Protein multiple sequence alignment

Protein multiple sequence alignment is an important bioinformatics tool. It has important applications in biological evolution analysis and protein structure prediction. A variety of alignment algorithms in this field have achieved great success. However, each algorithm has its own inherent deficiencies. In this paper, permutation similarity is proposed to evaluate several protein multiple sequence alignment algorithms that are widely used currently. As the permutation similarity method only concerns the relative order of different protein evolutionary distances, without taking into account the slight difference between the evolutionary distances, it can get more robust evaluations. The longest common subsequence method is adopted to define the similarity between different permutations. Using these methods, we assessed Dialign, Tcoffee, ClustalW and Muscle and made comparisons among them.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โปรตีนหลายตำแหน่งลำดับเป็นเครื่องมือสำคัญ bioinformatics มีโปรแกรมประยุกต์ที่สำคัญในวิวัฒนาการทางชีวภาพวิเคราะห์และโปรตีนโครงสร้างคาดเดา ความหลากหลายของอัลกอริทึมการจัดตำแหน่งในฟิลด์นี้ได้บรรลุความสำเร็จที่ดี อย่างไรก็ตาม แต่ละอัลกอริทึมมีทรงของตัวเองโดยธรรมชาติ ในเอกสารนี้ มีเสนอคล้ายการเรียงสับเปลี่ยนการประเมินโปรตีนหลายหลายลำดับตำแหน่งอัลกอริทึมที่ใช้ในปัจจุบัน เป็นวิธีคล้ายการเรียงสับเปลี่ยนเฉพาะเกี่ยวข้องกับลำดับญาติของโปรตีนแตกต่างกันระยะทางวิวัฒนาการ โดยไม่คำนึงถึงความแตกต่างเล็กน้อยระหว่างระยะทางวิวัฒนาการ มันได้ประเมินมีประสิทธิภาพมากขึ้น วิธี subsequence ทั่วไปยาวที่สุดคือนำเพื่อกำหนดความคล้ายกันระหว่างสับแตกต่างกัน เราใช้วิธีการเหล่านี้ ประเมิน Dialign, Tcoffee, ClustalW และกล้ามเนื้อ และทำการเปรียบเทียบระหว่างพวกเขา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรตีนลำดับการจัดเรียงหลายเป็นเครื่องมือที่สำคัญรส แต่ก็มีการใช้งานที่สำคัญในการวิเคราะห์วิวัฒนาการทางชีววิทยาและการทำนายโครงสร้างโปรตีน ความหลากหลายของขั้นตอนวิธีการจัดตำแหน่งในด้านนี้ได้ประสบความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ อย่างไรก็ตามแต่ละขั้นตอนวิธีมีความบกพร่องโดยธรรมชาติของตัวเอง ในงานวิจัยนี้มีความคล้ายคลึงกันการเปลี่ยนแปลงจะเสนอให้ประเมินหลายโปรตีนหลายลำดับขั้นตอนวิธีการจัดตำแหน่งที่มีการใช้กันอย่างแพร่หลายในปัจจุบัน เป็นวิธีการที่คล้ายคลึงกันการเปลี่ยนแปลงเพียงกังวลลำดับญาติของระยะทางวิวัฒนาการโปรตีนที่แตกต่างกันโดยไม่คำนึงถึงความแตกต่างเล็กน้อยระหว่างวิวัฒนาการระยะทางก็จะได้รับการประเมินผลมีประสิทธิภาพมากขึ้น วิธี subsequence ทั่วไปที่ยาวที่สุดถูกนำมาใช้ในการกำหนดความคล้ายคลึงกันระหว่างพีชคณิตที่แตกต่างกัน โดยใช้วิธีการเหล่านี้เราประเมิน Dialign, Tcoffee, ClustalW และกล้ามเนื้อและทำให้การเปรียบเทียบในหมู่พวกเขา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับโปรตีนหลายแนวเป็นเครื่องมือรสนสำคัญ มันมีโปรแกรมที่สำคัญในการวิเคราะห์วิวัฒนาการทางชีวภาพและทำนายโครงสร้างโปรตีน ความหลากหลายของขั้นตอนวิธีการในด้านนี้ได้บรรลุความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ อย่างไรก็ตาม แต่ละวิธีมีข้อบกพร่องโดยธรรมชาติของมันเอง ในกระดาษนี้ถูกอกถูกใจกันเสนอให้ประเมินขั้นตอนวิธีการลำดับโปรตีนหลายหลายที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในปัจจุบัน เป็นเพียงวิธีการเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงคล้ายคลึงกันเพื่อความสัมพันธ์ของระยะทางที่มีโปรตีนต่างกัน โดยไม่คำนึงถึงความแตกต่างเล็กน้อยระหว่างระยะทางวิวัฒนาการ มันสามารถรับที่แข็งแกร่งมากขึ้นประเมินผล .วิธีที่พบบ่อยที่สุดคือบุญธรรมกำหนดตามความคล้ายคลึงกันระหว่างชุลมุนที่แตกต่างกัน การใช้วิธีการเหล่านี้ เราประเมิน dialign tcoffee clustalw , , และกล้ามเนื้อ และทำให้การเปรียบเทียบระหว่างพวกเขา