Acquisition of the M. grisea genome

Acquisition of the M. grisea genome sequence
The genome of a rice pathogenic strain of M. grisea, 70-15, was
sequenced through a whole-genome shotgun approach. In all,
greater than sevenfold sequence coverage was produced, and a
summary of the principal genome sequence data is provided in
Table 1 and Supplementary Table S1. The draft genome sequence
consists of 2,273 sequence contigs longer than 2 kilobases (kb),
ordered and orientated within 159 scaffolds. The total length of all
sequence contigs is 38.8 megabases (Mb), and the total length of the
scaffolds, including estimated sizes for the gaps, is 40.3Mb. The
genome assembly has high sequence accuracy—96% of the bases
have quality scores of greater than 40—and long-range continuity,
with 50% of all bases residing in scaffolds longer than 1.6Mb.
Reconstruction of the M. grisea genome was aided by the
availability of genome maps8,9 (Supplementary Methods S1).
Thirty-three scaffolds, representing 32.8Mb or 85% of the draft
assembly, were ordered on the genetic map and assigned to each of
the seven chromosomes by virtue of containing an anchored genetic
marker. In addition, 19 scaffolds (65% of genome assembly)
contained more than one marker and could thus be oriented on
the map. The ends of chromosomes were identified by the telomere
repeat motif (TTAGGG)n. Thirteen telomeric sequences were
placed at the ends of scaffolds, of which six could be placed at the
ends of chromosomes, whereas the remainder were associated with
unanchored scaffolds (Supplementary Table S2). Genome coverage
was estimated by aligning 28,682 M. grisea expressed sequence tags
(ESTs), representing genes expressed during a range of developmental
stages and environmental conditions10,11. Approximately
94% of the ESTs were aligned to the genome assem

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ซื้อม. grisea จีโนมลำดับมีจีโนมของต้องใช้ข้าว pathogenic ของม. grisea, 70-15เรียงลำดับโดยใช้วิธีรวมกลุ่มปืน ทั้งหมดหลังจากคลุมลำดับ sevenfold ถูกผลิต และสรุปข้อมูลลำดับกลุ่มหลักไว้ในตารางที่ 1 และตารางเสริม S1 ลำดับที่กลุ่มร่างประกอบด้วย contigs ลำดับ 2,273 ยาวกว่า 2 kilobases (kb),สั่ง และเปลี่ยนแปลงภายใน 159 scaffolds ความยาวรวมของทั้งหมดcontigs ลำดับมา 38.8 megabases (Mb), ความยาวรวมของการscaffolds รวมถึงประเมินช่องว่าง เป็น 40.3 Mb ที่แอสเซมบลีจีโนมมีความแม่นยำสูงลำดับ — 96% ของฐานมีคุณภาพมากกว่า 40 — และความต่อ เนื่องระยะยาว50% ของทั้งหมดฐานแห่ง scaffolds เกิน 1.6 Mbเป็นช่วยฟื้นฟูของจีโนม grisea เมตรโดยความพร้อมของกลุ่ม maps8, 9 (เสริมวิธี S1)สามสิบสาม scaffolds แสดง 32.8Mb หรือ 85% ของร่างแอสเซมบลี สั่งแผนที่พันธุ และกำหนดให้กับแต่ละchromosomes เจ็ดแต่ผู้เดียวที่ประกอบด้วยการยึดไว้ทางพันธุกรรมเครื่องหมาย นอกจากนี้ 19 scaffolds (65% ของจีโนมประกอบ)ประกอบด้วยมากกว่าหนึ่งเครื่องหมาย และดังนั้นจึงสามารถมุ่งเน้นในแผนที่ ระบุ โดย telomere ปลายของ chromosomesแปลน (TTAGGG) n. ลำดับ telomeric สิบสามลักษณะมีการทำซ้ำวางที่ปลายของ scaffolds ที่ 6 ไม่สามารถทำได้ในการสิ้นสุดของ chromosomes ในขณะที่ส่วนเหลือได้เชื่อมโยงกับunanchored scaffolds (เสริมตาราง S2) กลุ่มความครอบคลุมถูกประเมินโดยแท็ก 28,682 ม. grisea แสดงลำดับ(ESTs), แทนยีนที่แสดงในระหว่างช่วงของการพัฒนาขั้นตอนและสิ่งแวดล้อม conditions10, 11 ประมาณ94% ของ ESTs จะได้ชิด assem จีโนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เข้าซื้อกิจการของเอ็ม grisea
ลำดับจีโนมจีโนมของสายพันธุ์ข้าวที่ทำให้เกิดโรคเอ็มgrisea, 70-15
ได้รับการจัดลำดับผ่านวิธีการปืนลูกซองจีโนมทั้งหมด ในทุกที่ยิ่งใหญ่กว่าความคุ้มครองลำดับที่เจ็ดถูกผลิตและบทสรุปของข้อมูลลำดับจีโนมที่สำคัญที่ระบุไว้ในตารางที่1 และตารางที่ S1 เสริม ลำดับจีโนมร่างประกอบด้วยลำดับที่ 2273 contigs นานกว่า 2 kilobases (KB) สั่งซื้อและปรับภายใน 159 โครง ความยาวทั้งหมดของทุกcontigs ลำดับ 38.8 megabases (Mb) และความยาวรวมของโครงรวมทั้งขนาดโดยประมาณสำหรับช่องว่างที่เป็น40.3Mb ประกอบจีโนมมีความแม่นยำสูงลำดับ 96% ของฐานมีคะแนนคุณภาพสูงกว่า40 และความต่อเนื่องในระยะยาว, 50% ของฐานทั้งหมดที่อาศัยอยู่ในโครงนานกว่า 1.6MB. ฟื้นฟูของจีโนม grisea เอ็มได้รับความช่วยเหลือ โดยความพร้อมของจีโนมmaps8,9 (เสริมวิธี S1). สามสิบสามโครงคิดเป็น 32.8MB หรือ 85% ของร่างการชุมนุมได้รับคำสั่งบนแผนที่พันธุกรรมและมอบหมายให้แต่ละเจ็ดโครโมโซมโดยอาศัยอำนาจตามที่มีทอดสมอพันธุกรรมเครื่องหมาย นอกจากนี้โครง 19 (65% ของจีโนมการชุมนุม) ที่มีมากกว่าหนึ่งเครื่องหมายจึงอาจจะมุ่งเน้นในแผนที่ ปลายของโครโมโซมที่ถูกระบุโดย telomere บรรทัดฐานซ้ำ (TTAGGG) n สิบสามลำดับ telomeric ถูกวางไว้ที่ปลายของโครงของที่หกอาจจะอยู่ที่ปลายของโครโมโซมในขณะที่ส่วนที่เหลือมีความสัมพันธ์กับโครงunanchored (เสริมตาราง S2) ความคุ้มครองจีโนมเป็นที่คาดกันโดยจัด 28,682 เมตร grisea แสดงลำดับแท็ก (ESTs) คิดเป็นยีนที่แสดงออกในระหว่างช่วงของพัฒนาการขั้นตอนและสิ่งแวดล้อมconditions10,11 ประมาณ94% ของ ESTs ได้สอดคล้องกับ assem จีโนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การซื้อกิจการของเมตร นาน 2 ชั่วโมง จีโนมลำดับ
จีโนมของสายพันธุ์ข้าวเชื้อโรคของเมตร นาน 2 ชั่วโมง 70-15 , ,
ลำดับผ่านทั้งจีโนมวิธีปืนลูกซอง . ทั้งหมด
มากกว่าเจ็ดเท่าลำดับครอบคลุมผลิตและ
สรุปของลำดับข้อมูลพันธุกรรมหลักที่ระบุไว้ในตารางที่ 1 และตารางเสริม S1
. ร่างจีโนมลำดับ
ประกอบด้วย 2ลำดับ 273 สูงยาวกว่า 2 กิโลเบส ( KB ) ,
สั่งและ orientated ภายใน 159 นั่งร้าน ความยาวทั้งหมดของลำดับสูงทั้งหมด
เป็น 38.8 megabases ( MB ) และความยาวรวมของ
นั่งร้านรวมทั้งประมาณการขนาดช่องว่าง คือ 40.3mb .
จีโนมลำดับประกอบได้สูง accuracy-96 % ของฐาน
มีคะแนนคุณภาพมากกว่า 40 และระยะยาวต่อเนื่อง
กับ 50% ของฐานทั้งหมดที่อาศัยอยู่ในโครงนานกว่า 1.6mb .
ทันสมัยของจีโนมเมตร นาน 2 ชั่วโมงถูกช่วยโดย
ความพร้อมของจีโนม maps8,9 ( เสริมวิธี S1 ) .
สามสิบสามนั่งร้าน เป็นตัวแทน 32.8mb หรือ 85% ของร่าง
ประกอบ สั่งบนแผนที่พันธุกรรมและมอบหมายให้แต่ละ
7 ) โดยอาศัยยึดพันธุกรรม
ที่มีเครื่องหมาย นอกจากนี้19 นั่งร้าน ( 65% ของการประกอบจีโนม )
ที่มีอยู่มากกว่าหนึ่งเครื่องหมาย และสามารถจึงได้รับการมุ่งเน้นใน
แผนที่ ปลายของโครโมโซมที่ถูกระบุโดยทีโลเมีย
ย้ำแม่ลาย ( ttaggg ) ม. 13 telomeric ลำดับถูก
วางไว้ที่ปลายของนั่งร้าน ซึ่งหกจะถูกวางไว้ที่ปลายของโครโมโซม
ในขณะที่ส่วนที่เหลือถูกเชื่อมโยงกับ
unanchored นั่งร้าน ( เสริมตาราง S1 ) จีโนมครอบคลุม
ประมาณโดยจัด 28682 เมตร นาน 2 ชั่วโมง แสดงลำดับแท็ก
( ฐานข้อมูล ) , เป็นตัวแทนของยีนที่แสดงออกในช่วงของพัฒนาการขั้น
conditions10,11 และสิ่งแวดล้อม ประมาณ
94% ของฐานข้อมูล ชิดกับ assem จีโนม