detail. Four histidine-rich regions

detail. Four histidine-rich regions (histidine boxes IeIV) are highly
conserved within known AlkB sequences and regarded as essential
for activity [17]. Multiple gene copies per cell (gene paralogy) have
been reported. They potentially originated from gene duplication or
horizontal gene transfer [18,19]. The different sets of alkB genes are
thought to code for enzymes with distinct substrate ranges [20,21].
Some of the before mentioned studies [9e12] used identical
gene-specific PCR primers targeting alkB genes for T-RFLP profiling,
but all used different restriction enzymes and no systematic
method evaluation was conducted. Moreover, the alkB gene paralogy
might bias the assignment of T-RFs to community members.
For the same reason, alkane degrader richness could be overestimated,
and thus interpretation of diversity indices would be
hampered. Similarly, 16S rRNA gene T-RFLP profiles of soil samples
might overestimate alkane degrader richness as they include also
non-alkane degrading bacteria questioning the reliability of diversity
indices when monitoring the responses of alkane degrading
bacterial communities by T-RFLP.
The main objective of this study was to identify advantages and
pitfalls of the various fingerprinting methods when monitoring
alkane degrading communities in soil. Therefore, we evaluated
different alkB T-RFLP protocols in order to achieve a most robust
and sensitive description of alkane degrading bacterial communities.
An extensive in silico restriction of published alkB sequences
was conducted for an a priori identification of the most suitable
restriction enzyme. Subsequently, the method was challenged by
applying it to a soil environment characterized by high microbial
diversity and relatively low hydrocarbon input (agricultural soil
microcosms covered with a plant litter layer). The results were
compared to overall bacterial community T-RFLP profiles targeting
a phylogenetic marker gene (16S rRNA gene). Finally, diversity
indices deduced from profiles of either marker gene were
compared to each other and to an alkane degrading enrichment
culture derived from the soil samples. With this, we intended to
reveal the suitability of the different methods to estimate diversity
changes of bacterial communities responding to alkane input.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รายละเอียด สี่ภูมิภาค histidine ริช (histidine กล่อง IeIV) อยู่สูงตั้งอยู่ภายในลำดับ AlkB รู้จัก และถือเป็นสำคัญสำหรับกิจกรรม [17] ย่อย ๆ หลายต่อเซลล์ (ยีน paralogy) ได้การรายงาน พวกเขาอาจมาจากยีนซ้ำ หรือโอนย้ายยีนแนวนอน [18,19] ชุดต่าง ๆ ของยีน alkBคิดว่า สำหรับเอนไซม์กับช่วงพื้นผิวที่แตกต่าง [20,21]บางก่อน [9e12] การศึกษาดังกล่าวมาใช้เหมือนกันไพรเมอร์ PCR เฉพาะยีนยีน alkB สำหรับการ T RFLP รวบรวม การกำหนดเป้าหมายแต่ทั้งหมดใช้แตกต่างกันข้อจำกัดของเอนไซม์ และระบบไม่ดำเนินการประเมินวิธีการ นอกจากนี้ paralogy ยีน alkBอาจ bias การกำหนด T RFs สมาชิกในชุมชนเหตุผลเดียวกัน อัลเคน degrader ร่ำรวยอาจจะ overestimatedจึง ต้องการจะตีความของดัชนีความหลากหลายขัดขวางการ ในทำนองเดียวกัน 16S rRNA ยีน T RFLP โพรไฟล์ตัวอย่างดินอาจ overestimate อัลเคน degrader ร่ำรวยเป็นที่รวมรวมไม่ใช่อัลเคนลดแบคทีเรียกันความน่าเชื่อถือของความหลากหลายดัชนีเมื่อตรวจสอบการตอบสนองของอัลเคนลดชุมชนแบคทีเรีย โดย T-RFLPวัตถุประสงค์หลักของการศึกษานี้ได้ระบุข้อดี และข้อผิดพลาดของวิธี fingerprinting ต่าง ๆ เมื่อตรวจสอบอัลเคนลดชุมชนในดิน ดังนั้น เราประเมินโพรโทคออื่น alkB T-RFLP เพื่อให้บรรลุประสิทธิภาพสูงสุดและคำอธิบายที่สำคัญของอัลเคนลดแบคทีเรียชุมชนอ่านรีวิวใน silico จำกัดลำดับ alkB เผยแพร่วิธีการสำหรับการเป็น priori รหัสเหมาะสมที่สุดเอนไซม์จำกัด ในเวลาต่อมา วิธีการถูกท้าทายโดยใช้กับสภาพแวดล้อมดินสูงโดยจุลินทรีย์ความหลากหลายและป้อนไฮโดรคาร์บอนค่อนข้างต่ำ (ดินเกษตรmicrocosms ปกคลุม ด้วยพืชชั้นแคร่) ผลลัพธ์ได้เมื่อเทียบกับค่า T RFLP แบคทีเรียโดยรวมชุมชนกำหนดเป้าหมายยีนเป็นเครื่องหมาย phylogenetic (16S rRNA ยีน) ความหลากหลายในที่สุดดัชนี deduced จากโพรไฟล์ของยีนเครื่องหมายอย่างใดอย่างหนึ่งได้เปรียบเทียบกัน และอัลเคนลดการเติมเต็มวัฒนธรรมที่สืบทอดมาจากตัวอย่างดิน นี้ เราต้องการเปิดเผยความเหมาะสมของวิธีการต่าง ๆ ในการประเมินความหลากหลายการเปลี่ยนแปลงของชุมชนจากแบคทีเรียที่ตอบสนองการป้อนข้อมูลของอัลเคน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

รายละเอียด สี่ภูมิภาคที่อุดมไปด้วยฮิสติดีน (histidine กล่อง IeIV) จะสูง
อนุรักษ์ภายในลำดับที่รู้จักกัน AlkB และถือได้ว่าเป็นสิ่งจำเป็น
สำหรับกิจกรรม [17] สำเนาของยีนหลายต่อเซลล์ (ยีน paralogy) ได้
รับรายงาน พวกเขาอาจมาจากการทำสำเนาของยีนหรือ
การถ่ายโอนยีนแนวนอน [18,19] ชุดที่แตกต่างของยีน alkB กำลัง
คิดว่าจะโค้ดสำหรับเอนไซม์ที่มีช่วงพื้นผิวที่แตกต่างกัน [20,21].
บางส่วนของการศึกษากล่าวก่อน [9e12] ใช้เหมือน
ไพร PCR ของยีนเฉพาะการกำหนดเป้าหมายยีน alkB สำหรับโปรไฟล์ T-RFLP,
แต่ทั้งหมดใช้ เอนไซม์ข้อ จำกัด ที่แตกต่างกันและยังไม่มีระบบ
การประเมินผลการดำเนินการ นอกจากนี้ paralogy ยีน alkB
อาจจะอคติโอน T-RFs เพื่อสมาชิกในชุมชน.
ด้วยเหตุผลเดียวกัน, ความร่ำรวย degrader เคนอาจจะเกินไป,
และทำให้การตีความของดัชนีความหลากหลายจะได้รับการ
ขัดขวาง ในทำนองเดียวกัน 16S rRNA ยีนโปรไฟล์ T-RFLP ของตัวอย่างดิน
อาจประเมินค่าสูงความร่ำรวย degrader เคนขณะที่พวกเขายังรวมถึง
เชื้อแบคทีเรียย่อยสลายที่ไม่เคนคำถามความน่าเชื่อถือของความหลากหลาย
ดัชนีเมื่อตรวจสอบการตอบสนองของเคนย่อยสลาย
ชุมชนแบคทีเรียโดย T-RFLP.
วัตถุประสงค์หลักของ การศึกษาครั้งนี้คือการระบุข้อดีและ
ข้อผิดพลาดของวิธีการพิมพ์ลายนิ้วมือตรวจสอบต่าง ๆ เมื่อ
เคนชุมชนย่อยสลายในดิน ดังนั้นเราจึงมีการประเมิน
ที่แตกต่างกัน alkB โปรโตคอล T-RFLP เพื่อให้บรรลุประสิทธิภาพมากที่สุด
และที่สำคัญคำอธิบายของเคนย่อยสลายชุมชนแบคทีเรีย.
อย่างกว้างขวางในข้อ จำกัด ของการตีพิมพ์ silico ลำดับ alkB
ได้ดำเนินการสำหรับการระบุเบื้องต้นของการที่เหมาะสมที่สุด
เอนไซม์ จำกัด ต่อจากนั้นวิธีการที่ถูกท้าทายโดย
นำไปใช้กับสภาพแวดล้อมของดินที่โดดเด่นด้วยจุลินทรีย์สูง
หลากหลายและใส่สารไฮโดรคาร์บอนที่ค่อนข้างต่ำ (ดินเกษตร
นิเวศน์จำลองปกคลุมด้วยชั้นครอกพืช) ผลลัพธ์ที่ได้
เมื่อเทียบกับชุมชนแบคทีเรียโดยรวมโปรไฟล์ T-RFLP กำหนดเป้าหมาย
ยีนเครื่องหมายสายวิวัฒนาการ (16S rRNA ยีน) ในที่สุดความหลากหลาย
ดัชนีอนุมานจากโปรไฟล์ของยีนทั้งเครื่องหมายถูก
เมื่อเทียบกับแต่ละอื่น ๆ และการเพิ่มคุณค่าในการย่อยสลายเคน
วัฒนธรรมมาจากตัวอย่างดิน ด้วยวิธีนี้เราตั้งใจที่จะ
แสดงให้เห็นถึงความเหมาะสมของวิธีการที่แตกต่างกันในการประเมินความหลากหลายของ
การเปลี่ยนแปลงของชุมชนแบคทีเรียตอบสนองต่อเคนป้อนข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รายละเอียด 4 เมื่อรวยภูมิภาค ( เมื่อกล่อง ieiv ) เป็นอย่างสูง
อนุรักษ์ภายในรู้จัก alkb ลำดับ และถือเป็นกิจกรรมสำคัญ
[ 17 ] ยีนหลายต่อเซลล์ ( ยีน paralogy )
ได้รับการรายงาน พวกเขาอาจมาจากยีนควบหรือโอน 18,19
แนวนอน [ ยีน ] ชุดที่แตกต่างกันของ alkb ยีน
คิดรหัสสำหรับเอนไซม์กับพื้นผิวที่แตกต่างกันช่วง [ 20,21 ] .
บางก่อนที่จะกล่าวถึงการศึกษา [ ] ใช้เหมือนกัน
9e12 ยีนเฉพาะที่ PCR ไพรเมอร์ alkb ยีนเป้าหมายสำหรับ t-rflp การ
แต่ใช้แตกต่างกันเอนไซม์และไม่มีระบบ
การประเมินผลการทดลอง นอกจากนี้ alkb ยีน paralogy
อาจจะอคติกับงานของ t-rfs
สมาชิกชุมชนสำหรับเหตุผลเดียวกัน degrader แอลเคนสามารถประเมินค่าความ , และดัชนีความหลากหลายจึงตีความ

จะขัดขวาง . ในทำนองเดียวกัน เบส 16S rRNA ยีน t-rflp โปรไฟล์ของ
ตัวอย่างดินอาจ overestimate degrader เช่นที่พวกเขายังรวมถึงความอุดมสมบูรณ์ของแอลเคนแอลเคน
ไม่ย่อยสลายเชื้อโรคถามความน่าเชื่อถือของดัชนีความหลากหลาย
เมื่อตรวจสอบการสลาย
แอลเคนของชุมชน โดย t-rflp .
วัตถุประสงค์หลักของการศึกษานี้ เพื่อศึกษาข้อดี และข้อผิดพลาดของรูปแบบต่าง ๆวิธี

เมื่อตรวจสอบโครงสร้างการชุมชนในดิน ดังนั้น เราประเมินที่แตกต่างกัน alkb
t-rflp โปรโตคอลเพื่อให้บรรลุที่แข็งแกร่งที่สุดและมีความละเอียดอ่อนของอัลเคนซึ่งอธิบาย

จากชุมชนกว้างขวางสำหรับการจำกัดเผยแพร่ alkb ลำดับ
มีวัตถุประสงค์เพื่อ priori การจำแนกเอนไซม์จำกัดเหมาะ
ที่สุด ต่อมา วิธีที่ถูกท้าทายโดย
ใช้กับดิน สภาพแวดล้อม ลักษณะความหลากหลายของจุลินทรีย์
สูงและใส่ไฮโดรคาร์บอนค่อนข้างต่ำ ( ดิน
เกษตร microcosms ปกคลุมด้วยเศษซากพืชชั้น ) ผลลัพธ์ที่ได้
เมื่อเทียบกับเป้าหมายโดยรวมของชุมชน t-rflp โปรไฟล์ : ยีนเครื่องหมายต่างๆ ( 16S rRNA ยีน ) ในที่สุดดัชนีความหลากหลาย
deduced จากโปรไฟล์ของยีนเครื่องหมาย (
เมื่อเทียบกับแต่ละอื่น ๆและมีโครงสร้างการเสริม
วัฒนธรรมที่มาจากตัวอย่างดิน ด้วยสิ่งนี้ เราตั้งใจที่จะ
แสดงความเหมาะสมของวิธีการที่แตกต่างกันเพื่อประเมินความหลากหลาย
การเปลี่ยนแปลงจากชุมชนตอบสนองต่อโครงสร้างการป้อนข้อมูล