Analysis of T-RF profiles. T-RF pea

Analysis of T-RF profiles. T-RF peaks between 35 and 500 bp and peak heights of #50 fluorescence units were included in the analysis according to the range of the size marker. Generally, the error for determining fragment sizes
with our automated DNA sequencer was less than 1 bp; however, in some cases,a higher variation was found. Therefore, T-RFs that differed by less than 1.5 bp were clustered, unless individual peaks were detected in a reproducible manner.
Three replicate samples of all treatments and particle sizes either were analyzed individually, or a representative sample profile was determined in a similar way as suggested by Dunbar et al. (12). Essentially, the sum of peak heights in each
replicate profile was calculated, indicating the total DNA quantity. Total fluorescence was adjusted to the medium DNA quantity by calculating a correction factor. For example, three replicate profiles had total fluorescence values of
4,500, 4,700, and 4,900, and then each peak in the latter profile was multiplied with a factor of 0.96 (i.e., the quotient of 4,700/4,900), and peaks in the first profile were multiplied with a factor of 1.04 (i.e., a quotient of 4,700/4,500). After
adjustment, only peaks of $50 fluorescence units were considered. In addition,T-RFs were scored as positive only when they were present in at least two of three replicates.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์ค่า T-RF T-RF พีคส์ระหว่าง 35 และ 500 bp และช่วงไฮท์ fluorescence #50 หน่วยถูกรวมในการวิเคราะห์ตามช่วงของเครื่องขนาด ทั่วไป ข้อผิดพลาดในการกำหนดขนาดส่วนกับ DNA อัตโนมัติ sequencer 1 น้อยกว่า bp อย่างไรก็ตาม ในบางกรณี การเปลี่ยนแปลงสูงพบ ดังนั้น T-RFs ซึ่งแตกต่าง โดยน้อยกว่า 1.5 bp ได้จับกลุ่ม เว้นแต่แต่ละยอดพบในลักษณะจำลองสามจำลองตัวอย่างของการรักษาและขนาดอนุภาคจะถูกวิเคราะห์ทีละ หรือโพรไฟล์ตัวอย่างพนักงานที่ถูกกำหนดในลักษณะคล้ายเป็นการแนะนำโดยการดันบาร์ et al. (12) หลัก ผลรวมของความสูงสูงสุดในแต่ละโพรไฟล์การ replicate คำนวณ แสดงปริมาณดีเอ็นเอทั้งหมด Fluorescence รวมมีการปรับปรุงปริมาณดีเอ็นเอขนาดกลาง โดยคำนวณสัดส่วนของการแก้ไข ตัวอย่าง โพรไฟล์ replicate สามมี fluorescence รวมค่าของ4500, 4,700 และ 4,900 แล้วแต่ละ peak ในโปรไฟล์หลังถูกคูณ ด้วยตัวคูณ 0.96 (เช่น ผลหารของ 4,700/4,900), และยอดในโพรไฟล์แรกถูกคูณ ด้วยตัวคูณของ 1.04 (เช่น การผลหารของ 4,700/4500) หลังจากปรับปรุง ได้ถือเฉพาะแห่งหน่วย fluorescence $50 , T-RFs ได้คะแนนเป็นบวกเท่านั้นเมื่อพวกเขาอยู่ในที่สองสามเหมือนกับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์รูปแบบ T-RF ยอด T-RF ระหว่าง 35 และ 500 bp และความสูงของยอดเขาที่ # 50 หน่วยการเรืองแสงได้รวมอยู่ในการวิเคราะห์ตามช่วงของเครื่องหมายขนาด โดยทั่วไปข้อผิดพลาดในการกำหนดขนาดชิ้นส่วนที่มีซีเควนดีเอ็นเออัตโนมัติของเราคือน้อยกว่า 1 bp;
อย่างไรก็ตามในบางกรณีการเปลี่ยนแปลงที่สูงขึ้นก็พบว่า ดังนั้น T-RFs ที่แตกต่างกันน้อยกว่า 1.5 bp ถูกคลัสเตอร์เว้นแต่ยอดบุคคลที่ถูกตรวจพบในลักษณะที่ทำซ้ำ.
สามตัวอย่างซ้ำของการรักษาและขนาดอนุภาคทั้งวิเคราะห์เป็นรายบุคคลหรือรายละเอียดตัวอย่างที่เป็นตัวแทนที่ถูกกำหนดในลักษณะที่คล้ายกัน แนะนำโดยดันบาร์, et al (12) โดยพื้นฐานแล้วผลรวมของความสูงสูงสุดในแต่ละรายละเอียดซ้ำที่คำนวณได้แสดงให้เห็นปริมาณดีเอ็นเอรวม
เรืองแสงรวมมีการปรับปริมาณดีเอ็นเอกลางโดยการคำนวณปัจจัยการแก้ไข ยกตัวอย่างเช่นสามรูปแบบซ้ำมีค่าการเรืองแสงรวมของ
4,500, 4,700 และ 4,900 และจากนั้นสูงสุดในรายละเอียดหลังแต่ละคนถูกคูณกับปัจจัยที่ 0.96 (เช่นความฉลาดของ 4,700 / 4,900) และยอดเขาในรายละเอียดเป็นครั้งแรก ถูกคูณกับปัจจัยที่ 1.04 (เช่นความฉลาดของ 4,700 / 4,500) หลังจากที่ปรับยอดเพียง $ 50 หน่วยการเรืองแสงได้รับการพิจารณา
นอกจากนี้ T-RFs ถูกยิงเป็นบวกเฉพาะเมื่อพวกเขาอยู่ในปัจจุบันอย่างน้อยสองในสามของซ้ำ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์โปรไฟล์ t-rf . t-rf ยอดระหว่าง 35 และ 500 BP และยอดเขาความสูงของการ# 50 หน่วย รวมอยู่ในการวิเคราะห์ตามช่วงของขนาดเครื่องหมาย โดย ทั่วไป ข้อผิดพลาด เพื่อกำหนดส่วนอัตโนมัติของเรา DNA sequencer
ที่มีขนาดน้อยกว่า 1 สัปดาห์ อย่างไรก็ตาม ในบางกรณีการเปลี่ยนแปลงสูงกว่าที่พบ ดังนั้น t-rfs ที่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญน้อยกว่า 15 BP เป็นกระจุก นอกจากยอดแต่ละถูกตรวจพบในลักษณะที่ 10 .
3 ทำซ้ำตัวอย่างของการรักษาและขนาดอนุภาคให้วิเคราะห์เป็นรายบุคคล หรือตัวอย่างที่เป็นตัวแทนโปรไฟล์ถูกกำหนดในลักษณะที่เป็นข้อเสนอแนะจากดันบาร์ et al . ( 12 ) โดยผลรวมของยอดความสูงในแต่ละโปรไฟล์
ซ้ําคํานวณแสดงปริมาณดีเอ็นเอทั้งหมดโดยรวมก็ปรับระดับปริมาณดีเอ็นเอโดยอาศัยปัจจัยการแก้ไข ตัวอย่างเช่นสามสร้างโปรไฟล์รวมค่า
, เรืองแสง , 4900 4700 และจากนั้นแต่ละจุดสูงสุดในโปรไฟล์ หลังถูกคูณด้วยตัวคูณเท่ากับ 0.96 ( คือผลหารของ 4700 / 4900 ) และหุบในโปรไฟล์แรกคูณด้วยตัวประกอบ 1.04 ( คือผลหารของ 4700 / 4500 ) หลังจาก
ปรับเพียงยอด 50 $ โดยหน่วยได้พิจารณา นอกจากนี้ t-rfs คะแนนเป็นบวกเมื่อพวกเขาอยู่ในอย่างน้อยสอง สาม ได้แก่