2. Data acquisition and processingA

2. Data acquisition and processing
A key component of the PDB is the ef®cient capture and
curation of the data: data processing. Data processing consists
of data deposition, annotation and validation. These steps are
part of a fully documented and integrated data-processing
system shown in Fig. 1.
In the present system, data (atomic coordinates, structure
factors and NMR restraints) may be submitted via e-mail or
via the web-based AutoDep Input Tool (ADIT; Westbrook et
al., 1998; http://deposit.pdb.org/adit/) developed by the RCSB
PDB. ADIT is built on top of the mmCIF dictionary that
contains 1700 terms that de®ne the macromolecular structure
and the crystallographic experiment (Bourne et al., 1997;
Westbrook & Bourne, 2000). The mmCIF dictionary has been
further extended to form the PDB exchange dictionary, which
includes terms needed for tracking and other informationmanagement
purposes. ADIT is complemented by MAXIT
(MAcromolecular EXchange Input Tool; Feng, Hsieh et al.,
1998), a program that performs many of the data-processing
tasks and checks. This integrated system helps to ensure that
the data submitted are consistent with the mmCIF dictionary
which de®nes data types, enumerates ranges of allowable
values where possible and describes allowable relationships
between data values.
Each deposition to the PDB is
represented by the PDBid ± a fourcharacter
code of the form nxyz,
where n is an integer and x, y and z
are alphanumeric characters, e.g.
4hhb. The PDBid is assigned
arbitrarily and is an immutable
reference to the structure and
indeed is the only absolute way of
retrieving a desired structure from
the PDB, although this shortcoming
is being addressed (refer to x3).
PDBids are never reused and
remain the link between the structure and the literature
reference that describes that structure.
After a structure has been deposited using ADIT, a PDBid
is automatically and immediately returned to the author
(Fig. 1, Step 1). This is the ®rst stage, in which information
about the structure is loaded into the internal core database,
validated and annotated (see also xx4.1 and 2.2). This step
involves using ADIT to help diagnose errors or inconsistencies
in the ®les. The completely annotated entry as it will appear in
the PDB resource, together with the validation information, is
sent back to the depositor (Fig. 1, Step 2). After reviewing the
processed ®le, the author sends any revisions (Fig. 1, Step 3).
Depending on the nature of these revisions, steps 2 and 3 may
be repeated. Once approval is received from the author (Fig.
1, Step 4), the entry and the tables in the internal core database
are ready for distribution. The schema of this core
database is a subset of the conceptual schema speci®ed by the
mmCIF dictionary.
All aspects of data processing, including communications
with the author, are recorded and stored in the electronic
correspondence archive. This makes it possible for the PDB
staff to retrieve information about any deposited entry.
Current status information, including the entry's authors, title
and release status, is stored for each entry in the core database
and is made accessible for query via the WWW interface
(http://www.rcsb.org/pdb/status.html). Entries prior to release
are categorized as `in processing' (PROC), `in depositor
review' (WAIT), `to be held until publication' (HPUB) or `on
hold until a depositor-speci®ed date' (HOLD).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. ข้อมูลการและประมวลผลส่วนประกอบสำคัญของ PDB เป็น ef ® cient จับ และcuration ข้อมูล: ประมวลผลข้อมูล ประมวลผลข้อมูลประกอบด้วยสะสมข้อมูล คำอธิบาย และตรวจสอบ ขั้นตอนเหล่านี้ส่วนของมีเอกสารครบถ้วน และรวมข้อมูลประมวลผลระบบแสดงใน Fig. 1ในระบบปัจจุบัน ข้อมูล (พิกัดอะตอม โครงสร้างปัจจัยและ NMR restraints) อาจจะส่งผ่านทางอีเมล์ หรือผ่านเว็บไซต์ AutoDep เข้ามือ (ADIT Westbrook ร้อยเอ็ดal., 1998 http://deposit.pdb.org/adit/) ที่พัฒนา โดย RCSBPDB ADIT เป็นพจนานุกรม mmCIF แห่งนี้ที่ประกอบด้วยเงื่อนไข 1700 de ที่ ® มุ macromolecular โครงสร้างทดลอง crystallographic (บอร์นและ al., 1997Westbrook และบอร์น 2000) พจนานุกรม mmCIF ได้ขยายเพิ่มเติม เพื่อจัดทำพจนานุกรมแลก PDB ซึ่งมีเงื่อนไขที่จำเป็นสำหรับการติดตามและ informationmanagement อื่น ๆวัตถุประสงค์ ADIT ที่ครบครัน โดย MAXIT(แลกเปลี่ยน mAcromolecular เข้ามือ เฟิง Hsieh et al.,ปี 1998), โปรแกรมที่ทำการประมวลผลข้อมูลจำนวนมากงานและตรวจสอบ ระบบนี้รวมช่วยให้แน่ใจว่าส่งข้อมูลสอดคล้องกับพจนานุกรม mmCIFที่เดอ ® nes ข้อมูลชนิด ระบุช่วงได้ค่าเป็นไปได้ และอธิบายความสัมพันธ์ได้ระหว่างค่าของข้อมูลสะสมแต่ละการ PDB เป็นแสดง โดย PDBid ± fourcharacter เป็นรหัสแบบฟอร์ม nxyzโดยที่ n คือ ตัวเลขจำนวนเต็ม และ x, y และ zมีอักษร เช่นกำหนด 4hhb PDBidโดย และพระองค์อ้างอิงไปยังโครงสร้าง และแน่นอนเป็นวิธีแน่นอนเท่านั้นเรียกโครงสร้างที่ต้องการจากPDB แม้ว่าคงนี้ถูกระบุ (ถึง x 3)ไม่เคยมีนำ PDBids และยังคงมี การเชื่อมโยงระหว่างโครงสร้างและวรรณคดีการอ้างอิงที่อธิบายโครงสร้างนั้นหลังจากโครงสร้างได้รับฝากไว้ใช้ ADIT, PDBid การเป็นโดยอัตโนมัติ และทันทีกลับถึงผู้เขียน(Fig. 1 ขั้นตอนที่ 1) นี่คือ ® rst ระยะ ข้อมูลใดเกี่ยวกับโครงสร้างถูกโหลดลงในฐานข้อมูลหลักภายในตรวจสอบ และใส่คำอธิบายประกอบ (โปรดดู xx4.1 และ 2.2) ขั้นตอนนี้เกี่ยวข้องกับการใช้ ADIT เพื่อช่วยวินิจฉัยข้อผิดพลาดหรือไม่สอดคล้องกันในการ ® เลส รายการประกอบทั้งหมดที่จะปรากฏในทรัพยากร PDB พร้อมกับตรวจสอบข้อมูลส่งกลับไปฝาก (Fig. 1 ขั้นตอนที่ 2) หลังจากตรวจการประมวลผล ® เลอ ผู้เขียนส่งราคางบ (Fig. 1 ขั้นตอนที่ 3)ขั้นตอนที่ 2 และ 3 อาจขึ้นอยู่กับลักษณะของการปรับปรุงเหล่านี้ทำซ้ำ เมื่อได้รับอนุมัติจากผู้เขียน (ฟิก1 ขั้นตอนที่ 4), รายการและตารางในฐานข้อมูลหลักภายในพร้อมแจก แบบแผนของหลักนี้ฐานข้อมูลคือ ชุดย่อยของ speci เค้าร่างแนวคิด ® ed โดยพจนานุกรม mmCIFทุกแง่มุมของการประมวลผลข้อมูล การสื่อสารรวมทั้งกับผู้เขียน บันทึก และจัดเก็บในแบบอิเล็กทรอนิกส์โต้ตอบเก็บถาวร นี้ทำให้ PDBบริการเรียกข้อมูลเกี่ยวกับรายการใดนำฝากปัจจุบันสถานะข้อมูล ผู้เขียนของรายการ ชื่อเรื่องและปล่อยสถานะ เก็บไว้สำหรับแต่ละรายการในฐานข้อมูลหลักและจะสามารถเข้าถึงได้สำหรับแบบสอบถามผ่านอินเทอร์เฟซ WWW(http://www.rcsb.org/pdb/status.html) รายการก่อนจะปล่อยแบ่งเป็น 'ในประมวลผล' (กระบวนการ), ' ในฝากตรวจทาน ' (รอ), การจัดจนพิมพ์' (HPUB) หรือ ' บนกดค้างไว้จนกว่าผู้ฝากเงิน-speci ® ed วัน ' (ค้างไว้)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.
เก็บข้อมูลและการประมวลผลองค์ประกอบสำคัญของPDB เป็นจับef®cientและ
curation ของข้อมูล: การประมวลผลข้อมูล การประมวลผลข้อมูลประกอบของการสะสมข้อมูลบันทึกย่อและการตรวจสอบ
ขั้นตอนเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของการประมวลผลข้อมูลที่บันทึกไว้ได้อย่างเต็มที่และบูรณาการระบบการแสดงในรูป 1. ในระบบปัจจุบันข้อมูล (พิกัดอะตอมโครงสร้างปัจจัยและrestraints NMR) อาจจะถูกส่งผ่านทาง e-mail หรือผ่านทางWeb-based เครื่องมือการป้อนข้อมูล AutoDep (ADIT; เวสต์บ et al, 1998; http: //. เงินฝาก pdb.org/adit/) พัฒนาโดย RCSB PDB ADIT ถูกสร้างขึ้นที่ด้านบนของพจนานุกรม mmCIF ที่มี1,700 คำที่de®neโครงสร้างโมเลกุลและการทดลองcrystallographic (บอร์น, et al, 1997;. เวสต์บและบอร์น, 2000) พจนานุกรม mmCIF ได้รับการขยายเพิ่มเติมในรูปแบบพจนานุกรมแลกเปลี่ยนPDB ซึ่งรวมถึงเงื่อนไขที่จำเป็นสำหรับการติดตามและการจัดการข้อมูลอื่นๆวัตถุประสงค์ ADIT ครบครันด้วย MAXIT (macromolecular แลกเปลี่ยนเครื่องมืออินพุต. ฮ Hsieh, et ​​al, 1998) ซึ่งเป็นโปรแกรมที่มีประสิทธิภาพมากของการประมวลผลข้อมูลที่งานและการตรวจสอบ แบบบูรณาการระบบนี้ช่วยให้มั่นใจว่าข้อมูลที่ส่งมีความสอดคล้องกับพจนานุกรม mmCIF ซึ่งde®nesชนิดข้อมูลระบุช่วงที่อนุญาตค่าที่เป็นไปได้และอธิบายความสัมพันธ์ที่อนุญาตระหว่างค่าข้อมูล. การสะสมเพื่อ PDB แต่ละครั้งจะถูกแสดงโดยPDBid ±ที่ fourcharacter รหัสในรูปแบบ nxyz, ที่ n เป็นจำนวนเต็มและ x, y z และมีตัวอักษรและตัวเลขเช่น4hhb PDBid ที่ได้รับมอบหมายโดยพลการและเป็นผู้ที่ไม่เปลี่ยนรูปการอ้างอิงถึงโครงสร้างและแน่นอนเป็นวิธีเดียวที่แน่นอนของการเรียกโครงสร้างที่ต้องการจากPDB แม้ว่าข้อบกพร่องนี้จะถูกแก้ไข(โปรดดู x3). PDBids จะไม่นำกลับมาใช้และยังคงมีการเชื่อมโยงระหว่างโครงสร้างและวรรณกรรมอ้างอิงที่อธิบายถึงโครงสร้างที่. หลังจากโครงสร้างได้รับการฝากโดยใช้ ADIT เป็น PDBid โดยอัตโนมัติและกลับทันทีที่ผู้เขียน(รูป. 1 ขั้นตอนที่ 1) นี่คือขั้นตอน®rstซึ่งในข้อมูลเกี่ยวกับโครงสร้างที่มีการโหลดลงในฐานข้อมูลหลักภายในการตรวจสอบและข้อเขียน(เห็น xx4.1 และ 2.2) ขั้นตอนนี้จะเกี่ยวข้องกับการใช้ ADIT เพื่อช่วยวินิจฉัยข้อผิดพลาดหรือความไม่สอดคล้องกันใน®les รายการข้อเขียนสมบูรณ์ในขณะที่มันจะปรากฏในทรัพยากร PDB, พร้อมกับข้อมูลการตรวจสอบจะถูกส่งกลับไปยังผู้ฝากเงิน(รูป. 1 ขั้นตอนที่ 2) หลังจากทบทวน®leการประมวลผลที่ผู้เขียนส่งการแก้ไขใด ๆ (รูปที่. 1, ขั้นตอนที่ 3). ขึ้นอยู่กับลักษณะของการแก้ไขเหล่านี้ขั้นตอนที่ 2 และ 3 อาจต้องทำซ้ำ เมื่อได้รับการอนุมัติจากผู้เขียน (รูป. 1, ขั้นตอนที่ 4) รายการและตารางในฐานข้อมูลหลักภายในมีความพร้อมสำหรับการจัดจำหน่าย เค้าร่างของแกนนี้ฐานข้อมูลเป็นส่วนหนึ่งของสคีแนวคิดspeci®edโดยพจนานุกรมmmCIF. ทุกแง่มุมของการประมวลผลข้อมูลรวมถึงการสื่อสารกับผู้เขียนจะถูกบันทึกและเก็บไว้ในอิเล็กทรอนิกส์เก็บจดหมาย นี้จะทำให้มันเป็นไปได้สำหรับ PDB พนักงานเพื่อดึงข้อมูลเกี่ยวกับรายการฝากใด ๆ . ข้อมูลสถานะปัจจุบันรวมทั้งผู้เขียนของรายการชื่อและสถานะการเปิดตัวจะถูกเก็บไว้สำหรับรายการในฐานข้อมูลหลักแต่ละและทำให้สามารถเข้าถึงสำหรับการค้นหาผ่านทางอินเตอร์เฟซที่WWW ( http://www.rcsb.org/pdb/status.html) รายการก่อนที่จะปล่อยมีการแบ่งประเภทเป็น `ในการประมวลผล (PROC)` ฝากในการตรวจสอบ(รอ) `ที่จะจัดขึ้นจนถึงสิ่งพิมพ์ (HPUB) หรือ` บนไว้จนกว่าวันที่ฝาก-speci®ed (ถือ) .

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2 . การเก็บข้อมูลและการประมวลผล
เป็นส่วนประกอบสำคัญของ PDB เป็น EF ® cient จับภาพและ
curation ของข้อมูล : การประมวลผลข้อมูล การประมวลผลข้อมูลประกอบด้วย
ของการสะสมข้อมูล และการจัดการการตรวจสอบ ขั้นตอนเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของเอกสารครบ

รวมประมวลผลข้อมูลและระบบแสดงในรูปที่ 1 .
ในระบบปัจจุบันข้อมูลโครงสร้างอะตอม
( พิกัดปัจจัยและ NMR restraints ) อาจจะส่งทางอีเมลหรือผ่านทางเว็บ autodep
ใส่เครื่องมือ ( ล่าสุด ; Westbrook และ
al . , 1998 ; http://deposit.pdb.org/adit/ ) ที่พัฒนาโดย rcsb
PDB . ล่าสุดถูกสร้างขึ้นที่ด้านบนของ mmcif พจนานุกรมนั้นมีเงื่อนไขว่า เดอ ®
1700 NE โครงสร้าง macromolecular
และการทดลองทาง ( บอร์น et al . , 1997 ;
Westbrook &บอร์น , 2000 )การ mmcif พจนานุกรมถูก
เพิ่มเติมขยายรูปแบบพจนานุกรม PDB ตรา ซึ่งมีเงื่อนไขที่จำเป็นสำหรับการติดตาม

informationmanagement และเพื่อวัตถุประสงค์อื่น ๆ ล่าสุดที่ครบครัน โดย maxit
( macromolecular ตราใส่เครื่องมือ ฟง เส et al . ,
, 1998 ) เป็นโปรแกรมที่ดำเนินการจำนวนมากของประมวลผลข้อมูล
งานและการตรวจสอบ ระบบนี้ช่วยให้มั่นใจว่า
ข้อมูลที่ส่งจะสอดคล้องกับ mmcif พจนานุกรม
ซึ่ง เดอ ®เนสชนิดข้อมูล ระบุช่วงของผลที่เป็นไปได้และอธิบาย

ค่าความสัมพันธ์ระหว่างค่าข้อมูลที่แต่ละคนสะสมเพื่อ PDB .

คือแสดงโดย pdbid ±เป็นรหัสของแบบฟอร์ม nxyz fourcharacter

โดยที่ n เป็นจำนวนเต็ม , และเอ็กซ์ , Y และ Z
อักขระตัวอักษรและตัวเลข เช่น
4hhb . การ pdbid มอบหมาย
โดยพลการและอ้างอิงไม่เปลี่ยนแปลง

ถึงโครงสร้างและแน่นอนเป็นเพียงแน่นอนวิธี

เรียกที่ต้องการโครงสร้างเส้นใยแม้ว่าข้อบกพร่อง
ถูก addressed ( อ้างถึง X3 )
pdbids ไม่เคยซ้ำและ
ยังคงเชื่อมโยงระหว่างโครงสร้างและวรรณกรรม
อ้างอิงที่อธิบายโครงสร้างนั้น .
หลังจากโครงสร้างที่ได้รับฝากไว้ใช้ล่าสุด , pdbid
โดยอัตโนมัติและทันทีกลับไปยังผู้เขียน
( รูปที่ 1 , ขั้นตอนที่ 1 ) นี่เป็นเวทีแรก® ซึ่งข้อมูล
เกี่ยวกับโครงสร้างจะโหลดลงในฐานข้อมูลหลักภายใน
ตรวจสอบและบันทึกย่อ ( เห็น xx4.1 และ 2.2 ) ขั้นตอนนี้เกี่ยวข้องกับการใช้
ล่าสุดเพื่อช่วยวินิจฉัยข้อผิดพลาดหรือความไม่สอดคล้องกัน
ใน®เลส แสดงรายการทั้งหมดจะปรากฏใน
PDB ทรัพยากรพร้อมกับข้อมูลการตรวจสอบ ,
ส่งกลับมาฝาก ( รูปที่ 1 ขั้นตอนที่ 2 ) หลังจากทบทวน
ประมวลผล®เลอ , ผู้เขียนส่งแก้ไขใด ๆ ( รูปที่ 1 , ขั้นตอนที่ 3 ) .
ขึ้นอยู่กับลักษณะการแก้ไขเหล่านี้ ขั้นตอนที่ 2 และ 3 อาจ
ซํ้า เมื่อได้รับอนุมัติจากผู้เขียน ( รูป
1 , ขั้นตอนที่ 4 ) , รายการและตารางภายในฐานข้อมูลหลัก
พร้อมสำหรับการกระจายสคีมาของฐานข้อมูลหลัก
นี่เป็นเซตย่อยของประเภทของแนวคิด®เอ็ดด้วย

mmcif พจนานุกรม ทุกด้านของการประมวลผลข้อมูล รวมถึงการสื่อสาร
กับผู้เขียนบันทึก และเก็บไว้ในที่เก็บจดหมายอิเล็กทรอนิกส์

นี้จะทำให้มันเป็นไปได้สำหรับ PDB
พนักงานเพื่อดึงข้อมูลเกี่ยวกับใด ๆฝากรายการ .
ข้อมูลสถานะปัจจุบัน รวมทั้งผู้เขียนของรายการชื่อเรื่อง
และปล่อยสถานะจะถูกเก็บไว้สำหรับแต่ละรายการในฐานข้อมูลหลักและทำให้สามารถเข้าถึงได้สำหรับ

สอบถามผ่านทาง www interface ( http : / / www.rcsb . org / สถานะ / . PDB HTML ) รายการก่อนที่จะปล่อย
มีการแบ่งประเภทเป็น ` ในการประมวลผล ( ทองแดง ) " ในความคิดเห็นผู้ฝากเงิน
' ( รอ ) " ที่จะจัดขึ้นจนกว่าสิ่งพิมพ์ ' ( hpub ) หรือ "
ถือจนกว่าผู้ฝากเงินประเภท®เอ็ดวันที่ ' ( ค้าง )