An essential feature of each diagno

An essential feature of each diagnostic PCR or qPCR assay is to detect as many genetic variants of a given virus or bacterial taxon as possible. A crucial step in such a screening
assay design is a proper oligonucleotide selection. Therefore, identification of the evolutionarily most conserved regions of the targeted virus genome is of utmost importance.
However, this crucial step is frequently underestimated in the literature. We set up a simple workflow how to align, process, and evaluate a huge set of homologous nucleotide
sequences in order to reveal the variability at each particular position. All of the steps were performed by using an ordinary desktop computer without the need for extensive
mathematical or computational skills. The workflow was demonstrated on aligning more than 15.000 avian influenza A virus (IAV) M segment nucleotide sequences. The whole
procedure takes a few hours and usually do not exceed a half working day in dependence on the internet connection speed and server occupancy respectively.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คุณลักษณะสำคัญของแต่ละทดสอบ PCR หรือ qPCR วินิจฉัยคือการ ตรวจสอบตัวแปรทางพันธุกรรมมากให้ไวรัสหรือแบคทีเรีย taxon เป็น ขั้นตอนที่สำคัญในการคัดกรองดังกล่าววิเคราะห์ออกแบบเลือก oligonucleotide เหมาะสมได้ ดังนั้น รหัสภูมิภาค evolutionarily นำที่สุดของกลุ่มไวรัสเป้าหมายเป็นสิ่งสำคัญสูงสุดอย่างไรก็ตาม ขั้นตอนนี้สำคัญเป็นบ่อย underestimated ในวรรณคดี เราตั้งโดยวิธีการจัดตำแหน่ง ประมวลผล และประเมินชุดใหญ่ของนิวคลีโอไทด์ที่ homologousลำดับเพื่อเปิดเผยความแปรผันในแต่ละตำแหน่งเฉพาะ ขั้นตอนทั้งหมดได้ดำเนินการ โดยใช้คอมพิวเตอร์เดสก์ท็อปเป็นธรรมดาโดยไม่ต้องมากมายทักษะทางคณิตศาสตร์ หรือการคำนวณ ลำดับงานถูกแสดงในตำแหน่ง 15.000 กว่าหวัดลำดับนิวคลีโอไทด์ส่วน M ไวรัส (IAV) ทั้งหมดขั้นตอนใช้เวลากี่ชั่วโมง และมักไม่เกินครึ่งวันทำงานในการพึ่งพาอินเทอร์เน็ตเชื่อมต่อความเร็วและเซิร์ฟเวอร์สำหรับตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คุณลักษณะที่สำคัญของแต่ละ PCR การวินิจฉัยหรือการทดสอบ qPCR คือการตรวจสอบสายพันธุ์ทางพันธุกรรมเป็นจำนวนมากของไวรัสที่กำหนดหรือแท็กซอนแบคทีเรียที่เป็นไปได้ ขั้นตอนสำคัญในการตรวจคัดกรองดังกล่าวการออกแบบการทดสอบคือการเลือกที่เหมาะสม oligonucleotide
ดังนั้นบัตรประจำตัวของภูมิภาคอนุรักษ์วิวัฒนาการมากที่สุดของจีโนมของไวรัสเป้าหมายมีความสำคัญสูงสุด.
อย่างไรก็ตามขั้นตอนสำคัญนี้จะประเมินบ่อยในวรรณคดี
เราตั้งค่าขั้นตอนการทำงานที่เรียบง่ายวิธีการจัดกระบวนการและประเมินชุดใหญ่ของเบสที่คล้ายคลึงกันลำดับในการสั่งซื้อที่จะเปิดเผยความแปรปรวนในแต่ละตำแหน่งโดยเฉพาะอย่างยิ่ง
ทุกขั้นตอนได้ดำเนินการโดยใช้เครื่องคอมพิวเตอร์ตั้งโต๊ะธรรมดาโดยไม่จำเป็นต้องครอบคลุมทักษะทางคณิตศาสตร์หรือการคำนวณ เวิร์กโฟลว์ได้แสดงให้เห็นในการปรับมากกว่า 15.000 ไข้หวัดนกไวรัส (IAV) ส่วน M ลำดับเบส
ทั้งขั้นตอนใช้เวลาไม่กี่ชั่วโมงและมักจะไม่เกินครึ่งวันทำงานในการพึ่งพาอัตราการเข้าพักความเร็วการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ตและเซิร์ฟเวอร์ตามลำดับ