2.2. Extraction of total DNA from e

2.2. Extraction of total DNA from earthworm gut, amplification of 16S rRNA gene, construction of library and sequence analysis
DNA extraction from E. foetida and P. excavatus gut (10 per earthworm species) was performed using the Power Soil DNA Iso- lation Kit (MoBio Laboratories Inc., Carlsbad, USA) according to the manufacturer’s protocol. Amplification of 16S rRNA employing two universal primers, forward pA (5 AGAGTTTGATCCTGGCTCAG 3 ) and reverse pH (5 AAGGAGGTGATCCAGCCGCA 3 ) (Edwards et al.
1989) was undertaken. Amplification was carried out in a 100 l reaction volume containing 50–100 ng of template DNA, primers pA and pH (100 ng each), dATP, dCTP, dTTP and dGTP (200 M each),
Taq Polymerase reaction buffer (10×) 10 l and 1.0 U Taq Polymerase. Conditions used for amplification were as follows: initial denaturation for 5 min at 95 ◦C, followed by 30 cycles of denatura- tion at 95 ◦C for 30 s, annealing at 52 ◦C for 40 s and extension at
72 ◦C for 1 min and a final extension at 72 ◦C for 10 min. PCR prod-
ucts were resolved by electrophoresis at 60 V for 1 h in 1.2% agarose gel in 1× TAE buffer.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.2 การสกัดดีเอ็นเอทั้งหมดจากลำไส้ของไส้เดือนดิน amplification ของยีน 16S rRNA ก่อสร้างไลบรารีและลำดับวิเคราะห์สกัดดีเอ็นเอจากโหม E. P. excavatus ไส้ (10 ต่อไส้เดือนดินพันธุ์) ถูกดำเนินการโดยใช้การพลังงานดินดีเอ็นเอมาตรฐาน Iso เครื่องดูดชุด (MoBio Laboratories Inc. คาร์ลส สหรัฐอเมริกา) ตามโพรโทคอของผู้ผลิต Amplification 16S rRNA ใช้สองสากลไพรเมอร์ ป่าไปข้างหน้า (5 AGAGTTTGATCCTGGCTCAG 3) และค่า pH กลับ (5 AAGGAGGTGATCCAGCCGCA 3) (เอ็ดเวิร์ด et al1989) ดำเนินการ Amplification ได้รับการดำเนินการปริมาณปฏิกิริยา 100 l 50 – 100 ng ของแม่แบบดีเอ็นเอ ป่าไพรเมอร์ และค่า pH (100 ng แต่ละ), dATP, dCTP, dTTP และ dGTP (200 M แต่ละ),บัฟเฟอร์ปฏิกิริยาพอลิเมอเรส Taq (10 ราย) 10 l และ 1.0 U Taq พอลิเมอเรส เงื่อนไขที่ใช้สำหรับ amplification มีดังนี้: denaturation เริ่มต้นใน 5 นาทีที่ 95 ◦C ตามรอบ 30 ของ denatura สเตรชันที่ 95 ◦C สำหรับ 30 s การอบเหนียวที่ ◦C 52 40 s และภายในที่◦C 72 ใน 1 นาทีและ final ส่วนขยายที่ ◦C 72 สำหรับผลิตภัณฑ์ PCR 10 นาที-ucts ได้รับการแก้ไข โดย electrophoresis ที่ 60 V สำหรับ h 1 ในเจล 1.2% agarose ในบัฟเฟอร์เต้ 1 ×

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2 การสกัดดีเอ็นเอจากทั้งหมดลำไส้ไส้เดือน, ไอออนบวก Fi Ampli ของยีน 16S rRNA การก่อสร้างห้องสมุดและการวิเคราะห์ลำดับ
การสกัดดีเอ็นเอจากอี foetida และพี excavatus ลำไส้ (10 ต่อสายพันธุ์ไส้เดือน) ได้รับการดำเนินการโดยใช้ดีเอ็นเอดินพลังงาน Iso- lation Kit (Mobio Laboratories Inc. , คาร์ลส, ประเทศสหรัฐอเมริกา) ตามโปรโตคอลของผู้ผลิต ไอออนบวก Fi Ampli ของ 16S rRNA จ้างสองไพรสากลไปข้างหน้า PA (5 AGAGTTTGATCCTGGCTCAG 3) และค่า pH ย้อนกลับ (5 AAGGAGGTGATCCAGCCGCA 3) (เอ็ดเวิร์ด et al.
1989) ได้ดำเนินการ ไอออนบวก Fi Ampli ได้ดำเนินการในปริมาณปฏิกิริยา 100 ลิตรที่มี 50-100 ศึกษาของดีเอ็นเอแม่แบบไพรป่าและพีเอช (100 ng แต่ละ), dATP, dCTP, Dttp และ DGTP (200 M แต่ละ),
Taq โพลิเมอร์บัฟเฟอร์ปฏิกิริยา (10 ×) 10 ลิตรและ 1.0 U Taq โพลิเมอร์ เงื่อนไขที่ใช้ในการประจุบวก Fi Ampli มีดังนี้ denaturation เริ่มต้นเวลา 5 นาทีที่ 95 ◦Cตามด้วย 30 รอบของการ denatura- ที่ 95 ◦Cเป็นเวลา 30 วินาที, การอบที่ 52 ◦C 40 และนามสกุลที่
72 ◦C 1 นาทีและขยาย NAL ในสายที่ 72 ◦Cเป็นเวลา 10 นาที หลากวิธี PCR
ucts ได้รับการแก้ไขโดย electrophoresis ที่ 60 V เป็นเวลา 1 ชั่วโมงใน 1.2% agarose เจลใน 1 ×บัฟเฟอร์ TAE

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.2 . การสกัดดีเอ็นเอทั้งหมดจากไส้เดือนออกมา ampli ไอออนบวกของ 16S rRNA ยีนถ่ายทอด การสร้างห้องสมุดและลำดับการวิเคราะห์
การสกัดดีเอ็นเอจาก E เฟติดา , excavatus ไส้ ( 10 ต่อไส้เดือนดินสายพันธุ์ ) คือการใช้พลังดินดีเอ็นเอ ISO - lation Kit ( mobio ห้องปฏิบัติการอิงค์ , คาร์ลสแบด , USA ) ตามขั้นตอนของผู้ผลิต .จึง ampli ไอออนบวกของเบส 16S rRNA โดยใช้ไพรเมอร์ 2 สากลส่ง PA ( 5 agagtttgatcctggctcag 3 ) และกลับ ( pH 5 aaggaggtgatccagccgca 3 ) ( Edwards et al .
1989 ) ได้ดำเนินการ การ ampli จึงได้ดำเนินการใน 100 ชั้นปฏิกิริยา ปริมาณ 50 – 100 กรัมประกอบด้วยดีเอ็นเอแม่แบบจาก PA และ pH ( 100 ของแต่ละคน ) datp dctp dttp , และ , dgtp ( 200 เมตรแต่ละ ) ,
แทคโดยปฏิกิริยาบัฟเฟอร์ ( 10 × ) 10 ลิตร และ 10 U ได้ดีโดย . เงื่อนไขการใช้ ampli จึงเป็นดังนี้ : ครั้งแรก ( สำหรับ 5 นาทีที่ 95 ◦ C ตามด้วย 30 รอบ denatura , 95 ◦เป็นเวลา 30 วินาที annealing ที่ 52 ◦ C 40 และส่วนขยายที่
72 ◦องศาเซลเซียสนาน 1 นาที และจึง นาล ส่วนขยายที่ 72 ◦ C สำหรับ 10 นาทีโดยแยง ucts ถูกแก้ไขโดยวิธีอิเล็กโทรโฟรีซีส -
60 V เป็นเวลา 1 ชั่วโมง ใน 1.2 % เจลในบัฟเฟอร์เท 1 × .