เชียงแสนเป็นเมืองโบราณบริเวณภาคเหนือตอนบนที่สำคัญทางประวัติศาสตร์ของแคว้นล้านนา มีแหล่งโบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์ และสมัยประวัติศาสตร์ปรากฎอยู่ จึงมีการจัดตั้งหน่วยศิลปากรขึ้น เพื่อดูแลรักษาโบราณสถานในเมืองเชียงแสน จึงได้มีการตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติขึ้น เพื่อใช้เป็นสถานที่เก็บรวบรวมและจัดแสดงโบราณวัตถุที่ได้จากการสำรวจโบราณสถานเมืองเชียงแสน
ภายในพิพิธภัณฑ์จัดแสดง โบราณวัตถุพบในเมืองเชียงแสน, เครื่องถ้วยในจังหวัดเชียงราย, วิถีชีวิตชาวบ้าน, วิถีชีวิตชาวเขา และศาสนา