อำเภอเบตงเป็นต้นกำเนิดของแม่น้ำปัตตานี โดยมีต้นน้ำอยู่ในเทือกเขาสันการาคีรี ซึ่งแม่น้ำสายนี้ไหลไปทางทิศเหนือผ่านอำเภอเบตง เขื่อนบางลาง อำเภอธารโต อำเภอบันนังสตา อำเภอกรงปินัง อำเภอเมือง จังหวัดยะลา และสิ้นสุดลงที่อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี ไหลออกสู่ทะเลอ่าวไทย รวมความยาวทั้งสิ้น 214 กิโลเมตร
จากลักษณะภูมิประเทศที่ส่วนใหญ่อยู่ในแนวเทือกเขาจึงทำให้อำเภอเบตงมีลำธาร และคลองหลายสาย ในส่วนของใจกลางเมืองเบตงมีคลองเบตงไหลผ่าน โดยไหลจากทิศตะวันตกไปทางทิศตะวันออกแล้วไปบรรจบกับแม่น้ำปัตตานี นอกจากนี้ยังมีคลองอื่น ๆ อีกเช่น คลองกวางหลง คลองซาโห่ คลองกาแป๊ะ คลองปะโด คลองวังสุดา คลองจันทรัตน์ คลองก.ม.7 คลองมาลา คลองไอร์เยอร์ซอ คลองอัยเยอร์เวง คลองอัยเยอร์ฟิน คลองปูโป๊ะ เป็นต้น ซึ่งคลองต่าง ๆ เหล่านี้ต่างไหลมาบรรจบเป็นต้นน้ำของแม่น้ำปัตตานี