Identification of Conserved miRNAs

Identification of Conserved miRNAs in Roots of Oncidium Orchid Colonized or Mock-treated by P. indica For identification of conserved miRNAs, those with 20 to 24 nt were aligned with all known mature miRNAs from plants in the miRBase 19.0 Databank (E value=1). Sequences with more than 4 nt differences were removed. Afterward, 2,789 from 17,036,953 unique sequences from both libraries showed homology to 86 miRNA families distributed in 41 species (Table S2). They are mainly found in Cucumis melo, Malus domestica, Saccharum ssp., and Brachypodium distachyon (Figure S2). Furthermore, it is well known, that miRNA* strands bound to Ago1 typically generate miRNAs starting with uridine, while Ago2-bound miRNA* usually starts with cytidine [53]. In our two libraries, most conserved miRNAs started with ‘‘U’’ (Figure S3), indicating that the miRNAs in Oncidium roots are mainly regulated by Ago1.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสของ Conserved miRNAs ในรากของ Oncidium ออร์คิด Colonized หรือจำลองรักษา โดย indica P. สำหรับรหัสของ miRNAs เมืองเก่า ที่ 20 ถึง 24 nt ได้สอดคล้องกับทั้งรู้จักผู้ใหญ่ miRNAs จากพืชในการ miRBase 19.0 Databank (ค่า E = 1) ลำดับ มีความแตกต่างของ nt มากกว่า 4 ถูกเอาออก หลังจากนั้น 2,789 จาก 17,036,953 ลำดับที่ไม่ซ้ำกันจากไลบรารีทั้งสองพบว่า homology 86 เที่ยวครอบครัวกระจายสายพันธุ์ 41 (ตาราง S2) ส่วนใหญ่พบใน Cucumis melo, Malus domestica, ssp.กำแพงแสน และ Brachypodium distachyon (รูป S2) นอกจากนี้ มันเป็นที่รู้จัก ที่เที่ยว * เส้นที่ผูกไว้กับ Ago1 มักจะสร้าง miRNAs ที่เริ่มต้น ด้วย uridine ในขณะที่ผูก Ago2 เที่ยว * มักจะเริ่มต้น ด้วย cytidine [53] ในไลบรารีสองเรา สุดนำ miRNAs เริ่มต้น ด้วย '' U'' (รูป S3), ระบุว่า miRNAs ใน Oncidium รากส่วนใหญ่ควบคุม โดย Ago1

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวของอนุรักษ์ miRNAs ในรากของกล้วยไม้ Oncidium อาณานิคมหรือจำลองได้รับการรักษาโดยพี indica สำหรับบัตรประจำตัวของ miRNAs อนุรักษ์ผู้ที่มี 20-24 NT ถูกจัดชิดกับทุก miRNAs ผู้ใหญ่ที่รู้จักจากพืชใน miRBase 19.0 Databank (E คุ้มค่า = 1) . ลำดับที่มีมากกว่า 4 ความแตกต่าง NT ถูกถอดออก หลังจากนั้นจาก 2,789 17,036,953 ลำดับไม่ซ้ำกันจากห้องสมุดทั้งแสดงให้เห็นคล้ายคลึงกันถึง 86 ครอบครัว miRNA กระจายอยู่ใน 41 สายพันธุ์ (ตารางที่ S2) พวกเขาพบว่าส่วนใหญ่อยู่ใน Cucumis Melo, Malus domestica, Saccharum เอสเอส. และ Brachypodium distachyon (รูปที่ S2) นอกจากนี้ยังเป็นที่รู้จักกันดีว่า miRNA * เส้นผูกไว้กับ Ago1 มักจะสร้าง miRNAs เริ่มต้นด้วย uridine ขณะ Ago2 ผูกพัน miRNA * มักจะเริ่มต้นด้วยการ cytidine [53] ในสองห้องสมุดของเรา miRNAs อนุรักษ์ส่วนใหญ่เริ่มต้นด้วย '' U '' (รูปที่ S3) แสดงให้เห็นว่าอยู่ในราก miRNAs Oncidium จะถูกควบคุมโดยส่วนใหญ่ Ago1

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การรักษา mirnas ในรากของกล้วยไม้สกุลออนซิเดียมเมืองขึ้นหรือจำลองการรักษาโดยหน้าจากการ mirnas อนุรักษ์ที่ 20 ถึง 24 NT ชิดกับผู้ใหญ่ที่รู้จักทั้งหมด mirnas จากพืชใน mirbase 19.0 databank ( E มูลค่า = 1 ) ลำดับมากกว่า 4 ขณะนี้ความแตกต่างถูกถอดออก หลังจากนั้น 2789 จาก 17036953 ลำดับเฉพาะทั้งจากห้องสมุด พบตัว 86 mirna ครอบครัวกระจายใน 41 ชนิด ( ตาราง S1 ) ส่วนใหญ่จะพบในแคนแคน malus domestica , ดำ , อ้อย , brachypodium ssp . และ distachyon ( รูป S2 ) นอกจากนี้ยังเป็นที่รู้จักกันดี นั่น mirna * เส้นผูก ago1 มักจะสร้าง mirnas เริ่มต้นกับยูริดีน ในขณะที่ ago2 ผูกพัน mirna * มักจะเริ่มต้นด้วยไม่รู้จักหยุด [ 53 ] 2 ห้องสมุดของเรามากที่สุด เพื่อ mirnas เริ่มต้นด้วย ' u ' ' ตัวเลข ( S3 ) ที่ระบุว่า mirnas ในรากซิเดียมส่วนใหญ่จะควบคุมโดย ago1 .