PCR amplification.A single product

PCR amplification.
A single product of approximately 560 to 600 bp was obtained from all the PCR amplifications with primers ITS1 and ITS4 for 17 biocontrol isolates of Trichoderma spp.

DNA sequencing.
The ITS1 region of five isolates (isolates 11, 24, 260, 2925, and 2931), representing the two T. harzianum major groups, had been previously sequenced (12). ITS2 sequence was completed for these strains, as well as the further biocontrol strains included in this study. The size of PCR products amplified with the primer pair ITS1-ITS4 ranged from 563 to 602 bp and contained ITS1, ITS2, and the 5.8S rDNA gene and also 11 bp of the 3′ end of the 18S rDNA and 36 bp of the 5′ end of the 28S rDNA.

ITS1 and ITS2 lengths of the 17 biocontrol isolates were split into three groups. The first group included 6 strains, a second group included 10 strains, and a third group included one strain only. The ITS lengths were in agreement with those shown in an earlier study of T. longibrachiatum strains (20). The different ITS lengths are given in Table ​Table2.2. The length of the 5.8S gene was 158 bp for the 17 strains investigated, and no sequence variation was detected among strains.

TABLE 2
TABLE 2
Infra- and interspecific variation (V) within ITS1 and ITS2 sequences of the BCAs investigated
Four principal ITS sequence types can be recognized, as defined by common sequence motifs and characteristic indels. Type 1 sequences included isolates 24, 2924, 2925, 2926, 2927, 2928, 2929, 2930, 2931, and 2933, and their sequences were similar to those described for strains of T. harzianum s.l. The ITS1 sequence was more variable, although isolates 2927 and 2928 showed identical sequences in this region but differed in one nucleotide in the ITS2. Type 2, observed in strains 11, 260, and 2923, had identical ITS sequences. Their ITS1 sequences were identical to that of T. atroviride DAOM 165779 and had a one-base difference from two T. koningii strains (CBS 457.96 and GJS 91-7), while their ITS2 sequences were different by one base from T. atroviride DAOM 165779 and by three to four bases from T. koningii. Type 3 is represented by strains 3, 25, and ThVA, and their ITS sequences are similar to those of T. asperellum. These three strains showed higher divergences in the ITS2 (1.1%) than in the ITS1 (0.5%) sequences. A fourth type appeared in strain 2932. This strain showed a percentage of similarity of 98.2 to 98.5% with strains of T. longibrachiatum (accession nos. X93932, X93930, X93939, and Z31019) and a significant divergence in its ITS sequences from T. atroviride (ITS1, 15.3%; ITS2, 4.7%), T. asperellum (ITS1, 14.3 to 14.4%; ITS2, 4.7%), and T. harzianum s.l. (ITS1, 9.5 to 10.4%; ITS2, 4.1 to 6.0%). The infraspecies and interspecies variations derived from the nucleotide sequence of ITS1 and ITS2 are shown in Table ​Table22.

Phylogenetic analysis.
The phylogenetic tree obtained by sequence analysis of ITS1 of 17 biocontrol strains and the sequences of 17 other Trichoderma spp. obtained from sequence databanks is represented in Fig. ​Fig.1.1. The ITS1 sequence was chosen for this analysis because it has been showed to be more informative with various sections of the genus Trichoderma (19, 20, 28). Strains of Fusarium sambucinum and Verticillium albo-atrum were used as an outgroup to demonstrate the situation of the root. The outgroup is not shown because the distance between the outgroup and the ingroup is very high and because ingroup branches became very short and thus their representation was difficult. Bootstrap analysis with 1,000 bootstrap replications demonstrated three major branches. On the basis of the bootstrap values, the 34 Trichoderma spp. isolates could be divided into five groups. Group 1, the T. harzianum-T. inhamatum complex, includes 10 of our biocontrol strains with T. harzianum CBS 819.68, T. inhamatum CBS 273.78 (ex-type strain), and T. harzianum CBS 226.95 (ex-neotype strain). This group is supported with a bootstrap value of 60% and contains two subgroups supported by bootstrap values higher than 50%. One of them puts nine of our strains together with the ex-type strain of T. inhamatum. The other subgroup includes the Colombian strain 2925 with the ex-neotype strain of T. harzianum. Group 2 includes three strains representing biotypes Th2 and Th4 of T. harzianum associated with mushroom green mold and is supported by a bootstrap value of 71%. Two distinct subgroups corresponding to both T. harzianum biotypes could be also observed. Group 3 comprises strain 2932 and the ex-type strain T. longibrachiatum CBS 816.68, grouped with a bootstrap stability of 97%, and the ex-type strain T. parceramosum CBS 259.85. This grouping is well supported with a bootstrap value of 98%. Group 4 includes the biocontrol strains 3, 25, and ThVA, which are grouped with the representative strain TR 48 of the new species T. asperellum and the ex-neotype strain DAOM 167057 of T. hamatum. This cluster is supported by a bootstrap

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กระบือผลิตภัณฑ์เดียวประมาณ 560 ไป 600 bp มาจากทั้งหมดที่ PCR amplifications กับไพรเมอร์ ITS1 และ ITS4 สำหรับ 17 biocontrol แยกเชื้อลำดับดีเอ็นเอภูมิภาค ITS1 ของห้าแยก (แยก 11, 24, 260, 2925 และ 2931), 2 T. harzianum กลุ่มหลัก เป็นตัวแทนได้รับก่อนหน้านี้ตามลำดับ (12) ลำดับ ITS2 เสร็จสำหรับสายพันธุ์เหล่านี้ เป็น biocontrol เพิ่มเติมสายพันธุ์รวมอยู่ในการศึกษานี้ ขยายขนาดของผลิตภัณฑ์ PCR กับคู่ไพรเมอร์ ITS1 ITS4 โจมตีระยะไกลจาก 563 bp และมี ITS1, ITS2, 602 และ 5.8S ของ rDNA ยีน และ 11 bp สิ้น 3′ rDNA 18 ปีและ 36 bp ของปลาย 5 ′ของ 28S rDNAความยาว ITS1 และ ITS2 ของแยก biocontrol 17 ถูกแบ่งออกเป็นสามกลุ่ม กลุ่มแรกรวมสายพันธุ์ 6 กลุ่มสองรวม 10 สายพันธุ์ และกลุ่มที่สามอยู่สายพันธุ์หนึ่งเท่านั้น ความยาวของข้อตกลงที่แสดงในการศึกษาก่อนหน้านี้ของสายพันธุ์ longibrachiatum T. (20) ได้ ความยาวของที่แตกต่างกันได้ในตาราง Table2.2 ความยาวของ 5.8S กับ ยีนเป็น 158 bp สำหรับสายพันธุ์ 17 ตรวจสอบ และเปลี่ยนแปลงลำดับไม่พบในสายพันธุ์ตารางที่ 2ตารางที่ 2อินฟรา- และ interspecific ความผันแปร (V) ภายในลำดับ ITS1 และ ITS2 ของ BCAs การตรวจสอบสามารถรับรู้ประเภทลำดับของหลักสี่ได้ ตามลำดับทั่วไปมีลวดลายและลักษณะ indels ลำดับชนิด 1 รวมแยก 24, 2924, 2925, 2926, 2927, 2928, 2929, 2930, 2931 และ 2933 และลำดับของพวกเขาก็คล้ายกับที่อธิบายไว้สำหรับสายพันธุ์ของ T. harzianum s.l. ลำดับ ITS1 แก้ไขตัวแปรเพิ่มเติม แม้ว่าแยก 2927 และ 2928 แสดงลำดับที่เหมือนกันในภูมิภาคนี้ แต่แตกต่างในนิวคลีโอไทด์หนึ่งใน ITS2 ชนิดที่ 2 พบในสายพันธุ์ 11, 260, 2923 และมีลำดับของเหมือนกัน ตน ITS1 ลำดับเหมือนกันกับ T. atroviride DAOM 165779 และฐานหนึ่งแตกต่างจาก koningii ต.สองสายพันธุ์ (CBS 457.96 และ GJS 91-7), ในขณะที่ลำดับ ITS2 ของพวกเขาแตกต่างจากฐานหนึ่งจาก T. atroviride DAOM 165779 และ โดยสามถึงสี่ฐานจาก T. koningii ประเภทที่ 3 จะแสดงเป็นสายพันธุ์ที่ 3, 25 และ ThVA ลำดับของพวกเขาของความคล้ายคลึงกับของ T. asperellum สายพันธุ์เหล่านี้สามแสดงสูง divergences ITS2 (1.1%) กว่าใน ITS1 การลำดับ (0.5%) ชนิด 4 ที่ปรากฏในสายพันธุ์ 2932 สายพันธุ์นี้พบว่าเปอร์เซ็นต์ความคล้ายของ 98.2 98.5% กับสายพันธุ์ของ T. longibrachiatum (หมายเลขทะเบียน X 93932, X93930, X93939 และ Z31019) และเศรษฐกิจที่สำคัญในลำดับของตนจาก T. atroviride (ITS1, 15.3% ITS2, 4.7%), T. asperellum (ITS1, 14.3 14.4% ITS2, 4.7%), และ T. harzianum s.l. (ITS1, 9.5 10.4% ITS2, 4.1 6.0%) Infraspecies และ interspecies รูปแบบที่ได้จากลำดับของนิวคลีโอไทด์ของ ITS1 และ ITS2 ที่แสดงในตาราง Table22การวิเคราะห์ผลต้นทางได้ โดยการวิเคราะห์ลำดับของสายพันธุ์ biocontrol 17 ITS1 และลำดับที่ 17 อื่น ๆ เชื้อได้จาก databanks ลำดับแสดงในรูป ลำดับ ITS1 Fig.1.1 ถูกเลือกสำหรับการวิเคราะห์นี้เนื่องจากมีการพบเพื่อให้ข้อมูลเพิ่มเติมส่วนต่าง ๆ ของสกุล Trichoderma (19, 20, 28) สายพันธุ์ของ Fusarium sambucinum และ Verticillium albo-atrum ถูกใช้เป็น outgroup แสดงให้เห็นถึงสถานการณ์ของราก ไม่มีแสดง outgroup เนื่องจากระยะห่างระหว่างการ outgroup ingroup ที่สูงมาก และเนื่อง จากสาขา ingroup กลายเป็นสั้นมาก และจึง เป็นตัวแทนเป็นเรื่องยาก เริ่มต้นวิเคราะห์ ด้วยระยะเริ่มต้นที่ 1,000 แสดงสาขาหลักสาม ตามค่าเริ่มต้น Trichoderma 34 ออกซิเจนแยกสามารถแบ่งออกเป็น 5 กลุ่ม กลุ่ม 1, T. harzianum-ต. ซับซ้อน inhamatum รวม 10 สายพันธุ์ของเรา biocontrol กับ T. harzianum CBS 819.68, T. inhamatum 273.78 CBS (ex-ชนิดสายพันธุ์), และ T. harzianum CBS 226.95 (สายพันธุ์อดีตของ neotype) กลุ่มนี้ได้รับการสนับสนุนค่าเริ่มต้นของ 60% และประกอบด้วยกลุ่มย่อยที่สองโดยค่าเริ่มต้นมากกว่า 50% หนึ่งในนั้นทำให้เก้าสายพันธุ์ของเราร่วมกับสายพันธุ์เช่นชนิดของ T. inhamatum กลุ่มย่อยอื่น ๆ รวมถึงสายพันธุ์โคลอมเบีย 2925 กับ T. harzianum พันธุ์อดีตของ neotype กลุ่ม 2 มีสามสายพันธุ์เป็นตัวแทน biotypes Th2 และ Th4 ของ T. harzianum ที่เกี่ยวข้องกับแม่พิมพ์เขียวเห็ด และสนับสนุน โดยค่าเริ่มต้นของ 71% กลุ่มย่อยที่แตกต่างกันสองที่สอดคล้องกับทั้ง T. harzianum biotypes อาจจะสังเกตได้ยัง กลุ่ม 3 ประกอบด้วยสายพันธุ์ 2932 และสายพันธุ์ชนิด ex T. longibrachiatum 816.68 CBS จัดกลุ่ม ด้วยความมั่นคงที่เริ่มต้น 97% และสายพันธุ์ชนิด ex T. parceramosum CBS 259.85 กลุ่มนี้ได้รับการสนับสนุน ด้วยค่าเริ่มต้นระบบ 98% กลุ่ม 4 มีสายพันธุ์ biocontrol 3, 25 และ ThVA ซึ่งมีการจัดกลุ่มตัวแทน TR 48 ต. asperellum ใหม่ของสายพันธุ์และสายพันธุ์ของ neotype ex DAOM 167057 ของ T. hamatum สายพันธุ์ Bootstrap การสนับสนุนคลัสเตอร์นี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขยาย PCR.
ผลิตภัณฑ์เดียวประมาณ 560-600 bp ที่ได้รับจากทุกเครื่องขยายเสียง PCR กับไพรเมอร์ ITS1 และ ITS4 17 ควบคุมทางชีวภาพแยกเชื้อรา Trichoderma spp.

ลำดับดีเอ็นเอ.
ภูมิภาค ITS1 ห้าสายพันธุ์ (แยก 11, 24, 260, 2925 และ 2931) คิดเป็นสองเชื้อราไตรโคเดกลุ่มใหญ่ได้รับการลำดับขั้นตอนก่อนหน้านี้ (12) ลำดับ ITS2 เสร็จสมบูรณ์สำหรับสายพันธุ์เหล่านี้เช่นเดียวกับสายพันธุ์ควบคุมทางชีวภาพต่อไปรวมอยู่ในการศึกษาครั้งนี้ ขนาดของผลิตภัณฑ์ PCR ขยายกับคู่ไพรเมอร์ ITS1-ITS4 อยู่ในช่วง 563-602 ความดันโลหิตและมี ITS1, ITS2 และยีน 5.8S rDNA และ 11 bp ของปลาย 3 'ของ 18S rDNA และ 36 bp ของ 5 'ตอนท้ายของ 28S rDNA.

ITS1 และ ITS2 ความยาวของ 17 สายพันธุ์ควบคุมทางชีวภาพถูกแบ่งออกเป็นสามกลุ่ม กลุ่มแรกรวม 6 สายพันธุ์ซึ่งเป็นกลุ่มที่สองรวม 10 สายพันธุ์และกลุ่มที่สามรวมถึงหนึ่งในสายพันธุ์เท่านั้น ความยาวของมันได้ในข้อตกลงกับผู้ที่แสดงให้เห็นในการศึกษาก่อนหน้านี้ทีสายพันธุ์ longibrachiatum (20) แตกต่างกันที่ความยาวของมันจะถูกกำหนดในตาราง Table2.2 ความยาวของ 5.8S ยีน 158 bp สำหรับ 17 สายพันธุ์ที่ตรวจสอบและไม่มีการเปลี่ยนแปลงลำดับที่ตรวจพบในหมู่สายพันธุ์.

ตาราง 2
ตาราง 2
Infra- และการเปลี่ยนแปลง interspecific (V) ภายใน ITS1 และ ITS2 ลำดับของ BCAs สอบสวน
สี่หลักลำดับ ประเภทได้รับการยอมรับตามที่กำหนดโดยลวดลายลำดับที่พบบ่อยและ indels ลักษณะ ประเภทที่ 1 ลำดับรวมแยก 24, 2924, 2925, 2926, 2927, 2928, 2929, 2930, 2931 และ 2933 และลำดับของพวกเขามีความคล้ายคลึงกับที่ระบุไว้สำหรับสายพันธุ์ของเชื้อราไตรโคเด SL ลำดับ ITS1 เป็นตัวแปรมากขึ้นแม้ว่าไอโซเลท 2927 และ 2928 แสดงให้เห็นว่าลำดับที่เหมือนกันในภูมิภาคนี้ แต่แตกต่างกันในหนึ่งเบื่อหน่ายใน ITS2 ชนิดที่ 2 พบว่าในสายพันธุ์ 11, 260, 2923 และมีลำดับอยเหมือนกัน ลำดับ ITS1 ของพวกเขาเหมือนกับที่ T. atroviride DAOM 165,779 และมีความแตกต่างหนึ่งจากสองฐาน T. koningii สายพันธุ์ (ซีบีเอส 457.96 และ GJS 91-7) ในขณะที่ลำดับ ITS2 ของพวกเขามีความแตกต่างจากฐานหนึ่งจาก T. atroviride DAOM 165779 และ 3-4 จากฐาน T. koningii แบบที่ 3 เป็นตัวแทนจากสายพันธุ์ที่ 3, 25, และ ThVA และลำดับ ITS ของพวกเขามีความคล้ายคลึงกับของ T. asperellum ทั้งสามสายพันธุ์ที่แสดงให้เห็นความแตกต่างที่สูงขึ้นใน ITS2 (1.1%) มากกว่าใน ITS1 (0.5%) ลำดับ ประเภทที่สี่ปรากฏอยู่ในสายพันธุ์ 2932. สายพันธุ์นี้แสดงให้เห็นร้อยละของความคล้ายคลึงกันของ 98.2 ไป 98.5% กับสายพันธุ์ของ T. longibrachiatum (Nos ภาคยานุวัติ. X93932, X93930, X93939 และ Z31019) และความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในลำดับของมันจาก T. atroviride (ITS1 15.3%; ITS2 4.7%) T. asperellum (ITS1, 14.3-14.4%; ITS2 4.7%) และเชื้อราไตรโคเด SL (ITS1, 9.5-10.4%; ITS2, 4.1-6.0%) . infraspecies และ interspecies รูปแบบมาจากลำดับเบสของ ITS1 และ ITS2 แสดงในตารางที่ Table22.

phylogenetic วิเคราะห์.
phylogenetic ต้นไม้ที่ได้รับจากการวิเคราะห์ลำดับของ ITS1 17 สายพันธุ์ควบคุมทางชีวภาพและลำดับ 17 อื่น ๆ เชื้อรา Trichoderma spp ที่ได้รับจาก databanks ลำดับมีตัวแทนอยู่ในรูป Fig.1.1 ลำดับ ITS1 เป็นทางเลือกสำหรับการวิเคราะห์นี้เพราะได้รับการแสดงให้เห็นว่าจะต้องมีข้อมูลมากขึ้นด้วยส่วนต่าง ๆ ของพืชและสัตว์เชื้อรา Trichoderma (19, 20, 28) สายพันธุ์ของเชื้อรา Fusarium sambucinum และ Verticillium Albo-atrum ถูกนำมาใช้เป็น outgroup แสดงให้เห็นถึงสถานการณ์ของราก outgroup ไม่ปรากฏเนื่องจากระยะห่างระหว่าง outgroup และกลุ่มภายในที่สูงมากและเนื่องจากสาขา ingroup กลายเป็นที่สั้นมากและทำให้การแสดงของพวกเขาเป็นเรื่องยาก วิเคราะห์บูตที่มี 1,000 ซ้ำบูตแสดงให้เห็นถึงสามสาขาหลัก บนพื้นฐานของค่าบูตที่ 34 เชื้อรา Trichoderma spp ไอโซเลทสามารถแบ่งออกเป็นห้ากลุ่ม กลุ่ม 1, เชื้อราไตรโคเด-T inhamatum ซับซ้อนมี 10 สายพันธุ์ควบคุมทางชีวภาพของเราด้วยเชื้อราไตรโคเดซีบีเอส 819.68 ตัน inhamatum ซีบีเอส 273.78 (อดีตชนิดสายพันธุ์) และเชื้อราไตรโคเดซีบีเอส (สายพันธุ์อดีต neotype) 226.95 กลุ่มนี้ได้รับการสนับสนุนที่มีมูลค่าเงินทุน 60% และมีสองกลุ่มย่อยรับการสนับสนุนโดยบูตค่ามากกว่า 50% หนึ่งของพวกเขาทำให้เก้าสายพันธุ์ของเราร่วมกันกับสายพันธุ์อดีตประเภทของ T. inhamatum กลุ่มย่อยอื่น ๆ รวมถึงสายพันธุ์โคลอมเบีย 2925 กับสายพันธุ์อดีต neotype ของเชื้อราไตรโคเด กลุ่มที่ 2 รวมถึงสามสายพันธุ์ที่เป็นตัวแทนของไบโอไทป์ Th2 และ TH4 ของ harzianum T. เกี่ยวข้องกับเห็ดราเขียวและการสนับสนุนจากค่าบูต 71% สองกลุ่มย่อยที่แตกต่างกันทั้งที่สอดคล้องกับ T. harzianum ไบโอไทป์อาจจะยังตั้งข้อสังเกต กลุ่มที่ 3 ประกอบด้วยสายพันธุ์ 2932 และประเภทอดีตความเครียดทีซีบีเอส longibrachiatum 816.68, กลุ่มที่มีความมั่นคงบูต 97% และอดีตชนิดสายพันธุ์ทีซีบีเอส parceramosum 259.85 การจัดกลุ่มนี้ได้รับการสนับสนุนเป็นอย่างดีโดยมีมูลค่าเงินทุน 98% กลุ่มที่ 4 รวมถึงการควบคุมทางชีวภาพสายพันธุ์ที่ 3, 25, และ ThVA ซึ่งจะถูกจัดกลุ่มที่มีความเครียด TR ตัวแทน 48 ของ asperellum ชนิด T. ใหม่และอดีต neotype ความเครียด DAOM 167,057 ตัน hamatum คลัสเตอร์นี้ได้รับการสนับสนุนโดยการบูต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อขยาย .ผลิตภัณฑ์เดียวประมาณ 560 600 เบสที่ได้จาก PCR ไพรเมอร์ทั้งหมด amplifications กับ its1 its4 17 และไบโอคอนโทรลเชื้อ Trichoderma spp .การจัดลำดับดีเอ็นเอการ its1 ภาคห้าแยก ( แยก 11 , 24 , 260 , โปรแกรม , และ 1 ) หรือ 2 T . harzianum สาขากลุ่มมาก่อนหน้านี้ ( 12 ) its2 ลำดับแล้วเสร็จ สำหรับสายพันธุ์เหล่านี้ รวมทั้งเพิ่มเติมไบโอคอนโทรล สายพันธุ์ รวมอยู่ในการศึกษานี้ ขนาดของ PCR ไพรเมอร์คู่กับผลิตภัณฑ์ its1-its4 ระหว่างเขากับ 602 BP และมี its1 its2 , และ 5.8s rDNA ยีนอีก 11 BP ของ 3 นั้นปลาย 18S rDNA และ 36 ขนาดนั้น 5 ปลาย 28s ด้วย .และความยาวของ its1 its2 17 ไบโอคอนโทรลแยกแบ่งออกเป็น 3 กลุ่ม คือ กลุ่มแรกรวม 6 สายพันธุ์ กลุ่มที่สองรวม 10 สายพันธุ์ และกลุ่มที่สาม ได้แก่ สายพันธุ์หนึ่งเท่านั้น ความยาวของมันสอดคล้องกับที่แสดงในการศึกษาก่อนหน้านี้ของ longibrachiatum สายพันธุ์ ( 20 ) ความแตกต่างของความยาวจะได้รับในตาราง​ table2.2 . ความยาวของ 5.8s ยีน 158 BP สำหรับ 17 สายพันธุ์ และลำดับการสอบสวนไม่พบในสายพันธุ์ตารางที่ 2ตารางที่ 2และการเปลี่ยนแปลง interspecific ( V ) ภายใน its1 its2 และลำดับของ bcas  สืบสวนสี่ประเภทหลักลำดับสามารถยอมรับตามที่กําหนดโดยทั่วไป และลักษณะลวดลายลำดับ indels . ประเภทที่ 1 ลำดับ รวมจำนวน 24 , 2924 โปรแกรม 2927 3006 , , , ของ 2930 4550 , , , , 1 , และเอเซีย และลำดับของพวกเขาคล้ายกับที่อธิบายไว้ในสายพันธุ์ของเชื้อรา T . harzianum เริ่มที่ its1 ลำดับคือตัวแปรเพิ่มเติม แม้ว่าจำนวนของ 2927 เหมือนกันและแสดงลำดับในภูมิภาคนี้ แต่แตกต่างกันในลำดับเบสใน การ its2 . ชนิดที่ 2 พบในสายพันธุ์ที่ 11 , 260 , และให้ , ได้เหมือนกันของลำดับ ลำดับ its1 ได้เหมือนกับที่ ต. atroviride daom 165779 และมีความแตกต่างจาก T . koningii สายพันธุ์หนึ่งฐานสอง ( CBS 457.96 และคิดลดกระแสเงินสด 91-7 ) ในขณะที่ลำดับ its2 ต่างกันโดยฐานจาก atroviride daom 165779 และสามถึงสี่ฐาน จาก T . koningii . ประเภทที่ 3 แทน โดยสายพันธุ์ที่ 3 , 25 , และ thva และลำดับของพวกเขาจะคล้ายกับที่ของ asperellum . ทั้ง 3 สายพันธุ์มีความแตกต่างสูงใน its2 ( 1.1% ) กว่าใน its1 ( 0.5% ) ดังนี้ ประเภทที่สี่ ที่ปรากฏอยู่ในสายพันธุ์ 2932 . สายพันธุ์นี้มีเปอร์เซ็นต์ความเหมือนของแบบที่จะ 98.5 % กับสายพันธุ์ของ longibrachiatum ( หนังสือเลขที่ x93932 x93930 x93939 , , , และ z31019 ) และทดสอบความแตกต่างของลำดับของจาก atroviride ( its1 , 15.3 % ; its2 , 4.7% ) , ต. asperellum ( its1 14.3 ถึง 14.4% its2 , ; , 4.7 % ) และ T . harzianum S.L . ( its1 9.5 ถึง 10.4% its2 , 4.1 6.0 % ) การ infraspecies interspecies และรูปแบบได้จากลำดับนิวคลีโอไทด์ของ its1 และ its2 แสดงในตาราง​ table22 .การวิเคราะห์ phylogenetic .ที่ได้จากการวิเคราะห์ลำดับ phylogenetic ต้นไม้ its1 17 ไบโอคอนโทรล สายพันธุ์ และลำดับที่ 17 อื่น ๆได้จากลำดับ databanks Trichoderma spp . จะถูกแสดงในรูปที่​ fig.1.1 . การ its1 ลำดับถูกเลือกสำหรับการวิเคราะห์นี้เพราะมันได้ถูกแสดงเป็นข้อมูลเพิ่มเติมกับส่วนต่างๆของพืชสกุล Trichoderma ( 19 , 20 , 21 ) สายพันธุ์ Fusarium sambucinum จำแนกชนิด albo atrum ถูกใช้เป็นกลุ่ม เพื่อแสดงให้เห็นถึงสถานการณ์ของราก ทางกลุ่มจะไม่แสดงเพราะระยะทางระหว่างกลุ่ม และกลุ่มที่มีสูงมาก เพราะในกลุ่มสาขาก็สั้นมาก จึงเป็นตัวแทนของพวกเขาได้ยาก การวิเคราะห์ซ้ำ 1 , 000 ครั้งบูบูถึงสามสาขาหลัก บนพื้นฐานของการบูตสแตรปมีค่า 34 แยกไอโซเลท สามารถแบ่งออกเป็นห้ากลุ่ม กลุ่มที่ 1 ที่ ต. harzianum-t. inhamatum ซับซ้อน รวม 10 สายพันธุ์ไบโอคอนโทรลของเรากับเชื้อรา T . harzianum CBS 819.68 ต. inhamatum CBS 273.78 ( อดีตประเภทสายพันธุ์ ) และ T . harzianum CBS 226.95 ( อดีต neotype เมื่อย ) กลุ่มนี้ได้รับการสนับสนุนที่มีค่าเท่ากับร้อยละ 60 และมี 2 กลุ่มที่ได้รับการสนับสนุน โดยค่าสูงกว่า 50% บูท . หนึ่งของพวกเขาทำให้เก้าสายพันธุ์ของเราร่วมกับแฟนเก่าชนิดสายพันธุ์ของ inhamatum . กลุ่มย่อยอื่น ๆรวมถึงโคลอมเบียสายพันธุ์โปรแกรมกับอดีต neotype สายพันธุ์ของเชื้อรา T . harzianum . กลุ่มที่ 2 มี 3 สายพันธุ์ และเป็นตัวแทน biotypes th2 th4 ของ T . harzianum ที่เกี่ยวข้องกับเห็ดและราเขียว ได้รับการสนับสนุนโดยบูมูลค่า 71 ล้านบาท สองแตกกลุ่มย่อยสอดคล้องกันทั้งเชื้อรา T . harzianum biotypes อาจจะยังสังเกตได้ กลุ่มที่ 3 ประกอบด้วยสายพันธุ์ 2932 และแฟนเก่า ชนิดสายพันธุ์ ต. longibrachiatum CBS 816.68 , การจัดกลุ่มกับบูทมี 97 และอดีตประเภทสายพันธุ์ ต. parceramosum CBS 259.85 . กลุ่มนี้มีการสนับสนุนด้วยมูลค่าเท่ากับ 98% กลุ่มที่ 4 มีไบโอคอนโทรลสายพันธุ์ 3 , 25 , และ thva ซึ่งจะถูกจัดกลุ่มกับตัวแทนของสายพันธุ์ใหม่สายพันธุ์ TR 48 ต. asperellum และแฟนเก่า neotype เมื่อย daom 167057 ของ จุลินทรีย์ต่อต้าน . กลุ่มนี้สนับสนุนโดย