RNA sequencing and LC-MS/MSCurrentl

RNA sequencing and LC-MS/MS

Currently, transcriptomics and proteomics analysis provides convenient tools for analyzing all of the components from a cell of an organism. In addition, the tissue-specific transcriptomic analysis also can provide a good reference for gene expression profiling in non-model organisms [55]. In addition, de novo assembly is a very useful way to analyze those transcriptomes of such organisms in the absence of reference genomes [56] and [57]. In the present study, a total of 45,178,286 reads were generated and 4,608,524 valid reads were selected to assemble using an Illumina HiSeq 2500 sequence platform. In total, 46,382 transcripts were de novo assembled by the paired-end joining and gap-filled using the Trinity software. Finally, a total of 40,434 unigenes, with lengths ranging from 201 bp to 31,140 bp, were obtained (Fig. 2). In the proteomics analysis, a total of 311,635 MS/MS spectra with 12,247 unique MS/MS spectra were generated in the iTRAQ proteome analysis of the venom proteins of jellyfish C. nozakii. A total of 4880 peptides were identified with 4831 unique peptides. Finally, 1556 homologous proteins were identified in this proteomics analysis ( Table S1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับ RNA และ LC MS/MSในปัจจุบัน วิเคราะห์ transcriptomics และโปรตีโอมิกส์ด้วยมือสำหรับการวิเคราะห์ส่วนประกอบจากเซลล์ของสิ่งมีชีวิตทั้งหมด นอกจากนี้ การวิเคราะห์เนื้อเยื่อเฉพาะ transcriptomic ยังสามารถให้การอ้างอิงที่ดีสำหรับยีนนิพจน์สร้างโพรไฟล์ในแบบจำลองสิ่งมีชีวิต [55] นอกจากนี้ de novo ประกอบเป็นวิธีมีประโยชน์มากการวิเคราะห์เหล่านั้น transcriptomes ของสิ่งมีชีวิตเช่นในกรณีของการอ้างอิง genomes [56] และ [57] ในการศึกษาปัจจุบัน สร้างขึ้นทั้งหมดอ่าน 45,178,286 และ 4,608,524 ถูกต้องอ่านได้เลือกไปประกอบใช้เป็นแพลตฟอร์มลำดับ Illumina HiSeq 2500 ทั้งหมด ใบ 46,382 ถูก de novo ประกอบ โดยรวมสิ้นสุดที่จับคู่ และช่องว่างที่เต็มไปด้วยการใช้ซอฟต์แวร์ทรินิตี้ ในที่สุด รวม 40,434 unigenes มีความยาวตั้งแต่ 201 bp เพื่อ 31,140 bp ได้รับ (2 รูป) สร้างทั้งหมด 311,635 MS/MS สเปกตรัมกับ 12,247 เฉพาะ MS/MS สเปกตรัมใน iTRAQ proteome การวิเคราะห์โปรตีนพิษของแมงกะพรุน C. nozakii วิเคราะห์โปรตีโอมิกส์ มีระบุทั้งหมด 4880 เปปไทด์กับเปปไทด์เฉพาะ 4831 ในที่สุด 1556 เซทจะมีโปรตีนถูกระบุในวิเคราะห์นี้โปรตีโอมิกส์ (ตาราง S1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับ RNA และ LC-MS / MS

ปัจจุบัน transcriptomics และโปรตีนการวิเคราะห์มีเครื่องมืออำนวยความสะดวกสำหรับการวิเคราะห์ทุกองค์ประกอบจากเซลล์ของสิ่งมีชีวิต นอกจากนี้การวิเคราะห์ transcriptomic เนื้อเยื่อเฉพาะนอกจากนี้ยังสามารถให้การอ้างอิงที่ดีสำหรับโปรไฟล์การแสดงออกของยีนในสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่รูปแบบ [55] นอกจากนี้โนโวชุมนุมเป็นวิธีที่มีประโยชน์มากในการวิเคราะห์รานเหล่านั้นของสิ่งมีชีวิตดังกล่าวในกรณีที่ไม่มีการอ้างอิงจีโนม [56] และ [57] ในการศึกษาปัจจุบันรวมทั้งสิ้น 45,178,286 อ่านถูกสร้างขึ้นและถูกต้อง 4,608,524 คนอ่านได้รับการคัดเลือกในการประกอบใช้ Illumina HiSeq แพลตฟอร์ม 2500 ลำดับ ทั้งหมด 46,382 ยีนที่มีเดอโนโวประกอบโดยจับคู่สิ้นการเข้าร่วมและช่องว่างที่เต็มไปด้วยการใช้ซอฟท์แวทรีนีตี้ สุดท้ายรวมทั้งสิ้น 40,434 unigenes มีความยาวตั้งแต่ 201 bp เป็น 31,140 BP, ได้รับ (รูปที่. 2) ในการวิเคราะห์โปรตีนรวม 311,635 MS / MS สเปกตรัมกับ 12,247 ที่ไม่ซ้ำกัน MS / MS สเปกตรัมถูกสร้างขึ้นในการวิเคราะห์โปรตีน iTRAQ ของโปรตีนพิษของแมงกะพรุนซี nozakii รวมของเปปไทด์ 4880 ถูกระบุด้วยเปปไทด์ 4831 ที่ไม่ซ้ำกัน สุดท้าย 1556 สายเดียวกันโปรตีนที่ถูกระบุในการวิเคราะห์โปรตีน (ตาราง S1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

และ RNA sequencing อินซูลินรักษาโรคในปัจจุบัน ทราน ริปโตมิกและการวิเคราะห์ Proteomics ให้เครื่องมือที่สะดวกสำหรับวิเคราะห์จากส่วนประกอบทั้งหมดจากเซลล์ของสิ่งมีชีวิต . นอกจากนี้ การวิเคราะห์ transcriptomic tissue-specific ยังสามารถให้การอ้างอิงที่ดีสำหรับการแสดงออกของยีนในสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่รูปแบบโปรไฟล์ [ 55 ] นอกจากนี้อีกครั้งประกอบเป็นวิธีที่มีประโยชน์มากในการวิเคราะห์ผู้ transcriptomes ของสิ่งมีชีวิตดังกล่าวในการขาดงานของการอ้างอิงจีโนม [ 56 ] และ [ 57 ] ในการศึกษาทั้งหมดของ 45178286 อ่านถูกสร้างขึ้นและ 4608524 ถูกต้องอ่านไว้ประกอบใช้ Illumina ลำดับ hiseq 2 แพลตฟอร์ม รวม 46382 transcripts ได้อีกครั้ง ประกอบโดยจับคู่สิ้นสุดการเข้าร่วมและช่องว่างเต็มใช้ทรินิตี้ซอฟต์แวร์ ในที่สุด ทั้งหมด 40434 unigenes ที่มีความยาวตั้งแต่ 201 BP เพื่อ 31140 BP ได้ ( รูปที่ 2 ) ในการวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์ รวม 311635 MS / MS / MS spectra ด้วย 12247 เฉพาะ MS spectra ถูกสร้างขึ้นใน itraq การวิเคราะห์โปรตีนโปรตีนพิษของแมงกะพรุน C nozakii . ทั้งหมดใน 4831 เปปไทด์เปปไทด์ถูกระบุด้วยเอกลักษณ์ ในที่สุด , 1556 โฮโมโลกัส โปรตีนถูกระบุในการวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์ ( ตาราง S1 )