The population of ammonia-oxidizing

The population of ammonia-oxidizing bacteria in a temperate oligotrophic freshwater lake was analyzed by
recovering 16S ribosomal DNA (rDNA) from lakewater and sediment samples taken throughout a seasonal
cycle. Nitrosospira and Nitrosomonas 16S rRNA genes were amplified in a nested PCR, and the identity of the
products was confirmed by oligonucleotide hybridization. Nitrosospira DNA was readily identified in all
samples, and nitrosomonad DNA of the Nitrosomonas europaea-Nitrosomonas eutropha lineage was also directly
detected, but during the summer months only. Phylogenetic delineation with partial (345 bp) 16S rRNA gene
sequences of clones obtained from sediments confirmed the fidelity of the amplified nitrosomonad DNA and
identified two sequence clusters closely related to either N. europaea or N. eutropha that were equated with the
littoral and profundal sediment sites, respectively. Determination of 701-bp sequences for 16S rDNA clones
representing each cluster confirmed this delineation. A PCR-restriction fragment length polymorphism
(RFLP) system was developed that enabled identification of clones containing N. europaea and N. eutropha 16S
rDNA sequences, including subclasses therein. It proved possible to analyze 16S rDNA amplified directly from
sediment samples to determine the relative abundance of each species compared with that of the other. N.
europaea and N. eutropha are very closely related, and direct evidence for their presence in lake systems is
limited. The correlation of each species with a distinct spatial location in sediment is an unusual example of
niche adaptation by two genotypically similar bacteria. Their occurrence and relative distribution can now be
routinely monitored in relation to environmental variation by the application of PCR-RFLP analysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ประชากรของแบคทีเรียออกซิไดซ์แอมโมเนียในทะเลสาบน้ำจืด oligotrophic หนาวถูกวิเคราะห์โดยการกู้คืน 16S ribosomal ดีเอ็นเอ (rDNA) จากตัวอย่าง lakewater และตะกอนถ่ายตลอดตามฤดูกาลวน Nitrosospira และ Nitrosomonas 16S rRNA ยีนถูกขยายใน PCR ซ้อน และข้อมูลเฉพาะของการผลิตภัณฑ์ได้รับการยืนยัน โดย oligonucleotide hybridization ดีเอ็นเอ Nitrosospira พบได้ในทั้งหมดตัวอย่าง และ nitrosomonad ดีเอ็นเอของเชื้อสายของ eutropha europaea Nitrosomonas Nitrosomonas ก็โดยตรงตรวจ พบ แต่ช่วงฤดูร้อนเท่านั้น อำนาจ phylogenetic ด้วยบางส่วน (345 bp) ยีน 16S rRNAลำดับของโคลนตะกอนที่ได้รับการยืนยันความเที่ยงตรงของ nitrosomonad ขยายดีเอ็นเอ และระบุกลุ่มลำดับสองที่สัมพันธ์ใกล้ชิดกับ N. europaea หรือ N. eutropha ที่ได้เพื่อมีการจากอและ profundal ตะกอนไซต์ ตามลำดับ การกำหนดลำดับที่ 701-bp สำหรับ 16S rDNA โคลนเป็นตัวแทนของแต่ละคลัสเตอร์ยืนยันอำนาจนี้ โพลิมอร์ฟิซึมยาวส่วนของ PCR จำกัดระบบ (RFLP) พัฒนาขึ้นที่รหัสเปิดใช้งานของโคลนที่ประกอบด้วย N. europaea และ N. eutropha 16Sลำดับ rDNA รวมทั้งชั้นในนั้น มันพิสูจน์แล้วว่าสามารถวิเคราะห์ 16S rDNA ขยายโดยตรงจากตัวอย่างตะกอนกำหนดความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของแต่ละสายพันธุ์เปรียบเทียบกับที่อื่น ๆ N.europaea และ N. eutropha อย่างใกล้ชิดเกี่ยวข้อง และเป็นหลักฐานแสดงสถานะของตนในระบบทะเลสาบโดยตรงจำกัด ความสัมพันธ์ของแต่ละสายพันธุ์กับตำแหน่งเชิงพื้นที่แตกต่างกันในตะกอนตัวอย่างผิดปกติของเฉพาะการปรับตัว โดยเชื้อแบคทีเรียคล้าย genotypically ที่สอง ขณะนี้สามารถเกิดขึ้นและแจกจ่ายญาติของพวกเขาตรวจสอบเป็นประจำเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสิ่งแวดล้อม โดยการใช้ PCR-RFLP วิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ประชากรของแบคทีเรียแอมโมเนียออกซิไดซ์ในทะเลสาบน้ำจืด oligotrophic
สมควรได้รับการวิเคราะห์โดยการกู้คืน16S โซมอลดีเอ็นเอ (rDNA) จากตัวอย่าง lakewater
และตะกอนดินที่นำมาตลอดทั้งฤดูกาลวงจร Nitrosospira และ Nitrosomonas ยีน 16S rRNA ถูกขยายใน PCR
ที่ซ้อนกันและอัตลักษณ์ของผลิตภัณฑ์ที่ได้รับการยืนยันโดยการผสมข้ามพันธุ์oligonucleotide Nitrosospira
ดีเอ็นเอถูกระบุได้อย่างง่ายดายในทุกตัวอย่างและDNA nitrosomonad ของ Nitrosomonas europaea-Nitrosomonas eutropha
เชื้อสายโดยตรงก็ยังตรวจพบแต่ในช่วงฤดูร้อนเท่านั้น การวาดภาพวิวัฒนาการที่มีบางส่วน (345 bp) 16S rRNA
ยีนลำดับของโคลนตะกอนที่ได้จากการได้รับการยืนยันความจงรักภักดีของดีเอ็นเอnitrosomonad
ขยายและระบุลำดับสองกลุ่มที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับทั้งเอ็นeuropaea หรือเอ็น eutropha
ที่ถูกบรรจุด้วยตะกอนและบริเวณprofundal เว็บไซต์ตามลำดับ การกำหนดลำดับ-701 bp สำหรับโคลน 16S rDNA
ที่เป็นตัวแทนของแต่ละกลุ่มได้รับการยืนยันการวาดภาพนี้ polymorphism ส่วน PCR-ข้อ จำกัด ระยะเวลา
(RFLP) ระบบได้รับการพัฒนาที่เปิดใช้งานบัตรประจำตัวของโคลนที่มีเอ็นเอ็นและ europaea eutropha 16S
rDNA ลำดับรวมทั้ง subclasses นั้น มันพิสูจน์แล้วว่าเป็นไปได้ในการวิเคราะห์ 16S rDNA
โดยตรงจากการขยายตัวอย่างตะกอนเพื่อตรวจสอบความอุดมสมบูรณ์ของแต่ละชนิดเมื่อเทียบกับที่อื่นๆ N.
europaea และเอ็น eutropha มีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดและหลักฐานโดยตรงสำหรับสถานะของตนในระบบทะเลสาบ
จำกัด ความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตแต่ละคนมีตำแหน่งพื้นที่ที่แตกต่างกันในดินตะกอนเป็นตัวอย่างที่ผิดปกติของการปรับตัวที่สองเฉพาะเชื้อแบคทีเรียที่คล้ายกัน genotypically
เกิดขึ้นและญาติของพวกเขาในขณะนี้การจัดจำหน่ายสามารถตรวจสอบเป็นประจำในความสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงด้านสิ่งแวดล้อมโดยการประยุกต์ใช้การวิเคราะห์ PCR-RFLP