Terminal-restriction fragment lengt

Terminal-restriction fragment length polymorphism
Terminal-restriction fragment length polymorphism (TRFLP)
fingerprinting is a reliable, sensitive and high
throughput method for monitoring the diversity, structure,
and dynamics of microbial populations (Nocker et
al. 2007; Schutte et al. 2008; Frey et al. 2009). It
involves PCR amplification of 16S rRNA gene and
digestion of PCR products with restriction enzymes.
The resulting fluorescently labeled terminal restriction fragments
(T-RFs) are visualized on an automated sequencer.
Based on the variation in size of T-RFs, a fingerprint is generated
in which the number of peaks indicates the number of different
T-RFs present, while the height and area of these peaks correspond
to their relative abundance. Each T-RF represents a
unique OTU. The peak patterns can be further analyzed using
online tools such as TAP-TRFLP, TRiFle, and TRF-CUT. Using
T-RFLP analysis, Fernando et al. (2010) determined the differences
in bacterial community between prairie hay-fed animals
and animals adapted to a high-concentrate diet. T-RFLP analyses
identified a total of 115 different bacterial genera. On the
basis of the phylogenetic assignment, it was observed that no
significant change occurs in the ratios of the phyla Firmicutes/
Bacteroidetes between hay-fed animals and high-concentratefed
animals. Khafipour et al. (2009) applied this technique
for the determination of subacute ruminal acidosis in
dairy cattle and revealed a decline in Gram-negative
Bacteroidetes organisms during subacute ruminal acidosis.
The establishment of bacteria (Yanez-Ruiz et al.
2010; Vasta et al. 2010) and methanogens (YanezRuiz
et al. 2010) in the rumen of lambs was also
evaluated by T-RFLP. In another study, the changes in
microbial diversity were studied as digesta passed from
rumen to duodenum (Frey et al. 2010). The main
drawback of this technique is that the incomplete or
nonspecific restrictions of amplicons can lead to the
ambiguous elucidation of microbial diversity.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โพลิมอร์ฟิซึมยาวส่วนเทอร์มินัลจำกัดโพลิมอร์ฟิซึมยาวส่วนเทอร์มินัลจำกัด (TRFLP)ลายพิมพ์มีความน่าเชื่อถือ และสูงประมวลวิธีการตรวจสอบความหลากหลาย โครงสร้างและของกลุ่มประชากรจุลินทรีย์ (Nocker etal. 2007 Schutte et al. 2008 Frey et al. 2009) มันเกี่ยวข้องกับการขยาย PCR ของยีน 16S rRNA และการย่อยอาหารของผลิตภัณฑ์ PCR ด้วยเอนไซม์จำกัดเกิด fluorescently ชื่อชิ้นส่วนของเทอร์มินัลจำกัด(T-RFs) มี visualized บน sequencer การอัตโนมัติตามรูปแบบขนาดของ T-RFs ลายนิ้วมือถูกสร้างขึ้นจำนวนยอดบ่งชี้จำนวนแตกต่างกันT RFs ปัจจุบัน ในขณะที่ความสูงและที่ตั้งของยอดเขาเหล่านี้สอดคล้องเพื่อความอุดมสมบูรณ์ความสัมพันธ์ แทน T-RF แต่ละตัวOTU เฉพาะ รูปแบบสูงสุดสามารถทำเพิ่มเติมวิเคราะห์โดยใช้เครื่องมือออนไลน์เช่นเคาะ TRFLP ทรัยเฟิล และเมธีตัด โดยใช้การวิเคราะห์ T RFLP, Fernando et al. (2010) กำหนดความแตกต่างในชุมชนแบคทีเรียระหว่างทุ่งหญ้าเฮย์เลี้ยงสัตว์และสัตว์ที่ดัดแปลงให้อาหารข้นสูง วิเคราะห์ T RFLPระบุจำนวน 115 สกุลแบคทีเรียแตกต่างกัน ในการพื้นฐานของการกำหนด phylogenetic มันถูกตรวจสอบที่ไม่เปลี่ยนแปลงที่สำคัญเกิดขึ้นในอัตรา phyla Firmicutes /Bacteroidetes ระหว่างสัตว์เลี้ยงเฮย์และ concentratefed สูงสัตว์ เทคนิคนี้ใช้ Khafipour et al. (2009)สำหรับกำหนดการ acidosis กึ่ง ruminal ในนม และเปิดเผยปฏิเสธในแบคทีเรียแกรมลบชีวิต Bacteroidetes ระหว่าง acidosis กึ่ง ruminalสถานประกอบการของแบคทีเรีย (Ruiz Yanez et al2010 Vasta et al. 2010) และ methanogens (YanezRuizร้อยเอ็ด al. 2010) ในการต่อของ lambs ยังประเมิน โดย T-RFLP ในการศึกษาอื่น การเปลี่ยนแปลงในได้ศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์เป็น digesta ผ่านจากต่อให้ duodenum (Frey et al. 2010) หลักเสียเปรียบของเทคนิคนี้คือการไม่สมบูรณ์ หรือข้อจำกัดที่เจาะจงของ amplicons สามารถนำไปสู่การelucidation ชัดเจนของความหลากหลายของจุลินทรีย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ส่วน Terminal-ข้อ จำกัด ระยะเวลาในหลายรูปแบบ
ส่วน Terminal-ข้อ จำกัด หลายรูปแบบความยาว (TRFLP)
พิมพ์ลายนิ้วมือเป็นที่เชื่อถือได้สูงที่สำคัญและ
วิธีการที่ผ่านการตรวจสอบความหลากหลายทางโครงสร้าง
และการเปลี่ยนแปลงของประชากรจุลินทรีย์ (Nocker และ
อัล 2007. Schutte et al, 2008. เฟรย์ et al. 2009) มัน
เกี่ยวข้องกับการขยาย PCR ของยีน 16S rRNA และ
การย่อยอาหารของผลิตภัณฑ์ PCR กับเอนไซม์ข้อ จำกัด .
ส่งผลให้ติดป้าย fluorescently ชิ้นส่วนข้อ จำกัด มินัล
(T-RFs) จะมองเห็นในซีเควนอัตโนมัติ.
ขึ้นอยู่กับการเปลี่ยนแปลงในขนาดของ T-RFs ลายนิ้วมือเป็น สร้างขึ้น
ในการที่ตัวเลขของยอดเขาระบุจำนวนที่แตกต่างกัน
ของ T-RFs ปัจจุบันในขณะที่ความสูงและพื้นที่ของยอดเขาเหล่านี้สอดคล้องกับ
ความอุดมสมบูรณ์ญาติของพวกเขา แต่ละ T-RF หมายถึง
OTU ไม่ซ้ำกัน รูปแบบสูงสุดสามารถต่อไปวิเคราะห์โดยใช้
เครื่องมือออนไลน์เช่น TAP-TRFLP, เรื่องเล็กและ TRF-CUT โดยใช้
การวิเคราะห์ T-RFLP เฟอร์นันโดและคณะ (2010) กำหนดความแตกต่าง
ในชุมชนแบคทีเรียระหว่างทุ่งหญ้าฟางสัตว์เลี้ยง
และสัตว์ที่ปรับให้เข้ากับอาหารสูงข้น- T-RFLP วิเคราะห์
ระบุรวม 115 จำพวกแบคทีเรียที่แตกต่างกัน บน
พื้นฐานของการกำหนดสายวิวัฒนาการมันก็ตั้งข้อสังเกตว่าไม่มี
การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญเกิดขึ้นในอัตราส่วน phyla Firmicutes /
Bacteroidetes ระหว่างสัตว์ฟางเลี้ยงและสูง concentratefed
สัตว์ Khafipour และคณะ (2009) ที่ใช้เทคนิคนี้
ในการตรวจวัดภาวะเลือดเป็นกรดในกระเพาะรูเมนกึ่งเฉียบพลันใน
โคนมและเผยให้เห็นการลดลงของแกรมลบ
มีชีวิต Bacteroidetes ในช่วงภาวะเลือดเป็นกรดในกระเพาะรูเมนกึ่งเฉียบพลัน.
สถานประกอบการของเชื้อแบคทีเรีย (Yanez-รุยซ์ et al.
2010;. Vasta et al, 2010) และแบคทีเรียสร้างมีเทน (YanezRuiz
et al. 2010) ในกระเพาะรูเมนของลูกแกะที่ถูก
ประเมินโดย T-RFLP ในการศึกษาอื่นการเปลี่ยนแปลงใน
ความหลากหลายของจุลินทรีย์ได้รับการศึกษาเป็น Digesta ผ่านจาก
กระเพาะไปยังลำไส้เล็กส่วนต้น (เฟรย์ et al. 2010) หลัก
ข้อเสียเปรียบของเทคนิคนี้คือการที่ไม่สมบูรณ์หรือ
มีข้อ จำกัด เชิญชมของ amplicons สามารถนำไปสู่
​​การชี้แจงที่ไม่ชัดเจนของความหลากหลายของจุลินทรีย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เทอร์มินัลจำกัด fragment length polymorphism
เทอร์มินัลจำกัด fragment length polymorphism ( trflp )
ลายเป็นที่เชื่อถือได้ , โครงสร้างที่ละเอียดอ่อนและวิธีการส่งผ่านสูง
ติดตามความหลากหลายและพลวัตของประชากรจุลินทรีย์
,
( nocker et al . 2007 ; สตั๊ต et al . 2008 ; เฟรย์ et al . 2009 ) มันเกี่ยวข้องกับการเพิ่มจำนวนของยีน PCR

16S rRNA และการย่อยอาหารของผลิตภัณฑ์ PCR ด้วยเอนไซม์ .
fluorescently ป้ายเทอร์มินัลจำกัด ส่งผลให้เศษ
( t-rfs ) จะมองเห็นในมูลค่า .
ตามการเปลี่ยนแปลงในขนาดของ t-rfs , ลายนิ้วมือถูกสร้างขึ้น
ที่จำนวนยอดที่ระบุหมายเลขของ t-rfs แตกต่างกัน
ปัจจุบันในขณะที่ความสูงและพื้นที่ของยอดเขา เหล่านี้สอดคล้อง
ของญาติมากมายแต่ละ t-rf แทน otu เป็น
ที่ไม่ซ้ำกัน ยอดรูปแบบสามารถเพิ่มเติมโดยใช้
เครื่องมือออนไลน์เช่น tap-trflp เรื่องขี้ผง , และ trf-cut . การวิเคราะห์การใช้
t-rflp เฟอร์นันโด et al . ( 2010 ) กำหนดความแตกต่าง
ในชุมชนแบคทีเรียระหว่างทุ่งหญ้าเลี้ยงสัตว์ หญ้าแห้งและอาหารสัตว์ปรับ
เข้มข้นสูง การวิเคราะห์ t-rflp
ระบุจำนวน 115 ที่แตกต่างกันของแบคทีเรียสกุล บน
พื้นฐานของงาน ซึ่งพบว่า ไม่มีการเปลี่ยนแปลงเกิดขึ้น
) ในอัตราส่วนของไฟลัม Firmicutes /
bacteroidetes ระหว่างหญ้าเลี้ยงสัตว์และสูง concentratefed
สัตว์ khafipour et al . ( 2009 ) ที่ใช้เทคนิคนี้
หาปริมาณกรดในกระเพาะกึ่งเฉียบพลัน
โคนมและพบการลดลงของแบคทีเรียแกรมลบ
สิ่งมีชีวิต bacteroidetes ในระหว่างกึ่งเฉียบพลันและ ) .
สถานประกอบการของแบคทีเรีย ( yanez Ruiz et al .
2010 vasta et al . 2553 ) และเมทาโนเจน ( yanezruiz
et al . 2010 ) ในกระเพาะรูเมนของลูกแกะก็
ประเมินโดย t-rflp . ในการศึกษาอื่น การเปลี่ยนแปลงในความหลากหลายของจุลินทรีย์ได้เป็น

digesta ผ่านจากกระเพาะไปยังลำไส้เล็ก ( เฟรย์ et al . 2010 ) หลัก
ข้อเสียของเทคนิคนี้คือ ที่ไม่สมบูรณ์ หรือข้อ จำกัด ของการติดเชื้อ
amplicons สามารถนำไปสู่
คำชี้แจงคลุมเครือของความหลากหลายของจุลินทรีย์