The phylogenetic trees reconstructe

The phylogenetic trees reconstructed using the NJ, ML and BI
methods were highly congruent, with almost identical topologies
and with the same supported nodes for all major clades (data not
shown), and with all datasets. The ML phylogenetic tree based on
the concatenated dataset of all codons of COI, 16S rRNA and 28S
rRNA (1641 nucleotide sites) is shown in Fig. 3.
Cyclophorus was separated into two principal clades (clades 1
and 2, Fig. 3) with strong support (100% NJ bootstraps, 100% ML
bootstraps and posterior probability (PP) = 1 in BI for clade 1 and
99% NJ, 100% ML, 1 PP for clade 2). Clade 1 comprised the sole species
C. perdix tuba from Malaysia, whilst clade 2 comprised the
remainder of the Cyclophorus species. Clade 2 was further subdivided
into two major subclades; clade 2a that includes C. semisulcatus,
C. jourdyi, C. herklotsi and C. turgidus (95% NJ, 97% ML, 1 PP)
and clade 2b that includes all of the Thai Cyclophorus as well as
C. songmaensis from Vietnam and C. bensoni from Laos (90% NJ,
94% ML, 0.96 PP).
Of the 29 nominal species (Fig. 1), 25 were monophyletic and
strongly supported in greater than 77% of NJ and ML bootstrap replicates
and PP > 0.91 in BI (in Fig. 3). The individual genes generally
supported the monophyly of most Cyclophorus species, but yielded
poor resolution (data not shown). The molecular trees provided
strong support indicating that 3 species, C. fulguratus, C. volvulus,
and C. aurantiacus, were not monophyletic. Cyclophorus fulguratus
fell in 4 well-supported locations in the trees (labelled 1f, 2f, 3f
and 4f in Fig. 3). The first group (1f) from West and Central Thailand
was most closely related to C. volvulus (99% NJ, 100% ML, 1
PP) also from West Thailand. The second group (2f) from upper
Northeastern Thailand was most closely related to C. consociatus
(100% NJ, 100% ML, 1 PP). A single individual (3f) from lower
Northeastern Thailand fell immediately outside the C. consociatus
and C. fulguratus 2f cluster (92% NJ, 96% ML, 1 PP). A further individual
(4f) from East Thailand clustered with C. speciosus (99% NJ,
100% ML, 1 PP). Cyclophorus volvulus fell in 3 well-supported locations
in the trees (labelled 1v, 2v and 3v in Fig. 3). The first group
(1v) from West Thailand was most closely related to C. fulguratus 1f
(99% NJ, 100% ML, 1 PP) also from West Thailand. Group 2 (2v)
from East and Central Thailand was most closely related to C. labiosus
(94% NJ, 96% ML, 0.99 PP). A single individual (3v) from North
Thailand clustered with C. subfloridus (99% NJ, 98% ML, 1 PP). Finally,
C. aurantiacus was not monophyletic in our trees with C. a. pernobilis
falling separately to the other subspecies (87% NJ, 89% ML
bootstrap support and 1 PP in the concatenated COI/16S/28S dataset,
see Fig. 3). Within the main C. aurantiacus group the subspecies,
C. a. aurantiacus, C. a. nevilli and C. a. andersoni fell as
monophyletic units (Fig. 3). The monophyly of a 4th species C. consociatus
proved equivocal in all analyses. C. consociatus was poorly
resolved in the concatenated COI, 16S rRNA and 28S rRNA (Fig. 3)
and the individual genes analyses. For Supplementary analysis, C.
pfeifferi appeared to be paraphyletic in the mtDNA tree (Fig. S1)
though with low support: 50% NJ, 53% ML, 0.59 PP but was recovered
as a monophyletic unit in trees based on concatenated COI,
16S rRNA and 28S rRNA (93% NJ, 97% ML, 1 PP, Fig. 3). C. malayanus

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ต้นไม้สร้างขึ้นใหม่โดยใช้ nj, มล. และสอง
วิธีการที่สอดคล้องกันสูงโดยมีโครงสร้างเหมือนกันเกือบ
และมีการสนับสนุนโหนดเดียวกันสำหรับ clades ที่สำคัญ (ข้อมูลไม่แสดง
) และกับชุดข้อมูลทั้งหมด ต้นไม้สายวิวัฒนาการ มล. ตาม
ชุดตัดแบ่งของ codons ทั้งหมด COI, rrna 16s และ 28s
rrna (1641 เว็บไซต์เบื่อหน่าย) ก็แสดงให้เห็นในภาพ 3.
cyclophorus ถูกแยกออกเป็นสอง clades หลัก (clades 1
และ 2 มะเดื่อ. 3) ด้วยการสนับสนุนที่แข็งแกร่ง (100% บูต nj 100% มล.
บูตและความน่าจะเป็นหลัง (PP) = 1 ในสองเพื่อ clade 1 และ 99% nj
100% มล. 1 หน้าเพื่อ clade 2) clade 1 ประกอบด้วยสายพันธุ์เดียว
c ทูบา perdix จากมาเลเซียในขณะที่ clade 2 ประกอบด้วย
ส่วนที่เหลือของสายพันธุ์ cyclophorus clade 2 ถูกแบ่งย่อยออกไปอีก
เป็นสอง subclades สำคัญ clade 2a ที่มีค semisulcatus,
c jourdyi ค herklotsi และค turgidus (95% nj 97% มล. 1 หน้า)
และ 2b clade ที่มีทั้งหมดของ cyclophorus ไทยเช่นเดียวกับที่
c songmaensis จากเวียดนามและค bensoni จากลาว (90% nj
94% มล. 0.96 พีพี).
ของ 29 ชนิดเล็กน้อย (รูปที่ 1), 25 เป็นไฟย์เลติและ
ได้รับการสนับสนุนอย่างมากในมากกว่า 77% ของ nj และ มล. บูตซ้ำ
และหน้า> 0.91 ในสอง (ในภาพ 3.) ยีนที่บุคคลทั่วไป
สนับสนุน monophyly ของสายพันธุ์มากที่สุด cyclophorus แต่ให้ผล
ความละเอียดต่ำ (ไม่ได้แสดงข้อมูล) ต้นไม้โมเลกุลให้
การสนับสนุนที่เข้มแข็งแสดงให้เห็นว่า 3 ชนิดค fulguratus ค volvulus,
และค aurantiacus, ไฟย์เลติไม่ได้cyclophorus fulguratus
ลดลงใน 4 สถานที่ที่ดีที่ได้รับการสนับสนุนในต้นไม้ (1f ป้าย, 2f, 3f
และ 4f ในมะเดื่อ. 3) กลุ่มแรก (1F) จากทางตะวันตกและภาคกลางของประเทศไทย
เกี่ยวข้องมากที่สุดอย่างใกล้ชิดกับค volvulus (99% nj 100% มล. , 1
หน้า) นอกจากนี้ยังมาจากทางตะวันตกของประเทศไทย กลุ่มที่สอง (2f) จากภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนบน
ประเทศไทยที่เกี่ยวข้องมากที่สุดอย่างใกล้ชิดกับค consociatus
(100% nj 100% มล. 1 หน้า)บุคคลเพียงคนเดียว (3F) จากภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่าง
ประเทศไทยลดลงทันทีนอกค consociatus
และค fulguratus 2f กลุ่ม (92% nj, 96% มล. 1 หน้า) บุคคลต่อไป
(4F) จากทางทิศตะวันออกของประเทศไทยที่มีการกระจุกตัวค speciosus (99% nj
100% มล. 1 หน้า) cyclophorus volvulus ลดลงใน 3 สถานที่ที่ดีที่ได้รับการสนับสนุน
ในต้นไม้ (1v ข้อความ 2v และ 3v ในมะเดื่อ. 3) กลุ่มแรก
(1v) จากทางตะวันตกของประเทศไทยที่เกี่ยวข้องมากที่สุดอย่างใกล้ชิดกับค fulguratus 1f
(99% nj 100% มล. 1 หน้า) นอกจากนี้ยังมาจากทางตะวันตกของประเทศไทย กลุ่มที่ 2 (2v)
จากตะวันออกและภาคกลางของประเทศไทยเป็นที่เกี่ยวข้องมากที่สุดอย่างใกล้ชิดกับค labiosus
(94% nj, 96% มล. 0.99 พีพี) บุคคลเพียงคนเดียว (3v) จากทางเหนือ
ประเทศไทยกลุ่มที่มีค subfloridus (99% nj 98% มล. 1 หน้า) ที่สุด
c aurantiacus ไม่ได้ไฟย์เลติในต้นไม้ของเรากับคpernobilis
ล้มแยกย่อยอื่น ๆ (87% nj, 89% มล.
การสนับสนุนเงินทุนและ 1 หน้าในชุด coi/16s/28s ตัดแบ่ง
เห็นมะเดื่อ. 3) ภายในคหลัก กลุ่มย่อย aurantiacus,
c aurantiacus ค nevilli และค andersoni ลดลงเป็นหน่วยไฟย์เลติ
(รูปที่ 3) monophyly ของสายพันธุ์ที่ 4 ค consociatus
พิสูจน์แล้วว่ายังไม่มีข้อยุติในการวิเคราะห์ทั้งหมด คconsociatus ก็ไม่ดี
แก้ไขใน COI ตัดแบ่ง rrna 16s และ 28s rRNA (รูปที่ 3)
และยีนบุคคลวิเคราะห์ . สำหรับการวิเคราะห์เสริม c
pfeifferi ดูเหมือนจะเป็น paraphyletic ในต้นไม้ mtDNA (รูป s1)
แม้ว่าจะมีการสนับสนุนต่ำ 50% nj 53% มล. 0.59 หน้า แต่ก็หาย
เป็นหน่วยไฟย์เลติต้นไม้ขึ้นอยู่กับการตัดแบ่ง COI
rrna 16s และ 28s rRNA (93% nj 97% มล. 1 PP, มะเดื่อ3) ค malayanus

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ต้นไม้ phylogenetic เชิดใช้ NJ, ML และ BI
วิธีถูกแผงสูง มีโทเหมือนกับ
และ ด้วยเดียวกันสนับสนุนโหน clades หลักทั้งหมด (ข้อมูลไม่
แสดง), และ datasets ทั้งหมด ต้น phylogenetic ML ตาม
ชุดข้อมูลต่อของ codons ทั้งหมดของ COI, 16S rRNA และ 28S
rRNA (1641 นิวคลีโอไทด์ไซต์) จะแสดงใน Fig. 3.
Cyclophorus ถูกแบ่งออกเป็นสองหลัก clades (clades 1
และ Fig. 2, 3) ด้วยการสนับสนุนที่แข็งแกร่ง (bootstraps NJ 100%, 100% ML
bootstraps และความน่าเป็นหลัง (PP) = 1 ใน BI clade 1 และ
NJ 99%, 100% ML, 1 PP สำหรับ clade 2) Clade 1 ประกอบด้วยสายพันธุ์แต่เพียงผู้เดียว
ทูบา C. perdix จากมาเลเซีย ขณะ clade 2 ประกอบด้วยการ
เหลือพันธุ์ Cyclophorus เพิ่มเติมเป็นปฐมภูมิ clade 2
เป็นสองหลัก subclades 2a clade ที่ C. semisulcatus,
C. jourdyi, C. herklotsi และ C. turgidus (95% NJ, 97% ML, 1 PP)
และ 2b clade ที่รวมทั้งหมดของ Cyclophorus ไทยเป็น
songmaensis C. จากเวียดนามและ C. bensoni จากลาว (90% NJ,
94% ML, 0.96 PP) .
29 ระบุชนิด (Fig. 1), 25 ถูก monophyletic และ
ขอรับการสนับสนุนในมากกว่า 77% ของ NJ และ ML เริ่มต้นระบบ replicates
และ PP > 0.91 ใน BI (ใน Fig. 3) ยีนแต่ละตัวโดยทั่วไป
สนับสนุน monophyly Cyclophorus พันธุ์ส่วนใหญ่ แต่ผล
ละเอียดดี (ไม่ได้แสดงข้อมูล) ต้นไม้ระดับโมเลกุลให้
สนับสนุนที่แข็งแกร่งแสดงชนิดที่ 3, C. fulguratus, C. volvulus,
และ C. aurantiacus, monophyletic ไม่ Cyclophorus fulguratus
ตั้ง 4 แห่งสนับสนุนที่ต้นไม้ (labelled 1f, 2f, 3f
และ 4f ใน Fig. 3) กลุ่มแรก (1f) จากตะวันตกและภาคกลาง
ถูกสุดที่เกี่ยวข้องกับ C. volvulus (NJ 99%, 100% ML, 1
PP) จากไทยตะวันตกยัง กลุ่มที่สอง (2f) จากบน
ภาคอีสานถูกสุดที่เกี่ยวข้องกับ C. consociatus
(NJ 100%, 100% ML, 1 PP) คนหนึ่งคน (3f) จากล่าง
ภาคอีสานตกทันทีนอก C. consociatus
และคลัสเตอร์ 2f C. fulguratus (NJ 92%, 96% ML, 1 PP) Individual
(4f) เพิ่มเติมจากภาคตะวันออกจับกลุ่มกับหมายนา C. (99% NJ,
100% ML, 1 PP) Cyclophorus volvulus ตกในสถานที่ได้รับการสนับสนุนอย่างดี 3
ในต้นไม้ (labelled 1v, 2v และ 3v ใน Fig. 3) กลุ่มแรก
(1v) จากตะวันตกไทยถูกสุดกับ 1f C. fulguratus
(NJ 99%, 100% ML, 1 PP) จากไทยตะวันตกยัง กลุ่ม 2 (2v)
จากตะวันออกและภาคกลางได้อย่างใกล้ชิดที่สุดกับ C. labiosus
(94% NJ, 96% ML, 0.99 PP) คนหนึ่งคน (3v) จากเหนือ
ไทยจับกลุ่มกับ C. subfloridus (NJ 99%, 98% ML, 1 PP) สุดท้าย,
monophyletic ในต้นไม้ของเรากับ C. C. aurantiacus ไม่ใช่เป็นการ pernobilis
ลงแยกชนิดย่อยอื่น ๆ (87% NJ, 89% ML
bootstrap สนับสนุนและ 1 PP ในชุดข้อมูล COI 16S/28S ต่อ,
ดู Fig. 3) ภายใน C. หลัก aurantiacus กลุ่มชนิดย่อย,
C. a. aurantiacus, C. a. nevilli และ C. a. andersoni ตกเป็น
monophyletic หน่วย (Fig. 3) Monophyly ชนิด 4 C. consociatus
พิสูจน์ในทั้งหมดวิเคราะห์ equivocal ค consociatus ได้งาน
แก้ไขในการต่อ COI, 16S rRNA และ 28S rRNA (Fig. 3)
และวิเคราะห์แต่ละยีน สำหรับการวิเคราะห์เพิ่มเติม C.
pfeifferi ปรากฏ ว่า paraphyletic ในต้นของ mtDNA (ฟิก S1)
ว่า ด้วยการสนับสนุนต่ำ: NJ 50%, 53% ML คือ 0.59 PP แต่ถูกกู้คืน
เป็นหน่วย monophyletic ในต้นไม้ตามต่อ COI,
16S rRNA และ 28S rRNA (93% NJ, 97% ML, 1 PP ฟิก 3) . C. malayanus

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ต้น phylogenetic ที่ก่อสร้างขึ้นใหม่เมื่อพ.ศ.โดยใช้ NJ Transit มล.วิธีการ BI
และที่มีทับกันสนิทเป็นอย่างสูงพร้อมด้วยโทโพโลยีเหมือนกันเกือบ
และพร้อมด้วยโหนดที่สนับสนุนเดียวกันสำหรับ clades สำคัญทั้งหมด(ข้อมูลไม่
แสดง)และพร้อมด้วย datasets ทั้งหมด ทรี phylogenetic มล.ที่ใช้ dataset ค่าใช้จ่ายเป็น SMS แบบต่อเนื่อง
ของ codons ทั้งหมดของ coi rrna 16 S และ 28 S
rrna ( 1641 สถานที่ nucleotide )จะปรากฏขึ้นในรูป 3 .
cyclophorus แยกเป็นสอง clades หลัก( clades 1
และ 2 รูป 3 )พร้อมด้วยการสนับสนุน( 100% , NJ ลำแข้ง, 100% มล.
ลำแข้งและก้นโอกาส( PP )= 1 ใน BI สำหรับ clade 1 และ
99% , NJ , 100% มล., 1 PP สำหรับ clade 2 ) clade 1 ประกอบด้วยสายพันธุ์และท่อหายใจ
C perdix แต่เพียงผู้เดียวจากประเทศมาเลเซียในขณะที่ clade 2 ประกอบด้วย
ช่วงที่เหลือของสายพันธุ์ที่ cyclophorus clade ถูกแบ่งเป็น 2
เป็นสองหลัก subclades ; clade 2 ที่รวมถึงค. semisulcatus ,
C . jourdyi , c . herklotsi และ C . turgidus ( 95% , NJ , 97% มล., 1 : PP )
และ clade 2 B ที่ประกอบด้วยทั้งหมดของไทย cyclophorus และ
C . songmaensis จากเวียดนามและ C . bensoni จากประเทศลาว( 90% , NJ ,
94% มล., 0.96 PP )..
ของ 29 ไม่มากนักพันธุ์ไม้(รูปที่ 1 ) 25 คนและ monophyletic
ขอการสนับสนุนในมากกว่า 77% ของ NJ Transit และมล. Bootstrap Processor หาดจอมเทียน
และ PP > 0.91 ใน BI (ในรูป. 3 ) ยีนแต่ละตัวที่โดยทั่วไปแล้ว
ซึ่งจะช่วยสนับสนุน monophyly ของสายพันธุ์ข้าว cyclophorus มากที่สุดแต่ความละเอียด
ซึ่งจะช่วยคนจน(ข้อมูลไม่ได้แสดงไว้) ต้นระดับโมเลกุล
ซึ่งจะช่วยจัดให้บริการการสนับสนุนเป็นอย่างดีแสดงว่า 3 สายพันธุ์ fulguratus C . C . volvulus
และ aurantiacus monophyletic C .ก็ไม่ได้cyclophorus fulguratus
ซึ่งจะช่วยลดลงใน 4 ตำแหน่งรวมทั้งมีการสนับสนุนในต้น(มีป้าย 1 F 2 F 3 F
และ 4 F ในรูป 3 ) ครั้งแรกกลุ่ม( 1 F )จากประเทศไทยทางด้านทิศตะวันตกและที่ตั้งในศูนย์กลาง
ซึ่งจะช่วยได้มากที่สุดอย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับ C . volvulus ( pp NJ Transit 100% มล. 1 ~ 99% )จากประเทศไทยด้านทิศตะวันตก กลุ่มที่สอง( 2 F )จากประเทศไทยบน
ภาค ตะวันออกเฉียงเหนือมากที่สุดเป็นอย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับ C . consociatus
( 100% , NJ 100 มล.% 1 : PP )บุคคลใดบุคคลหนึ่ง( 3 f )จากประเทศไทยลดลง ภาค ตะวันออกเฉียงเหนือ
ซึ่งจะช่วยลดลงทันทีทางด้านนอก C consociatus
และ C . fulguratus 2 F กลุ่ม( 92 , NJ %มล. 96% 1 : PP ) อีกรายบุคคล
( 4 f )ที่ประเทศไทยจากด้านทิศตะวันออกกระจัดกระจายพร้อมด้วยนาเฟิร์นบอน. C .( NJ Transit 99%
100 มล.% 1 : PP ) volvulus cyclophorus ล้มลงใน 3 เป็นอย่างดี
ซึ่งจะช่วยสนับสนุนตำแหน่งในต้น(มีป้าย 1 V 2 V และ 3 V ในรูป 3 ) กลุ่มแรกจะตอบแทน
( 1 V )จากตะวันตกประเทศไทยเป็นส่วนใหญ่อย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับ C fulguratus 1 F
( NJ Transit 99% 100% มล. 1 PP )จากประเทศไทยทางด้านทิศตะวันตก กลุ่มที่ 2 ( 2 V )
จากด้านทิศตะวันออกและที่ตั้งในศูนย์กลางประเทศไทยมากที่สุดอย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับ C labiosus
( 94 , NJ %มล. 96% 0.99 PP ) บุคคลใดบุคคลหนึ่ง( 3 V )จากทางด้านทิศเหนือ
ประเทศไทย)พร้อมด้วย subfloridus . C .( NJ Transit 99% 98 มล.% 1 : PP ) สุดท้าย aurantiacus
C .ไม่ใช่ monophyletic ในต้นไม้ของเราพร้อมด้วยค.ได้pernobilis
ซึ่งจะช่วยลดลงแยกต่างหากเพื่อที่อื่น subspecies ( 87% , NJ ,ร้อยละ 89 มล.
ซึ่งจะช่วย Bootstrap Processor และการสนับสนุน 1 PP ในที่ค่าใช้จ่ายเป็น SMS แบบต่อเนื่อง coi / 16 S / 28 S dataset ,
ดูรูป. 3 ) ภายใน กลุ่ม aurantiacus C .หลัก subspecies ที่
C . aurantiacus ที่ C . C .และ nevilli . andersoni ที่ตกเป็นเครื่อง
monophyletic (รูปที่ 3 ) monophyly ของสายพันธุ์ที่ 4 c . consociatus
ที่พิสูจน์ได้ไม่มีความชัดเจนในการวิเคราะห์ทั้งหมด C .consociatus
ซึ่งจะช่วยแก้ไขปัญหาได้ก็ไม่ดีนักในค่าใช้จ่ายเป็น SMS แบบต่อเนื่องที่ coi rrna 16 S และ 28 S rrna (รูปที่ 3 )
และวิเคราะห์ยีนแต่ละตัวได้ สำหรับใช้ในการวิเคราะห์เพิ่มเติม pfeifferi C .
มาเป็น paraphyletic ในทรี mtdna (รูปที่ S 1 )
แม้ว่าจะมีระดับต่ำการสนับสนุน: 50% , NJ , 53% มล., 0.59 PP แต่เป็น
ซึ่งจะช่วยฟื้นตัวเป็น monophyletic ชุดในต้นที่ใช้ค่าใช้จ่ายเป็น SMS แบบต่อเนื่อง coi ,
16 S rrna และ 28 S rrna ( 93% , NJ , 97% มล., 1 , pp ,รูป.3 ) C .หมีหมา