Sea cucumber (Apostichopus japonicu

Sea cucumber (Apostichopus japonicus) is one of the most important aquaculture species in China. To profile
gene expression in different tissues and to identify immune-related genes, we constructed three
independent cDNA libraries that were derived from intestine (Int), body wall (BW) and respiratory tree
(RT) of healthy individuals. From these libraries, a total of 5728 high-quality expressed sequence tags (ESTs)
of longer than 100 bp were generated. Clustering and assembly of the ESTs identified 495 contigs and 2118
singletons, representing 2613 unigenes. Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) analysis showed that 902
unigenes (34.52%) had significant homology (E value ≤10−5) to genes with known or putative functions in
GenBank. These unigenes were grouped into 18 functional categories. When compared among these three
libraries, RT library showed fewer categories (9) while the other two libraries displayed more (17 and 16 for
Int and BW libraries respectively). Considering the components among the three cDNA libraries, 655, 259
and 484 tissue-specific unigenes were observed in Int, BW and RT libraries respectively; however, only 95
unigenes were common to all three libraries. The most abundant contigs in the three libraries were identified
as genes related to cell and organism defense (551 ESTs), metabolism (415 ESTs), translation/ribosomal
structure and biogenesis (342 ESTs), gene/protein expression (178 ESTs), structure and motility (75 ESTs),
energy production and conversion (51 ESTs), and cytoskeleton (39 ESTs). The list of 636 ESTs that matched
with immune-related genes were categorized as pattern recognition receptors and signaling, complement
components, transferrin superfamily members, cytokines and growth factors, and effector genes. The present
manuscript presents a fair amount of data regarding the spatial expression pattern of many genes (BW vs. Int
vs. RT of A. japonicus).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ปลิงทะเล (Apostichopus japonicus) เป็นหนึ่งในสายพันธุ์สัตว์น้ำสำคัญที่สุดในประเทศจีน ส่วนกำหนดค่ายีน ในเนื้อเยื่อต่าง ๆ และ เพื่อระบุยีนที่เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกัน เราสร้างสามไลบรารีอิสระ cDNA ที่ได้มาจากลำไส้ (Int), ผนังร่างกาย (BW) และแผนภูมิทางเดินหายใจ(RT) ของบุคคลที่มีสุขภาพดี จากไลบรารีเหล่านี้ จำนวน 5728 คุณภาพแสดงลำดับแท็ก (ESTs)เกินกว่า 100 bp สร้างขึ้น คลัสเตอร์และแอสเซมบลีของ ESTs ที่ระบุ 495 contigs และ 2118singletons, 2613 unigenes แทน พื้นฐานการวิเคราะห์เฉพาะตำแหน่งค้นหาเครื่องมือ (ระเบิด) ชี้ให้เห็นว่า 902unigenes (ร้อยละ 34.52) มี homology สำคัญ (≤10−5 ค่า E) ยีนด้วยฟังก์ชัน putative หรือรู้จักกันในGenBank Unigenes เหล่านี้ถูกจัดกลุ่มเป็นประเภททำงาน 18 เมื่อเปรียบเทียบระหว่างทั้งสามไลบรารี RT ไลบรารีพบน้อยประเภท (9) ในขณะสองไลบรารีอื่น ๆ แสดงขึ้น (17 และ 16 ในInt และ BW ไลบรารีตามลำดับ) พิจารณาส่วนประกอบระหว่างสาม cDNA รี 655, 259และเนื้อเยื่อเฉพาะ 484 unigenes สุภัค Int, BW และ RT ไลบรารีตามลำดับ อย่างไรก็ตาม 95 เท่านั้นunigenes ไปทั้งหมดสามไลบรารีได้ Contigs อุดมสมบูรณ์มากที่สุดในไลบรารี 3 ระบุเป็นยีนที่เกี่ยวข้องกับการป้องกันเซลล์และสิ่งมีชีวิต (551 ESTs), เผาผลาญ (415 ESTs) แปล/ribosomalโครงสร้าง และ biogenesis (342 ESTs), ยีน/โปรตีนนิพจน์ (178 ESTs), โครงสร้าง และ motility (75 ESTs),ผลิตพลังงาน และแปลง (51 ESTs), และ cytoskeleton (39 ESTs) รายการของ ESTs 636 ที่จับคู่มียีนที่เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกันถูกแบ่งประเภท receptors การรู้จำรูปแบบ และสัญญาณ ส่วนเติมเต็มส่วนประกอบ transferrin superfamily สมาชิก cytokines และปัจจัยการเจริญเติบโต และ effector ยีน ปัจจุบันฉบับที่นำเสนอข้อมูลเกี่ยวกับรูปแบบนิพจน์ปริภูมิของยีนจำนวนมาก (BW เทียบกับ Int สมควรเทียบกับ RT A. japonicus)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปลิงทะเล (Apostichopus japonicus) เป็นหนึ่งในสายพันธุ์ที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่สำคัญที่สุดในประเทศจีน หากต้องการรายละเอียดการแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อที่แตกต่างกันและเพื่อระบุยีนที่เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกันของเราสามสร้างห้องสมุดcDNA อิสระที่ได้มาจากลำไส้ (Int) ผนังร่างกาย (BW) และต้นไม้ทางเดินหายใจ(RT) ของบุคคลที่มีสุขภาพดี จากห้องสมุดเหล่านี้รวมเป็น 5728 ที่มีคุณภาพสูงแสดงลำดับแท็ก (ESTs) ของความยาวมากกว่า 100 bp ถูกสร้างขึ้น การจัดกลุ่มและการชุมนุมของ ESTs ที่ระบุ contigs 495 และ 2118 singletons คิดเป็น 2,613 unigenes พื้นฐานท้องถิ่นจัดเครื่องมือค้นหา (ระเบิด) การวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่า 902 unigenes (34.52%) มีความคล้ายคลึงกันอย่างมีนัยสำคัญ (ค่า E ≤10-5) ยีนที่มีหน้าที่ที่ทราบหรือสมมุติในGenBank unigenes เหล่านี้ถูกแบ่งออกเป็น 18 หมวดหมู่การทำงาน เมื่อเทียบกับกลุ่มคนเหล่านี้สามห้องสมุดห้องสมุด RT แสดงให้เห็นประเภทน้อย (9) ขณะที่อีกสองห้องสมุดแสดงมากขึ้น (17 และ 16 สำหรับ Int และห้องสมุด BW ตามลำดับ) พิจารณาองค์ประกอบในสามห้องสมุด cDNA, 655, 259 และ 484 unigenes เนื้อเยื่อเฉพาะพบใน Int, BW และห้องสมุด RT ตามลำดับ แต่เพียง 95 unigenes ทั่วไปทั้งสามห้องสมุด contigs มากที่สุดในสามห้องสมุดที่ถูกระบุว่าเป็นยีนที่เกี่ยวข้องกับการป้องกันเซลล์และการมีชีวิต(551 ESTs), การเผาผลาญอาหาร (415 ESTs) แปล / โซมโครงสร้างและbiogenesis (342 ESTs) การแสดงออกของยีน / โปรตีน (178 ESTs) โครงสร้าง และการเคลื่อนไหว (75 ESTs) การผลิตพลังงานและการแปลง (51 ESTs) และโครงร่างของเซลล์ (ESTs 39) รายการ 636 ESTs ที่ตรงกับยีนที่เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกันถูกแบ่งออกเป็นรูปแบบการรับรู้และการรับส่งสัญญาณเสริมส่วนประกอบtransferrin สมาชิก superfamily, cytokines และปัจจัยการเจริญเติบโตและยีน effector ปัจจุบันต้นฉบับนำเสนอจำนวนเงินที่ยุติธรรมของข้อมูลเกี่ยวกับรูปแบบการแสดงออกของยีนเชิงพื้นที่จำนวนมาก (BW กับ Int กับ RT ของ japonicus เอ)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปลิงทะเล ( apostichopus japonicus ) เป็นหนึ่งในที่สำคัญที่สุด การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชนิดในประเทศจีน โปรไฟล์
การแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อต่าง ๆ และการระบุของยีนที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกัน เราสร้างาม
อิสระ cDNA ห้องสมุดที่ได้จากลำไส้ ( INT ) ผนังลำตัว ( BW ) และ
ต้นไม้ทางเดินหายใจ ( RT ) ของบุคคลที่มีสุขภาพดี จากห้องสมุดเหล่านี้ทั้งหมดของที่มีคุณภาพสูงที่แสดงลำดับแท็ก ( ฐานข้อมูล )
ของนานกว่า 100 BP ขึ้น . การจัดกลุ่มและแอสเซมบลีของฐานข้อมูลที่ระบุและ 495 สูง 2118
singletons แทนคํา unigenes . เครื่องมือค้นหาการปรับพื้นฐานท้องถิ่น ( ระเบิด ) การวิเคราะห์พบว่าบางครั้ง
unigenes ( 34.52 บาท ) ซึ่งมีความแตกต่าง ( E มูลค่า≤ 10 − 5 ) ยีนที่ทราบหรือฟังก์ชันซึ่งพบใน
.unigenes เหล่านี้แบ่งออกเป็น 18 ประเภทการทํางาน เมื่อเปรียบเทียบระหว่างเหล่านี้สาม
ห้องสมุด , ห้องสมุดตัวอย่าง พบน้อยกว่าประเภท ( 9 ) ส่วนอีกสองห้องแสดง ( 17 และ 16
INT และห้องสมุด น้ำหนักตัว ตามลำดับ เมื่อพิจารณาจากส่วนประกอบระหว่างสาม cDNA ห้องสมุด , 655 , 259
484 tissue-specific unigenes และพบใน int , BW และห้องสมุด RT ตามลำดับอย่างไรก็ตาม เพียง 95
unigenes อยู่ทั่วไปทั้งห้องสมุด พระสูงมากมายที่สุดในสามห้องสมุดยีนที่เกี่ยวข้องกับการระบุ
เป็นเซลล์และระบบการป้องกันฐานข้อมูล 551 ) ) ( 415 ฐานข้อมูล ) , แปล / Protein
โครงสร้างและเครื่องกรองอากาศ ( 342 ฐานข้อมูล ) , ยีน / โปรตีนการแสดงออก ( 178 ฐานข้อมูล ) , โครงสร้างและการเคลื่อนที่ ( 75 ฐานข้อมูล ) ,
การผลิตและการแปลงพลังงาน ( 51 ฐานข้อมูล )ไซโทสเกเลตอน ( 39 และฐานข้อมูล ) รายการของข้อที่ตรงกับ
กับฐานข้อมูลของยีนที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันจำแนกเป็นรูปแบบและตัวรับสัญญาณ เสริม
ส่วนประกอบ สมาชิกซูเปอร์แฟมิลีได้รับการป้องกันและปัจจัยการเจริญเติบโตและแสดงออกยีน ต้นฉบับปัจจุบัน
นำเสนอจำนวนเงินที่ยุติธรรมของข้อมูลเกี่ยวกับอวกาศรูปแบบการแสดงออกของยีนหลาย ( BW กับ int
vs RT .japonicus )