PCR amplification of the 16S rRNA g

PCR amplification of the 16S rRNA gene and phylogenetic
analysis were performed as described previously (Lee et al.,
2012). Phylogenetic trees were generated by the neighbourjoining
(Saitou & Nei, 1987), maximum-parsimony (Fitch,
1971) and maximum-likelihood (Felsenstein, 1981) algorithms
by using the PHYLIP package (Felsenstein, 2005).
Sequence distances were calculated according to the F84
model (Felsenstein, 1984). Bootstrap analysis evaluating
the stability of the trees was performed by using a
consensus tree based on 1000 randomly generated trees.
The almost-complete 16S rRNA gene sequence of strain
BR-34T (1450 nt) was compared with those of members of the genus Catenulispora. Highest levels of 16S rRNA gene
sequence similarity were shown with C. acidiphila ID139908T
(97.4%), C. rubra Aac-30T (97.3%), C. yoronensis TT N02-
20T (97.3%) and C. subtropica TT 99-48T (97%). The
phylogenetic tree based on the 16S rRNA gene sequence of
strain BR-34T and type strains of recognized Catenulispora
species is shown in Fig. 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ขยาย PCR 16S rRNA ยีน และ phylogeneticดำเนินการวิเคราะห์ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Lee et al.,2012) . ต้นไม้ phylogenetic สร้างขึ้น โดยการ neighbourjoining(Saitou และ Nei, 1987), สูงสุด-parsimony (ฟิทช์1971) มากที่สุดโอกาส (Felsenstein, 1981) และอัลกอริทึมโดยใช้แพคเกจ PHYLIP (Felsenstein, 2005)มีคำนวณระยะทางลำดับตาม F84รุ่น (Felsenstein, 1984) ประเมินวิเคราะห์ bootstrapทำความมั่นคงของต้นไม้โดยการช่วยให้ต้นไม้ตาม 1000 สุ่มสร้างต้นไม้ลำดับเกือบสมบูรณ์ 16S rRNA ยีนของต้องใช้BR-34T (1450 nt) ได้เปรียบเทียบกับบรรดาสมาชิกของสกุล Catenulispora ระดับสูงสุดของยีน 16S rRNAลำดับคล้ายถูกแสดง ด้วย C. acidiphila ID139908T(97.4%), C. rubra Aac-30T (97.3%), C. yoronensis N02 TT -20T (ร้อยละ 97.3) และ C. subtropica TT 99-48T (97%) ที่ทรี phylogenetic ตามลำดับยีน 16S rRNA ของBR-34T สายพันธุ์ และชนิดสายพันธุ์ของ Catenulispora รู้จักแสดงชนิดใน Fig. 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขยาย PCR ของยีน 16S rRNA และ phylogenetic
วิเคราะห์ได้ดำเนินการตามที่ระบุไว้ก่อนหน้านี้ (Lee et al.,
2012) ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นโดย neighbourjoining
(Saitou และ Nei, 1987) ประหยัดสูงสุด (Fitch,
1971) และโอกาสสูงสุด (Felsenstein 1981) อัลกอริทึม
โดยใช้แพคเกจ PHYLIP (Felsenstein 2005).
ระยะทางที่ถูกคำนวณลำดับตาม F84
รุ่น (Felsenstein, 1984) เงินทุนการวิเคราะห์ประเมิน
ความมั่นคงของต้นไม้ที่ถูกดำเนินการโดยใช้
ต้นไม้ที่อยู่บนพื้นฐานของฉันทามติ 1000 ต้นไม้ที่สร้างแบบสุ่ม.
เกือบสมบูรณ์ 16S rRNA ลำดับยีนของสายพันธุ์
BR-34T (เอ็นที 1450) เมื่อเทียบกับบรรดาสมาชิกประเภท Catenulispora ระดับสูงสุดของ 16S rRNA ยีน
คล้ายคลึงกันตามลำดับที่มีการแสดงที่มีซี acidiphila ID139908T
(97.4%) ซี rubra Aac-30T (97.3%) ซี yoronensis TT N02-
20T (97.3%) และซี subtropica TT 99-48T (97%)
ต้นไม้สายวิวัฒนาการอยู่บนพื้นฐานของ 16S rRNA ลำดับยีนของ
สายพันธุ์ BR-34T และสายพันธุ์ชนิดของ Catenulispora ได้รับการยอมรับ
เป็นเผ่าพันธุ์ที่แสดงในรูป 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเพิ่มปริมาณของยีน 16S rRNA ยีนและการวิเคราะห์ phylogenetic
มีการปฏิบัติตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( ลี et al . ,
2012 ) ต้นไม้ซึ่งถูกสร้างขึ้นโดย neighbourjoining
( ไซโตะ&เนย , 1987 ) , ตระหนี่สูงสุด ( Fitch ,
1971 ) และความน่าจะเป็นสูงสุด ( felsenstein , 1981 ) ขั้นตอนวิธี
โดยใช้ phylip แพคเกจ ( felsenstein , 2005 ) .
ระยะทางลำดับถูกคำนวณตาม f84
แบบ ( felsenstein , 1984 ) บูตสแตรปการวิเคราะห์ประเมิน
เสถียรภาพของต้นไม้ได้โดยใช้
เอกฉันท์ตามต้นไม้บน 1000 สุ่มสร้างต้นไม้
เกือบสมบูรณ์เบส 16S rRNA ลำดับของยีน br-34t เมื่อย
( 1450 NT ) เมื่อเทียบกับบรรดาสมาชิกของสกุล catenulispora . ระดับสูงสุดของลำดับเบส 16S rRNA ยีน
ความเหมือนถูกแสดงด้วย C acidiphila id139908t
( 97.4 % )C . รูบรา aac-30t ( 97.3 % ) , C . yoronensis TT
n02 - 20T ( 97.3 % ) และ C subtropica TT 99-48t ( 97 )
phylogenetic ต้นไม้ตามลำดับเบส 16S rRNA ยีนของ
br-34t ความเครียดและประเภทสายพันธุ์ได้รับการยอมรับ catenulispora
ชนิด แสดงไว้ในรูปที่ 1