A large study of human genetic vari

A large study of human genetic variation finds more than 7 million spots where one person’s DNA can differ from another’s. Analyses of such variants, compiled from cataloging the genes from more than 60,000 people, are already offering doctors helpful insights into diseases such as schizophrenia and some heart conditions.

Researchers from the Exome Aggregation Consortium first presented their analysis of the ExAC database online at bioRxiv.org last year (SN: 12/12/15, p. 8). Now, the project is getting its official debut in the Aug. 18 Nature.

An exome is just the protein-producing genes in a person’s genetic instruction book, or genome. Researchers from nearly two dozen studies around the world pooled exome data they had collected from 60,706 people, nearly 10 times more data than any previous study of human genetic variation. The people in the study were far more racially and ethnically diverse than any previous study as well, and included both people with various diseases and healthy people.

Any one person carries tens of thousands of DNA variants, said Daniel MacArthur, a geneticist at Massachusetts General Hospital in Boston, in a telephone press briefing. The ExAC team found that, on average, one in every eight DNA bases (the information-encoding chemical building blocks of DNA) differs among people. In total, the researchers recorded more than 7.4 million DNA variants, most of them changes in single DNA bases.

ExAC researchers released the data in 2014 for other scientists to use. Already these data have contributed to the day-to-day interpretation of genetic information in the clinic, says Eliezer Van Allen, a medical oncologist at Harvard Medical School. “It gives a new look into the drivers of human genetic diversity.”

A companion paper published August 17 in Nature Genetics, for instance, found that people are missing some genes or have extra copies of other genes. On average, people have 0.81 deleted genes and 1.75 duplicated genes. The analysis echoed previous studies in showing that people with schizophrenia are more likely to have such missing or duplicated genes, particularly genes important in the brain.

Copy count
People may lose or have extra copies of some genes. Researchers found that, on average, each person has 0.81 deleted genes (red) and 1.75 duplicated genes (blue), but some people may be missing or have extra copies of up to 10 or more genes, which may put them at risk for diseases such as schizophrenia.


D. RUDERFER ET AL/NATURE GENETICS 2016

It’s a relief to researchers that the paper confirms the results of previous schizophrenia studies, says Jennifer Mulle, a psychiatric geneticist at Emory University in Atlanta who was not involved in the work. “We all breathe a collective sigh of relief that this thing we thought to be true continues to be true,” she says.

Now, the challenge is to figure out what all of the variations mean.

Two independent studies suggest that the ExAC data could give doctors and researchers a clearer picture of the gene changes that contribute to heart conditions known as cardiomyopathies.

As DNA sequencing studies, which decipher people’s genetic makeup, became more common in the last 10 years, researchers amassed a growing number of rare DNA variants implicated in causing the heart diseases. “There was always a lot of doubt cast about whether these [variants] were real or not,” says Roddy Walsh, a geneticist at Imperial College London.

Walsh and colleagues used the ExAC data and DNA data from 7,855 cardiomyopathy patients to reevaluate the likelihood that a particular variant would cause a heart problem. Finding a variant in heart patients that is rarely seen in people without the disease suggests the variant could be causing the disease. But if the variant appears just as often in the general population that don’t have cardiomyopathies as in patients, it is unlikely to cause disease.

Of the people in ExAC, 11.7 percent carry variants associated with hypertrophic cardiomyopathy, Walsh and colleagues report August 17 in Genetics in Medicine. That’s far more people than expected for a rare inherited heart condition, which strikes about one in 500 people. Those data and other evidence suggest that many of the variants implicated in the disease are actually benign, the researchers say.

ExAC data alone aren’t enough to rule out a potentially disease-causing variant, says Benjamin Meder, a cardiologist at Heidelberg University Hospital in Germany. Researchers don’t know the full medical history of the ExAC volunteers. Some may have undetected cases of cardiomyopathy, or others may have been misdiagnosed as having the disease, which could throw off the results, he says. It’s important to clearly define who has a disease and who doesn’t before conducting genetic studies, Meder says. “This paper does it the wrong way around.” Still, he says the study does offer some valuable insights into the genetics of heart problems.

Misdiagnosing a genetic

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การศึกษาขนาดใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมมนุษย์พบมากกว่า 7 ล้านจุดซึ่งดีเอ็นเอของคนหนึ่งอาจแตกต่างจากผู้อื่น การวิเคราะห์ตัวแปรดังกล่าว การรวบรวมจากการจัดแค็ตตาล็อกยีนจาก 60,000 กว่าคน จะนำเสนอแล้วเจาะลึกประโยชน์แพทย์โรคเช่นโรคจิตเภทและบางภาวะหัวใจ นักวิจัยจาก Consortium รวม Exome นำเสนอวิเคราะห์ฐานข้อมูล ExAC ออนไลน์ของพวกเขาที่ bioRxiv.org ปี (SN: 12/12/15, p. 8) ตอนนี้ โครงการคือการเปิดตัวอย่างเป็นทางการใน 18 ส.ค.ธรรมชาติExome การเป็นเพียงผลิตโปรตีนยีนของคนหนังสือคำสั่งทางพันธุกรรม หรือกลุ่ม นักวิจัยจากการศึกษาทั่วโลกเกือบสองโหลพู exome ข้อมูลที่พวกเขาได้รวบรวมจากคน 60,706 เกือบ 10 ครั้งข้อมูลให้มากกว่าการศึกษาก่อนหน้านี้ของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมมนุษย์ คนในการศึกษาได้ไกลขึ้นเชื้อชาติ และชาติพันธุ์หลากหลายมากกว่าการศึกษาก่อนหน้านี้เช่นกัน และรวมทั้งคนที่ มีโรคต่าง ๆ และคนที่มีสุขภาพคนมีสายพันธุ์ DNA มาเป็นเวลาหลายหมื่น กล่าวว่า แดเนียลแมคอาเธอร์ geneticist ที่พยาบาลในบอสตัน แมสซาชูเซตส์ในโทรศัพท์แถลง ทีม ExAC พบว่า เฉลี่ย หนึ่งในทุกฐานแปดของดีเอ็นเอ (การเข้ารหัสข้อมูลสารเคมีหน่วยการสร้างของดีเอ็นเอ) ที่แตกต่างระหว่างคน ทั้งหมด นักวิจัยบันทึกสายพันธุ์ DNA มากกว่า 7.4 ล้าน ส่วนใหญ่การเปลี่ยนแปลงในดีเอ็นเอเดียวฐานExAC researchers released the data in 2014 for other scientists to use. Already these data have contributed to the day-to-day interpretation of genetic information in the clinic, says Eliezer Van Allen, a medical oncologist at Harvard Medical School. “It gives a new look into the drivers of human genetic diversity.”A companion paper published August 17 in Nature Genetics, for instance, found that people are missing some genes or have extra copies of other genes. On average, people have 0.81 deleted genes and 1.75 duplicated genes. The analysis echoed previous studies in showing that people with schizophrenia are more likely to have such missing or duplicated genes, particularly genes important in the brain. Copy countPeople may lose or have extra copies of some genes. Researchers found that, on average, each person has 0.81 deleted genes (red) and 1.75 duplicated genes (blue), but some people may be missing or have extra copies of up to 10 or more genes, which may put them at risk for diseases such as schizophrenia.D. RUDERFER ET AL/NATURE GENETICS 2016It’s a relief to researchers that the paper confirms the results of previous schizophrenia studies, says Jennifer Mulle, a psychiatric geneticist at Emory University in Atlanta who was not involved in the work. “We all breathe a collective sigh of relief that this thing we thought to be true continues to be true,” she says.ตอนนี้ ความท้าทายคือการ คิดออกสิ่งที่ทั้งหมดของรูปแบบหมายถึงศึกษาอิสระสองแนะนำว่า ข้อมูล ExAC ทำให้แพทย์และนักวิจัยภาพที่ชัดเจนของการเปลี่ยนแปลงของยีนที่เกี่ยวข้องถึงภาวะของหัวใจที่เรียกว่า cardiomyopathiesขณะศึกษาลำดับดีเอ็นเอ ซึ่งถอดรหัสการแต่งหน้าของคนทางพันธุกรรม กลายเป็นพบมากใน 10 ปี นักวิจัยไว้จำนวนมากได้หายากสายพันธุ์ DNA ที่เกี่ยวข้องในการก่อให้เกิดโรคหัวใจ "ไม่ค่อยเสมอหล่อเกี่ยวกับเหล่านี้ย่อยได้จริง หรือ ไม่ ข้อสงสัย" Roddy วอลช์ geneticist ที่อิมพีเรียลอนดอนกล่าววอลช์และเพื่อนร่วมงานใช้ ExAC ข้อมูลและข้อมูลดีเอ็นเอจากผู้ป่วย cardiomyopathy 7,855 เพื่อ reevaluate ความเป็นไปได้ว่า ตัวแปรใดจะทำให้เกิดปัญหาหัวใจ ค้นหาตัวแปรในหัวใจผู้ป่วยที่ไม่ค่อยเห็นในคนที่ไม่มีโรคแนะนำตัวแปรอาจเป็นสาเหตุของโรค แต่ถ้าตัวแปรปรากฏเพียงได้บ่อยในประชากรทั่วไปที่ไม่มี cardiomyopathies ในผู้ป่วย ก็ไม่น่าจะทำให้เกิดโรคของคนใน ExAC ร้อยละ 11.7 มีตัวแปรที่เกี่ยวข้องกับ cardiomyopathy แรก วอลช์และผู้ร่วมงานรายงานวันที่ 17 สิงหาคมในพันธุศาสตร์ในการแพทย์ ที่มีผู้คนมากขึ้นกว่าที่คาดไว้สำหรับเงื่อนไขหัวใจสืบทอดหายาก ซึ่งนัดประมาณ 1 ใน 500 คน นักวิจัยบอกว่า ข้อมูลเหล่านั้นและหลักฐานอื่น ๆ แนะนำว่า ตัวแปรที่เกี่ยวข้องในการเกิดโรคมีจริงอ่อนโยนExAC ข้อมูลเพียงอย่างเดียวไม่เพียงพอที่จะแยกแยะตัวแปรที่ก่อโรคอาจ เบนจามิน Meder เครื่องตรวจอัลตราซาวด์ที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยไฮเดลเบิร์กเยอรมนีกล่าว นักวิจัยไม่ทราบประวัติการรักษาพยาบาลของอาสาสมัคร ExAC บางคนอาจมีตรวจไม่พบกรณี cardiomyopathy หรืออื่น ๆ อาจถูกวินิจฉัยเป็นโรค ที่สามารถโยนออกผล เขากล่าวว่า Meder กล่าวว่า มันเป็นสิ่งสำคัญให้ชัดเจนกำหนดผู้ที่มีโรคและที่ไม่ก่อนดำเนินการศึกษาด้านพันธุกรรม "เอกสารนี้ไม่ได้ในทางที่ผิดกลับ" ยังคง เขากล่าวว่า การศึกษามีบางลึกเข้าไปในพันธุกรรมของโรคหัวใจMisdiagnosing การทางพันธุกรรม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การศึกษาขนาดใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมของมนุษย์พบว่ากว่า 7 ล้านจุดที่ดีเอ็นเอของคนคนหนึ่งอาจแตกต่างจากคนอื่น การวิเคราะห์สายพันธุ์ดังกล่าวรวบรวมจากแคตตาล็อกยีนจากกว่า 60,000 คนอยู่แล้วที่นำเสนอข้อมูลเชิงลึกที่เป็นประโยชน์แพทย์เข้าไปในโรคเช่นโรคจิตเภทและบางเงื่อนไขหัวใจ.

นักวิจัยจาก exome รวม Consortium แรกที่นำเสนอการวิเคราะห์ของฐานข้อมูลออนไลน์ได้ที่ exac bioRxiv org ปีที่ผ่านมา (SN:. 12/12/15 พี 8) ตอนนี้โครงการจะได้รับการเปิดตัวเป็นทางการใน 18 สิงหาคมธรรมชาติ.

exome เป็นเพียงยีนโปรตีนที่ผลิตในหนังสือคำสั่งของบุคคลทางพันธุกรรมหรือจีโนม นักวิจัยจากเกือบสองโหลศึกษาทั่วโลกรวบรวมข้อมูล exome ที่พวกเขาได้เก็บรวบรวมจาก 60,706 คนข้อมูลเกือบ 10 ครั้งกว่าการศึกษาก่อนหน้าใด ๆ ของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมของมนุษย์ คนที่อยู่ในการศึกษาได้ไกลมากขึ้นเชื้อชาติและหลากหลายเชื้อชาติกว่าการศึกษาก่อนหน้านี้เช่นกันและรวมทั้งผู้ที่มีโรคต่างๆและคนที่มีสุขภาพ.

ใด ๆ ที่คนคนหนึ่งถือนับหมื่นของสายพันธุ์ DNA ของแดเนียลแมคพันธุกรรมที่แมสซาชูเซตทั่วไปกล่าวว่า โรงพยาบาลในเมืองบอสตันในโทรศัพท์แถลงข่าว ทีม exac พบว่าโดยเฉลี่ยแล้วหนึ่งในทุกแปดฐานดีเอ็นเอ (ข้อมูลเข้ารหัสอาคารเคมีบล็อคของ DNA) มีความแตกต่างในหมู่คน โดยรวมแล้วนักวิจัยบันทึกมากกว่า 7,400,000 สายพันธุ์ DNA ที่สุดของพวกเขาเปลี่ยนแปลงฐานดีเอ็นเอเดียว.

นักวิจัย exac ข้อมูลออกในปี 2014 สำหรับนักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ที่จะใช้ แล้วข้อมูลเหล่านี้มีส่วนร่วมในการตีความแบบวันต่อวันของข้อมูลทางพันธุกรรมในคลินิกเซอร์แวนอัลเลน, เนื้องอกแพทย์ที่ Harvard Medical School กล่าวว่า "มันทำให้ดูใหม่ในไดรเวอร์ของความหลากหลายทางพันธุกรรมของมนุษย์. ว่า"

กระดาษสหายตีพิมพ์ 17 สิงหาคมในวารสาร Nature Genetics เช่นพบว่าคนที่จะหายไปบางส่วนหรือยีนที่มีสำเนาพิเศษของยีนอื่น ๆ โดยเฉลี่ย 0.81 คนมียีนที่ถูกลบและ 1.75 ยีนซ้ำ การวิเคราะห์สะท้อนศึกษาก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นว่าคนที่มีอาการจิตเภทมีแนวโน้มที่จะมียีนที่หายไปหรือทำซ้ำเช่นนี้โดยเฉพาะอย่างยิ่งยีนที่สำคัญในสมอง.

คัดลอกนับ
คนอาจสูญเสียหรือมีสำเนาพิเศษของยีนบาง นักวิจัยพบว่าโดยเฉลี่ยแต่ละคนมี 0.81 ยีนลบ (สีแดง) และ 1.75 ยีนซ้ำ (สีฟ้า) แต่บางคนอาจจะหายไปหรือมีสำเนาพิเศษสูงสุดถึง 10 หรือมากกว่ายีนซึ่งอาจทำให้พวกเขาที่มีความเสี่ยงสำหรับโรค เช่นโรคจิตเภท.


D. RUDERFER et al, / ธรรมชาติ GENETICS 2016

มันเป็นความโล่งใจที่นักวิจัยที่กระดาษยืนยันผลการศึกษาของโรคจิตเภทก่อนหน้านี้เจนนิเฟอร์ Mulle, ผาดจิตเวชที่มหาวิทยาลัยเอมอรีในแอตแลนตาที่ไม่ได้เกี่ยวข้องในการทำงานกล่าวว่า "เราทุกคนหายใจถอนหายใจด้วยความโล่งอกว่าสิ่งนี้ที่เราคิดว่าจะเป็นจริงอย่างต่อเนื่องที่จะเป็นจริง" เธอกล่าว.

ตอนนี้ความท้าทายคือจะคิดออกว่าทั้งหมดของการเปลี่ยนแปลงหมายถึง.

สองการศึกษาอิสระชี้ให้เห็นว่าข้อมูล exac ทำได้ ให้แพทย์และนักวิจัยภาพที่ชัดเจนของการเปลี่ยนแปลงของยีนที่นำไปสู่หัวใจเงื่อนไขที่รู้จักในฐานะ cardiomyopathies.

การศึกษาลำดับดีเอ็นเอซึ่งถอดรหัสพันธุกรรมของผู้คนกลายเป็นเรื่องธรรมดามากขึ้นในช่วง 10 ปีที่ผ่านมานักวิจัยไว้ด้วยตัวเลขการเติบโตของดีเอ็นเอที่หายากสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้อง ในการก่อให้เกิดโรคหัวใจ "มีเสมอมากที่มีข้อสงสัยโยนเกี่ยวกับว่าเหล่านี้ [ตัวแปร] เป็นเรื่องจริงหรือไม่" ร็อดดีวอลช์พันธุกรรมที่ Imperial College London. กล่าวว่า

วอลช์และเพื่อนร่วมงานใช้ข้อมูล exac และข้อมูลดีเอ็นเอจากผู้ป่วย cardiomyopathy 7855 ที่จะประเมินความเป็นไปได้ ที่แตกต่างโดยเฉพาะอย่างยิ่งจะทำให้เกิดปัญหาโรคหัวใจ หาตัวแปรในผู้ป่วยโรคหัวใจที่มีให้เห็นน้อยมากในคนที่ไม่มีโรคแสดงให้เห็นความแตกต่างที่อาจจะก่อให้เกิดโรค แต่ถ้าตัวแปรปรากฏได้บ่อยในประชากรทั่วไปที่ไม่ได้มี cardiomyopathies ในขณะที่ผู้ป่วยก็ไม่น่าจะก่อให้เกิดโรค.

ของคนใน exac ให้ดำเนินร้อยละ 11.7 สายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับ cardiomyopathy hypertrophic วอลช์และเพื่อนร่วมงานรายงาน 17 สิงหาคม ในพันธุศาสตร์ในการแพทย์ นั่นคือคนที่ไกลมากขึ้นกว่าที่คาดไว้สำหรับหายากโรคหัวใจได้รับมรดกซึ่งนัดประมาณหนึ่งใน 500 คน ข้อมูลเหล่านั้นและหลักฐานอื่น ๆ ที่แสดงให้เห็นว่าหลายสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องในการเกิดโรคเป็นพิษเป็นภัยจริงนักวิจัยกล่าวว่า.

ข้อมูล exac เพียงอย่างเดียวไม่เพียงพอที่จะออกกฎเป็นตัวแปรที่อาจก่อให้เกิดโรคเบนจามิน Meder, โรคหัวใจที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยไฮเดลเบิร์กกล่าวว่า ในประเทศเยอรมนี นักวิจัยไม่ทราบประวัติทางการแพทย์เต็มรูปแบบของอาสาสมัคร exac บางคนอาจมีกรณีที่ตรวจไม่พบของ cardiomyopathy หรือคนอื่น ๆ อาจได้รับการวินิจฉัยผิดพลาดว่ามีโรคซึ่งอาจสลัดผลเขากล่าวว่า มันเป็นสิ่งสำคัญที่จะกำหนดอย่างชัดเจนที่มีโรคและผู้ที่ไม่ก่อนที่จะดำเนินการศึกษาทางพันธุกรรม Meder กล่าวว่า "บทความนี้ไม่ได้ทางที่ผิดรอบ." แต่ถึงกระนั้นเขากล่าวว่าการศึกษาไม่นำเสนอข้อมูลเชิงลึกที่มีคุณค่าบางอย่างในทางพันธุศาสตร์ของปัญหาหัวใจ.

Misdiagnosing พันธุกรรม