IntroductionFounder effects, geneti

Introduction
Founder effects, genetic drift and recombination associated with
the global spread of HIV-1 infection have given rise to genetically
distinct viral strains referred to as ‘subtypes’ and ‘circulating
recombinant forms’ [1]. HIV-1 genetic diversity may impact on
disease progression and response to antiretroviral therapy, and has
implications for vaccine development [2]. It is therefore important
to monitor changes in the genetic and geographic complexity of
the HIV-1 epidemic, and to identify the processes that drive these
changes. Of the various HIV-1 strains that have been described, the most
prevalent worldwide is subtype C [3]. First described in East and
Southern Africa [4], infections with viruses belonging to (or
partially derived from) subtype C are now prevalent in regions
throughout the world, including India, China, and South Americ In many of the regions where it has been introduced,
subtype C has overtaken other HIV-1 strains introduced at earlier
times [6–9]. Notably, studies suggest that subtype C may acquire
multi-drug resistance more rapidly than other HIV-1 subtypes
The rapid spread of subtype C in regions of South America -
including Brazil, Argentina and Uruguay - has drawn particular
attention [12–16]. Recent studies indicate that the South
American subtype C epidemic likely derives from a single founder
virus that entered the continent via Southern Brazil, and was
derived from viral strains prevalent in East Africa [12,13].
However, the external route via which this virus spread from
East Africa to South America has remained mysterious.
In the United Kingdom (UK), the prevalence of subtype C has
increased steadily since the early 1990s, and it now ranks as the
second most prevalent HIV-1 subtype after subtype B [17]. The overwhelming majority of subtype C infections in the UK occur in
individuals whose reported exposure risk is heterosexual contact,
and who were likely infected in Southern or Eastern Africa [18].
However, in a previous analyses of HIV-1 genetic diversity [19],
we observed that some subtype C isolates sampled within the UK
exhibit high levels of genetic similarity to isolates obtained in
South America. To explore this finding in greater detail, we
screened 8,309 subtype C sequences sampled within the UK to
identify isolates genetically linked to the South American
epidemic. We then examined the genetic relationships of these
isolates to subtype C isolates sampled worldwide evolutionary rate and the date of the most recent common
ancestor (MRCA) were performed using a Bayesian Markov chain
Monte Carlo (MCMC) approach as implemented in BEAST v1.7.
Analyses were performed with a Bayesian Skyline coalescent tree
prior, under the GTR + I + C model of nucleotide substitution,
and using both a strict and a relaxed molecular clock (uncorrelated
Lognormal model). Two separate MCMC chains were run for 108
generations for each dataset, sampled every 10,000th generation.
BEAST output was analyzed using TRACER v1.4 [27], with
uncertainty in parameter estimates reflected in the 95% highest
probability density (HPD) values after excluding a burn-in of 10%.

Methods

Study Group and Reference Sequences
8,309 subtype C pol gene sequences sampled within the UK
were obtained from the UK HIV Drug Resistance Database
(www.hivrdb.org.uk). These sequences were generated by population
sequencing from plasma samples collected between 1996
and 2008, and were anonymously linked to data (obtained under
voluntary agreement of patients) describing the ethnicity, nationality
(country of birth) and exposure risk group of infected
individuals. Sequences were at least 1000 nucleotides in length,
spanning the genomic region between 2,253 and 3,251 nucleotides
(HXB2 coordinates). Sequences are available on request from the
UK HIV Drug Resistance Database.
A globally sampled reference sequence set comprising 1,289
previously published subtype C pol gene sequences annotated by
country of sampling was obtained from the Los Alamos HIV
Sequence Database (www.hiv.lanl.gov). The reference set included
sequences from Argentina (n= 8), Burundi (n= 92), Brazil
(n =122), Botswana (n= 144), Ethiopia (n =101), India (n =74),
Kenya (n= 3), Tanzania (n =65), Uganda (n= 11), South Africa
(n =667) and the UK (n =2). The IDs of reference sequences used
in this study are provided as supplementary information (File S1).
Sequence Analysis
Sequences were classified into phylogenetic groups (i.e.
subtypes, circulating recombinant forms and within-subtype
lineages) using the REGA HIV-1 subtyping tool (version 2.0,
available at: www.bioafrica.net) [20–22]. Sequence alignments
were created using MUSCLE [23] and manually edited.
Maximum likelihood phylogenies were constructed using PhyML
[24] and parameters estimated from the dataset (nucleotide
substitution model =HKY85, transition/transversion ratio = 4.0,
gamma shape parameter = 0.780). Bayesian phylogenetic analysis
was performed using MrBayes v3.1.2 [25]. Bayesian phylogenies
were inferred using the GTR+I+C nucleotide substitution selected
using Modeltest [26]. For each dataset, two runs (one cold and one
tree heated, tempJ0.20) of four chains each were run for 107
generations, with trees sampled every 1000th generation. The
burn-in of 10% was excluded from the analysis. Convergence of
parameters was assessed by calculating the effective sample size
(ESS) using TRACER v1.4 [27], excluding an initial 10% for each
run. All parameters estimates for each run showed ESS values
more than 300. Shared drug resistance mutations were identified
using the calibrated population resistance (CPR) tool [28].
Estimation of Evolutionary Rates and Dates
All sequences used for estimation of dates were examined for
evidence of inter- and intra-subtype recombination. Sequences
that were not classified as pure (non-recombinant) subtype C by
REGA (inter-subtype recombination) [21,22] and SCUEL (intrasubtype
recombination) [29] were excluded. Estimates of the evolutionary rate and the date of the most recent common
ancestor (MRCA) were performed using a Bayesian Markov chain
Monte Carlo (MCMC) approach as implemented in BEAST v1.7.
Analyses were performed with a Bayesian Skyline coalescent tree
prior, under the GTR + I + C model of nucleotide substitution,
and using both a strict and a relaxed molecular clock (uncorrelated
Lognormal model). Two separate MCMC chains were run for 108
generations for each dataset, sampled every 10,000th generation.
BEAST output was analyzed using TRACER v1.4 [27], with
uncertainty in parameter estimates reflected in the 95% highest
probability density (HPD) values after excluding a burn-in of 10%.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แนะนำผลผู้ก่อตั้ง ดริฟท์พันธุ และ recombination ที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายทั่วโลกติดเชื้อเอชไอวี-1 ให้สูงขึ้นเพื่อแปลงพันธุกรรมสายพันธุ์ไวรัสที่แตกต่างกันเรียกว่า 'subtypes' และ ' การหมุนเวียนrecombinant ฟอร์ม [1] ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อเอชไอวี-1 อาจส่งผลกระทบในความก้าวหน้าของโรคและการตอบสนองต่อการรักษาด้วย และมีผลการพัฒนาวัคซีน [2] จึงเป็นสิ่งสำคัญการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในความซับซ้อนทางพันธุกรรม และทางภูมิศาสตร์ของระบาดของเชื้อเอชไอวี-1 และกระบวนการที่ไดรฟ์เหล่านี้ระบุการเปลี่ยนแปลง ของสายพันธุ์ต่าง ๆ เอชไอวี-1 ที่มีการอธิบาย มากที่สุดแพร่หลายทั่วโลกเป็นชนิดย่อย C [3] อธิบายครั้งแรก ในตะวันออก และแอฟริกาใต้ [4], ติดเชื้อกับไวรัสอยู่ (หรือบางส่วนได้รับจาก) ขณะนี้เป็นชนิดย่อย C พบมากในภูมิภาคทั่วโลก รวมทั้งอินเดีย จีน และ Americ ใต้ในภูมิภาคซึ่งจะมีการแนะนำชนิดย่อย C มี overtaken อื่น ๆ สายพันธุ์เอชไอวี-1 ที่นำมาใช้ในรุ่นก่อนหน้าเวลา [6-9] ยวด การศึกษาแนะนำว่า ชนิดย่อย C อาจได้รับยาหลายอย่างรวดเร็วมากขึ้นกว่า subtypes อื่น ๆ เอชไอวี-1อย่างรวดเร็วในการแพร่กระจายของชนิดย่อย C ในภูมิภาคอเมริกาใต้-รวมทั้งบราซิล อาร์เจนตินา และ อุรุกวัย - ได้วาดเฉพาะสนใจ [12-16] การศึกษาล่าสุดบ่งชี้ว่า ภาคใต้โรคระบาดชนิดย่อยอเมริกัน C น่าจะมาจากผู้ก่อตั้งที่เดียวไวรัส ที่ป้อนทวีปผ่านใต้บราซิล ถูกderived from viral strains prevalent in East Africa [12,13].However, the external route via which this virus spread fromEast Africa to South America has remained mysterious.In the United Kingdom (UK), the prevalence of subtype C hasincreased steadily since the early 1990s, and it now ranks as thesecond most prevalent HIV-1 subtype after subtype B [17]. The overwhelming majority of subtype C infections in the UK occur inindividuals whose reported exposure risk is heterosexual contact,and who were likely infected in Southern or Eastern Africa [18].However, in a previous analyses of HIV-1 genetic diversity [19],we observed that some subtype C isolates sampled within the UKexhibit high levels of genetic similarity to isolates obtained inSouth America. To explore this finding in greater detail, wescreened 8,309 subtype C sequences sampled within the UK toidentify isolates genetically linked to the South Americanepidemic. We then examined the genetic relationships of theseisolates to subtype C isolates sampled worldwide evolutionary rate and the date of the most recent commonancestor (MRCA) were performed using a Bayesian Markov chainMonte Carlo (MCMC) approach as implemented in BEAST v1.7.Analyses were performed with a Bayesian Skyline coalescent treeprior, under the GTR + I + C model of nucleotide substitution,and using both a strict and a relaxed molecular clock (uncorrelatedLognormal model). Two separate MCMC chains were run for 108generations for each dataset, sampled every 10,000th generation.BEAST output was analyzed using TRACER v1.4 [27], withuncertainty in parameter estimates reflected in the 95% highestprobability density (HPD) values after excluding a burn-in of 10%.MethodsStudy Group and Reference Sequences8,309 subtype C pol gene sequences sampled within the UKwere obtained from the UK HIV Drug Resistance Database(www.hivrdb.org.uk). These sequences were generated by populationsequencing from plasma samples collected between 1996and 2008, and were anonymously linked to data (obtained undervoluntary agreement of patients) describing the ethnicity, nationality(country of birth) and exposure risk group of infectedindividuals. Sequences were at least 1000 nucleotides in length,spanning the genomic region between 2,253 and 3,251 nucleotides(HXB2 coordinates). Sequences are available on request from theUK HIV Drug Resistance Database.A globally sampled reference sequence set comprising 1,289previously published subtype C pol gene sequences annotated bycountry of sampling was obtained from the Los Alamos HIVSequence Database (www.hiv.lanl.gov). The reference set includedsequences from Argentina (n= 8), Burundi (n= 92), Brazil(n =122), Botswana (n= 144), Ethiopia (n =101), India (n =74),Kenya (n= 3), Tanzania (n =65), Uganda (n= 11), South Africa(n =667) and the UK (n =2). The IDs of reference sequences usedin this study are provided as supplementary information (File S1).Sequence AnalysisSequences were classified into phylogenetic groups (i.e.subtypes, circulating recombinant forms and within-subtypelineages) using the REGA HIV-1 subtyping tool (version 2.0,available at: www.bioafrica.net) [20–22]. Sequence alignmentswere created using MUSCLE [23] and manually edited.Maximum likelihood phylogenies were constructed using PhyML[24] and parameters estimated from the dataset (nucleotidesubstitution model =HKY85, transition/transversion ratio = 4.0,gamma shape parameter = 0.780). Bayesian phylogenetic analysiswas performed using MrBayes v3.1.2 [25]. Bayesian phylogenieswere inferred using the GTR+I+C nucleotide substitution selectedusing Modeltest [26]. For each dataset, two runs (one cold and onetree heated, tempJ0.20) of four chains each were run for 107generations, with trees sampled every 1000th generation. Theburn-in of 10% was excluded from the analysis. Convergence ofparameters was assessed by calculating the effective sample size(ESS) using TRACER v1.4 [27], excluding an initial 10% for eachrun. All parameters estimates for each run showed ESS valuesmore than 300. Shared drug resistance mutations were identifiedusing the calibrated population resistance (CPR) tool [28].Estimation of Evolutionary Rates and DatesAll sequences used for estimation of dates were examined forevidence of inter- and intra-subtype recombination. Sequencesthat were not classified as pure (non-recombinant) subtype C byREGA (inter-subtype recombination) [21,22] and SCUEL (intrasubtyperecombination) [29] were excluded. Estimates of the evolutionary rate and the date of the most recent commonancestor (MRCA) were performed using a Bayesian Markov chainMonte Carlo (MCMC) approach as implemented in BEAST v1.7.Analyses were performed with a Bayesian Skyline coalescent treeprior, under the GTR + I + C model of nucleotide substitution,and using both a strict and a relaxed molecular clock (uncorrelatedLognormal model). Two separate MCMC chains were run for 108generations for each dataset, sampled every 10,000th generation.BEAST output was analyzed using TRACER v1.4 [27], withuncertainty in parameter estimates reflected in the 95% highestprobability density (HPD) values after excluding a burn-in of 10%.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทนำผลกระทบผู้ก่อตั้งดริฟท์ทางพันธุกรรมและการรวมตัวกันอีกที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายทั่วโลกของเอชไอวี1 การติดเชื้อได้ก่อให้เกิดการพันธุกรรมสายพันธุ์ไวรัสที่แตกต่างกันจะเรียกว่า'เชื้อ' และ 'การไหลเวียนของรูปแบบrecombinant' [1] HIV-1 ความหลากหลายทางพันธุกรรมที่อาจส่งผลกระทบต่อการดำเนินของโรคและการตอบสนองต่อยาต้านไวรัสและมีผลกระทบต่อการพัฒนาวัคซีน[2] ดังนั้นจึงเป็นสิ่งสำคัญในการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในความซับซ้อนทางพันธุกรรมและทางภูมิศาสตร์ของการแพร่ระบาดของเอชไอวีที่1 และการระบุกระบวนการที่ไดรฟ์เหล่านี้มีการเปลี่ยนแปลง ของสายพันธุ์เอชไอวี -1 ต่างๆที่ได้รับการอธิบายที่มากที่สุดที่แพร่หลายทั่วโลกเป็นชนิดย่อย C [3] ครั้งแรกในเอเชียตะวันออกและภาคใต้ของแอฟริกา [4] ติดเชื้อไวรัสที่เป็นของ (หรือได้มาบางส่วน) จากชนิดย่อย C ตอนนี้แพร่หลายในภูมิภาคทั่วโลกรวมทั้งอินเดียจีนและใต้Americ ในหลายภูมิภาคที่จะได้รับ แนะนำชนิดย่อยC ได้ทันอื่น ๆ HIV-1 สายพันธุ์ที่นำมาใช้ก่อนหน้านี้ครั้ง[6-9] โดยเฉพาะอย่างยิ่งการศึกษาแสดงให้เห็นว่า C ชนิดย่อยอาจได้รับความต้านทานหลายยาเสพติดมากขึ้นอย่างรวดเร็วกว่าชนิดย่อยเอชไอวีอีก1 คนการแพร่กระจายอย่างรวดเร็วของชนิดย่อยซีในภูมิภาคอเมริกาใต้- รวมทั้งบราซิลอาร์เจนตินาและอุรุกวัย - โดยเฉพาะอย่างยิ่งได้รับความสนใจ[12-16] การศึกษาล่าสุดแสดงให้เห็นว่าภาคใต้ชนิดย่อยอเมริกันมีแนวโน้มการแพร่ระบาด C มาจากผู้ก่อตั้งเดียวไวรัสที่เข้ามาในทวีปผ่านทางภาคใต้ของบราซิลและได้รับการที่ได้มาจากสายพันธุ์ของเชื้อไวรัสแพร่ระบาดในแอฟริกาตะวันออก[12,13]. แต่เส้นทางภายนอกผ่านทางซึ่งไวรัสนี้ การแพร่กระจายจากแอฟริกาตะวันออกไปอเมริกาใต้ยังคงลึกลับ. ในสหราชอาณาจักร (UK), ความชุกของชนิดย่อย C ได้เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ต้นปี1990 และตอนนี้จัดอันดับให้เป็นที่แพร่หลายมากที่สุดชนิดย่อยHIV-1 ที่สองหลังจากที่ B ชนิดย่อย [17 ] ส่วนใหญ่ที่ครอบงำของชนิดย่อยการติดเชื้อซีในสหราชอาณาจักรที่เกิดขึ้นในบุคคลที่มีความเสี่ยงการเปิดรับรายงานมีการติดต่อกับเพศตรงข้ามและผู้ที่มีการติดเชื้อมีแนวโน้มในภาคใต้หรือแอฟริกาตะวันออก[18]. อย่างไรก็ตามในการวิเคราะห์ก่อนหน้าของ HIV-1 ความหลากหลายทางพันธุกรรม [19] , เราพบว่าบางชนิดย่อย C แยกตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรแสดงระดับสูงของความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมที่จะแยกได้ในทวีปอเมริกาใต้ การสำรวจการค้นพบนี้ในรายละเอียดมากขึ้นเราฉาย 8,309 ชนิดย่อยลำดับ C ตัวอย่างที่อยู่ในสหราชอาณาจักรเพื่อระบุแยกการเชื่อมโยงทางพันธุกรรมไปยังอเมริกาใต้การแพร่ระบาด จากนั้นเราจะตรวจสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเหล่าไอโซเลทที่จะแยกย่อย C ตัวอย่างอัตราการวิวัฒนาการทั่วโลกและวันที่พบล่าสุดบรรพบุรุษ(MRCA) ได้รับการดำเนินการโดยใช้โซ่มาร์คอฟเบย์มอนติคาร์โล(MCMC) เป็นวิธีการที่นำมาใช้ในวง BEAST v1.7 วิเคราะห์ได้ดำเนินการกับคชกรรม Skyline Coalescent ต้นไม้ก่อนภายใต้GTR เครื่องหมาย + I + C รูปแบบของการทดแทนเบื่อหน่ายและการใช้ทั้งสองอย่างเข้มงวดและนาฬิกาโมเลกุลผ่อนคลาย(uncorrelated รูปแบบ Lognormal) สองโซ่ MCMC แยกต่างหากวิ่ง 108 รุ่นสำหรับแต่ละชุดข้อมูลที่ชิมทุกรุ่น 10000. BEAST การส่งออกได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ TRACER v1.4 [27] มีความไม่แน่นอนในการประมาณการพารามิเตอร์สะท้อนให้เห็นในสูงสุด95% ความหนาแน่น (HPD) ค่าหลังจาก ไม่รวมการเผาไหม้ใน 10%. วิธีการกลุ่มศึกษาและการอ้างอิงลำดับ8309 ชนิดย่อยลำดับยีน C เพศตัวอย่างในสหราชอาณาจักรที่ได้รับจากสหราชอาณาจักรเอชไอวีฐานข้อมูลการต่อต้านยาเสพติด(www.hivrdb.org.uk) ลำดับเหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยประชากรลำดับจากตัวอย่างที่เก็บรวบรวมพลาสม่าระหว่าง 1996 และปี 2008 และมีการเชื่อมโยงไปยังข้อมูลโดยไม่ระบุชื่อ (ที่ได้รับภายใต้ข้อตกลงความสมัครใจของผู้ป่วย) อธิบายเชื้อชาติสัญชาติ(ประเทศที่เกิด) และกลุ่มเสี่ยงของการเปิดรับแสงที่ติดเชื้อบุคคล ลำดับอย่างน้อย 1,000 นิวคลีโอความยาวทอดภูมิภาคจีโนมระหว่าง2253 และนิวคลีโอ 3251 (HXB2 พิกัด) ลำดับที่มีอยู่ตามคำขอจากสหราชอาณาจักรเอชไอวีดื้อยาฐานข้อมูล. ลำดับการอ้างอิงตัวอย่างทั่วโลกประกอบไปด้วยชุด 1289 เผยแพร่ก่อนหน้านี้ชนิดย่อยลำดับยีน C ออฟไลน์ออฟไลน์ข้อเขียนของประเทศที่ได้รับการสุ่มตัวอย่างจากLos Alamos เอชไอวีฐานข้อมูลลำดับ(www.hiv.lanl.gov ) ชุดการอ้างอิงรวมลำดับจากอาร์เจนตินา (n = 8), บุรุนดี (n = 92) บราซิล (n = 122), บอตสวานา (n = 144) เอธิโอเปีย (n = 101) อินเดีย (n = 74) เคนยา ( n = 3) แทนซาเนีย (n = 65) ยูกันดา (n = 11) แอฟริกาใต้(n = 667) และสหราชอาณาจักร (n = 2) รหัสของลำดับการอ้างอิงที่ใช้ในการศึกษานี้จะให้เป็นข้อมูลเสริม (File S1). ลำดับการวิเคราะห์ลำดับแบ่งเป็นกลุ่มสายวิวัฒนาการ(เช่นเชื้อหมุนเวียนรูปแบบrecombinant และภายในชนิดย่อยlineages) โดยใช้ REGA HIV-1 เครื่องมือ subtyping (รุ่น 2.0 สามารถดูได้ที่: www.bioafrica.net) [20-22] การจัดแนวลำดับที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้กล้ามเนื้อ [23] และแก้ไขด้วยตนเอง. phylogenies ความน่าจะเป็นสูงสุดที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ PhyML [24] และพารามิเตอร์ประมาณจากชุดข้อมูล (เบสรุ่นทดแทน= HKY85 เปลี่ยนแปลง / transversion อัตราส่วน = 4.0 พารามิเตอร์รูปร่างแกมมา = 0.780) การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการเบย์ได้รับการดำเนินการโดยใช้ MrBayes v3.1.2 [25] phylogenies คชกรรมถูกอ้างถึงโดยใช้GTR + I + ทดแทนเบื่อหน่าย C เลือกใช้Modeltest [26] สำหรับชุดข้อมูลที่แต่ละสองวิ่ง (เย็นหนึ่งและเป็นหนึ่งในต้นไม้อุ่นtempJ0.20) สี่โซ่แต่ละวิ่ง 107 รุ่นที่มีต้นไม้ตัวอย่างทุกรุ่น 1000 เผาไหม้ใน 10% ได้รับการยกเว้นจากการวิเคราะห์ การบรรจบกันของพารามิเตอร์ที่ได้รับการประเมินโดยการคำนวณขนาดของกลุ่มตัวอย่างที่มีประสิทธิภาพ(ESS) โดยใช้ TRACER v1.4 [27] ไม่รวมเริ่มต้น 10% สำหรับแต่ละการทำงาน พารามิเตอร์ทั้งหมดประมาณการสำหรับการทำงานแต่ละแสดงให้เห็นคุณค่าของ ESS มากกว่า 300 กลายพันธุ์ดื้อยาที่ใช้ร่วมกันที่ถูกระบุโดยใช้ความต้านทานต่อประชากรปรับเทียบ(CPR) เครื่องมือ [28]. การประมาณราคาและวันที่วิวัฒนาการลำดับทั้งหมดที่ใช้สำหรับการประมาณของวันที่มีการตรวจสอบหาหลักฐานของระหว่างและรวมตัวกันอีกภายในย่อย ลำดับที่ไม่ได้ถูกจัดเป็นบริสุทธิ์ (ที่ไม่ใช่ recombinant) ชนิดย่อย C โดย REGA (รวมตัวกันอีกระหว่างชนิดย่อย) [21,22] และ SCUEL (intrasubtype รวมตัวกันอีก) [29] ได้รับการยกเว้น การประเมินอัตราการวิวัฒนาการและวันที่พบล่าสุดบรรพบุรุษ (MRCA) ได้รับการดำเนินการโดยใช้โซ่มาร์คอฟเบย์มอนติคาร์โล(MCMC) เป็นวิธีการที่นำมาใช้ในวง BEAST v1.7. วิเคราะห์ได้ดำเนินการกับคชกรรม Skyline Coalescent ต้นไม้ก่อนภายใต้ วิ่ง + I + C รูปแบบของการทดแทนเบื่อหน่ายและการใช้ทั้งสองอย่างเข้มงวดและนาฬิกาโมเลกุลผ่อนคลาย(uncorrelated รูปแบบ Lognormal) สองโซ่ MCMC แยกต่างหากวิ่ง 108 รุ่นสำหรับแต่ละชุดข้อมูลที่ชิมทุกรุ่น 10000. BEAST การส่งออกได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ TRACER v1.4 [27] มีความไม่แน่นอนในการประมาณการพารามิเตอร์สะท้อนให้เห็นในสูงสุด95% ความหนาแน่น (HPD) ค่าหลังจาก ไม่รวมการเผาไหม้ใน 10%

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทนำ
ผู้ก่อตั้งผลกระทบทางพันธุกรรมลอยและการเกี่ยวข้องกับการติดเชื้อแพร่กระจายทั่วโลก

ให้ลุกขึ้นเพื่อพันธุกรรมแตกต่างไวรัสสายพันธุ์ชนิดย่อยเรียกว่า ' ' และ ' ' แบบหมุนเวียน
รูปแบบ [ 1 ] ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้ออาจส่งผลกระทบต่อ
ความก้าวหน้าและการตอบสนองต่อยาต้านไวรัสโรค และมีการประยุกต์ใช้เพื่อพัฒนาวัคซีน
[ 2 ]มันจึงเป็นสิ่งสำคัญที่จะตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงใน

และความซับซ้อนทางพันธุกรรมของเชื้อระบาดทางภูมิศาสตร์ และศึกษากระบวนการที่ไดรฟ์การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้

ของ HIV-1 สายพันธุ์ต่าง ๆที่ได้ถูกอธิบายไว้ มากที่สุด แพร่หลาย ทั่วโลก คือ กลุ่ม C
[ 3 ] รายงานครั้งแรกในภาคตะวันออกและภาคใต้แอฟริกา
[ 4 ] , การติดเชื้อ ด้วยไวรัสของ ( หรือ
บางส่วนได้มาจากกลุ่ม C ) กำลังแพร่หลายในภูมิภาค
ทั่วโลกรวมทั้งอินเดีย , จีน , และ South Americ ในหลายภูมิภาคที่ได้รับการแนะนำ ,
c ได้ทันในสายพันธุ์อื่น ๆซึ่งแนะนำที่ก่อนหน้านี้
ครั้ง [ 6 – 9 ] ยวด , การศึกษาแสดงให้เห็นว่ากลุ่ม C อาจได้รับการดื้อยาหลายมากขึ้นอย่างรวดเร็วกว่าคนอื่น

ยีนซีโรโทนินแพร่กระจายอย่างรวดเร็วของกลุ่ม C ในภูมิภาคอเมริกาใต้ -
ได้แก่ บราซิล อาร์เจนตินา และอุรุกวัย ได้ดึงดูดความสนใจโดยเฉพาะ
[ 12 – 16 ] การศึกษาล่าสุดบ่งชี้ว่า ชาวอเมริกันทั้ง C ใต้
ระบาดน่าจะมาจากเดี่ยวผู้ก่อตั้ง
ไวรัสที่เข้าไปในทวีป ทางภาคใต้ของบราซิล และได้มาจากไวรัสสายพันธุ์
แพร่หลายในแอฟริกาตะวันออก [ 12 , 13 ‘ ] .
อย่างไรก็ตามภายนอกเส้นทางผ่าน ซึ่งไวรัสนี้แพร่กระจายจาก
ตะวันออกแอฟริกาอเมริกาใต้ยังคงลึกลับ .
ในสหราชอาณาจักร ( UK ) , ความชุกของกลุ่ม C มี
เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ช่วงต้นทศวรรษ 1990 และตอนนี้อันดับเป็นที่แพร่หลายมากที่สุดในกลุ่ม
ที่สองหลังจากกลุ่ม B [ 17 ] ส่วนใหญ่ที่น่าหนักใจของเชื้อในกลุ่ม C อังกฤษเกิดขึ้นใน
บุคคลที่มีรายงานความเสี่ยงคือติดต่อต่างเพศ ,
และใครที่น่าจะติดเชื้อในภาคใต้และตะวันออกแอฟริกา [ 18 ] .
แต่ในหน้าที่วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อ [ 19 ]
เราสังเกตได้ว่า บางชนิดย่อย C จากตัวอย่างภายใน UK
แสดงระดับสูงของพันธุกรรมคล้ายคลึงกับเชื้อได้ใน
ใต้ อเมริกา เพื่อศึกษาหารายละเอียดมากกว่าเรา
คัด 8309 ชนิดย่อย C ลำดับตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรระบุสายพันธุ์

พันธุกรรมที่เชื่อมโยงกับการระบาดในอเมริกาใต้

จากนั้นเราจะตรวจสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเชื้อในกลุ่มเหล่านี้
C ตัวอย่างวิวัฒนาการสายพันธุ์ทั่วโลกอัตราและวันที่ของบรรพบุรุษ
ล่าสุด ( mrca ) คือการใช้แบบ Markov
Monte Carlo ( MCMC ) วิธีการที่ใช้ใน v1.7
อสูร