Performing genetic tests on cancer tumors without comparing the results with patients' normal tissue could lead to inaccurate diagnoses and poor treatment decisions in nearly half of all patients under certain circumstances. This unexpected conclusion comes from a study of more than 800 people published in the April 15 Science Translational Medicine and underscores how complicated the genetic testing of tumors is becoming as well as how careful clinicians must be in interpreting the results. Currently, most genetic pathology tests are performed on tumor samples only and do not include comparisons with DNA taken from normal tissue.
In the early days of genetic testing of cancerous growths—less than a decade ago—physicians searched for just a handful of mutations that were virtually guaranteed to be important in tumor development. If the tumor contained one of these so-called hotspot mutations, such as a change in the 12th or 13th letter (codon) in the DNA of the K-Ras gene, you were pretty safe in basing any decisions about treatment on that result.
As the technology used for genetic testing improves (the latest approaches are collectively referred to as "next-generation sequencing") and the costs decline, however, more and more genetic alterations are being considered "actionable" because they occur in a potentially cancer-causing gene. But these mutations could also be misleading because they may reflect normal random variation. Under these circumstances, the genetic change does nothing to interfere with the usual activity of the gene and therefore does not lead to malignant growth. Such false positives could fool unsuspecting doctors and their patients into choosing certain chemotherapy drugs—with all their attendant side effects—that won't have an effect on the tumor.
>>> What's New in Cancer Research?
Researchers at Johns Hopkins University School of Medicine and the Personal Genome Diagnostics testing company looked at genetic test results from 815 patients who suffered from 15 different kinds of cancer—including colorectal, breast and pancreatic tumors. As a matter of longstanding routine, Hopkins clinicians ask for genetic results from both a patient's tumor as well as his or her normal tissue when performing next-generation sequencing. "When we analyzed our first cancer genomes about a decade ago, that's how those studies were done," says Victor Velculescu, a co-director of the Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Hopkins and a co-founder of Personal Genome Diagnostics. Although it was scientifically reasonable to conduct genetic tests only of tumor tissue when looking for hotspot mutations in those early days, Hopkins researchers ordered up genetic tests of normal tissue as well as a kind of double-check that they were on the right path. They continued the practice even as they started doing next-generation sequencing.
Most clinical genetic testing services, however, continued following the tumor-only procedures once they started adding next-generation sequencing to their repertoire. Velculescu suspected that following such a tumor-only process while expanding the number of genes that are tested was a mistake and decided to use the Hopkins data to see if his hunch was correct.
>>> Mutation Order in Tumor Genes Affects Cancer Outcome
Velculescu and colleagues looked for alterations in 111 genes that are widely believed to be potentially involved in the development of cancers from the 815 patients. They found more than 100,000 different changes in those 111 genes from the patients' tumors, with an average of just over 4.3 mutations in each person's cancer (some people had as many as 29 distinct mutations in their tumors). Then they looked at a subset of patients to see how often the changes in tumor genes occurred in the patients' normal tissue as well—an indication (although not proof positive) that the mutation was a normal variation and not a disease-causing one.
The result "was perhaps the greatest surprise of the study," Velculescu said in a telebriefing. "If you look at these genes that are likely to be important for therapy, these so-called actionable genes, you find out about a third of these variants were false positives." In other words, these particular mutations were found in both the malignant and the normal tissue, increasing the likelihood that they had nothing to do with what was driving the cancer growth in the first place; they were actually just "passenger" genes, if you will, along for the ride.
Because most cancer patients in the study had more than one such "false positive" mutation, nearly half of the group could have received incorrect information about their treatment options and future prospects had their doctors depended on genetic test results from the tumor samples only. (Because the Hopkins patients had genetic results from both tumor and healthy tissue they did not fall prey to such a problem.) "This sort of analysis and this comparison is very
การดำเนินการทดสอบทางพันธุกรรมโรคมะเร็งเนื้องอกโดยไม่เปรียบเทียบกับเนื้อเยื่อปกติของผู้ป่วยอาจนำไปสู่การวินิจฉัยที่ถูกต้องและตัดสินใจการรักษาไม่ดีเกือบครึ่งหนึ่งของผู้ป่วยทั้งหมดภายใต้สถานการณ์บางอย่าง ข้อสรุปที่ไม่คาดคิดนี้มาจากการศึกษากว่า 800 คนเผยแพร่ในเดือนเมษายน 15 วิทยาศาสตร์ไทหมิงยา และนี้มีวิธีการที่ซับซ้อนการทดสอบทางพันธุกรรมของเนื้องอกเป็นเช่นเป็นอย่างไรต้องเป็นแพทย์ระวังในการทำนายผล ปัจจุบัน การทดสอบพยาธิวิทยาทางพันธุกรรมส่วนใหญ่จะทำในตัวอย่างเนื้องอกเท่านั้น และไม่รวมเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอที่นำมาจากเนื้อเยื่อปกติ ในวันแรก ๆ ของการทดสอบทางพันธุกรรมของการเจริญเติบโตมะเร็ง — น้อยกว่าทศวรรษที่ผ่านมา — แพทย์ค้นหาเพียงไม่กี่พันธุ์ที่ถูกจริงจะเป็นสิ่งสำคัญในการพัฒนาเนื้องอก ถ้าเนื้องอกอยู่หนึ่งเหล่านี้เรียกว่าฮอตสปอตการกลายพันธุ์ เช่นการเปลี่ยนแปลงในตัวอักษร 12 หรือ 13 (รหัสพันธุกรรม) ในดีเอ็นเอของยีน K Ras คุณมีสวยปลอดภัยในการพิจารณาตัดสินใจใด ๆ เกี่ยวกับการรักษาที่ผล เป็นการปรับปรุงเทคโนโลยีที่ใช้สำหรับการทดสอบทางพันธุกรรม (วิธีการล่าสุดรวมเรียกว่า "ยุค sequencing") และต้นทุนลด ลง แต่ เพิ่มเติม และเพิ่มเติมยีนจะถูกถือว่า "การจัดการ" เนื่องจากพวกเขาเกิดขึ้นในยีนก่อมะเร็งอาจ แต่พันธุ์เหล่านี้ยังอาจจะเข้าใจผิดเนื่องจากพวกเขาอาจสะท้อนรูปแบบสุ่มปกติ ภายใต้สถานการณ์เหล่านี้ การเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมไม่มีอะไรจะรบกวนการทำงานของยีนปกติ และดังนั้นจึง ไม่นำไปสู่การเจริญเติบโตของเนื้องอก ลวงดังกล่าวอาจหลอกไม่สงสัยแพทย์และผู้ป่วยเลือกยาเคมีบำบัดบางชนิดซึ่ง มีผลข้างเคียงทั้งหมดของพวกเขาเข้าร่วม — ที่จะไม่มีผลต่อเนื้องอก >>> มีอะไรใหม่ในการวิจัยโรคมะเร็งนักวิจัยจอห์นฮอปกินส์โรงเรียนแพทย์ของมหาวิทยาลัยและการวินิจฉัยกลุ่มบุคคลบริษัททดสอบดูพันธุกรรมผลทดสอบจาก 815 ผู้ป่วยที่ทุกข์ทรมานจากโรคมะเร็ง 15 ชนิดซึ่งรวมทั้งลำไส้ใหญ่ เต้านม และมะเร็งตับอ่อน เป็นเรื่องของขั้นตอนการคัดค้าน ฮอปกินส์แพทย์ขอผลทางพันธุกรรมจากทั้งของผู้ป่วยมะเร็งรวมทั้งเนื้อเยื่อปกติของเขา หรือเธอเมื่อทำการจัดลำดับรุ่นต่อไป "เมื่อเราวิเคราะห์เราแรกมะเร็ง genomes เกี่ยวกับทศวรรษที่ผ่านมา ซึ่งวิธีการศึกษาที่ได้ทำ กล่าวว่า วิคเตอร์ Velculescu กรรมการศูนย์มะเร็งซิดนีย์คิมครอบคลุมที่ฮอปกินส์ร่วมและผู้ร่วมก่อตั้งส่วนบุคคลกลุ่มวินิจฉัย แม้ว่ามันสมเหตุสมผลทางวิทยาศาสตร์ที่ดำเนินการทดสอบทางพันธุกรรมเฉพาะของเนื้อเยื่อเนื้องอกเมื่อค้นหาฮอตสปอกลายพันธุ์ในวันแรกนั้น นักวิจัยฮอปกินส์สั่งค่าทดสอบทางพันธุกรรมของเนื้อเยื่อปกติเป็นชนิดการตรวจสอบว่า พวกเขามีทางที่ถูกต้อง พวกเขายังคงปฏิบัติแม้เมื่อพวกเขาเริ่มทำลำดับรุ่นต่อไป บริการทดสอบทางพันธุกรรมทางการแพทย์มากที่สุด อย่างไรก็ตาม ยังคงดังต่อไปนี้ในขั้นตอนเดียวเนื้องอกเมื่อพวกเขาเริ่มเพิ่มลำดับยุคละครของพวกเขา Velculescu สงสัยว่าต่อไปดังกล่าวเป็นเนื้องอกเท่านั้นกระบวนการขยายจำนวนของยีนที่ทดสอบผิด และตัดสินใจใช้ฮอปกินส์ข้อมูลเพื่อดูว่า hunch ของเขาถูกต้อง >>> Mutation Order in Tumor Genes Affects Cancer OutcomeVelculescu and colleagues looked for alterations in 111 genes that are widely believed to be potentially involved in the development of cancers from the 815 patients. They found more than 100,000 different changes in those 111 genes from the patients' tumors, with an average of just over 4.3 mutations in each person's cancer (some people had as many as 29 distinct mutations in their tumors). Then they looked at a subset of patients to see how often the changes in tumor genes occurred in the patients' normal tissue as well—an indication (although not proof positive) that the mutation was a normal variation and not a disease-causing one. The result "was perhaps the greatest surprise of the study," Velculescu said in a telebriefing. "If you look at these genes that are likely to be important for therapy, these so-called actionable genes, you find out about a third of these variants were false positives." In other words, these particular mutations were found in both the malignant and the normal tissue, increasing the likelihood that they had nothing to do with what was driving the cancer growth in the first place; they were actually just "passenger" genes, if you will, along for the ride. เนื่องจากผู้ป่วยมะเร็งในการศึกษามีการกลายพันธุ์ "บวกลวง" ดังกล่าวมากกว่าหนึ่ง เกือบครึ่งหนึ่งของกลุ่มอาจได้รับข้อมูลไม่ถูกต้องเกี่ยวกับตัวเลือกการรักษาและแนวโน้มในอนาคตมีแพทย์ของพวกเขาขึ้นอยู่กับผลการทดสอบทางพันธุกรรมจากตัวอย่างเนื้องอกเท่านั้น (เพราะผู้ป่วยฮอปกินส์มีผลทางพันธุกรรมจากเนื้องอกและเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพดีจะได้ไม่ตกเป็นเหยื่อของปัญหาดังกล่าว) "การเรียงลำดับวิเคราะห์และเปรียบเทียบนี้เป็นอย่างมาก
การแปล กรุณารอสักครู่..
