Gluconobacter oxydans is a Gram-neg

Gluconobacter oxydans is a Gram-negative bacterium with a number of biotechnological applications. Although the genome of G. oxydans has been reported in 2005, the systematical cellular metabolism in this high-value bacterium, however, remains unclear. In this study, a genome-scale metabolic network of G. oxydans 621H, iXW433, was reconstructed and validated on the basis of the known genome annotations and biochemical information. This reconstructed model included 433 genes, 859 reactions, and 985 metabolites. To test the capability of the model, gene and reaction essentiality analysis, flux variability analysis, and robustness analysis simulations were performed. The metabolic states predicted by the model were highly consistent with the experimental data of G. oxydans. According to the result, 92 genes and 137 reactions were identified to be essential, 194 reactions were found to be variable by flux variability analysis, and 2 possible genetically modified targets were determined. The model would be valuable for further research on G. oxydans and thereby expanding its application.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แบคทีเรียเป็นแบคทีเรียแกรมลบ ด้วยจำนวนของใบสมัคร biotechnological Gluconobacter oxydans ได้ แม้ว่ากลุ่มของ oxydans กรัมได้รายงานในปี 2005 เผาผลาญเซลลูลาร์ systematical ในแบคทีเรียนี้สูงค่า ไร ยังคงชัดเจน ในการศึกษานี้ เครือข่ายจีโนมอัตราเผาผลาญของกรัม oxydans 621H, iXW433 ถูกเชิด และตรวจสอบตามคำอธิบายของกลุ่มรู้จักและข้อมูลเชิงชีวเคมี รุ่นนี้สร้างขึ้นใหม่รวมยีน 433 ปฏิกิริยา 859 และ 985 metabolites เพื่อทดสอบความสามารถในการวิเคราะห์ essentiality รุ่น ยีน และปฏิกิริยา ไหล วิเคราะห์ความแปรผันและวิเคราะห์เสถียรภาพจำลองดำเนินการ อเมริกาเผาผลาญทำนาย โดยรุ่นได้สูงสอดคล้องกับข้อมูลการทดลองของ oxydans กรัม ตามผล ยีน 92 และปฏิกิริยา 137 ได้ระบุเป็นสำคัญ 194 ปฏิกิริยาพบเป็น ตัวแปร โดยการวิเคราะห์ความแปรผันของไหล และ 2 สามารถดัดแปลงพันธุกรรมเป้าหมายที่กำหนด รูปแบบจะมีคุณค่าสำหรับการวิจัยเพิ่มเติมเกี่ยวกับ oxydans กรัมและจึงขยายของแอพลิเคชัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Gluconobacter oxydans เป็นแบคทีเรียแกรมลบที่มีจำนวนการใช้งานเทคโนโลยีชีวภาพ แม้ว่าจีโนมของ oxydans G. ได้รับการรายงานในปี 2005, การเผาผลาญของเซลล์เป็นระบบในแบคทีเรียที่มีมูลค่าสูงนี้ แต่ยังไม่ชัดเจน ในการศึกษานี้เครือข่ายการเผาผลาญของจีโนมขนาดของ G. oxydans 621H, iXW433 ถูกสร้างขึ้นใหม่และการตรวจสอบบนพื้นฐานของคำอธิบายประกอบจีโนมเป็นที่รู้จักและข้อมูลทางชีวเคมี รุ่นนี้สร้างขึ้นใหม่รวม 433 ยีน 859 ปฏิกิริยาและสาร 985 เพื่อทดสอบความสามารถของรูปแบบยีนและปฏิกิริยาการวิเคราะห์ความจำเป็นในการวิเคราะห์ความแปรปรวนฟลักซ์และการวิเคราะห์ความแข็งแรงจำลองได้ดำเนินการ รัฐการเผาผลาญตามคำทำนายของรูปแบบเป็นอย่างมากสอดคล้องกับข้อมูลการทดลองของ G. oxydans ตามผล 92 ยีนและ 137 ปฏิกิริยาถูกระบุว่าเป็นที่สำคัญ 194 ปฏิกิริยาพบว่ามีตัวแปรโดยการวิเคราะห์ความแปรปรวนฟลักซ์และ 2 เป็นไปได้เป้าหมายการดัดแปลงทางพันธุกรรมได้รับการพิจารณา รูปแบบจะมีคุณค่าสำหรับการวิจัยเพิ่มเติมเกี่ยวกับ oxydans G. และจึงขยายขอบเขตการใช้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กลูโคโนแบคเตอร oxydans เป็นแบคทีเรียกรัมลบด้วยจำนวนการใช้งานระบบ . แม้ว่าพันธุกรรมของกรัม oxydans ได้รับรายงานในปี 2005 ซึ่งเป็นระบบในการเผาผลาญของเซลล์แบคทีเรีย แต่ยังไม่ชัดเจน ในการศึกษานี้ จีโนมขนาดเครือข่ายการเผาผลาญอาหารของกรัม oxydans 621h ixw433 , ,ถูกสร้างขึ้นและตรวจสอบบนพื้นฐานของบันทึกย่อและข้อมูลจีโนม หรือทางชีวเคมี นี้สร้างขึ้นใหม่แบบรวม 433 ยีน แต่ปฏิกิริยา และสาร 985 . เพื่อทดสอบความสามารถของรูปแบบยีนและการวิเคราะห์ความแปรปรวนของ essentiality ปฏิกิริยา การวิเคราะห์และจำลองการวิเคราะห์ความแข็งแกร่งในการวิจัยการเผาผลาญสหรัฐอเมริกาคาดการณ์โดยโมเดลสอดคล้องกับข้อมูลการทดลองของกรัม oxydans . ผล , 92 และยีน 137 ปฏิกิริยาถูกระบุเป็นสําคัญ เกิดปฏิกิริยา พบว่ามีตัวแปรโดยการวิเคราะห์ความแปรปรวนของฟลักซ์และ 2 เป็นไปได้ดัดแปลงพันธุกรรมชิ้นงานตัวอย่าง รูปแบบก็จะเป็นประโยชน์สำหรับการวิจัยเพิ่มเติมเกี่ยวกับ Goxydans และจึงขยายโปรแกรมของ