system (Applied Biosystems) using 1

system (Applied Biosystems) using 1 µl of the cDNA (1:10 dilution), and 0.5 µM of the
gene-specific primers for a total reaction volume of 20 µl. See supplementary Table 3
for the annealing temperatures and primer sequences. The levels of the SOX2,
NESTIN, PAX6, and FOXG1 mRNAs were normalized to the mRNA levels of the
housekeeping gene GAPDH to allow comparisons among the different experimental
groups using the delta delta Ct method 25
.
NanoString CodeSet design and gene expression quantification
The NanoString CodeSet for the expression of 48 genes was designed by NanoString
Technology (http://www.nanostring.com). A total of 100 ng of RNA from fresh-frozen
tissue of the neurosphederm- and neuroectoderm-derived neurons were analyzed using
the NanoString nCounter analysis system at the University of California, Irvine
Genomics High Throughput Facility (http://ghtf.biochem.uci.edu/content/genomicsservices,
Irvine, CA).
NanoString data processing and gene expression was analyzed using the nSolver
analysis software (Settle, WA), as previously described 26
. Briefly, the raw NanoString
counts for each gene within each experiment were subjected to a technical
normalization using the counts obtained for the positive control probe sets prior to a
biological normalization using the three housekeeping genes included in the CodeSet.
The normalized data were log2-transformed using the nSolver analysis software and
then used as the input for the class prediction analysis. Finally, the neurosphedermderived
neuronal gene expression data were compared with the neuroectoderm-derived
neuronal data and the percentage of genes that only exhibited a fold increase in the
neurosphederm-derived neurons was shown in the graph.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ระบบ (Biosystems ใช้) ใช้ 1 µl ของ cDNA (1:10 เจือจาง), และ 0.5 µM ของไพรเมอร์ของยีนเฉพาะสำหรับไดรฟ์ข้อมูลแบบปฏิกิริยารวมของ 20 µl ดู 3 ตารางเสริมอุณหภูมิหลอมและลำดับรองพื้น ระดับของ SOX2MRNAs NESTIN, PAX6 และ FOXG1 ได้ตามปกติให้ระดับ mRNA ของทำความสะอาดยีน GAPDH ให้เปรียบเทียบระหว่างต่าง ๆ ทดลองใช้เดลต้าเดลต้าวิธี Ct 25 กลุ่ม.NanoString CodeSet ออกแบบและยีนนับนิพจน์NanoString CodeSet สำหรับนิพจน์ของยีน 48 ถูกออกแบบ โดย NanoStringเทคโนโลยี (ส่วน http://www.nanostring.com) จำนวน 100 ng ของอาร์เอ็นเอจากสดแช่แข็งเนื้อเยื่อของ neurons มา neurosphederm และ neuroectoderm ได้วิเคราะห์โดยใช้ระบบวิเคราะห์บิ NanoString ที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เออร์วินGenomics สูงสูงสิ่งอำนวยความสะดวก (ส่วน http://ghtf.biochem.uci.edu/content/genomicsservicesเออร์วิน CA)NanoString ข้อมูลประมวลผลและยีนนิพจน์ถูกวิเคราะห์โดยใช้การ nSolverซอฟต์แวร์วิเคราะห์ (ชำระ WA), 26 ที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้เป็น. สั้น ๆ NanoString ดิบจำนวนแต่ละยีนในแต่ละการทดลองถูกต้องทางด้านเทคนิคการฟื้นฟูที่ใช้นับได้โพรบควบคุมบวกชุดก่อนการฟื้นฟูทางชีวภาพที่ใช้ยีนทำความสะอาดสามที่รวมอยู่ใน CodeSetข้อมูลมาตรฐานได้ log2-แปลงใช้ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ nSolver และแล้ว ใช้เป็นอินพุตสำหรับการวิเคราะห์คาดการณ์ระดับ ในที่สุด neurosphedermderivedข้อมูลนิพจน์ neuronal ยีนถูกเปรียบเทียบกับ neuroectoderm-มาข้อมูล neuronal และเปอร์เซ็นต์ของยีนที่จัดแสดงการพับเท่า ที่เพิ่มขึ้นในการมา neurosphederm neurons ที่แสดงในกราฟ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ระบบ (Applied Biosystems) โดยใช้ 1 ไมโครลิตรของยีน (1:10 เจือจาง) และ 0.5
ไมครอนของไพรเมอร์ยีนที่เฉพาะเจาะจงสำหรับปริมาณปฏิกิริยาทั้งหมด20 ไมโครลิตร ดูตารางที่ 3
เสริมสำหรับอุณหภูมิการหลอมและลำดับไพรเมอร์ ระดับของ SOX2 ที่
nestin, PAX6 และ FOXG1 mRNAs ถูกปกติในระดับ mRNA ของ
GAPDH
ยีนดูแลทำความสะอาดเพื่อให้การเปรียบเทียบระหว่างทดลองที่แตกต่างกันกลุ่มโดยใช้วิธีกะรัตเดลต้าเดลต้า
25.
การออกแบบ NanoString codeset และการหาปริมาณการแสดงออกของยีน
NanoString codeset สำหรับการแสดงออกของยีนที่ 48 ได้รับการออกแบบโดย NanoString
เทคโนโลยี (http://www.nanostring.com) รวมเป็น 100 นาโนกรัมของอาร์เอ็นเอจากสดแช่แข็งเนื้อเยื่อของเซลล์ประสาทและ neurosphederm- neuroectoderm ที่ได้มาจากการวิเคราะห์โดยใช้ระบบการวิเคราะห์NanoString nCounter ที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียเออร์ฟังก์ชั่นอำนวยความสะดวกทางเข้าสูง(http: //ghtf.biochem.uci .edu / เนื้อหา / genomicsservices, Irvine, CA). NanoString การประมวลผลข้อมูลและการแสดงออกของยีนที่ได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ nSolver ซอฟต์แวร์การวิเคราะห์ (Settle, WA) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ 26. สั้น ๆ , ดิบ NanoString นับยีนในแต่ละการทดลองแต่ละถูกยัดเยียด ที่จะเป็นทางด้านเทคนิคการฟื้นฟูโดยใช้ข้อหาที่ได้รับการสอบสวนควบคุมบวกชุดก่อนที่จะมีการฟื้นฟูทางชีวภาพโดยใช้สามยีนดูแลทำความสะอาดรวมอยู่ในcodeset. ข้อมูลปกติถูก log2-เปลี่ยนโดยใช้ซอฟต์แวร์การวิเคราะห์ nSolver และนำไปใช้เป็นข้อมูลสำหรับการเรียนที่การวิเคราะห์การคาดการณ์ ในที่สุด neurosphedermderived ข้อมูลการแสดงออกของยีนของเซลล์ประสาทที่ถูกเมื่อเทียบกับ neuroectoderm ที่ได้มาจากข้อมูลที่เส้นประสาทและร้อยละของยีนที่ว่ามีเพียงการจัดแสดงเพิ่มขึ้นเท่าในเซลล์ประสาทneurosphederm มาถูกนำมาแสดงในกราฟ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ระบบ ( Applied Biosystems ) ใช้ 1 µ L ของ cDNA ( 1 : 10 ( , 0.5 ) และµ M
ยีนเฉพาะที่ไพรเมอร์สำหรับปริมาตรปฏิกิริยาทั้งหมด 20 µ . เห็นตารางเพิ่มเติม 3
สำหรับอุณหภูมิอบสีรองพื้นและลำดับ ระดับของ sox2
เนสติน pax6 , , และ foxg1 รหัสเป็นปกติในระดับ mRNA ของยีน gapdh
แม่บ้านให้เปรียบเทียบระหว่าง
ทดลองต่าง ๆกลุ่มที่ใช้ Delta Delta วิธี CT 25
.
nanostring การออกแบบและปริมาณการแสดงออกของยีน codeset
nanostring codeset สำหรับการแสดงออกของยีน 48 ถูกออกแบบโดย nanostring
เทคโนโลยี ( http : / / www.nanostring . com ) รวม 100 ng ของ RNA จากอาหารสดแช่แข็ง
เนื้อเยื่อของ neurosphederm - neuroectoderm ได้มาตามลำดับ วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้
การ nanostring ncounter การวิเคราะห์ระบบที่มหาวิทยาลัย California , Irvine
ในอัตราความเร็วสูงสิ่งอำนวยความสะดวก ( http : / / ghtf . biochem . UCI . edu / เนื้อหา / genomicsservices
Irvine , CA )
nanostring การประมวลผลข้อมูลและวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้การวิเคราะห์การแสดงออกของยีน nsolver
ซอฟต์แวร์ ( สะสาง , WA ) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้า 26

สั้น ๆ ,
nanostring ดิบนับของแต่ละยีนในแต่ละการทดลองเป็นเรื่องทางเทคนิค
บรรทัดฐานใช้นับได้เพื่อตรวจสอบควบคุมบวกชุดก่อนที่จะใช้สาม
ชีวภาพการฟื้นฟูแม่บ้านยีนอยู่ใน codeset .
มาตรฐานข้อมูล LOG เปลี่ยนใช้ nsolver ซอฟต์แวร์การวิเคราะห์และ
แล้วใช้เป็นข้อมูลในการวิเคราะห์ชั้นเรียน ทำนาย . ในที่สุดการ neurosphedermderived
และการแสดงออกของยีนข้อมูลเปรียบเทียบกับ neuroectoderm ได้มา
ดข้อมูลและเปอร์เซ็นต์ของยีนที่แสดงพับเพิ่ม
neurosphederm มาจากเซลล์ประสาทถูกแสดงในกราฟ