบของการผสมสายพันธุ์ แต่คู่มือผ่านการอ้างอิงของผลลัพธ์กับไซเตสผนวกเป็นแรงงานเข้มข้น ดีเอ็นเอบาร์โค้ดตรงกันกับขนาด ncbi ใช้ระเบิดอาจให้ผลลัพธ์ที่สร้างความเข้าใจผิดทั้งผลบวกปลอม เนื่องจากไม่ถูกต้องแสดงลำดับ และเชิงลบเท็จเนื่องจากการปลอมและอีกครั้งที่ได้รับมอบหมาย ความพึงพอใจระหว่างส่วนประกอบของ CITES ncbi 5% และได้ผลในการประมาณการที่ผิดพลาดของการค้าผิดกฎหมาย ผลลัพธ์ : hts บาร์โค้ดตรวจสอบท่อเป็นโปรแกรมสำหรับการประมวลผลอัตโนมัติของชุด ' ' ลำดับบาร์โค้ดรุ่นถัดไปที่จะตรวจสอบว่าเหล่านี้ประกอบด้วยดีเอ็นเอบาร์โค้ดที่ได้จากสายพันธุ์ที่ระบุไว้ในอนุสัญญาไซเตสผนวก .ท่อทางสร้างขึ้นและขยายการใช้งานโอเพนซอร์สที่มีอยู่สำหรับระเบิดที่ตรงกันกับ ncbi ขนาดอ้างอิงฐานข้อมูลอนุกรมวิธานและชื่อปรองดอง . ในการดำเนินการเดียว คนอ่านจะถูกแปลงเป็นหมวดหมู่การแสดงตัวของตรงกับชื่อในเอกสารประกอบอ้างอิง . โดยรวมเป็นบัญชีดำ และเพิ่มเติมชื่อฐานข้อมูลการตรวจสอบท่อป้องกัน hts บาร์โค้ดบวกเท็จและช่วยแก้ปัญหาทางอนุกรมวิธานสามารถ . สรุป : hts บาร์โค้ดตรวจสอบท่อสามารถตรวจจับและถูกต้องระบุดีเอ็นเอบาร์โค้ดไซเตสชนิดป้องกันจากอ่านได้จาก TCM ตัวอย่างเพียงไม่กี่นาที ท่ออำนวยความสะดวกและช่วยเพิ่มระดับโมเลกุลการตรวจสอบการค้าสัตว์ที่สูญพันธุ์และสามารถช่วยในการป้องกันสายพันธุ์เหล่านี้ไม่ให้สูญพันธุ์ในป่า การตรวจสอบท่อ hts บาร์โค้ดมี https://github.com/naturalis/hts-barcode-checker . สงวนลิขสิทธิ์ 2010 แลมเมิร์ส et al . ; ผู้ biomed เซ็นทรัลจำกัด