Individual species do not represent

Individual species do not represent evolutionarily independent data
points, and phylogenetic information was incorporated in the calculation
of allometric equations (slopes and intercepts) to alleviate this
issue (Felsenstein, 1985; Garland et al., 2005). A phylogenetic tree of our study animals was created using published phylogenetic relationship
among species (Miya et al., 2001, 2003; Oohara et al., 1997;
Vélez-Zuazo and Agnarsson, 2011). When available, branch lengths
should be set by divergence time estimated from molecular or fossil
data, but such estimates were unavailable for the majority of our
branches. We therefore tested an arbitrary proportional branch length
(Grafen, 1989), where the depth of each node is set equal to one
less than the number of tip species that descend from it (Fig. S1). Data
were log transformed, and phylogenetically independent contrasts
(Felsenstein, 1985) were calculated using the PDAP package (Midford
et al., 2003) with the software Mesquite (Maddison and Maddison,
2010). The suitability of our arbitrary branch length was then tested
by plotting the absolute values of the contrasts against their standard
deviations (Garland et al., 1992), with the value for statistical significance
set at Pb0.05. These two parameterswere not significantly correlated
for body mass (t=−1.55, N=15 contrasts, P=0.15) or swim
speed (t=−1.97,N=15 contrasts, P=0.07) in the swimspeed dataset
or for body mass (t=−1.40, N=18 contrasts, P=0.18) or tail-beat
frequency (t=−1.31, N=18 contrasts, P=0.21) in the tail-beat
frequency dataset. This lack of significance indicated that the assumed
proportional branch length adequately standardized the contrasts
(Garland et al., 1992). Phylogenetically independent contrasts only
give the slope of the scaling line; therefore, the intercept was determined
by forcing the line through the value estimated for the root
node of the phylogenetic tree, which is equivalent to the overall mean
value weighted by phylogeny (Garland et al., 1993). The PDAP package
also allowed us to calculate phylogenetically informed 95% confidence
intervals around the regression (Garland and Ives, 2000).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แต่ละพันธุ์แสดงข้อมูลอิสระ evolutionarilyคะแนน และข้อมูล phylogenetic ถูกรวมในการคำนวณallometric สมการ (ลาดและ intercepts) บรรเทานี้ปัญหา (Felsenstein, 1985 พวงมาลัยและ al., 2005) ต้นไม้สัตว์ของเราศึกษา phylogenetic ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ความสัมพันธ์ phylogenetic เผยแพร่ระหว่างพันธุ์ (มิย่าและ al., 2001, 2003 Oohara และ al., 1997Vélez-Zuazo และ Agnarsson, 2011) เมื่อว่าง สาขาความยาวควรตั้งค่าการ divergence ประเมินจากโมเลกุล หรือฟอสซิลข้อมูล แต่การประเมินดังกล่าวสามารถใช้ได้สำหรับส่วนใหญ่ของเราสาขา เราจึงทดสอบความยาวตามสาขากำหนดสัดส่วน(Grafen, 1989) ซึ่งความลึกของแต่ละโหนไว้เท่ากับน้อยกว่าจำนวนชนิดคำแนะนำที่มาจากมัน (ฟิก S1) ข้อมูลถูกล็อกแตกแปรรูป และ phylogenetically อิสระ(Felsenstein, 1985) คำนวณได้โดยใช้แพคเกจ PDAP (Midfordและ al., 2003) ด้วยซอฟต์แวร์ Mesquite (Maddison และ Maddison2010 แล้วทดสอบความเหมาะสมของความยาวกำหนดสาขาของเราโดยการพล็อตค่าสัมบูรณ์ของแตกต่างกับมาตรฐานของพวกเขาความแตกต่าง (มาลัย et al., 1992), มีค่านัยสำคัญทางสถิติได้ที่ Pb0.05 Parameterswere สองเหล่านี้ไม่มาก correlatedร่างกายโดยรวม (t = −1.55, N = 15 แตก P = 0.15) หรือว่ายน้ำความเร็ว (t = −1.97, N = 15 แตก P = 0.07) ในชุดข้อมูล swimspeedหรือร่างกายโดยรวม (t = −1.40 ปราณีต N = 18, P = 0.18) หรือหางชนะความถี่ (t = −1.31 ปราณีต N = 18, P = 0.21) ในหางชนะความถี่ของชุดข้อมูล ขาดความสำคัญระบุที่ที่สันนิษฐานสาขาสัดส่วนความยาวมาตรฐานแตกต่างอย่างเพียงพอ(มาลัย et al., 1992) Phylogenetically อิสระสัมผัสเท่านั้นให้ความชันของเส้นมาตราส่วน ดังนั้น จุดตัดแกนที่กำหนดด้วยการบังคับหมายถึงค่าประมาณสำหรับรากโหน phylogenetic ต้น ซึ่งจะเท่ากับค่าเฉลี่ยโดยรวมค่าถ่วงน้ำหนัก โดย phylogeny (มาลัย et al., 1993) แพคเกจ PDAPนอกจากนี้ยัง ทำให้เราคำนวณ phylogenetically ทราบความเชื่อมั่น 95%ช่วงรอบการถดถอย (พวงมาลัยและอีฟส์อ 2000)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แต่ละชนิดไม่ได้เป็นตัวแทนวิวัฒนาการข้อมูลอิสระจุดและข้อมูล phylogenetic ถูกรวมอยู่ในการคำนวณของสมการallometric (ลาดและดัก) เพื่อบรรเทานี้ปัญหา(Felsenstein 1985. การ์แลนด์, et al, 2005) ต้นไม้สายวิวัฒนาการของสัตว์การศึกษาของเราถูกสร้างขึ้นโดยใช้ความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการการตีพิมพ์ในหมู่สายพันธุ์ (Miya et al, 2001, 2003. Oohara et al, 1997;. Vélez-ZUAZO และ Agnarsson 2011) เมื่อมีความยาวสาขาควรจะตั้งตามเวลาที่แตกต่างจากที่คาดโมเลกุลหรือฟอสซิลข้อมูลแต่ประมาณการดังกล่าวไม่สามารถใช้งานส่วนใหญ่ของเราสาขา ดังนั้นเราจึงทดสอบความยาวสาขาสัดส่วนพล(Grafen 1989) ที่ความลึกของแต่ละโหนดมีการตั้งค่าเท่ากับหนึ่งน้อยกว่าจำนวนของสายพันธุ์เคล็ดลับที่สืบเชื้อสายมาจากมัน (รูป. S1) ข้อมูลที่ถูกบันทึกการเปลี่ยนและความแตกต่างที่เป็นอิสระ phylogenetically (Felsenstein 1985) ได้รับการคำนวณโดยใช้แพคเกจ PDAP (Midford et al., 2003) กับซอฟแวร์ซีซั่น (Maddison และ Maddison, 2010) ความเหมาะสมของระยะเวลาในสาขาโดยพลการของเราได้รับการทดสอบแล้วโดยพล็อตค่าที่แน่นอนของความขัดแย้งกับมาตรฐานของพวกเขาเบี่ยงเบน(การ์แลนด์ et al., 1992) ที่มีความคุ้มค่าทางสถิติอย่างมีนัยสำคัญที่ตั้งPb0.05 ทั้งสอง parameterswere ไม่มีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญสำหรับมวลกาย(t = -1.55, N = 15 ความแตกต่าง, P = 0.15) หรือว่ายน้ำความเร็วสูง(t = -1.97, N = 15 ความแตกต่าง, P = 0.07) ในชุดข้อมูลที่ swimspeed หรือมวลกาย (t = -1.40, N = 18 ความแตกต่าง, P = 0.18) หรือหางตีความถี่(t = -1.31, N = 18 ความแตกต่าง, P = 0.21) ในหางตีชุดข้อมูลที่ความถี่ ขาดอย่างมีนัยสำคัญชี้ให้เห็นว่าสันนิษฐานว่าระยะเวลาในสาขาสัดส่วนเพียงพอมาตรฐานแตกต่าง(การ์แลนด์ et al., 1992) phylogenetically ความแตกต่างที่เป็นอิสระเท่านั้นที่ให้ความชันของเส้นปรับนั้น จึงตัดถูกกำหนดโดยการบังคับให้ผ่านเส้นค่าประมาณสำหรับรากโหนดของต้นไม้สายวิวัฒนาการซึ่งเทียบเท่ากับค่าเฉลี่ยโดยรวมค่าถ่วงน้ำหนักด้วยเชื้อชาติ(การ์แลนด์ et al., 1993) แพคเกจ PDAP ยังช่วยให้เราสามารถคำนวณแจ้ง phylogenetically ความเชื่อมั่น 95% ช่วงรอบการถดถอย (การ์แลนด์และอีฟส์, 2000)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แต่ละชนิด ไม่ได้เป็นตัวแทน evolutionarily อิสระข้อมูล
คะแนนและข้อมูลต่างๆถูกรวมอยู่ในการคำนวณ
สมการประมาณ ( ลาดและ intercepts ) เพื่อบรรเทาปัญหานี้
( felsenstein , 1985 ; มาลัย et al . , 2005 ) ต้นไม้วิวัฒนาการของสัตว์การศึกษาของเราถูกสร้างขึ้นโดยใช้หัวข้อความสัมพันธ์ระหว่างชนิดต่างๆ
( มิยะ et al . , 2001 , 2003 ;oohara et al . , 1997 ;
v é lez zuazo และ agnarsson , 2011 ) เมื่อมีสาขาความยาว
ควรจะตั้งค่าโดยความแตกต่างเวลาโดยประมาณจากโมเลกุล หรือฟอสซิล
ข้อมูล แต่การประมาณการดังกล่าวมีความพร้อมใช้งานสำหรับส่วนใหญ่ของสาขาของเรา

เราจึงทดสอบการเปิดสาขา สัดส่วนความยาว
( grafen , 1989 ) ซึ่งความลึกของแต่ละโหนดจะตั้งค่าเท่ากับหนึ่ง
น้อยกว่าจำนวนของเคล็ดลับชนิดที่ลงมาจากมัน ( ภาพที่ S1 ) ข้อมูล
ถูกเข้าสู่ระบบเปลี่ยน และ phylogenetically อิสระความแตกต่าง
( felsenstein , 1985 ) ได้ใช้ pdap แพคเกจ ( midford
et al . , 2003 ) กับซอฟต์แวร์เมสกีต ( แมดดิสัน และ แมดดิสัน
, 2010 ) ความเหมาะสมของความยาวโดยพลการแล้วทดสอบ
สาขาของเราโดยวางแผนค่าสัมบูรณ์ของความแตกต่างกับส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน
( พวงมาลัย et al . , 1992 ) กับค่า
สถิติไว้ที่ pb0.05 . ทั้งสอง parameterswere ไม่ใช่ความสัมพันธ์
สำหรับมวลร่างกาย ( t = − 1.55 , n = 15 แตกต่าง , P = 0.15 ) หรือว่ายน้ำ
ความเร็ว ( t = − 1.97 , n = 15 ความแตกต่าง , P = 0.07 ) ใน swimspeed DataSet
หรือมวลร่างกาย ( t = − 1.40 , N = 18 แตกต่าง , P = 018 ) หรือหางตี
ความถี่ ( t = − 1.31 , n = 18 ความแตกต่าง , p = 0.21 ) หางตี
ความถี่ข้อมูล . นี้ไม่มีความสำคัญ พบว่า สัดส่วนความยาวเพียงพอถือว่า
สาขามาตรฐานแตกต่าง
( พวงมาลัย et al . , 1992 ) อิสระ phylogenetically ความแตกต่างเพียง
ให้ความชันของการปรับบรรทัด ดังนั้น ตั้งใจ
สกัดกั้นโดยการบังคับให้เส้นผ่านค่าประมาณการสำหรับราก
โหนดของ phylogenetic ต้นไม้ ซึ่งเทียบเท่ากับโดยรวมหมายถึงค่าถ่วงน้ำหนักโดยระบบเชื้อชาติ
( พวงมาลัย et al . , 1993 ) การ pdap แพคเกจ
ยังอนุญาตให้เราคำนวณแจ้ง phylogenetically ความเชื่อมั่น 95%
ช่วงรอบการถดถอย ( พวงมาลัยและอีฟส์ , 2000 )