Photographs under UV light of agaro

Photographs under UV light of agarose gels stained with ethidium bromide. Viral DNA was purified from supernatant of BB cells infected with the wild-type (wt) or V60 (at) strain of channel catfish virus. (a) Both DNAs (wt and at, respectively) were run on a 0.8% agarose gel after digestion with AatII (lanes 2 and 3), EcoRV (lanes 4 and 5), EcoRI/HindIII (lanes 6 and 7), or HindDIII (lanes 8 and 9). Molecular weight DNA markers (Gibco-BRL): lanes 1 and 10, 1-kb ladder; lane 11, l DNA/HindIII fragments. (b) Amplification by PCR of a 4390-bp target region spanning ORFs 49 to 52 (from nt 61678 to nt 66068) using wt (lanes 2–5) or at (lanes 6–9) DNA. Increasing DMSO concentrations were used (lanes: 2 and 6, 1.5%;
3 and 7, 3%; 4 and 8, 6%; 5 and 9, 9%). We performed a control PCR in the presence of 1.5% (lane 10) or 9% (lane 11) DMSO to monitor its inhibitory effect on Taq DNA polymerase activity. Lanes 1 and 12, l DNA/HindIII fragments and 1-kb ladder, respectively. For the PCRs, 100 ng of viral DNA was mixed with 100 pmol of each primer, 11 buffer (10 mM Tris–HCl, pH8.8, 1.5 mM MgCl2, 50 mM KCl, 0.1% Triton), 200 mM dNTPs, and 2 units of Taq polymerase (DynaZyme,
Eurogentec, Belgium). PCR parameters were 2 min at 947, 2 min at 577, 5 min at 727, 30 cycles (ThermoJet thermal
cycler, Eurogentec). Forward primer (homology region is underlined): 5*TTTCTAGATCATTGTCCTGATGAACCAAAC. Reverse primer: 5*CCGAATTCCCACCCCCCTCAAAAGGATAC.(c) Amplification by PCR of a 1494-bp region spanning ORFs 51 and 52, from nt 64574 to nt 66068. Wt (lanes 2 and 3) and at (lanes 4 and 5) DNA was used as target with (lanes 2 and 4) or without (lanes 3 and 5) a predenaturing step of 10 min at 1007. Lane 1, 1-kb ladder; lane 6, l DNA/HindIII fragments. PCR parameters were the same as in (b) except for annealing temperature (597), elongation time (2 min), and absence of DMSO in the PCR buffer. Forward primer: 5*TTTCTAGATCATACTCCCCAGATAGATAGTT. Reverse primer is the same as above

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ภาพถ่ายภายใต้แสงยูวีของ agarose เจเลอะโบรไมด์ ethidium ไวรัสดีเอ็นเอบริสุทธิ์จาก supernatant ของเซลล์ BB ติดป่าชนิด (wt) หรือ V60 (ที่) สายพันธุ์ของไวรัสปลากดอเมริกัน (ก) ทั้งดีเอ็นเอ (wt ตามลำดับ) ได้ถูกเรียกใช้บนเจ agarose 0.8% หลังจากย่อยอาหาร AatII (เลน 2 และ 3), EcoRV (เลน 4 และ 5), EcoRI/HindIII (เลน 6 และ 7), หรือ HindDIII (เลน 8 และ 9) เครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอ (Gibco BRL): บันไดเลน 1 และ 10, 1-kb ชิ้นส่วนดีเอ็น เอ/HindIII เลน 11, l (ข) ขยาย โดย PCR ของพื้นที่เป้าหมาย 4390-bp ด้วย ORFs 49 กับ 52 (จาก nt 61678 nt 66068) ใช้ wt (เลน 2-5) หรือดีเอ็นเอ (เลน 6 – 9) ใช้ความเข้มข้นของ DMSO เพิ่ม (เลน: 2 และ 6, 1.5%3 และ 7, 3% 4 และ 8, 6% 5 และ 9, 9%) เราดำเนินการควบคุม PCR ใน 1.5% (10 เลน) หรือ DMSO 9% (เลน 11) การตรวจสอบผล inhibitory Taq DNA พอลิเมอเรสกิจกรรม ส่วนเลน 1 และ 12, l ดีเอ็น เอ/HindIII และ 1 kb บันได ตามลำดับ สำหรับ PCRs, 100 ฉบับของดีเอ็นเอไวรัสถูกผสมกับ pmol 100 ของแต่ละสีรองพื้น บัฟเฟอร์ 11 (10 มมทริ – HCl, pH8.8, MgCl2, 1.5 มม. 50 มม. KCl, 0.1% Triton), dNTPs 200 มม. และพอลิเมอเรส Taq (DynaZyme, 2 หน่วยEurogentec เบลเยี่ยม) พารามิเตอร์การ PCR ได้ 2 นาทีที่ 947, 2 นาทีที่ 577, 5 นาทีที่ 727, 30 รอบ (ความร้อน ThermoJetcycler, Eurogentec) ส่งต่อรองพื้น (homology ภูมิภาคที่ขีดเส้นใต้): 5 * TTTCTAGATCATTGTCCTGATGAACCAAAC กลับรองพื้น: 5 * CCGAATTCCCACCCCCCTCAAAAGGATAC (ค) ขยาย โดย PCR ของภูมิภาค 1494-bp ด้วย ORFs 51 และ 52 จาก nt 64574 nt 66068 Wt (เลน 2 และ 3) และที่ดีเอ็นเอ (เลน 4 และ 5) ถูกใช้เป็นเป้าหมายด้วย (เลน 2 และ 4) หรือ ไม่ (เลน 3 และ 5) ขั้นตอน 10 นาทีที่ 1007 predenaturing 1 เลน บันได 1 kb เลนที่ 6, l ดีเอ็น เอ/HindIII เศษ PCR พารามิเตอร์เหมือนกับ (ข) ยกเว้นการหลอมอุณหภูมิ (597), ยืดเวลา (2 นาที), และการขาดงานของ DMSO ในบัฟเฟอร์ PCR ส่งต่อรองพื้น: 5 * TTTCTAGATCATACTCCCCAGATAGATAGTT รองพื้นกลับเป็นเหมือนข้างต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การถ่ายภาพภายใต้แสงยูวีเจล agarose ย้อมด้วย ethidium bromide DNA ไวรัสบริสุทธิ์จากสารละลายของเซลล์บีบีติดเชื้อชนิดป่า (WT) หรือ V60 (ที่) สายพันธุ์ของเชื้อไวรัสช่องดุก (ก) ทั้งดีเอ็นเอ (WT และตามลำดับ) ถูกเรียกใช้บน agarose gel ที่ 0.8% หลังจากการย่อยด้วย AatII (เลนที่ 2 และ 3) EcoRV (ถนน 4 และ 5), EcoRI / HindIII (เลนที่ 6 และ 7) หรือ HindDIII (เลน 8 และ 9) น้ำหนักโมเลกุลเครื่องหมายดีเอ็นเอ (Gibco-BRL): 1 เลนและ 10 บันได 1 KB; เลน 11, L ดีเอ็นเอ / เศษ HindIII (ข) การขยายโดยวิธี PCR ของพื้นที่เป้าหมาย 4390-BP ทอด ORFs 49-52 (จาก 61,678 NT เพื่อ nt 66068) โดยใช้ WT (เลน 2-5) หรือ (เลน 6-9) ดีเอ็นเอ การเพิ่มความเข้มข้น DMSO ถูกนำมาใช้ (เลน: 2 และ 6, 1.5%;
3 และ 7, 3%; 4 และ 8, 6% 5 และ 9, 9%) เราดำเนินการควบคุม PCR ในการปรากฏตัว 1.5% (ช่องทาง 10) หรือ 9% (ช่องทาง 11) DMSO ในการตรวจสอบผลยับยั้งที่มีต่อกิจกรรมโพลิเมอร์ Taq DNA เลนที่ 1 และ 12 ของดีเอ็นเอ L / เศษ HindIII และบันได 1 กิโลไบต์ตามลำดับ สำหรับ PCRs 100 NG ของดีเอ็นเอของไวรัสผสมกับ 100 pmol ของแต่ละไพรเมอร์ 11 บัฟเฟอร์ (10 mM Tris-HCl, pH8.8 1.5 มิลลิ MgCl2 50 มิลลิ KCl, Triton 0.1%) 200 มิลลิ dNTPs และ 2 หน่วย Taq โพลิเมอร์ (DynaZyme,
Eurogentec, เบลเยียม) พารามิเตอร์ PCR 2 นาทีที่ 947, 2 นาทีที่ 577, 5 นาทีที่ 727, 30 รอบ (ThermoJet ความร้อน
Cycler, Eurogentec) ไปข้างหน้าไพรเมอร์ (ภูมิภาคที่คล้ายคลึงกันถูกขีดเส้นใต้): 5 * TTTCTAGATCATTGTCCTGATGAACCAAAC ไพรเมอร์ย้อนกลับ: 5. * CCGAATTCCCACCCCCCTCAAAAGGATAC (ค) การขยายโดยวิธี PCR ของภูมิภาค 1494-BP ORFs 51 และ 52 ที่ทอดจาก 64,574 NT เพื่อ nt 66068. น้ำหนัก (เลนที่ 2 และ 3) และ (ถนน 4 และ 5) ดีเอ็นเอถูกนำมาใช้ เป็นเป้าหมายที่มี (เลนที่ 2 และ 4) หรือไม่มี (เลน 3 และ 5) ขั้นตอน predenaturing 10 นาทีที่ 1007. เลน 1 บันได 1 KB; เลน 6, L ดีเอ็นเอ / เศษ HindIII พารามิเตอร์ PCR เป็นเช่นเดียวกับใน (ข) ยกเว้นอุณหภูมิการหลอม (597) เวลาการยืดตัว (2 นาที) และการขาดการ DMSO ในบัฟเฟอร์ PCR ไพรเมอร์ไปข้างหน้า: 5 * TTTCTAGATCATACTCCCCAGATAGATAGTT ย้อนกลับไพรเมอร์เป็นเช่นเดียวกับข้างต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ถ่ายภาพภายใต้แสงยูวีของกาโรสเจลเปื้อนทิเดียมโบรไมด์ . ไวรัสดีเอ็นเอบริสุทธิ์จาก BB ที่นำเซลล์ที่ติดเชื้อด้วยยา ( WT ) หรือ v60 ( at ) สายพันธุ์ปลาดุก channel ของไวรัส ( ก ) ทั้งแถบ โดยน้ำหนัก และตามลำดับ ) ใช้เจลหรือ 0.8% หลังจากการย่อยด้วย aatii ( ช่อง 2 และ 3 ) ecorv ( ช่องที่ 4 และ 5 ) , EcoRI / - ( ขนาด 6 และ 7 ) หรือ hinddiii ( ซอย 8 และ 9 ) เครื่องหมายดีเอ็นเอโมเลกุล ( gibco BRL ) : เลน 1 และ 10 , บันได 1-kb ; ซอย 11 ชั้น DNA / - เศษ ( ข ) การขยายโดยวิธี PCR ของพื้นที่เป้าหมายใน BP สแป orfs 49 52 ( จาก 61678 NT NT 66068 ) ใช้ WT ( เลน 2 – 5 ) หรือ ( 6 ) ซอย 9 ) ดีเอ็นเอ การเพิ่มปริมาณการใช้ DMSO ( เลน : 2 และ 6 , 1.5% ;3 และ 7 , 3 และ 4 และ 8 , 6 % ; 5 และ 9 , 9% ) เราได้ทำการควบคุม PCR ในการปรากฏตัวของ 1.5% ( ซอย 10 ) หรือร้อยละ 9 ( ซอย 11 ) DMSO เพื่อตรวจสอบผลยับยั้งของทัค DNA polymerase ในกิจกรรม เลน 1 และ 12 ลิตร / ชิ้นส่วนดีเอ็นเอสายพันธุ์ และบันได 1-kb ตามลำดับ สำหรับ pcrs 100 นาโนไวรัสดีเอ็นเอผสมกับ 100 pmol ของแต่ละคู่ที่ 11 บัฟเฟอร์ ( 10 มม. นอกจากนี้ – HCl , ph8.8 1.5 มม. ชุด 50 mm . 0.1 % Triton ) , 200 มม. dntps และ 2 หน่วยของ ทัค ( dynazyme เมอเรส ,eurogentec , เบลเยียม ) พารามิเตอร์ทั้งหมดจะถูก 2 นาทีที่ 947 , 2 นาทีแล้ว , 5 นาทีที่ 727 , 30 รอบ ( thermojet ความร้อนรอบ eurogentec , ) ส่งต่อรองพื้น ( เป็นภาคที่ขีดเส้นใต้ไว้ ) : 5 * * * * tttctagatcattgtcctgatgaaccaaac . กลับหลัก : 5 * * * * ccgaattcccacccccctcaaaaggatac ( C ) เพิ่มจำนวนโดยวิธี PCR ของ 1254 BP เขตครอบคลุม orfs 51 และ 52 จาก 64574 NT NT 66068 . WT ( ช่อง 2 และ 3 ) และที่ ( ช่องที่ 4 และ 5 ) ดีเอ็นเอถูกใช้เป็นเป้าหมายด้วย ( ขนาด 2 และ 4 ) หรือไม่ ( ช่อง 3 และ 5 ) predenaturing ขั้น 10 นาทีที่ 790 . ช่องที่ 1 , บันได 1-kb ; เลน 6 l / ดีเอ็นเอ - เศษ พารามิเตอร์ทั้งหมดจะถูกเหมือนใน ( B ) ยกเว้นอุณหภูมิการอบอ่อน ( 597 ) เวลายืดตัว ( 2 นาที ) และการขาดงานของ DMSO ใน PCR buffer ส่งต่อรองพื้น : 5 * * * * tttctagatcatactccccagatagatagtt . กลับสีเป็นเหมือนด้านบน