Excess PCR primers were removedusin

Excess PCR primers were removed
using QIAquick PCR purification kit (Qiagen). 3 l digested DNA was
mixed with 37 l sample loading solution (Beckman Coulter) and
fragment analysis was carried out using Beckman CEQ 8000 capillary
electrophoresis, using 640 bp standard (Beckman Coulter). To
minimise false reporting of background noise the cut-off level for
peak recognition was kept at the default of 10%. As this kind of analysis
is known to produce “shoulder peaks” around the main product
the amoA T-RFLP profiles were edited by eye. However because
many of the peaks in the 16S rDNA profiles were so close together
these shoulder peaks could not be confidently discriminated from
actual peaks so this data was left unedited. T-Align (Smith et al.,
2005) was used to assign terminal restriction fragments (TRFs) to
groups. Multivariate statistical package (Kovach computing services)
was used to carry out principal component analysis on the
T-RFLP data. In order to avoid the over-representation of changes in
rare operational taxonomic units (OTUs) and to make the data suitable
for linear analysis by PCA, the relative abundance data obtained
from the T-RFLP was transformed using a chord transformation
(Ramette, 2007). The scores of the first two principal components
were used to compare differences between the T-RFLP profiles.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ไพรเมอร์ PCR ส่วนเกินออกใช้ชุดฟอก QIAquick PCR (Qiagen) 3 l ถูกย่อยดีเอ็นเอผสม ด้วยโซลูชั่น 37 l ตัวอย่างการโหลด (Beckman Coulter) และวิเคราะห์ส่วนถูกดำเนินการโดยใช้แรง Beckman CEQ 8000electrophoresis โดยใช้มาตรฐาน bp 640 (Beckman Coulter) ถึงรายงานผิดพลาดของเสียงรบกวนรอบข้างระดับตัดลดการรับรู้สูงสุดถูกเก็บไว้ที่ค่าเริ่มต้นที่ 10% เป็นการวิเคราะห์ชนิดนี้เรียกว่า "ไหล่ยอด" สถานผลิตภัณฑ์หลักการผลิตโพรไฟล์ T RFLP amoA ถูกแก้ไข โดยตา อย่างไรก็ตามเนื่องจากหลายแห่งในโพรไฟล์ 16S rDNA ถูกกันดังนั้นยอดไหล่เหล่านี้อาจไม่ได้ความ discriminated จากยอดจริงดังนั้นข้อมูลนี้เหลือ unedited ตำแหน่ง T (Smith et al.,2005) ถูกใช้ในการกำหนดบางส่วนของเทอร์มินัลจำกัด (TRFs)กลุ่ม แพคเกจทางสถิติตัวแปรพหุ (Kovach คอมพิวเตอร์บริการ)ใช้ในการดำเนินการวิเคราะห์ส่วนประกอบหลักในการข้อมูล T RFLP เพื่อหลีกเลี่ยงการแสดงเปอร์เซ็นต์ของการเปลี่ยนแปลงในหน่วยอนุกรมวิธานหายากงาน (OTUs) และ เพื่อให้ข้อมูลมีความเหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์เชิงเส้นโดย PCA ข้อมูลความสัมพันธ์ได้จาก T-RFLP ถูกเปลี่ยนไปใช้ในการแปลงคอร์ด(Ramette, 2007) คะแนนของคอมโพเนนต์หลักสองถูกใช้เพื่อเปรียบเทียบความแตกต่างระหว่างค่า T RFLP

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์ PCR
ส่วนเกินที่ถูกถอดออกโดยใช้ชุดฟอกQIAquick PCR (Qiagen) 3
ลิตรย่อยดีเอ็นเอผสมกับ37 ลิตรวิธีการแก้ปัญหาการโหลดตัวอย่าง (Beckman Coulter)
และการวิเคราะห์ชิ้นส่วนได้รับการดำเนินการโดยใช้เบคค์CEQ 8000
ฝอยอิโดยใช้มาตรฐาน640 bp (Beckman Coulter) เพื่อลดการรายงานที่ผิดพลาดของเสียงพื้นหลังระดับตัดสำหรับการรับรู้ยอดเขาที่ถูกเก็บไว้ที่เริ่มต้น10% เป็นชนิดของการวิเคราะห์นี้เป็นที่รู้จักกันในการผลิต "ยอดเขาที่ไหล่" รอบ ๆ ผลิตภัณฑ์หลักโปรไฟล์AMOA T-RFLP ถูกแก้ไขได้ด้วยตา แต่เนื่องจากจำนวนมากของยอดเขาในโปรไฟล์ 16S rDNA อยู่ใกล้กันเพื่อให้ยอดไหล่เหล่านี้ไม่สามารถเลือกปฏิบัติได้อย่างมั่นใจจากยอดเขาที่เกิดขึ้นจริงดังนั้นข้อมูลนี้ถูกทิ้งไม่มีการแก้ไข T-จัด (สมิ ธ et al., 2005) ถูกใช้ในการกำหนดข้อ จำกัด ชิ้นส่วนขั้ว (TRFs) เพื่อกลุ่ม แพคเกจทางสถิติหลายตัวแปร (Kovach บริการคอมพิวเตอร์) ถูกใช้ในการดำเนินการวิเคราะห์องค์ประกอบหลักในข้อมูล T-RFLP เพื่อหลีกเลี่ยงการแสดงในช่วงของการเปลี่ยนแปลงในหน่วยการจัดหมวดหมู่การดำเนินงานที่หายาก (Otus) และเพื่อให้ข้อมูลที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์เชิงเส้นโดยPCA ข้อมูลญาติพี่น้องมากมายที่ได้รับจากT-RFLP ถูกเปลี่ยนโดยใช้การเปลี่ยนแปลงคอร์ด(Ramette 2007 ) คะแนนของทั้งสององค์ประกอบหลักที่ใช้ในการเปรียบเทียบความแตกต่างระหว่างรูปแบบ T-RFLP

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ส่วนเกิน PCR โดยลบออก
ใช้ชุดฟอก PCR qiaquick ( เพิ่ม ) 3  ผมย่อยดีเอ็นเอ
ผสม 37  ผมโหลดตัวอย่างสารละลาย ( เบคแมน คูลเตอร์ ) และการวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้เศษ

อิเล็กหลอดเลือดฝอยเบค CEQ 8000 ใช้ 640 BP มาตรฐาน ( Beckman Coulter )

ลดรายงานเท็จของเสียงพื้นหลังตัดระดับ
ยอดรับรู้ที่ถูกเก็บไว้ที่เริ่มต้นที่ 10 % เป็นชนิดของการวิเคราะห์
เป็นที่รู้จักกันในการผลิต " ยอด " ไหล่รอบผลิตภัณฑ์หลัก
amoa t-rflp โปรไฟล์ถูกแก้ไขโดยตา อย่างไรก็ตามเนื่องจาก
หลายยอดในโปรไฟล์ 16S rDNA สนิทกันกัน
หุบไหล่เหล่านี้ไม่สามารถมั่นใจเลือกจาก
ยอดที่เกิดขึ้นจริงเพื่อให้ข้อมูลนี้ที่เหลือที่ไม่ได้ตัดต่อ . t-align ( Smith et al . ,
2005 ) ถูกใช้เพื่อกำหนดเทอร์มินัลจำกัดชิ้นส่วน ( trfs )

กลุ่ม แบบแพคเกจสถิติ ( คอมพิวเตอร์บริการ โคแวค )
ถูกใช้ออกมาเพื่อการวิเคราะห์องค์ประกอบหลักข้อมูล
t-rflp . เพื่อที่จะหลีกเลี่ยงมากกว่าการเป็นตัวแทนของการเปลี่ยนแปลงในทางที่หายาก ( ในหน่วยปฏิบัติการ
) และเพื่อให้ข้อมูลที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์เชิงเส้นโดย
PCA ญาติได้รับข้อมูลมากมาย
จาก t-rflp คือเปลี่ยนการใช้คอร์ดการเปลี่ยนแปลง
( ramette , 2007 ) คะแนนแรกของหลักสององค์ประกอบ
เพื่อเปรียบเทียบความแตกต่างระหว่าง t-rflp โปรไฟล์