We identified open reading frames (

We identified open reading frames (ORF) in our reference transcriptome using the program getorf in emboss (European Molecular Biology Open Software Suite). We kept the longest open-ended ORF (minimum length of 300 nucleotides) as the most probable translated region of the gene. We used paml (Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood [59], which accounts for codon usage bias and GC content, to calculate the rate of non synonymous mutations scaled by the rate of synonymous mutations (dN/dS) in a maximum likelihood framework (run-mode = 0, CodonFreq = 2, model = 2). For dN/dS calculations, we first identified the consensus (major) allele for each site for each species and then annotated these sites into a single consensus sequence per gene per species. We discarded genes where either dNor dS equalled zero, keeping only those dN/dS ratios that could be calculated with confidence.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราระบุเปิดอ่านเฟรม (ORF) ในการอ้างอิงของเรา ใช้ getorf โปรแกรมใน transcriptome นูนขึ้น (ยุโรปอณูชีววิทยาเปิดซอฟต์แวร์ท เราเก็บตัวยาวที่สุดแบบเปิด ORF (ความยาวต่ำสุดของนิวคลีโอไทด์ 300) เป็นภูมิภาคที่แปลมากที่สุดน่าเป็นของยีน เราใช้ paml (Phylogenetic วิเคราะห์ตามโอกาสสูงสุด [59], ซึ่งมีรหัสพันธุกรรมการใช้อคติและ GC เนื้อหา การคำนวณอัตราการกลายพันธุ์พ้องไม่ ปรับตามอัตราการกลายพันธุ์พ้อง (dN/dS) ในกรอบความเป็นไปได้สูงสุด (โหมดทำงาน = 0, CodonFreq = 2 รุ่น = 2) สำหรับการคำนวณ dN/dS เราก่อน ระบุ allele (สำคัญ) มติสำหรับแต่ละไซต์แต่ละชนิดแล้ว ใส่คำอธิบายเว็บไซต์เหล่านี้ประกอบเป็นลำดับเดียวมติต่อยีนต่อพันธุ์ เราละทิ้งยีนที่เป็น dS dNor equalled ศูนย์รักษาเฉพาะที่ dN/dS อัตราส่วนที่สามารถคำนวณได้ ด้วยความมั่นใจ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราระบุกรอบการแสดงกำลังเปิด (ORF) ในยีนของเราโดยใช้การอ้างอิง getorf โปรแกรมนูน (ยุโรปอณูชีววิทยาเปิดซอฟท์แวสวีท) เราเก็บไว้ที่ยาวที่สุดปลายเปิด ORF (ความยาวอย่างน้อย 300 นิวคลีโอ) เป็นภูมิภาคท​​ี่แปลน่าจะเป็นที่สุดของยีน เราใช้ paml (การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการโดยควรจะเป็นสูงสุด [59] ซึ่งคิดเป็นสัดส่วนการใช้อคติ codon และเนื้อหา GC ในการคำนวณอัตราการกลายพันธุ์ที่ไม่ตรงกันปรับขนาดโดยอัตราการกลายพันธุ์ที่ความหมายเหมือนกัน (DN / DS) ในกรอบความน่าจะเป็นสูงสุด (วิ่ง -mode = 0 CodonFreq = 2 รุ่น = 2). สำหรับ DN / คำนวณ dS เราระบุฉันทามติ (หลัก) อัลลีลสำหรับแต่ละเว็บไซต์สำหรับแต่ละชนิดแล้วข้อเขียนเว็บไซต์เหล่านี้เป็นความเห็นลำดับเดียวต่อยีนต่อสายพันธุ์ เราทิ้งยีนที่ทั้ง dNor dS เท่ากับศูนย์การรักษาเฉพาะผู้ DN / DS อัตราส่วนที่สามารถนำมาคำนวณด้วยความมั่นใจ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราระบุเฟรมเปิดอ่าน ( ORF ) ทราน ริปโตมอ้างอิงของเราใช้โปรแกรม getorf ในนูน ( ชุดซอฟต์แวร์อณูชีววิทยายุโรปเปิด ) เราเก็บ ORF แบบยาว ( ความยาวขั้นต่ำ 300 นิวคลีโอไทด์ ) เป็น น่าจะเป็นมากที่สุด แปลภาคของยีน เราใช้ paml ( ยืนยันโดยการวิเคราะห์ความเป็นไปได้สูงสุด [ 59 ] , ที่บัญชีสำหรับการใช้อคติ codon และ GC เนื้อหาการคํานวณอัตราที่ไม่พ้องการกลายพันธุ์ที่ปรับด้วยอัตราการกลายพันธุ์พ้อง ( DN / DS ) ในกรอบความน่าจะเป็นสูงสุด ( ใช้โหมด = 0 , codonfreq = 2 แบบ = 2 ) สำหรับ DN / DS การคำนวณครั้งแรกที่เราระบุมติ ( เอก ) ซึ่งแต่ละเว็บไซต์แต่ละชนิดแล้วแสดงเว็บไซต์เหล่านี้เป็นมติเดียวลำดับต่อจีน ต่อชนิดเราทิ้งยีนที่เหมือนกัน dnor DS เท่ากับศูนย์ การรักษาเฉพาะที่ DN / DS อัตราส่วนที่สามารถคำนวณด้วยความมั่นใจ