Randomly Amplified Polymorphic DNA

Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Fingerprinting PCR

The RAPD fingerprinting method established to study H. pylori strains [27], was used to compare the diversity of the DNA sequences among the Helicobacter strains tested. This method uses arbitrary oligonucleotide sequences to prime DNA fragments from the whole genome. We used 20 ng genomic DNA from each strain as template, 20 pmol of each primer (Table S1), 1U Taq DNA-polymerase (Qiagen, Hilden, Germany) and 250 µM from each dNTP, 1×buffer, and sterilized double distilled water for a total volume of 50 µL. A Perkin-Elmer thermal cycler model 9700 was used for amplification reactions. The cycling program was four cycles of 94°C, 5 min; 40°C, 5 min; 72°C, 5 min; low stringency amplification, and a final incubation at 72°C for 10 min.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขยายสุ่ม Polymorphic DNA (RAPD) ลายพิมพ์ PCR วิธี RAPD พิมพ์ลายนิ้วมือที่จัดตั้งขึ้นเพื่อการศึกษาสายพันธุ์เอช pylori [27] ถูกนำมาใช้เพื่อเปรียบเทียบความหลากหลายของลำดับดีเอ็นเอระหว่างสายพันธุ์ Helicobacter ทดสอบ วิธีนี้จะใช้ลำดับ oligonucleotide พลนายกดีเอ็นเอจากทั้งจีโนม เราใช้ 20 ng ดีเอ็นเอจากแต่ละสายพันธุ์ที่เป็นแม่แบบ 20 pmol ของแต่ละไพรเมอร์ (ตาราง S1) 1U Taq ดีเอ็นเอโพลิเมอร์ (Qiagen, ฮิลเดน, เยอรมนี) และ 250 ไมครอนจากแต่ละ dNTP, 1 ×บัฟเฟอร์และฆ่าเชื้อน้ำกลั่นคู่ สำหรับปริมาณรวมของ 50 ไมโครลิตร เพอร์กินเอลเมอการระบายความร้อนรุ่น Cycler 9700 ถูกนำมาใช้สำหรับปฏิกิริยาการขยาย โปรแกรมการขี่จักรยานเป็นสี่รอบ 94 องศาเซลเซียส 5 นาที; 40 ° C, 5 นาที; 72 องศาเซลเซียส 5 นาที; ขยายความเข้มงวดต่ำและบ่มสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สุ่ม amplified polymorphic DNA ( RAPD ) ลายดีเอ็นเอโดยวิธีการที่จัดตั้งขึ้นเพื่อศึกษาลายพิมพ์ดีเอ็นเอเฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไร สายพันธุ์ [ 27 ] ถูกใช้เพื่อเปรียบเทียบความหลากหลายของลำดับดีเอ็นเอของ Helicobacter สายพันธุ์ทดสอบ วิธีนี้ใช้ตามอำเภอใจ ซึ่งลำดับ นายกดีเอ็นเอจากจีโนมทั้งหมด เราใช้ 20 นาโนดีเอ็นเอจากแต่ละสายพันธุ์เป็นแม่แบบ 20 pmol แต่ละ primer ( ตาราง S1 ) วิด ทัค DNA polymerase ( QIAGEN Hilden , เยอรมนี ) และ 250 µ M จากแต่ละ dntp 1 ×บัฟเฟอร์ และฆ่าเชื้อคู่น้ำกลั่นปริมาตรรวม 50 µเพอร์กินเอลเมอร์ลิตรแบบ Thermal cycler 9700 ใช้ปฏิกิริยาการเพิ่ม . โปรแกรมจักรยานสี่รอบ 94 ° C 5 นาที ; 40 ° C 5 นาที ; 72 ° C 5 นาที ; ( stringency ต่ำและบ่มขั้นสุดท้ายที่ 72 ° C เป็นเวลา 10 นาที