Bluetongue virus is the type specie

Bluetongue virus is the type species of the genus Orbivirus in the family Reoviridae. We report the first complete genome sequence of an isolate (IND2004/01) of bluetongue virus serotype 10 (BTV-10) from Andhra Pradesh, India. This isolate, which is stored in the Orbivirus Reference Collection (ORC) at IAH Pirbright, shows >99% nucleotide identity in all 10 genome segments with a vaccine strain of BTV-10 from the United States.

Go to:
GENOME ANNOUNCEMENT
Bluetongue virus (BTV) is the etiological agent of bluetongue (BT), an arthropod-transmitted disease that can be fatal, particularly in sheep and certain wild ruminants (including white-tailed deer). The virus can infect most ruminants (including cattle and goats), as well as camelids and certain carnivores (12, 13). BTV is transmitted to its ruminant hosts primarily by vector-competent species of biting midges (Culicoides spp.). The incidence of BT is therefore dependent on the geographic distribution and seasonal activity of adults of these vector species (4).

BTV is one of 22 virus species within the genus Orbivirus in the family Reoviridae (2, 15), and to date 26 BTV serotypes have been described (9). The icosahedral BTV particle is nonenveloped, with three distinct capsid layers, including the subcore, outer core, and outer capsid, enclosing a 10-segmented double-stranded RNA (dsRNA) genome encoding seven structural proteins (VP1 to VP7) (9, 10, 14, 18) and four nonstructural proteins (NS1, NS2, NS3/3a, and NS4) (3, 5, 7, 15, 19, 20).

BTV strains show variations in their nucleotide sequences that reflect their origins from different geographic regions around the world (6, 8, 17), with a clear division of most genome segments into eastern and western groups/topotypes (8, 16). Geographical separation over long periods of time has allowed bluetongue viruses in different regions to acquire unique point mutations, some of which may make them particularly well suited to transmission and survival in their local ecosystems (8).

A sequence database for BTV strains from diverse geographical areas is needed to support molecular epidemiological studies to determine the origins and movements of different virus lineages. We have generated whole-genome sequence data, using full-length amplification of cDNA (FLAC) techniques (1, 11), for a BTV-10 strain (IND2004/01) isolated in 2004 from Andhra Pradesh in India (www.reoviridae.org/dsRNA_virus_proteins/ReoID/btv-untyped.htm#IND2004/01). Sequences of the 10 genome segments (Seg-1 to Seg-10) were obtained using generic primers designed for BTV termini (phased primers) (11), as well as by gene walking on an ABI 3730 DNA capillary sequencing instrument.

The complete genome of IND2004/01 is 19,184 bp. The sizes (in base pairs) of Seg-1 to Seg-10 are 3,944, 2,926, 2,772, 1,981, 1,769, 1,638, 1,156, 1,127, 1,049, and 822, respectively. They encode seven structural proteins, VP1 to VP7, with amino acid lengths as follows: VP1, 1,302; VP2, 956; VP3, 901; VP4, 644; VP5, 526; VP6, 329; and VP7, 349. The numbers of amino acids in the four nonstructural proteins are as follows: NS1, 552; NS2, 354; NS3/NS3a, 229/216; and NS4, 77.

Phylogenetic analyses of sequences show that all genome segments of IND2004/01 group within the major western topotype and most closely with a BTV-10 vaccine strain from the United States (>99% nucleotide identity in each genome segment). This very close relationship raises concerns over the introduction of western vaccine strains into India. The most likely mechanisms for such introductions appear to reflect human involvement, either via importation of infected animals or by the use of live attenuated BTV-10 vaccines from the United States within the subcontinent.

Nucleotide sequence accession numbers.
The nucleotide sequences for IND2004/01 have been deposited in GenBank under accession numbers JQ740771 to JQ740780 for Seg-1 to Seg-10.

Go to:
ACKNOWLEDGMENTS
We acknowledge funding from the Commonwealth Commission, DEFRA, the European Commission (OrbiVac grant 245266; WildTech grant 222633–2), EMIDA grant OrbiNet K1303206, OIE, and BBSRC.

Go to:
REFERENCES
1. Attoui H, et al. 2000. Strategies for the sequence determination of viral dsRNA genomes. J. Virol. Methods 89:147–158 [PubMed]
2. Belaganahalli MN, et al. 2011. Umatilla virus genome sequencing and phylogenetic analysis: identification of stretch lagoon orbivirus as a new member of the Umatilla virus species. PLoS One 6:e23605. [PMC free article] [PubMed]
3. Belhouchet M, et al. 2011. Detection of a fourth orbivirus non-structural protein. PLoS One 6:e25697. [PMC free article] [PubMed]
4. Du Toit RM. 1944. The transmission of blue-tongue and horse-sickness by Culicoides. Onderstepoort J. Vet. Sci. Anim. Ind. 19:7–16
5. Firth AE. 2008. Bioinformatic analysis suggests that the Orbivirus VP6 cistron encodes an overlapping gene. Virol. J. 5:48. [PMC free article] [PubMed]
6. Gould AR. 1987. The complete nucleotide sequence of bluetongue virus serotype 1 RNA3 and a comparison with other geographic serotypes from Australia, South Africa and the United States of America, and with other orbivirus isolates. Virus Res. 7:169–183 [PubMed]
7. Huismans H, Els HJ. 1979. Characterization of the tubules associated with the replication of three different orbiviruses. Virology 92:397–406 [PubMed]
8. Maan S, et al. 2009. Molecular epidemiology studies of bluetongue virus, p 135–166 In Mellor PS, Baylis M, Mertens PPC, editors. (ed), Bluetongue, 1st ed Elsevier Academic Press, London, United Kingdom
9. Maan S, et al. 2011. Novel bluetongue virus serotype from Kuwait. Emerg. Infect. Dis. 17:886–889 [PMC free article] [PubMed]
10. Maan S, et al. 2010. Full genome characterisation of bluetongue virus serotype 6 from the Netherlands 2008 and comparison to other field and vaccine strains. PLoS One 5:e10323. [PMC free article] [PubMed]
11. Maan S, et al. 2007. Rapid cDNA synthesis and sequencing techniques for the genetic study of bluetongue and other dsRNA viruses. J. Virol. Methods 143:132–139 [PubMed]
12. Maclachlan NJ, Drew CP, Darpel KE, Worwa G. 2009. The pathology and pathogenesis of bluetongue. J. Comp. Pathol. 141:1–16 [PubMed]
13. MacLachlan NJ, et al. 1994. Detection of bluetongue virus in the blood of inoculated calves: comparison of virus isolation, PCR assay, and in vitro feeding of Culicoides variipennis. Arch. Virol. 136:1–8 [PubMed]
14. Mertens PP, Brown F, Sangar DV. 1984. Assignment of the genome segments of bluetongue virus type 1 to the proteins which they encode. Virology 135:207–217 [PubMed]
15. Mertens PPC, Maan S, Samuel A, Attoui H. 2005. Orbiviruses, Reoviridae, p 466–483 In Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, Desselberger U, Ball LA, editors. (ed), Virus taxonomy: eighth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier Academic Press, London, United Kingdom
16. Nomikou K, et al. 2009. Evolution and phylogenetic analysis of full-length VP3 genes of Eastern Mediterranean bluetongue virus isolates. PLoS One 4:e6437. [PMC free article] [PubMed]
17. Pritchard LI, Gould AR. 1995. Phylogenetic comparison of the serotype-specific VP2 protein of bluetongue and related orbiviruses. Virus Res. 39:207–220 [PubMed]
18. Roy P. 1989. Bluetongue virus genetics and genome structure. Virus Res. 13:179–206 [PubMed]
19. Roy P. 1992. Bluetongue virus proteins. J. Gen. Virol. 73:3051–3064 [PubMed]
20. Verwoerd DW, Els HJ, De Villiers EM, Huismans H. 1972. Structure of the bluetongue virus capsid. J. Virol. 10:783–794 [PMC free article] [PubMed]

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ไวรัส bluetongue เป็นพันธุ์ชนิดพืชสกุล Orbivirus ในครอบครัว Reoviridae เรารายงานสมบูรณ์จีโนมลำดับแรกของการแยก (IND2004/01) ของ bluetongue ไวรัส serotype 10 (BTV-10) จากรัฐอานธรประเทศ อินเดีย นี้แยก ซึ่งจะถูกเก็บไว้ในคอลเลกชันการอ้างอิง Orbivirus (ORC) ที่ IAH Pirbright แสดง > 99% ข้อมูลประจำตัวของนิวคลีโอไทด์ใน 10 กลุ่มเซ็กเมนต์ทั้งหมดด้วยต้องใช้วัคซีนของ BTV-10 จากสหรัฐอเมริกาลุยเลย:ประกาศจีโนมไวรัส bluetongue (BTV) เป็นตัวแทน etiological ของ bluetongue (BT), การส่งสัตว์ขาปล้องโรคที่ร้ายแรง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในแกะและ ruminants บางป่า (รวมสัตว์หาง–ขาว) ไวรัสสามารถติดเชื้อ ruminants ส่วนใหญ่ (รวมถึงวัวควายและแพะ), camelids และ carnivores บาง (12, 13) BTV จะส่งไปยังโฮสต์ของ ruminant หลักจากเวกเตอร์อำนาจพันธุ์ biting midges (Culicoides โอ) อุบัติการณ์ของบีทีจึงขึ้นอยู่กับการกระจายทางภูมิศาสตร์และกิจกรรมตามฤดูกาลของผู้ใหญ่เหล่านี้ชนิดเวกเตอร์ (4)BTV เป็นหนึ่งของสายพันธุ์ไวรัสที่ 22 ภายในพืชสกุล Orbivirus ในครอบครัว Reoviridae (2, 15), และวันที่สิ้นสุด 26 BTV serotypes ได้อธิบายไว้ (9) อนุภาค BTV icosahedral มี nonenveloped กับชั้นว่า capsid สาม subcore หลักภายนอก และ capsid นอก แนบถูกแบ่งเป็นช่วง 10 ขนคู่ (dsRNA) อาร์เอ็นเอจีโนมเข้าเจ็ดโครงสร้างโปรตีน (VP1 ให้ VP7) (9, 10, 14, 18) และสี่ nonstructural โปรตีน (NS1, NS2, NS3/3a และ NS4) (3, 5, 7, 15, 19, 20)สายพันธุ์ BTV แสดงในลำดับของนิวคลีโอไทด์ที่สะท้อนถึงจุดเริ่มต้นของพวกเขาจากภูมิภาคทางภูมิศาสตร์โลก (6, 8, 17), มีการแบ่งชัดเจนของเซ็กเมนต์กลุ่มส่วนใหญ่ในตะวันตก และตะวันออก กลุ่ม/topotypes (8, 16) แยกทางภูมิศาสตร์ผ่านระยะเวลานานได้รับอนุญาตไวรัส bluetongue ในภูมิภาคต่าง ๆ เพื่อซื้อกลายพันธุ์จุดเฉพาะ ซึ่งอาจทำให้ดีเหมาะสมที่จะส่งและอยู่รอดในระบบนิเวศของท้องถิ่น (8)ฐานข้อมูลลำดับสายพันธุ์ BTV จากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่หลากหลายเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อสนับสนุนการศึกษาโมเลกุลความเพื่อกำหนดจุดเริ่มต้นและความเคลื่อนไหวของไวรัสต่าง ๆ เชื้อชาติ เราได้สร้างทั้งจีโนมลำดับข้อมูล ใช้ขยายปราศจากเทคนิค cDNA (FLAC) (1, 11), BTV-10 ต้องใช้ (IND2004 01) แยกต่างหากในปี 2004 จากรัฐอานธรประเทศในอินเดีย (www.reoviridae.org/ dsRNA_virus_proteins/ReoID/btv-untyped.htm#IND2004/01) ลำดับของเซ็กเมนต์กลุ่ม 10 (Seg-1 Seg-10) ได้รับการใช้ไพรเมอร์ทั่วไปที่ออกแบบมาสำหรับเทอร์มินิ BTV (ไพรเมอร์แบบเป็นขั้นตอน) (11), รวมทั้งเป็น โดยยีนเดินบนเครื่อง ABI 3730 DNA ลำดับเส้นเลือดฝอยจีโนมสมบูรณ์ IND2004/01 เป็น 19,184 bp ขนาด (ในฐานคู่) ของ Seg-1 Seg 10 มี 3,944, 2,926, 2,772, 1,981, 1,769, 1,638, 1,156, 1,127, 1,049 และ 822 ตามลำดับ พวกเขาเข้าเจ็ดโครงสร้างโปรตีน VP1 ให้ VP7 มีกรดอะมิโนความยาวดังนี้: VP1, 1,302 VP2, 956 VP3, 901 VP4, 644 VP5, 526 VP6, 329 และ VP7, 349 จำนวนกรดอะมิโนในโปรตีน nonstructural สี่มีดังนี้: NS1, 552 NS2, 354 NS3/NS3a, 229/216 และ NS4, 77วิเคราะห์ phylogenetic ลำดับแสดงว่า กลุ่มเซ็กเมนต์ที่ทั้งหมดของ IND2004/01 กลุ่มภาย ใน topotype ตะวันตกสำคัญ และเคียง ด้วยต้องใช้วัคซีน BTV 10 จากสหรัฐอเมริกา (> 99% ข้อมูลประจำตัวของนิวคลีโอไทด์ในแต่ละกลุ่ม) ความสัมพันธ์นี้ดียกความกังวลผ่านการแนะนำสายพันธุ์วัคซีนตะวันตกในอินเดีย กลไกสำหรับบทนำดังกล่าวมักจะ สะท้อนถึงการมีส่วนร่วมมนุษย์ การ ผ่าน ของสัตว์ที่ติดเชื้อ หรือ โดยการใช้ของสดไฟฟ้าเคร... BTV-10 รู้จากสหรัฐอเมริกาภายในอนุทวีปที่นำเข้าหมายเลขทะเบียนลำดับนิวคลีโอไทด์ลำดับนิวคลีโอไทด์สำหรับ IND2004/01 ได้รับการฝากใน GenBank ภายใต้หมายเลขทะเบียน JQ740771 กับ JQ740780 Seg-1 Seg-10ลุยเลย:ตอบเรายอมรับทุนจากเครือจักรภพนาย DEFRA คณะกรรมาธิการยุโรป (ให้ OrbiVac 245266 WildTech สิทธิ 222633 – 2), EMIDA ให้ OrbiNet K1303206 สัตว์ระหว่างประเทศ และ BBSRCลุยเลย:การอ้างอิง1. H Attoui, al. และ 2000 กลยุทธ์สำหรับการกำหนดลำดับของ dsRNA ไวรัส genomes J. Virol วิธี 89:147 – 158 [PubMed]2. Belaganahalli MN, et al. 2011 ลำดับจีโนมของไวรัส Umatilla และวิเคราะห์ phylogenetic: รหัสของ orbivirus ลากูนยืดเป็นสมาชิกใหม่ของสายพันธุ์ไวรัส Umatilla 6:e23605 PLoS หนึ่ง [เอ็มฟรีบท] [PubMed]3. Belhouchet M, et al. 2011 การตรวจหาโปรตีนไม่ใช่โครงสร้างของ orbivirus สี่ 6:e25697 PLoS หนึ่ง [เอ็มฟรีบท] [PubMed]4. ดู Toit RM. 1944 ส่งลิ้นฟ้าและม้าเจ็บ โดย Culicoides เรื่องน่ารู้ของ J. Onderstepoort Ind. Anim. sci. 19:7-165. เฟิร์ธออแอะ 2008 ผลเชิงวิวัฒนาการวิเคราะห์แนะนำว่า cistron Orbivirus VP6 จแมปยีนการทับซ้อนกัน Virol เจ 5:48 [เอ็มฟรีบท] [PubMed]6. Gould AR. 1987 ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของ serotype ของไวรัส bluetongue 1 RNA3 และเปรียบเทียบ กับ serotypes ภูมิศาสตร์อื่น ๆ จากออสเตรเลีย แอฟริกาใต้ และสหรัฐอเมริกา และ orbivirus อื่น ๆ ที่แยกได้ ไวรัส 7:169 ทรัพยากร – 183 [PubMed]7. Huismans H, HJ แล้ง 1979. คุณสมบัติของ tubules ที่เกี่ยวข้องกับการจำลองแบบของ orbiviruses แตกต่างกัน 3 92:397 วิทยาไวรัส-406 [PubMed]8. มาน S, et al. 2009 ศึกษาระบาดวิทยาระดับโมเลกุลของไวรัส bluetongue, p 135 – 166 ใน Mellor PS, Baylis M, Mertens PPC บรรณาธิการ (ed), Bluetongue, ed 1 ข่าววิชาการ Elsevier ลอนดอน สหราชอาณาจักร9. มาน S, et al. 2011 Serotype ไวรัส bluetongue นวนิยายจากคูเวต Emerg ติดเชื้อ Dis. 17:886 – 889 [เอ็มฟรีบท] [PubMed]10. มาน S, et al. 2010 เต็มตรวจลักษณะเฉพาะของจีโนมของ bluetongue ไวรัส serotype 6 จากประเทศเนเธอร์แลนด์ 2008 และเปรียบเทียบกับสายพันธุ์อื่นฟิลด์และวัคซีน 5:e10323 PLoS หนึ่ง [เอ็มฟรีบท] [PubMed]11. มาน S, et al. 2007 การสังเคราะห์ cDNA อย่างรวดเร็วและเทคนิคการจัดลำดับการศึกษาพันธุกรรมของ bluetongue และไวรัสอื่น ๆ dsRNA J. Virol วิธี 143:132-139 [PubMed]12. Maclachlan NJ วาด CP, Darpel KE, Worwa G. 2009 พยาธิวิทยาและพยาธิกำเนิดของ bluetongue J. ประกอบ Pathol 141:1 – 16 [PubMed]13. MacLachlan NJ, et al. 1994 ตรวจจับไวรัส bluetongue ในเลือดของวัว inoculated: เปรียบเทียบแยกไวรัส PCR assay และอาหารเพาะเลี้ยงของ Culicoides variipennis Arch. Virol 136:1-8 [PubMed]14. Mertens PP, F สีน้ำตาล Sangar DV 1984. กำหนดเซ็กเมนต์จีโนมของไวรัส bluetongue พิมพ์ 1 โปรตีนซึ่งจะเข้ารหัส ชเป็น 135:207 – 217 [PubMed]15 Samuel Mertens PPC มาน S, A, Attoui H. 2005 Orbiviruses, Reoviridae, p 466-483 ใน Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, Desselberger U, LA ลูก บรรณาธิการ (ed), ไวรัสระบบ: รายงานแปดคณะกรรมการนานาชาติเกี่ยวกับการจำแนกประเภทของไวรัส ข่าววิชาการ Elsevier ลอนดอน สหราชอาณาจักร16. Nomikou K, et al. 2009 วิวัฒนาการและการวิเคราะห์ phylogenetic ปราศจาก VP3 ยีนของไวรัส bluetongue เมดิเตอร์เรเนียนตะวันออกแยก 4:e6437 PLoS หนึ่ง [เอ็มฟรีบท] [PubMed]17. Pritchard LI, Gould AR. 1995 เปรียบเทียบ phylogenetic โปรตีน VP2 เฉพาะ serotype bluetongue และ orbiviruses ที่เกี่ยวข้อง ไวรัส 39:207 ทรัพยากร – 220 [PubMed]18. รอย P. 1989 Bluetongue ไวรัสพันธุศาสตร์และกลุ่มโครงสร้าง ไวรัส 13:179 ทรัพยากร – 206 [PubMed]19. รอย P. 1992 โปรตีนไวรัส bluetongue J. ทั่วไป Virol 73:3051-3064 [PubMed]20. Verwoerd DW กับ HJ เอตวลโอเด EM, Huismans H. 1972 โครงสร้างของ capsid ไวรัส bluetongue J. Virol 10:783-794 [เอ็มฟรีบท] [PubMed]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไวรัส Bluetongue เป็นชนิดพันธุ์ของพืชและสัตว์ Orbivirus ในครอบครัว Reoviridae เรารายงานครั้งแรกลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของการแยก (IND2004 / 01) ของไวรัส Bluetongue serotype 10 (BTV-10) จากรัฐอานธรประเทศอินเดีย แยกนี้ซึ่งถูกเก็บไว้ใน Orbivirus เก็บอ้างอิง (ORC) ที่ IAH Pirbright แสดง> ตัวตนของนิวคลีโอ 99% ในทุกกลุ่มจีโนม 10 กับสายพันธุ์วัคซีนของ BTV-10 จากสหรัฐอเมริกา. ไปที่: GENOME ประกาศไวรัส Bluetongue ( BTV) เป็นสาเหตุสำคัญประการของ Bluetongue (BT), โรค arthropod-ส่งที่สามารถเป็นอันตรายถึงชีวิตโดยเฉพาะอย่างยิ่งในแกะและสัตว์เคี้ยวเอื้องป่าบางอย่าง (รวมทั้งกวางขาวนก) ไวรัสสามารถติดเชื้อสัตว์เคี้ยวเอื้องส่วนใหญ่ (รวมทั้งวัวและแพะ) เช่นเดียวกับ camelids และสัตว์กินเนื้อบาง (12, 13) BTV จะถูกส่งไปยังโฮสต์ของสัตว์เคี้ยวเอื้องหลักโดยสายพันธุ์เวกเตอร์อำนาจของริ้นกัด (Culicoides spp.) อุบัติการณ์ของ BT จึงขึ้นอยู่กับการกระจายทางภูมิศาสตร์และการทำกิจกรรมตามฤดูกาลของผู้ใหญ่ของสายพันธุ์เหล่านี้เวกเตอร์ (4). BTV เป็นหนึ่งใน 22 ชนิดของไวรัสที่อยู่ในประเภท Orbivirus ในครอบครัว Reoviridae (2, 15) และวันที่ 26 BTV สายพันธุ์ได้รับการอธิบาย (9) อนุภาค BTV icosahedral เป็น nonenveloped มีสามชั้น capsid ที่แตกต่างกันรวมทั้ง subcore แกนด้านนอกและด้านนอก capsid ล้อมรอบ 10 แบ่ง RNA เกลียวคู่ (dsRNA) จีโนมการเข้ารหัสเจ็ดโปรตีนโครงสร้าง (VP1 เพื่อ VP7) (9, 10 , 14, 18) และสี่โปรตีน nonstructural (NS1, NS2, NS3 / 3a และ NS4) (3, 5, 7, 15, 19, 20). สายพันธุ์บีทีวีแสดงการเปลี่ยนแปลงในลำดับเบสของพวกเขาที่สะท้อนให้เห็นถึงต้นกำเนิดของพวกเขาจากที่แตกต่างกันทางภูมิศาสตร์ ภูมิภาคทั่วโลก (6, 8, 17) โดยแบ่งที่ชัดเจนของกลุ่มจีโนมส่วนใหญ่เป็นกลุ่มตะวันออกและตะวันตก / topotypes (8, 16) การแยกทางภูมิศาสตร์ในช่วงระยะเวลานานได้รับอนุญาตให้ไวรัส Bluetongue ในภูมิภาคต่าง ๆ ที่จะได้รับการกลายพันธุ์จุดที่ไม่ซ้ำบางส่วนที่อาจทำให้พวกเขาโดยเฉพาะอย่างยิ่งเหมาะกับการส่งและการอยู่รอดในระบบนิเวศในท้องถิ่นของตน (8). ฐานข้อมูลลำดับสำหรับสายพันธุ์ BTV จากความหลากหลายทางภูมิศาสตร์ พื้นที่เป็นสิ่งจำเป็นเพื่อสนับสนุนการศึกษาทางระบาดวิทยาโมเลกุลเพื่อตรวจสอบต้นกำเนิดและความเคลื่อนไหวของ lineages ไวรัสที่แตกต่างกัน เราได้สร้างข้อมูลลำดับจีโนมทั้งหมดโดยใช้เครื่องขยายเสียงเต็มความยาวของยีน (FLAC) เทคนิค (1, 11) สำหรับสายพันธุ์ BTV-10 (IND2004 / 01) ที่แยกได้ในปี 2004 จากรัฐอานธรประเทศในอินเดีย (www.reoviridae org / dsRNA_virus_proteins / ReoID / BTV-untyped.htm # IND2004 / 01) ลำดับของ 10 กลุ่มจีโนม (Seg-1 ถึง Seg-10) ที่ได้รับโดยใช้ไพรเมอร์ทั่วไปที่ออกแบบมาสำหรับปลายทาง BTV (ไพรเมอร์จะค่อย ๆ ) (11) เช่นเดียวกับยีนเดิน ABI 3730 เครื่องมือที่ใช้ในการหาลำดับดีเอ็นเอฝอย. จีโนมที่สมบูรณ์ ของ IND2004 / 01 เป็น 19,184 bp ขนาด (ในฐานคู่) ของ Seg-1 ถึง Seg-10 เป็น 3,944, 2,926, 2,772, 1,981, 1,769, 1,638, 1,156, 1,127, 1,049 และ 822 ตามลำดับ พวกเขาเข้ารหัสเจ็ดโปรตีนโครงสร้าง VP1 เพื่อ VP7, มีความยาวกรดอะมิโนดังนี้ VP1, 1302; VP2, 956; VP3, 901; VP4, 644; VP5, 526; VP6, 329; และ VP7, 349 หมายเลขของกรดอะมิโนในโปรตีนสี่ nonstructural มีดังนี้ NS1, 552; NS2, 354; NS3 / NS3a, 229/216; และ NS4, 77. การวิเคราะห์วิวัฒนาการของลำดับแสดงให้เห็นว่าทุกกลุ่มจีโนมของ IND2004 / 01 กลุ่มภายใน topotype สำคัญตะวันตกและใกล้ชิดที่สุดกับสายพันธุ์วัคซีน BTV-10 จากสหรัฐอเมริกา (> ตัวตนของนิวคลีโอ 99% ในส่วนของจีโนมในแต่ละครั้ง) นี้ความสัมพันธ์ใกล้ชิดมากก่อให้เกิดความกังวลเกี่ยวกับการเปิดตัวของสายพันธุ์วัคซีนตะวันตกเข้าสู่ประเทศอินเดีย กลไกมากที่สุดสำหรับการเปิดตัวดังกล่าวดูเหมือนจะสะท้อนให้เห็นถึงการมีส่วนร่วมของมนุษย์ทั้งผ่านการนำเข้าสัตว์ที่ติดเชื้อหรือโดยการใช้ประโยชน์จากการถ่ายทอดสด attenuated วัคซีน BTV-10 จากสหรัฐอเมริกาภายในทวีป. หมายเลขภาคยานุวัติลำดับเบส. ลำดับเบสสำหรับ IND2004 / 01 ได้รับฝากไว้ใน GenBank ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติ JQ740771 เพื่อ JQ740780 สำหรับ Seg-1 ถึง Seg-10. ไปที่: กิตติกรรมประกาศเรารับทราบการระดมทุนจากเครือจักรภพสำนักงานคณะกรรมการกำกับอาร์คณะกรรมาธิการยุโรป (OrbiVac ทุน 245266; WildTech ทุน 222633-2) Emida ให้ OrbiNet K1303206, OIE และ BBSRC. ไปที่: อ้างอิง1 Attoui H, et al 2000 กลยุทธ์สำหรับการกำหนดลำดับของจีโนมของไวรัส dsRNA เจ Virol วิธีการ 89: 147-158 [PubMed] 2 Belaganahalli MN, et al 2011 Umatilla ลำดับจีโนมของไวรัสและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ: บัตรประจำตัวของ orbivirus ทะเลสาบยืดเป็นสมาชิกใหม่ของสายพันธุ์ไวรัส Umatilla PLoS หนึ่ง 6: e23605 [PMC บทความฟรี] [PubMed] 3 Belhouchet M, et al ปี 2011 การตรวจที่สี่ orbivirus โปรตีนที่ไม่มีโครงสร้าง PLoS หนึ่ง 6: e25697 [PMC บทความฟรี] [PubMed] 4 Du Toit RM ปี 1944 การส่งลิ้นฟ้าและม้าเจ็บป่วยโดย Culicoides Onderstepoort เจสัตวแพทย์ วิทย์ Anim Ind 19:. 7-16 5 ท่วม AE ปี 2008 การวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่า Bioinformatic Cistron Orbivirus VP6 ถอดรหัสยีนที่ทับซ้อนกัน Virol เจ 05:48 [PMC บทความฟรี] [PubMed] 6 โกลด์ AR ปี 1987 ลำดับนิวคลีโอที่สมบูรณ์ของไวรัส Bluetongue serotype 1 RNA3 และเปรียบเทียบกับสายพันธุ์ทางภูมิศาสตร์อื่น ๆ จากออสเตรเลีย, แอฟริกาใต้และสหรัฐอเมริกาและมีเชื้อ orbivirus อื่น ๆ ไวรัส Res 7: 169-183 [PubMed] 7 Huismans H, Els HJ ปี 1979 ลักษณะของท่อที่เกี่ยวข้องกับการจำลองแบบของสาม orbiviruses ที่แตกต่างกัน ไวรัสวิทยา 92: 397-406 [PubMed] 8 Maan S, et al 2009 การศึกษาระบาดวิทยาโมเลกุลของไวรัส Bluetongue พี 135-166 ในเมลเลอร์ PS, Baylis M, Mertens PPC บรรณาธิการ (เอ็ด) Bluetongue, 1st ed เอลส์นักวิชาการสื่อมวลชนลอนดอน, สหราชอาณาจักร9 Maan S, et al 2011 serotype ไวรัส Bluetongue นวนิยายจากคูเวต Emerg ทำให้ติดเชื้อ Dis 17: 886-889 [PMC บทความฟรี] [PubMed] 10 Maan S, et al 2010 ลักษณะจีโนมเต็มของ serotype ไวรัส Bluetongue 6 จากเนเธอร์แลนด์ปี 2008 และเมื่อเปรียบเทียบกับข้อมูลอื่น ๆ และสายพันธุ์วัคซีน PLoS One ที่ 5: e10323 [บทความ PMC ฟรี] [PubMed] 11 Maan S, et al 2007 การสังเคราะห์ยีนอย่างรวดเร็วและเทคนิคการจัดลำดับสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรมของ Bluetongue และไวรัส dsRNA อื่น ๆ เจ Virol วิธีการ 143: 132-139 [PubMed] 12 Maclachlan NJ ดึงซีพี Darpel KE, Worwa G. 2009. พยาธิวิทยาและพยาธิกำเนิดของ Bluetongue เจคอมพ์ Pathol 141: 1-16 [PubMed] 13 MacLachlan นิวเจอร์ซีย์, et al ปี 1994 การตรวจหาไวรัส Bluetongue ในเลือดของลูกเชื้อ: การเปรียบเทียบการแยกเชื้อไวรัส, การทดสอบ PCR และการให้อาหารในหลอดทดลองของ Culicoides variipennis ซุ้มประตู Virol 136: 1-8 [PubMed] 14 Mertens PP, สีน้ำตาล F, Sangar DV ปี 1984 ได้รับมอบหมายจากกลุ่มจีโนมของไวรัสชนิด Bluetongue 1 ถึงโปรตีนที่พวกเขาเข้ารหัส ไวรัสวิทยา 135: 207-217 [PubMed] 15 Mertens PPC, Maan ต, ซามูเอล, Attoui เอช 2005 Orbiviruses, Reoviridae พี 466-483 ใน Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff เจ Desselberger U, บอล LA, บรรณาธิการ (เอ็ด) อนุกรมวิธานไวรัส: รายงานแปดของคณะกรรมการระหว่างประเทศเกี่ยวกับอนุกรมวิธานของไวรัส เอลส์นักวิชาการสื่อมวลชนลอนดอน, สหราชอาณาจักร16 Nomikou K, et al 2009 วิวัฒนาการและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของความยาวเต็มรูปแบบยีน VP3 ของ Bluetongue เมดิเตอร์เรเนียนตะวันออกเชื้อไวรัส PLoS One 4: e6437 [บทความ PMC ฟรี] [PubMed] 17 Pritchard LI, โกลด์ AR ปี 1995 เปรียบเทียบวิวัฒนาการของโปรตีน VP2 serotype เฉพาะของ Bluetongue และ orbiviruses ที่เกี่ยวข้อง ไวรัส Res 39: 207-220 [PubMed] 18 รอย P. 1989. Bluetongue พันธุกรรมไวรัสและโครงสร้างจีโนม ไวรัส Res 13: 179-206 [PubMed] 19 รอย P. 1992 Bluetongue โปรตีนไวรัส เจพล Virol 73: 3051-3064 [PubMed] 20 Verwoerd DW, Els HJ, De Villiers EM, Huismans เอช 1972 โครงสร้างของ capsid ไวรัส Bluetongue เจ Virol 10: 783-794 [บทความ PMC ฟรี] [PubMed]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ห่ะ เป็นประเภท ชนิด ของ สกุล orbivirus ใน reoviridae ครอบครัว เรารายงานให้สมบูรณ์ก่อนลำดับจีโนมของเชื้อ ( ind2004 / 01 ) โดยห่ะ 10 ( btv-10 ) จากรัฐอานธรประเทศ , อินเดีย นี้แยก ซึ่งถูกจัดเก็บไว้ในหนังสืออ้างอิง orbivirus ( Orc ) ที่ pirbright iah ,แสดง > 99% นิวคลีโอไทด์ตัวตนในกลุ่ม 10 จีโนมทั้งหมดด้วยวัคซีนสายพันธุ์ของ btv-10 จากสหรัฐอเมริกา

ไป :

( ประกาศห่ะ ( bTV ) เป็นเจ้าหน้าที่ทราบของบลูทังก์ ( BT ) , ดินไม่เป็นโรคที่สามารถเป็นอันตรายถึงชีวิต โดยเฉพาะอย่างยิ่งในแกะและบางป่าสัตว์เคี้ยวเอื้อง ( รวมทั้ง สีขาวหางกวาง )ไวรัสสามารถติดเชื้อสัตว์เคี้ยวเอื้องส่วนใหญ่ ( รวมทั้งวัวและแพะ ) เช่นเดียวกับ camelids และบางสัตว์กินเนื้อ ( 12 , 13 ) บีทีวีจะถูกส่งไปยังโฮสต์ของสัตว์เป็นหลัก โดยมีชนิดของเวกเตอร์เหลือบกัด ( คิวลิค เดส spp . ) อุบัติการณ์ของบีที จึงขึ้นอยู่กับการกระจายทางภูมิศาสตร์และกิจกรรมตามฤดูกาลของผู้ใหญ่ของชนิดเวกเตอร์เหล่านี้

( 4 )บีทีวี เป็นหนึ่งใน 22 เชื้อไวรัสชนิดภายในสกุล orbivirus ใน reoviridae ครอบครัว ( 2 , 15 ) และวันที่ 26 ( บีทีวีได้รับการอธิบาย ( 9 ) อนุภาค bTV icosahedral มี nonenveloped มี 3 ชั้น เปลือกที่แตกต่างกัน รวมทั้ง subcore นอกแกนและเปลือกนอก , การปิดล้อม 10 คู่ตีเกลียว RNA ( dsRNA ) แบ่งพันธุกรรมการเข้ารหัสเจ็ดโครงสร้างโปรตีน ( vp1 เพื่อ vp7 ) ( 9 , 10 , 14 ,18 ) และ 4 ( 1 ตอบกลับ NS2 , โปรตีน , ตัด / 3A , และกลุ่ม ) ( 3 , 5 , 7 , 15 , 19 , 20 ) .

บีทีวีสายพันธุ์ที่แสดงการเปลี่ยนแปลงของลำดับเบสที่สะท้อนของพวกเขากำเนิดจากภูมิภาคทางภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกันทั่วโลก ( 6 , 8 , 16 ) , ชัดเจน ส่วนกลุ่มพันธุกรรมมากที่สุดในกลุ่ม topotypes ตะวันออกและตะวันตก ( 8 , 16 )การแยกทางภูมิศาสตร์มากกว่าระยะเวลานานของเวลาที่ได้รับอนุญาต Bluetongue ไวรัสในภูมิภาคที่แตกต่างกันที่จะได้รับการกลายพันธุ์เฉพาะจุด ซึ่งอาจทำให้พวกเขาโดยเฉพาะอย่างยิ่งเหมาะที่จะส่งและอยู่รอดในระบบนิเวศในท้องถิ่นของตน ( 8 ) .

ลำดับฐานข้อมูลสำหรับบีทีวีสายพันธุ์จากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่หลากหลายเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อสนับสนุนการศึกษาด้านระบาดวิทยาโมเลกุลเพื่อศึกษากำเนิดและการเคลื่อนไหวของพันธุ์ของไวรัสที่แตกต่างกัน เราได้สร้างลำดับของข้อมูลจีโนมทั้งหมด โดยใช้แบบเต็มตัวของ cDNA ( FLAC ) เทคนิค ( 1 , 11 ) สำหรับ btv-10 สายพันธุ์ ( ind2004 / 01 ) แยกในปี 2004 จากรัฐอานธรประเทศในอินเดีย ( www.reoviridae .dsrna_virus_proteins org / / reoid / บีทีวี untyped . htm # ind2004 / 01 ) ลำดับของจีโนม ( seg-1 10 ส่วนเพื่อ seg-10 ) โดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบโดยทั่วไปสำหรับบีทีวี แทร์มินี่ ( แบ่งด้วย ) ( 11 ) , เช่นเดียวกับยีนเดินบนปลายหลอดเลือดฝอย 940 ดีเอ็นเอลำดับอุปกรณ์ .

จีโนมที่สมบูรณ์ของ ind2004 / 01 19184 BP . ขนาด ( คู่เบส ) ของ seg-1 เพื่อ seg-10 เป็น 3944 3006 2772 1 , , , ,981 1769 1-6 , 1 ตัว , , , 989 , 822 ) พวกเขาเข้ารหัสเจ็ดโครงสร้างโปรตีน vp1 เพื่อ vp7 ที่มีกรดอะมิโนความยาวดังนี้ vp1 1302 ; vp2 , 956 vp3 901 , ; , ; vp4 , 644 ; vp5 526 ; vp6 , 329 ; และ vp7 349 . ตัวเลขของกรดอะมิโนในโปรตีนสี่ไม่ได้มีดังนี้ : 1 552 ; NS2 , 354 ; สร้าง / ns3a 229 / 216 ; และ , กลุ่ม , 77 .

ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการวิเคราะห์ลำดับจีโนมทั้งหมด ส่วนของ ind2004 / 01 กลุ่มภายใน topotype ตะวันตกหลักและที่สุดใกล้เคียงกับสายพันธุ์วัคซีน btv-10 จากประเทศสหรัฐอเมริกา ( > 99% นิวคลีโอไทด์เอกลักษณ์ในส่วนโครโมโซมแต่ละครั้ง ) ความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดนี้จะเพิ่มความกังวลเกี่ยวกับวัคซีนสายพันธุ์ตะวันตกในอินเดียกลไกมากที่สุดเช่นการปรากฏขึ้นเพื่อสะท้อนให้เห็นถึงการมีส่วนร่วมของมนุษย์ทั้งผ่านการนำเข้าของสัตว์ที่ติดเชื้อ หรือโดยการใช้อยู่เป็น btv-10 วัคซีนจากสหรัฐภายในทวีป


ลำดับนิวคลีโอไทด์ชนิดตัวเลขยีนที่ลำดับสำหรับ ind2004 / 01 ได้รับฝากบริเวณภายใต้ตัวเลขการ jq740771 เพื่อ jq740780 สำหรับ seg-1 เพื่อ seg-10

ไป :
ขอบคุณ
เรายอมรับทุนจากเครือจักรภพแห่งชาติ ดีฟรา , คณะกรรมาธิการยุโรป ( orbivac ให้ 245266 ; wildtech ให้ 222633 ( 2 ) emida ให้ orbinet k1303206 , องค์กร , และ bbsrc

ไปอ้างอิง :

1 attoui H , et al . 2000กลยุทธ์สำหรับการหาลำดับของจีโนม dsRNA ไวรัส เจ virol . วิธีการ 89:147 – 158 [ บริการ ]
2 belaganahalli Mn , et al . 2011 umatilla ไวรัสจีโนมลำดับการวิเคราะห์ phylogenetic : การยืดทะเลสาบ orbivirus เป็นสมาชิกใหม่ของ umatilla ไวรัสชนิด หนึ่ง PLoS 6 : e23605 . [ PMC ฟรีบทความ ] [ บริการ ]
3 belhouchet M , et al . 2011การตรวจหาโปรตีนโครงสร้างสี่ orbivirus ไม่ หนึ่ง PLoS 6 : e25697 . [ PMC ฟรีบทความ ] [ บริการ ]
4 Du Toit RM . ในปี 1944 การส่งผ่านของลิ้นฟ้า และม้าป่วย โดยคิวลิค เดส . onderstepoort เจ สัตวแพทย์ สภาวะโลกร้อน ทำให้มีชีวิตชีวา 19 : 7 - 16 -
5 เฟิร์ท เอ 2008 การวิเคราะห์ไบโอ นฟ ์เมติกชี้ให้เห็นว่าสำนวนโวหาร vp6 orbivirus encodes กันของยีน virol . เจ 5:48 . [ PMC ฟรีบทความ ] [ บริการ ]
6โกลด์ AR . 1987 สมบูรณ์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของห่ะ type 1 rna3 และการเปรียบเทียบกับอื่น ๆ ( ทางภูมิศาสตร์จากออสเตรเลีย แอฟริกาใต้ และสหรัฐอเมริกา และมี orbivirus อื่นๆของเชื้อ ความละเอียด 7:169 ไวรัส– 183 [ บริการ ]
7 huismans H , ELS Hj . 1979 . คุณสมบัติของท่อที่เกี่ยวข้องกับการ orbiviruses สามที่แตกต่างกันไวรัสวิทยา 92:397 – 406 [ บริการ ]
8 ม่าน , et al . 2009 อณูระบาดวิทยาการศึกษาห่ะ , P 135 – 166 ในเมลเลอร์ PS , เบลิสเอ็ม เมอร์เทน PPC , บรรณาธิการ ( เอ็ด ) , Bluetongue 1st ed จากวิชาการกด , ลอนดอน , สหราชอาณาจักร
9 ม่าน , et al . 2011 โดย Bluetongue ไวรัสใหม่จากคูเวต ภาวะฉุกเฉิน . ติดเชื้อ DIS 17:886 – 889 [ PMC ฟรีบทความ ] [ บริการ ]
10 ม่าน , et al . 2010วิเคราะห์จีโนมเต็มห่ะ type 6 จากเนเธอร์แลนด์ ปี 2551 และการเปรียบเทียบกับเขตอื่น ๆและวัคซีนสายพันธุ์ คําที่ 5 : e10323 . [ PMC ฟรีบทความ ] [ บริการ ]
11 ม่าน , et al . 2007 การสังเคราะห์ cDNA อย่างรวดเร็วและเทคนิคในการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อ Bluetongue ไวรัส dsRNA และอื่น ๆ เจ virol . วิธีการ 143:132 – 139 [ บริการ ]
12 เมิกแค็กเลิน NJ , ดรูว์ ซีพี darpel Keworwa G 2009 พยาธิวิทยาพยาธิกำเนิดของโรคลิ้นสีน้ำเงินและ . เจ. คอมพ์ pathol . 141:1 – 16 [ บริการ ]
13 เมิกแค็กเลิน NJ , et al . 1994 การตรวจหาเชื้อ Bluetongue ไวรัสในเลือดของวัว : เปรียบเทียบการแยกไวรัส PCR assay และในหลอดทดลองป้อนคิวลิค เดส variipennis . arch virol . 136:1 – 8 [ บริการ ]
14 เมอร์เทน PP , สีน้ำตาล F Sangar DV . 1984งานของจีโนมของไวรัสชนิด 1 ส่วน Bluetongue โปรตีนซึ่งพวกเขาเข้ารหัส . ไวรัสวิทยา 135:207 – 217 [ บริการ ]
15 แมน เมอร์เทน PPC , S , ซามูเอล , attoui เอช 2005 orbiviruses reoviridae P , 466 – 483 ใน fauquet เซนติเมตร มายองเนส มา maniloff J , desselberger u , ลูกลา , บรรณาธิการ . ( เอ็ด ) , อนุกรมวิธานของไวรัส : รายงานที่แปดของคณะกรรมการระหว่างประเทศเกี่ยวกับอนุกรมวิธานของไวรัสบริษัทวิชาการกด , ลอนดอน , สหราชอาณาจักร
16 nomikou K , et al . 2009 วิวัฒนาการและการวิเคราะห์วิวัฒนาการของยีนแบบเต็มตัว vp3 เมดิเตอร์เรเนียนตะวันออก Bluetongue ไวรัสเชื้อ หนึ่ง PLoS 4 : e6437 . [ PMC ฟรีบทความ ] [ บริการ ]
17 พริทชาร์ดลี่ โกลด์ AR . 1995 การเปรียบเทียบชนิดของโปรตีนโดยเฉพาะ vp2 Bluetongue ที่ orbiviruses . คงเหลือ 39 : ไวรัส207 – 220 [ บริการ ]
18 รอยหน้า 1989 พันธุศาสตร์และโครงสร้างจีโนม Bluetongue ไวรัส . ความละเอียด 13:179 ไวรัส– 206 [ บริการ ]
19 รอยหน้า 1992 โปรตีน Bluetongue ไวรัส เจ พล.อ. virol . 73:3051 – 3064 [ บริการ ]
20 verwoerd DW , ELS Hj de Villiers เอ็ม huismans . 2515 . โครงสร้างของ Bluetongue ไวรัสเพลี้ย . เจ virol . 10:783 – 794 [ PMC ] [ บริการ ] บทความฟรี