2.3.2. Cluster analysis of ribotypi

2.3.2. Cluster analysis of ribotyping patterns
Ribotyping patterns were processed and analyzed using the BioNumerics software (version 5.10; Applied Maths, Sint-Martens- Latem, Belgium). Patterns were normalized using the marker band positions of the molecular size standard, and archived to our inhouse LAB HindIII-ribotyping database containing (in 2015) ribotyping patterns of 383 type strains. The HindIII-ribotyping database has proven useful and robust in identifying LAB from various food and environmental sources (Bj€orkroth et al., 2002; Koort et al., 2006; Rahkila et al., 2011; Vihavainen et al., 2007, 2008). Patterns of isolates from this study were compared against each other and those of the type strains by cluster analysis: clusters of ribopatterns were generated based on the Dice similarity coefficient and a dendrogram was created using the unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) method. In the resulting dendrogram, a ribotype was defined as either an isolate that gave a unique ribopattern, or a group of isolates that gave indistinguishable or highly similar patterns. Strains assigned to same ribotype with a type strain were attributed to that species.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3.2 การวิเคราะห์ของ ribotyping รูปแบบคลัสเตอร์รูปแบบ Ribotyping ที่ถูกประมวลผล และวิเคราะห์โดยใช้ซอฟต์แวร์ BioNumerics (รุ่น 5.10 ใช้คณิตศาสตร์ ซินท์-Martens-Latem เบลเยียม) รูปแบบได้ตามปกติโดยใช้ตำแหน่งวงเครื่องหมายของขนาดโมเลกุลมาตรฐาน และที่เก็บถาวรของเราชมห้องปฏิบัติการ HindIII-ribotyping ฐานข้อมูลที่มี (ใน 2015) ribotyping ลายของสายพันธุ์ชนิด 383 ฐานข้อมูล HindIII-ribotyping ได้พิสูจน์แล้วว่ามีประโยชน์ และมีประสิทธิภาพในการระบุ LAB จากอาหารต่าง ๆ และแหล่งสิ่งแวดล้อม (Bj€ orkroth et al. 2002 Koort et al. 2006 Rahkila et al. 2011 Vihavainen et al. 2007, 2008) รูปแบบของแยกจากการศึกษานี้เปรียบเทียบกับแต่ละอื่น ๆ และของชนิดสายพันธุ์ โดยการวิเคราะห์คลัสเตอร์: คลัสเตอร์ของ ribopatterns ถูกสร้างขึ้นตามค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนลูกเต๋า และ dendrogram ถูกสร้างขึ้นโดยใช้วิธี unweighted คู่กลุ่ม ด้วยวิธีเลขคณิต (UPGMA) ใน dendrogram ผล ribotype ถูกกำหนดเป็น isolate มีทั้งที่ให้ ribopattern ไม่ซ้ำกัน หรือแยกกลุ่มที่ ให้รูปแบบนั้น หรือสูงคล้าย กำหนดให้ ribotype เดียวกันกับสายพันธุ์ของชนิดสายพันธุ์ถูกนำมาประกอบกับพันธุ์ที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3.2 การวิเคราะห์กลุ่มของ ribotyping รูปแบบ
ribotyping รูปแบบที่ถูกประมวลผลและวิเคราะห์โดยใช้ซอฟแวร์ BioNumerics (เวอร์ชั่น 5.10; ประยุกต์คณิตศาสตร์ Sint-Latem Martens-, เบลเยียม) รูปแบบปกติถูกใช้ตำแหน่งวงเครื่องหมายมาตรฐานขนาดโมเลกุลและเก็บไปยังห้องปฏิบัติการชมในห้องพักของเรา HindIII-ribotyping ฐานข้อมูลที่มี (ในปี 2015) รูปแบบ ribotyping 383 ชนิดสายพันธุ์ ฐานข้อมูล HindIII-ribotyping ได้พิสูจน์แล้วว่ามีประโยชน์และมีประสิทธิภาพในการระบุ LAB จากอาหารและสิ่งแวดล้อมแหล่งต่างๆ (Bj € orkroth, et al., 2002;. Koort et al, 2006;. Rahkila et al, 2011;. Vihavainen et al, 2007 2008) รูปแบบของเชื้อจากการศึกษานี้ถูกนำมาเปรียบเทียบกับแต่ละอื่น ๆ และของสายพันธุ์ชนิดโดยการวิเคราะห์กลุ่ม: กลุ่ม ribopatterns ถูกสร้างขึ้นบนพื้นฐานของค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกันลูกเต๋าและ dendrogram ถูกสร้างขึ้นโดยใช้วิธีการกลุ่มคู่ชั่งที่มีค่ามัชฌิมเลขคณิต (UPGMA) วิธีการ . ใน dendrogram เกิดเป็น ribotype ถูกกำหนดเป็นอย่างใดอย่างหนึ่งที่แยกให้ ribopattern ที่ไม่ซ้ำกันหรือกลุ่มของเชื้อที่ทำให้รูปแบบแยกไม่ออกหรือคล้ายกันสูง สายพันธุ์ที่ได้รับมอบหมายให้ ribotype เดียวกันกับสายพันธุ์ชนิดถูกนำมาประกอบกับชนิดที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3.2 . การวิเคราะห์การเกาะกลุ่มของ ribotyping รูปแบบribotyping แบบประมวลผลและวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ bionumerics ซอฟต์แวร์ ( รุ่น 5.10 ; ประยุกต์คณิตศาสตร์ , ซินท์มาร์เทน - latem , เบลเยียม ) แบบปกติโดยใช้เครื่องหมายวงตำแหน่งมาตรฐานของขนาดโมเลกุล และเก็บไว้ในห้องแล็บของเรา - ribotyping ( 2015 ) ribotyping ฐานข้อมูลที่มีรูปแบบเป็นชนิดสายพันธุ์ - ฐานข้อมูลที่ ribotyping ได้รับการพิสูจน์ที่มีประโยชน์และมีประสิทธิภาพในการระบุ Lab จากแหล่งอาหารและสิ่งแวดล้อมต่างๆ ( BJ ด้าน orkroth et al . , 2002 ; koort et al . , 2006 ; rahkila et al . , 2011 ; ตี้ ไว เวเนน et al . , 2007 , 2008 ) รูปแบบของไอโซเลทจากการศึกษาครั้งนี้เมื่อเทียบกับแต่ละอื่น ๆและประเภทของสายพันธุ์ โดยการวิเคราะห์กลุ่ม : กลุ่มของ ribopatterns ถูกสร้างขึ้นบนพื้นฐานของความคล้ายคลึงกันระหว่างลูกเต๋าและพันธุกรรม ถูกสร้างขึ้น โดยใช้วิธีจับคู่กับค่าเฉลี่ยถ่วงน้ำหนัก ( UPGMA ) วิธี ในผลพันธุกรรม , ribotype ถูกกำหนดไว้ เป็นการแยกให้ ribopattern เฉพาะหรือกลุ่มของสายพันธุ์ที่ให้แยกหรือคล้ายกันมากรูปแบบ สายพันธุ์เดียวกัน ribotype มอบหมายให้กับชนิดของความเครียดได้ ประกอบกับที่ชนิด